单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15161	2024-08-04	Spatial transcriptomics: Technologies, applications and experimental considerations 2023-09, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2023.110671 PMID:37353093	综述	本文概述了空间转录组技术的现状及其应用	强调了商业化空间转录组技术的发展以及实验的注意事项	未充分探讨所有类型的空间转录组技术	旨在理解基因在细胞中的空间表达及其对细胞功能的影响	空间转录组技术与其在生物医学研究中的应用	数字病理学	NA	空间转录组技术	NA	基因表达数据	NA
15162	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals peripheral blood mononuclear immune cell landscape associated with operational tolerance in a kidney transplant recipient 2023-09, American journal of transplantation : official journal of the American Society of Transplantation and the American Society of Transplant Surgeons IF:8.9Q1 DOI:10.1016/j.ajt.2023.04.035 PMID:37201755	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了肾移植后操作性耐受患者的免疫细胞景观	首次使用单细胞分析技术评估肾移植后操作性耐受患者的免疫景观	研究样本量较小，需要在大规模队列中进行进一步验证	探究肾移植后操作性耐受患者的细胞和分子通路	肾移植后操作性耐受患者的周围单核细胞	数字病理学	肾移植	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	包括一名操作性耐受的肾移植受者、两名健康个体和一名接受标准免疫抑制治疗的肾移植受者
15163	2024-08-07	Vaccine adjuvant-elicited CD8+ T cell immunity is co-dependent on T-bet and FOXO1 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112911 PMID:37516968	研究论文	本研究探讨了疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫中T-bet和FOXO1转录因子的协同作用	研究发现，与感染反应不同，疫苗佐剂引发的CD8 T细胞反应需要T-bet和FOXO1转录程序的协调调控	NA	研究疫苗佐剂引发的CD8+ T细胞免疫中T-bet和FOXO1的作用	CD8+ T细胞在疫苗佐剂引发的免疫反应中的作用	免疫学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
15164	2024-08-07	The pseudokinase Trib1 regulates the transition of exhausted T cells to a KLR+ CD8+ effector state, and its deletion improves checkpoint blockade 2023-08-29, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112905 PMID:37527035	研究论文	本文研究了伪激酶Trib1在调节耗竭T细胞向KLR+ CD8+效应状态转变中的作用，并发现其缺失能增强检查点阻断疗法的效果	首次揭示了Trib1在调节CD8 T细胞中的重要作用，并证明了其作为靶点可以增强T细胞效应状态及改善检查点抑制剂疗法	NA	探讨Trib1在调节耗竭T细胞向效应状态转变中的作用及其对检查点阻断疗法的影响	耗竭的CD8 T细胞及伪激酶Trib1	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、流式细胞术、RNA速度分析、单细胞T细胞受体测序（scTCR-seq）	NA	单细胞RNA序列、T细胞受体序列	未具体说明样本数量
15165	2024-08-04	Key patient demographics shape innate immune topography in noncritical hypoxic COVID-19 pneumonia 2023-08-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.166110 PMID:37606044	研究论文	这篇文章研究了人口特征如何影响非危重状态COVID-19肺炎患者的先天免疫特征	揭示了人口特征对免疫细胞反应的影响，尤其是在老年和男性患者中	样本量有限，仅涉及38名患者，可能未能全面代表所有风险群体	研究与人口风险因素相关的免疫异质性	住院的COVID-19肺炎患者，氧饱和度低于94%的群体	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	文本和单细胞基因表达数据	38名COVID-19肺炎患者
15166	2024-08-04	Transcriptomic forecasting with neural ordinary differential equations 2023-Aug-11, Patterns (New York, N.Y.) DOI:10.1016/j.patter.2023.100793 PMID:37602211	研究论文	本文提出了一种基于神经常微分方程的RNA表达预测方法RNAForecaster	创新点在于开发了一种能在嵌入无关的方式下预测单细胞基因表达状态的方法	NA	研究单细胞基因表达的动态过程	针对单细胞转录组数据的发展进行预测	数字病理学	NA	RNA-seq	神经常微分方程	单细胞转录组数据	在模拟数据和一项3天的实验中使用了多个单细胞样本
15167	2024-08-04	Multi-transcriptomics reveals brain cellular responses to peripheral infection in Alzheimer's disease model mice 2023-07-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112785 PMID:37436901	研究论文	本研究揭示了外周感染对阿尔茨海默病模型小鼠大脑细胞反应的影响	通过多转录组技术，识别了与脑屏障功能和神经炎症相关的细胞类型和空间特异性转录变化	研究主要集中于特定的感染模型，可能限制了结果的广泛适用性	探讨外周轻度感染如何影响阿尔茨海默病相关的脑转录组和病理变化	APP/PS1小鼠模型，及其在遭受金黄色葡萄球菌感染后的反应	数字病理学	阿尔茨海默病	转录组测序	NA	转录组数据	NA
15168	2024-08-04	A cellular and molecular spatial atlas of dystrophic muscle 2023-Jul-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221249120 PMID:37410813	研究论文	本文生成了严重肌营养不良小鼠模型的高分辨率细胞和分子空间图谱	通过整合空间转录组学和单细胞RNA测序数据，提供了一个无偏聚类的独特细胞群体分布和表型数据，以揭示延续的肌肉再生机制	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全代表人类DMD的病理情况	研究肌营养不良症的生物机制及治疗靶点	使用D2-mdx小鼠模型	数字病理学	肌营养不良症	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15169	2024-08-07	Functional interrogation of lymphocyte subsets in alopecia areata using single-cell RNA sequencing 2023-07-18, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2305764120 PMID:37428932	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了斑秃（Alopecia areata, AA）中皮肤浸润免疫细胞的异质性，并探讨了特定细胞类型在AA中的功能作用	首次系统地揭示了AA中CD8+ T细胞的异质性及其在疾病发展中的关键作用，为AA的治疗策略提供了新的框架	研究主要基于C3H/HeJ小鼠模型，未来研究需要进一步验证在人类AA中的发现	深入理解斑秃的免疫学基础，为开发新的治疗策略提供依据	斑秃中的淋巴细胞亚群及其功能	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及C3H/HeJ小鼠模型及人类AA皮肤样本
15170	2024-08-04	Disentangling brain vasculature in neurogenesis and neurodegeneration using single-cell transcriptomics 2023-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2023.04.007 PMID:37210315	评论	这篇文章主要探讨了利用单细胞转录组学研究脑血管在神经发生和神经退行性疾病中的作用	创新点在于利用单细胞转录组学揭示了血管细胞的亚型及其在胚胎和成年大脑中的组织和分区	该文章没有提供具体实验证据来支持所讨论的观点	研究神经血管相互作用在健康和疾病中的影响	主要研究胚胎和成年大脑中的血管细胞及其功能	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
15171	2024-08-04	Spatial single-cell sequencing of meiosis I arrested oocytes indicates acquisition of maternal transcripts from the soma 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112544 PMID:37227820	研究论文	本研究探讨了在减数分裂I期被抑制的卵母细胞中母源转录本的获得	揭示了邻近体细胞转录本的获取作为减数分裂I期抑制期间转录本增加的机制	未确定环境或激素信号对处于减数分裂I期抑制的卵母细胞是否可以启动新转录	研究减数分裂I期被抑制的卵母细胞的转录本获取机制	C. elegans 减数分裂I期抑制的卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15172	2024-08-07	Transcriptional dynamics of delaminating neuroblasts in the mouse otic vesicle 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112545 PMID:37227818	研究论文	本文通过高深度单细胞RNA测序分析了E10.5小鼠耳泡及其周围组织，揭示了耳泡标记物和基因表达变化，从神经母细胞脱离到CVG发育的过程。	提供了关于CVG发育机制的新数据集，有助于进一步识别与CVG发育相关的机制。	NA	深入理解参与CVG发育的转录级联反应，为治疗内耳功能障碍提供见解。	小鼠耳泡中的CVG前体神经母细胞和新兴的CVG神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	E10.5小鼠耳泡及其周围组织的细胞样本
15173	2024-08-07	Dynamic interplay between IL-1 and WNT pathways in regulating dermal adipocyte lineage cells during skin development and wound regeneration 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112647 PMID:37330908	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中或受伤的小鼠皮肤中的真皮成纤维细胞（dFBs），并探讨了IL-1和WNT信号通路在调控真皮脂肪细胞谱系细胞中的作用	首次详细描述了IL-1和WNT信号通路在真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性中的分子机制	NA	揭示真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性背后的分子机制，并为缺陷性伤口愈合和瘢痕形成定义潜在的治疗靶点	真皮成纤维细胞（dFBs）及其在皮肤发育和伤口再生中的分化和去分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠皮肤样本
15174	2024-08-04	Inhibition of a signaling modality within the gp130 receptor enhances tissue regeneration and mitigates osteoarthritis 2023-03-22, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq2395 PMID:36947594	研究论文	该研究探讨了gp130受体内一种信号方式的抑制如何促进组织再生并减轻骨关节炎	通过对gp130的Y814位点的遗传和药理干预，首次明确了其在组织再生中的关键作用	研究主要集中于小鼠和大鼠，可能无法完全应用于人体	旨在探讨如何增强组织再生能力和减轻骨关节炎的机制	研究对象为gp130受体及其在小鼠和大鼠模型中的作用	数字病理学	骨关节炎	药理调节和基因编辑	小鼠模型和大鼠模型	单细胞测序数据	小鼠和大鼠的样本数量未具体说明
15175	2024-08-04	A cofunctional grouping-based approach for non-redundant feature gene selection in unannotated single-cell RNA-seq analysis 2023-03-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad042 PMID:36754847	研究论文	本研究开发了一种新颖的计算方法GeneClust，用于选择scRNA-seq细胞聚类的特征基因	该方法通过基因表达谱对基因进行分组，并旨在最大化相关性、最小化冗余和保持互补性	未提及研究限制	研究目标是改善单细胞RNA测序分析中的细胞聚类性能	研究对象是在未注释的单细胞RNA测序数据集中的特征基因	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
15176	2024-08-07	IBRAP: integrated benchmarking single-cell RNA-sequencing analytical pipeline 2023-03-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad061 PMID:36847692	研究论文	本文介绍了一个名为IBRAP的综合基准单细胞RNA测序分析管道，该管道包含一系列可互换的分析组件和多种基准测试指标，使用户能够比较结果并确定其数据的最佳管道组合	IBRAP允许用户在管道中互换分析组件，并提供多种基准测试指标，以比较不同工具在不同数据类型和复杂性下的性能	NA	开发一个综合的单细胞RNA测序分析管道，以帮助用户选择最适合其数据的最佳分析工具组合	单细胞RNA测序数据分析中的预处理、质量控制、归一化、降维、整合和聚类等关键步骤	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用胰腺组织、癌细胞系和模拟数据进行分析
15177	2024-08-04	Spatial Gene Expression Changes in the Mouse Heart After Base-Targeted Irradiation 2023-02-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2022.08.031 PMID:35985456	研究论文	本研究旨在利用空间转录组学表征小鼠心脏在靶向辐射后基部区域的基因表达变化	这是首个报告在照射组织中空间分辨基因表达变化的研究	只在小鼠模型中进行研究，可能不完全适用于人类	探索辐射对心脏基部区域的基因表达变化及其对心脏放射敏感性的影响	老年女性C57BL/6小鼠	数字病理学	肺癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	2只小鼠，一只辐射，另一只为假辐射对照
15178	2024-08-07	Implanted Tissue-Engineered Vascular Graft Cell Isolation with Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2023-02, Tissue engineering. Part C, Methods DOI:10.1089/ten.TEC.2022.0189 PMID:36719780	研究论文	本文介绍了一种简单且商业可用的方法，用于从组织工程血管移植物（TEVG）中分离细胞，以便进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，并揭示了参与TEVG早期新生组织重塑阶段的细胞亚群。	首次描述了植入的组织工程血管移植物在单细胞基因表达水平上的细胞组成，并展示了磁性细胞分离技术在生成高质量细胞悬液用于scRNA-Seq分析中的有效性。	该方法主要针对使用可生物降解合成材料作为支架成分的其他可植入材料，其广泛适用性尚需进一步验证。	利用单细胞RNA测序技术深入了解组织工程血管移植物的细胞组成和基因表达异质性，特别是在新生组织形成和重塑过程中的应用。	组织工程血管移植物（TEVG）中的细胞分离和单细胞RNA测序分析。	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
15179	2024-08-04	Integration of Single-Cell RNA-Sequencing and Network Analysis to Investigate Mechanisms of Drug Resistance 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3163-8_7 PMID:37191792	研究论文	本研究探讨了抗癌药物耐药机制的单细胞RNA测序与网络分析的结合	提出了一种通过单细胞RNA测序结合网络分析的新方法，以识别与药物耐药相关的通路	未在摘要中提供具体的实验数据或样本限制信息	探索抗癌药物耐药的机制以发展替代治疗方法	药物敏感和耐药变体的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PANDA	表达数据	NA
15180	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing of neurofibromas reveals a tumor microenvironment favorable for neural regeneration and immune suppression in a neurofibromatosis type 1 porcine model 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1253659 PMID:37817770	研究论文	本研究揭示了神经纤维瘤的细胞组成和信号传导，强调其肿瘤微环境对神经再生及免疫抑制的影响	首次在神经纤维瘤动物模型中观察到肿瘤相关的树突状细胞，并识别到新的成纤维细胞和免疫细胞群体	尚未探索成熟、非皮肤神经纤维瘤中的细胞信号网络	旨在探讨神经纤维瘤的细胞组成及其与正常组织的信号传导对比	研究对象为猪模型中的成熟神经纤维瘤及其相邻正常组织	数字病理学	神经纤维瘤病1型	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	组织样本	猪模型中的多个成熟神经纤维瘤样本