单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 15101 - 15120 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15101 | 2024-08-07 |
MUC1-C integrates aerobic glycolysis with suppression of oxidative phosphorylation in triple-negative breast cancer stem cells
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108168
PMID:37915591
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研究论文 | 本研究探讨了MUC1-C蛋白在三阴性乳腺癌干细胞中整合糖酵解途径激活与抑制氧化磷酸化的作用 | 首次揭示了MUC1-C通过下调线粒体转录因子A和诱导线粒体转录终止因子3来抑制线粒体DNA基因表达，从而影响乳腺癌干细胞的自我更新和氧化还原平衡 | NA | 研究MUC1-C蛋白在三阴性乳腺癌干细胞中的功能及其对糖酵解和氧化磷酸化的调控作用 | 三阴性乳腺癌干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 富集的三阴性乳腺癌干细胞群体 |
| 15102 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing of murine ankle joints over time reveals distinct transcriptional changes following Borrelia burgdorferi infection
2023-Nov-17, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2023.108217
PMID:37953958
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，追踪了感染伯氏疏螺旋体的小鼠踝关节在不同时间点的转录变化。 | 首次详细描述了感染伯氏疏螺旋体后，小鼠踝关节中巨噬细胞、T细胞、滑膜细胞和成纤维细胞的基因表达变化，并预测了细胞间的相互作用。 | NA | 旨在理解伯氏疏螺旋体感染过程中，小鼠踝关节的细胞和转录变化。 | 感染伯氏疏螺旋体的小鼠踝关节。 | 数字病理学 | 莱姆病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | C57BL/6小鼠的踝关节样本 |
| 15103 | 2024-08-07 |
Simultaneous selection of nanobodies for accessible epitopes on immune cells in the tumor microenvironment
2023-Nov-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43038-z
PMID:37978291
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研究论文 | 本文介绍了一种名为INSPIRE-seq的方法，利用纳米抗体库和下一代测序技术，在复杂的肿瘤微环境中并行富集免疫细胞结合的纳米抗体 | INSPIRE-seq提供了一种无偏见的方法来研究复杂的微环境，并辅助纳米抗体的开发，这些纳米抗体可以作为活性药物，经过修饰成为药物，或用作靶向分子 | NA | 开发一种新技术，用于发现治疗性生物制剂的靶向分子 | 纳米抗体及其在肿瘤微环境中与免疫细胞的结合 | 合成生物学 | NA | 下一代测序 | NA | RNA序列 | 涉及肿瘤、淋巴结和脾脏中的免疫细胞亚型 |
| 15104 | 2024-08-04 |
Dimension-agnostic and granularity-based spatially variable gene identification using BSP
2023-11-14, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-43256-5
PMID:37963892
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研究论文 | 提出了一种通过BSP模型识别空间变异基因的快速有效方法 | 介绍了一种基于两种空间粒度比较基因表达模式的非参数模型BSP | 现有计算方法在处理三维空间转录组数据时可能不可靠 | 将分子细胞功能与组织表型联系起来，识别空间变异基因 | 空间转录组数据中的基因表达模式 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 非参数模型 | 基因表达数据 | 多种空间转录组技术的研究 |
| 15105 | 2024-08-07 |
Controlling donor and newborn neuron migration and maturation in the eye through microenvironment engineering
2023-Nov-14, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2302089120
PMID:37931105
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研究论文 | 本文提出了一种通过微环境工程控制供体和新生神经元迁移和成熟的方法 | 通过工程化微环境，实现了对供体神经元迁移和成熟的精确控制 | NA | 研究神经元命运和功能在中枢神经系统中的作用 | 视网膜神经节细胞（RGCs） | 神经科学 | 青光眼和其他视神经病变 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15106 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Differentiates the Effects of p53 Mutation and p53 Loss on Cell Compositions of Oncogenic Kras-Driven Pancreatic Cancer
2023-11-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12222614
PMID:37998349
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研究论文 | 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，比较了KP和KP小鼠模型中胰腺肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 首次系统比较了p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌肿瘤微环境的影响 | NA | 研究p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌进展的影响 | 胰腺癌肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及KP和KP小鼠模型中的多种细胞类型 |
| 15107 | 2024-08-07 |
Skeletal muscle regeneration failure in ischemic-damaged limbs is associated with pro-inflammatory macrophages and premature differentiation of satellite cells
2023-11-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01250-y
PMID:37950327
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研究论文 | 本研究探讨了慢性肢体威胁性缺血（CLTI）中骨骼肌再生受损的细胞和转录组水平病理变化，以及细胞间信号传导途径 | 首次提供了CLTI患者和CLTI小鼠模型骨骼肌的单细胞转录组图谱 | NA | 阐明慢性肢体威胁性缺血中骨骼肌再生受损的机制 | 人类组织样本和CLTI小鼠模型的骨骼肌 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | CLTI患者和CLTI小鼠模型的骨骼肌样本 |
| 15108 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomic interrogation of the murine bone marrow signaling landscape
2023-11-06, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00298-1
PMID:37926705
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序探讨小鼠骨髓信号传导环境 | 首次展示了将空间转录组学应用于完全矿化组织的可行性，并提出了结合空间和单细胞转录组学的方法 | 仅限于小鼠模型，可能无法完全外推至其他生物或人类 | 研究骨髓微环境对骨骼干细胞及其祖细胞的调控机制 | 成年小鼠的骨髓干细胞及其周围的细胞 | 数字病理学 | 骨病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的骨髓样本 |
| 15109 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals unique gene expression changes in different brain regions after sleep deprivation
2023-11-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42751-z
PMID:37925446
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研究论文 | 这篇文章探讨了睡眠剥夺后不同脑区的基因表达变化 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了睡眠剥夺对小鼠脑内不同区域基因表达的影响，并开发了新的生物信息学工具 | 研究仅在雄性小鼠身上进行，未考虑性别差异的影响 | 研究睡眠剥夺对不同脑区基因表达的影响 | 雄性小鼠的各个脑区 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15110 | 2024-08-07 |
Moving closer towards a comprehensive view of tumor biology and microarchitecture using spatial transcriptomics
2023-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42960-6
PMID:37919364
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15111 | 2024-08-04 |
Hidden Markov random field models for cell-type assignment of spatially resolved transcriptomics
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad641
PMID:37944045
|
研究论文 | 本文介绍了一种用于空间分辨转录组数据细胞类型分配的统计模型SPAN | SPAN模型结合了隐藏马尔可夫随机场和混合模型，有效利用了已定义的标记基因及空间信息 | 本文未提及具体的局限性 | 研究空间分辨转录组数据中的细胞类型注释方法 | 空间分辨转录组数据的细胞或斑点 | 数字病理学 | NA | 统计建模 | 隐藏马尔可夫随机场模型 | 转录组数据 | 通过广泛的模拟和真实数据实验验证了SPAN模型的有效性 |
| 15112 | 2024-08-04 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
|
研究论文 | 本文介绍了一个工具scDiffCom，用于分析细胞间相互作用在老龄化过程中的变化 | 提出了一个新工具scDiffCom，结合了5000个配体-受体相互作用，用于差异细胞间通讯分析 | 目前的数据集仅限于小鼠，可能无法外推至其他物种 | 定量分析细胞间通讯在老龄化过程中的变化 | 23种小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 |
| 15113 | 2024-08-04 |
Ancestry-specific regulatory and disease architectures are likely due to cell-type-specific gene-by-environment interactions
2023-Oct-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.20.23297214
PMID:37905038
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq数据，分析了东亚和欧洲血缘个体的基因表达差异，探讨了这些差异对疾病变异的影响 | 首次通过单细胞层面的分析阐明了血缘特异的基因表达和疾病变异之间的相互作用 | 研究仅限于少数血缘背景，需要更多样本来验证结果 | 研究血缘特异性基因与环境交互对疾病变异的影响 | 21名东亚血缘和23名欧洲血缘个体的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 复杂性疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | 细胞数据 | 44个个体的172K单细胞 |
| 15114 | 2024-08-04 |
Sibling chimerism among microglia in marmosets
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.16.562516
PMID:37904944
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研究论文 | 本研究分析了在绒猴中微胶质细胞的兄弟嵌合现象 | 揭示了绒猴中微胶质细胞的兄弟来源嵌合性是由血液来源细胞引起的，且这种现象在不同脑区之间存在显著变异 | 只分析了特定几种组织和动物，可能限制了结果的普适性 | 研究兄弟嵌合对绒猴中微胶质细胞的影响及其与局部环境的关系 | 绒猴的血液、肝脏、肾脏和多个脑区的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 多只绒猴的多个组织样本 |
| 15115 | 2024-08-07 |
Increased epithelial mTORC1 activity in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562288
PMID:37904989
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研究论文 | 本研究探讨了慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中上皮细胞mTORC1活性的增加及其在炎症维持中的作用 | 首次揭示了mTORC1在CRSwNP中调控糖酵解程序的作用，并发现上皮细胞表达的细胞因子和伤口愈合相关基因可能是其后续效应 | NA | 旨在通过转录组评估不同分化阶段的上皮细胞，定义上皮细胞维持气道炎症的机制 | 成人慢性鼻窦炎患者的筛窦上皮细胞 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 来自慢性鼻窦炎患者的筛窦上皮细胞被分为3个子集进行分析 |
| 15116 | 2024-08-04 |
COMO: a pipeline for multi-omics data integration in metabolic modeling and drug discovery
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad387
PMID:37930022
|
研究论文 | 开发了一个名为COMO的用户友好型管道，用于多组学数据整合，支持代谢建模和药物发现 | COMO整合了多种建模方法和异构生物数据集，是一个高效的工具，适用于代谢模型的构建和药物发现 | 不提及具体的局限性 | 促进药物发现，通过代谢建模整合多组学数据 | 使用公共数据库和开源解决方案构建B细胞的代谢模型，以预测类风湿关节炎和系统性红斑狼疮的药物靶点 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 微阵列, 蛋白质组学 | 代谢模型 | 多组学数据 | 不提及具体样本量 |
| 15117 | 2024-08-04 |
Robust discovery of gene regulatory networks from single-cell gene expression data by Causal Inference Using Composition of Transactions
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad370
PMID:37897702
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research paper | 使用因果推断方法从单细胞RNA-seq数据中发现基因调控网络 | 提出了一种新的因果推断方法CICT，以预测因果调控关系并推断基因调控网络 | NA | 揭示基因调控网络的结构和功能 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | 机器学习算法 | RNA表达数据 | 使用了模拟和实验的单细胞RNA-seq数据 |
| 15118 | 2024-08-07 |
Cell-type specific molecular signatures of aging revealed in a brain-wide transcriptomic cell-type atlas
2023-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.26.550355
PMID:38168182
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研究论文 | 本文通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了年轻成年和老年小鼠大脑中约120万个高质量单细胞转录组数据，揭示了与年龄相关的细胞类型特异性分子特征。 | 本文首次在大脑全转录组细胞类型图谱中揭示了与年龄相关的基因表达特征，特别是在下丘脑第三脑室周围的细胞类型中发现了显著的基因表达变化。 | NA | 揭示大脑中与正常衰老相关的细胞类型特异性转录组变化，为研究衰老过程的功能变化及其与疾病的关系提供基础。 | 年轻成年和老年小鼠的大脑细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约120万个高质量单细胞转录组数据，来自年轻成年和老年小鼠的大脑细胞。 |
| 15119 | 2024-08-04 |
Human neural stem cells restore spatial memory in a transgenic Alzheimer's disease mouse model by an immunomodulating mechanism
2023, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2023.1306004
PMID:38155736
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研究论文 | 这篇文章探讨了人类神经干细胞在阿尔茨海默病模型小鼠中通过免疫调节机制恢复空间记忆的作用 | 研究首次揭示了人类神经干细胞通过调节小胶质细胞介导的神经炎症改善空间记忆的机制 | 该研究未能观察到淀粉样斑块负荷的变化 | 阐明人类神经干细胞在阿尔茨海默病治疗中的作用机制 | 采用5XFAD小鼠模型研究人类神经干细胞的治疗效果 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 研究使用了5XFAD小鼠作为实验对象 |
| 15120 | 2024-08-07 |
Loss of Cadherin-11 in pancreatic ductal adenocarcinoma alters tumor-immune microenvironment
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1286861
PMID:37954069
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研究论文 | 研究了Cadherin-11在胰腺导管腺癌中的缺失如何改变肿瘤免疫微环境 | 首次详细阐明了Cadherin-11缺失对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响，特别是对癌症相关成纤维细胞和免疫细胞的影响 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类胰腺导管腺癌存在差异 | 探讨Cadherin-11缺失对胰腺导管腺癌进展和抗肿瘤免疫反应的影响 | 胰腺导管腺癌中的Cadherin-11及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | KPC肿瘤携带的小鼠模型，包括Cadherin-11表达和缺失的小鼠 |