单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15161	2024-08-07	DrImpute: imputing dropout events in single cell RNA sequencing data 2018-06-08, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2226-y PMID:29884114	研究论文	本文介绍了DrImpute算法，用于填补单细胞RNA测序数据中的缺失事件	DrImpute在区分真实零值和缺失零值方面表现优于现有的填补算法	NA	开发一种新的算法来处理单细胞RNA测序数据中的缺失事件	单细胞RNA测序数据中的缺失事件	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	九个已发表的单细胞RNA测序数据集
15162	2024-08-07	Harnessing single-cell genomics to improve the physiological fidelity of organoid-derived cell types 2018-06-05, BMC biology IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s12915-018-0527-2 PMID:29871632	研究论文	本文介绍了一种利用大规模并行单细胞RNA测序技术比较体内外细胞类型和状态的方法，并利用这些差异来提高体外模型的生理忠实度	提出了一种系统的方法来识别体外模型的局限性并提高其生理忠实度，特别是针对肠道类器官中的潘氏细胞	尚未测试类器官衍生的细胞类型在多大程度上重现了体内的对应细胞	提高体外模型的生理忠实度，以便更好地进行功能性研究	肠道类器官中的潘氏细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组学、细胞学、形态学和蛋白质组学数据	大规模并行单细胞RNA测序
15163	2024-08-07	Neural lineage tracing in the mammalian brain 2018-06, Current opinion in neurobiology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.conb.2017.10.013 PMID:29125960	综述	本文综述了利用基因标记技术在哺乳动物神经系统中追踪神经细胞谱系的应用	近期基因编辑和单细胞测序技术的进步使得谱系分析在规模、速度和深度上达到了前所未有的水平	对于复杂系统，完全实现单个细胞谱系仍然具有挑战性	探讨神经细胞谱系追踪技术在理解大脑发育、组织和功能中的应用	哺乳动物大脑中的神经细胞谱系	NA	NA	基因编辑和单细胞测序	NA	NA	NA
15164	2024-08-07	UMI-count modeling and differential expression analysis for single-cell RNA sequencing 2018-05-31, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1438-9 PMID:29855333	研究论文	本文通过多个单细胞RNA测序数据集，揭示了读取计数和唯一分子标识符（UMI）计数在基因表达量化方案中的分布差异，并提出了一种基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID）。	本文提出了一种新的基于负二项模型的差异表达分析算法（NBID），该算法在UMI计数中能更好地控制错误发现率（FDR）并提高检测能力。	NA	研究单细胞RNA测序中基因表达量化的不同方案，并提出新的差异表达分析算法。	单细胞RNA测序数据中的读取计数和UMI计数。	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	负二项模型	基因表达数据	多个单细胞RNA测序数据集
15165	2024-08-07	BGP: identifying gene-specific branching dynamics from single-cell data with a branching Gaussian process 2018-05-29, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1440-2 PMID:29843817	research paper	本文开发了一种名为分支高斯过程（BGP）的非参数模型，用于从单细胞数据中识别特定基因的分支动力学，并估计每个基因的分支时间及其可信区间。	BGP模型能够识别单个基因的分支动力学，并提供分支时间的估计及其可信区间。	NA	开发一种新方法来揭示细胞分化过程中细胞群体的分支动力学。	单细胞基因表达数据中的分支动力学。	machine learning	NA	single-cell RNA-seq	BGP	single-cell data	包括模拟数据、单细胞RNA测序血液生成研究和使用液滴条形码生成的鼠胚胎干细胞。
15166	2024-08-07	Whole-Body Single-Cell Sequencing Reveals Transcriptional Domains in the Annelid Larval Body 2018-05-01, Molecular biology and evolution IF:11.0Q1 DOI:10.1093/molbev/msx336 PMID:29373712	研究论文	本文通过对比海洋环节动物Platynereis dumerilii幼体全身体细胞的转录组，识别出五个转录上不同的分化细胞群，每个群表达独特的转录因子和效应基因，实现细胞表型	本文首次通过全身体细胞测序揭示了环节动物幼体体内的转录域，这些转录域代表了基于基因表达差异的环节动物身体的新基本划分	NA	旨在通过全身体细胞测序技术，揭示环节动物幼体体内的转录域，为进化发育生物学研究提供新工具	海洋环节动物Platynereis dumerilii的幼体全身体细胞	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	转录组数据	随机挑选的单细胞
15167	2024-08-07	Cell type discovery using single-cell transcriptomics: implications for ontological representation 2018-05-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddy100 PMID:29590361	综述	本文综述了利用单细胞和单核RNA测序技术在人类中枢神经和免疫系统中鉴定细胞类型的最新工作，并讨论了这些发现对参考细胞本体（CL）中细胞类型表示的影响	提出了一种基于随机森林机器学习的方法，用于识别必要和充分的标记基因集，这些基因可用于组装一致且可重复的细胞类型定义，以便纳入CL	NA	探讨单细胞转录组学在细胞类型发现中的应用及其对细胞本体表示的影响	人类中枢神经和免疫系统中的细胞类型	自然语言处理	NA	单细胞RNA测序	随机森林	文本	NA
15168	2024-08-07	An interpretable framework for clustering single-cell RNA-Seq datasets 2018-03-09, BMC bioinformatics IF:2.9Q1 DOI:10.1186/s12859-018-2092-7 PMID:29523077	研究论文	本文介绍了一种名为DendroSplit的可解释框架，用于单细胞RNA-Seq数据集的聚类分析	DendroSplit框架通过特征选择来揭示数据中多个生物学上有意义的层次，强调了聚类的可解释性	NA	解决单细胞RNA-Seq数据集聚类分析中的可解释性和主观性问题	单细胞RNA-Seq数据集	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-Seq数据	多个标志性单细胞数据集
15169	2024-08-07	Model-based branching point detection in single-cell data by K-branches clustering 2017-Oct-15, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btx325 PMID:28582478	研究论文	本文提出了一种基于K-Branches聚类的方法，用于在单细胞数据中检测分支点，通过局部拟合半线来表示细胞的分化轨迹	引入了一种类似于K-Means的聚类算法，并提出了改进的GAP统计量模型选择方法，以确定最佳描述数据的线数量	NA	旨在通过单细胞技术识别细胞群体中的异质性，推断细胞发育和谱系树	单细胞RNA-Seq数据、单细胞qPCR数据以及人工数据	生物信息学	NA	单细胞RNA-Seq、单细胞qPCR	K-Branches聚类算法	单细胞数据	包括造血过程中髓系祖细胞的分化、小鼠胚泡发育、人类髓系单核白血病以及人工数据
15170	2024-08-07	Amphiregulin switches progenitor cell fate for lineage commitment during gastric mucosal regeneration 2024-Mar-14, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.03.009 PMID:38492892	研究论文	研究胃黏膜再生过程中，Amphiregulin如何调控前体细胞的谱系承诺	首次揭示了Amphiregulin在胃黏膜再生中对前体细胞谱系承诺的调控作用	NA	探讨胃黏膜损伤后前体细胞微环境的调控机制	胃黏膜中的Isthmic前体细胞及其在再生过程中的谱系承诺	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠胃黏膜上皮细胞
15171	2024-08-04	BANKSY unifies cell typing and tissue domain segmentation for scalable spatial omics data analysis 2024-Mar, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-024-01664-3 PMID:38413725	研究论文	本研究提出了一种名为BANKSY的算法，用于统一细胞类型和组织区域的空间聚类问题	通过将细胞嵌入到自身和局部邻域转录组的乘积空间中，BANKSY提供了一种新的空间特征增强策略，显著提高了任务性能	NA	研究旨在提供一种准确且可扩展的框架，以分析空间分辨的组学数据	主要研究对象为细胞类型和组织域在空间组学数据中的聚类	数字病理学	NA	RNA测序，蛋白质成像	NA	RNA和蛋白质图像数据	数百万个细胞数据集
15172	2024-08-07	Temporal transcriptomic dynamics in developing macaque neocortex 2024-Feb-28, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.90325 PMID:38415809	研究论文	研究描述了猕猴新皮质发育过程中的转录组动态变化	首次通过单细胞RNA测序技术，构建了猕猴新皮质发育的转录组图谱，揭示了从干细胞到神经元的分化轨迹	NA	探究人类和非人灵长类新皮质神经发生中的转录调控	猕猴的顶叶新皮质在不同发育阶段的转录组变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	在E40、E50、E70、E80和E90五个时间点采集的猕猴顶叶样本
15173	2024-08-04	The E3 ubiquitin ligase MARCH2 protects against myocardial ischemia-reperfusion injury through inhibiting pyroptosis via negative regulation of PGAM5/MAVS/NLRP3 axis 2024-Feb-27, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-023-00622-3 PMID:38409220	研究论文	本研究揭示了E3泛素连接酶MARCH2通过负调控PGAM5/MAVS/NLRP3通路抑制心肌细胞焦亡，从而保护心脏免受缺血-再灌注损伤的机制	发现MARCH2通过促进PGAM5的K48连接聚泛素化和蛋白酶体降解，抑制心肌细胞中的NLRP3炎症小体激活	本研究未涉及在临床试验中的应用及长期效应	研究MARCH2在心肌缺血-再灌注损伤中的保护作用及其机制	人心脏和小鼠心脏中的MARCH2表达水平及其对心肌细胞的影响	心血管疾病	心肌缺血	单细胞RNA-seq	NA	RNA测序数据	人心脏和小鼠心脏的样本
15174	2024-08-04	Molecular classification and tumor microenvironment characteristics in pheochromocytomas 2024-Feb-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.87586 PMID:38407266	研究论文	本研究对嗜铬细胞瘤的分子特征和肿瘤微环境进行了单细胞转录组分析	提出了一种基于单细胞转录组的分子分类和微环境特征分析，为嗜铬细胞瘤的潜在治疗策略提供线索	CD8 T细胞浸润缺乏的情况限制了对免疫治疗效果的评估	探讨嗜铬细胞瘤的细胞分子特征及其免疫微环境	对4名散发性未分类嗜铬细胞瘤患者和1名具有冯·希佩尔-林道综合征的遗传性患者的组织进行研究	数字病理学	嗜铬细胞瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	组织样本	16个组织样本，来自5名患者
15175	2024-08-07	Quartz-Seq2: a high-throughput single-cell RNA-sequencing method that effectively uses limited sequence reads 2018-03-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-018-1407-3 PMID:29523163	研究论文	本文介绍了一种名为Quartz-Seq2的高通量单细胞RNA测序方法，该方法能够有效利用有限的序列读取来分配独特的分子标识符（UMI）计数作为单细胞的基因表达值，并检测更多的基因	Quartz-Seq2通过改进反应步骤，提高了初始读取转换为UMI计数的效率（30-50%），并能检测更多基因	NA	开发一种能够有效利用有限序列读取的高通量单细胞RNA测序方法	体外胚胎干细胞和体内基质血管部分的转录组	基因测序	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	约10,000个转录组样本
15176	2024-08-07	The platelet-related genes associated with the prognosis of HCC by regulating cycling T cell and prolif-TAMs 2024-Mar-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26798 PMID:38486758	研究论文	本研究通过TCGA和ICGC数据库分析了92个与肝细胞癌（HCC）相关的差异表达的血小板相关基因（PRGs），并开发了PRGs预后标志物，揭示了这些基因在HCC中的潜在机制。	首次详细探讨了血小板相关基因在HCC中的预后价值及其对免疫微环境的调控作用。	研究主要基于数据库分析，需要进一步的实验验证。	构建与HCC相关的血小板相关基因风险标志物，并揭示其调控免疫微环境的潜在机制。	血小板相关基因在HCC中的表达及其预后价值。	数字病理学	肝癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	92个差异表达的血小板相关基因
15177	2024-08-04	The HIF-1α/PLOD2 axis integrates extracellular matrix organization and cell metabolism leading to aberrant musculoskeletal repair 2024-Mar-12, Bone research IF:14.3Q1 DOI:10.1038/s41413-024-00320-0 PMID:38472175	研究论文	本文研究了HIF-1α/PLOD2轴在异常骨骼修复中的作用	揭示了HIF-1α在间充质前体细胞中调控胶原蛋白交叉链接的分子机制	实验仅在小鼠模型中进行，可能无法完全代表人类情况	探讨缺氧信号在肌肉骨骼损伤后细胞命运和细胞外基质组织中的作用	研究对象是间充质前体细胞和异位骨化模型	数字病理学	异位骨化	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学分析	NA	RNA序列数据	小鼠模型
15178	2024-08-04	Molecular, Metabolic, and Subcellular Mapping of the Tumor Immune Microenvironment via 3D Targeted and Non-Targeted Multiplex Multi-Omics Analyses 2024-Feb-20, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16050846 PMID:38473208	研究论文	本研究开发了一种整合多重空间分辨的多组学平台，研究肿瘤免疫微环境的三维映射	提出了一种新颖的方法，通过多重组学分析实现了对肿瘤免疫微环境的空间和单细胞分辨率的研究	在研究中仅使用了两种妇科肿瘤样本，可能不足以普遍适用于所有类型的肿瘤	研究肿瘤免疫微环境中细胞间及细胞与细胞外基质的相互作用	两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）妇科肿瘤样本	数字病理学	NA	非靶向质谱成像、空间转录组学、靶向seqIF	NA	图像	两种福尔马林固定石蜡包埋（FFPE）样本
15179	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals the lineage of malignant epithelial cells and upregulation of TAGLN2 promotes peritoneal metastasis in gastric cancer 2023-Dec, Clinical & translational oncology : official publication of the Federation of Spanish Oncology Societies and of the National Cancer Institute of Mexico IF:2.8Q2 DOI:10.1007/s12094-023-03194-6 PMID:37247132	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析胃腺癌样本，揭示了恶性上皮细胞的分化轨迹及TAGLN2在胃癌腹膜转移中的作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了从正常黏膜到肿瘤组织再到腹膜转移的发展曲线，并验证了TAGLN2在胃癌腹膜转移中的关键作用	研究样本数量较少，仅基于单一患者的数据	探索胃癌腹膜转移的分子机制并寻找潜在的治疗靶点	胃腺癌样本，包括原发肿瘤、邻近非肿瘤组织、腹膜转移样本及正常腹膜样本	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	四个胃腺癌样本
15180	2024-08-05	Constructing a full, multiple-layer interactome for SARS-CoV-2 in the context of lung disease: Linking the virus with human genes and microbes 2023-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1011222 PMID:37410793	研究论文	该研究构建了SARS-CoV-2在肺病背景下的完整多层互动组，连接病毒与人类基因和微生物	创新性地使用MLCrosstalk模型整合多个来源的数据，以构建SARS-CoV-2感染的全互动组	此研究的局限性在于尚未完全验证所有的基因与微生物之间的互动关系	研究SARS-CoV-2如何通过人类基因和微生物影响肺部疾病	研究对象包括SARS-CoV-2病毒、人类蛋白编码基因、微小RNA以及外源微生物	数字病理学	肺癌	统计建模	MLCrosstalk	数据整合	涉及多个患者样本的多种数据来源