单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15041	2024-08-07	Batch effects in single-cell RNA-sequencing data are corrected by matching mutual nearest neighbors 2018-06, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4091 PMID:29608177	research paper	本文提出了一种基于高维表达空间中互最近邻（MNNs）检测的批量效应校正策略，用于大规模单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据集	本文的方法不依赖于预定义或跨批次的等同群体组成，只需要部分群体在批次间共享	NA	解决不同实验室和时间产生的大规模单细胞RNA测序数据集中的批量效应问题	单细胞RNA测序数据集中的批量效应	digital pathology	NA	scRNA-seq	NA	expression data	多个基于液滴的单细胞RNA测序数据集，涉及大量细胞
15042	2024-08-07	A single-cell hematopoietic landscape resolves 8 lineage trajectories and defects in Kit mutant mice 2018-05-24, Blood IF:21.0Q1 DOI:10.1182/blood-2017-12-821413 PMID:29588278	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了44,802个小鼠骨髓造血干细胞和祖细胞，揭示了8种不同血细胞谱系的转录图谱，并在c-Kit突变小鼠模型中发现了特定的细胞谱系缺陷。	首次提供了全面的单细胞水平上的造血干细胞和祖细胞的转录图谱，并揭示了c-Kit突变小鼠模型中的细胞谱系缺陷。	NA	解析造血干细胞和祖细胞的分化路径及其在疾病中的作用。	小鼠骨髓中的造血干细胞和祖细胞。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	44,802个骨髓造血干细胞和祖细胞样本，以及13,815个c-Kit突变小鼠的造血干细胞和祖细胞样本。
15043	2024-08-07	Defining the earliest step of cardiovascular lineage segregation by single-cell RNA-seq 2018-03-09, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.aao4174 PMID:29371425	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，分析了小鼠心血管前体细胞（CPs）在胚胎发育早期的分子特征和谱系分化	首次揭示了CPs在早期区域和谱系分化的分子过程，并确定了Mesp1在退出多能状态和诱导心血管基因表达程序中的作用	NA	探究小鼠心血管前体细胞在胚胎发育早期的谱系分化和区域分化的分子机制	小鼠心血管前体细胞（CPs）及其在胚胎发育早期的分子特征	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	野生型和基因敲除的小鼠心血管前体细胞
15044	2024-08-07	scNMT-seq enables joint profiling of chromatin accessibility DNA methylation and transcription in single cells 2018-02-22, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-018-03149-4 PMID:29472610	研究论文	本文介绍了一种名为scNMT-seq的单细胞方法，能够同时分析染色质可及性、DNA甲基化和转录组	scNMT-seq方法通过使用GpC甲基转移酶标记开放染色质，随后进行亚硫酸氢盐和RNA测序，实现了三者的并行分析	NA	研究调控关系，特别是表观基因组与转录组之间的相互作用	单细胞中的染色质可及性、DNA甲基化和转录组	数字病理学	NA	GpC甲基转移酶、亚硫酸氢盐测序、RNA测序	NA	单细胞数据	小鼠胚胎干细胞
15045	2024-08-07	Defining murine organogenesis at single-cell resolution reveals a role for the leukotriene pathway in regulating blood progenitor formation 2018-02, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-017-0013-z PMID:29311656	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术，对小鼠发育至E8.25后的20,000多个细胞进行了转录组学分析，揭示了白三烯途径在调控血液祖细胞形成中的作用。	首次在单细胞分辨率下定义了小鼠器官发生的关键发育阶段，并发现了白三烯途径在血液祖细胞形成中的新作用。	研究主要集中在小鼠发育的特定阶段，可能不适用于其他物种或发育阶段。	探索小鼠器官发生过程中细胞类型和分子调控机制。	小鼠发育至E8.25后的细胞，特别是血液祖细胞的形成机制。	发育生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过20,000个细胞
15046	2024-08-07	Maturing Human CD127+ CCR7+ PDL1+ Dendritic Cells Express AIRE in the Absence of Tissue Restricted Antigens 2018, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2018.02902 PMID:30692988	研究论文	本研究在人类扁桃体中鉴定出表达AIRE的细胞，并通过流式细胞术、CyTOF和单细胞RNA测序对其进行了详细分析	发现AIRE在人体外周表达并不与组织限制性抗原（TRAs）的丰富表达相关，这一意外发现可能解释了缺乏功能性AIRE的APECED患者的非自身免疫症状	NA	鉴定并分析人体中表达AIRE的细胞来源及其功能	人类扁桃体中的AIRE+树突状细胞（DCs）	免疫学	NA	流式细胞术，CyTOF，单细胞RNA测序	NA	细胞	NA
15047	2024-08-07	Antibody Tumor Targeting Is Enhanced by CD27 Agonists through Myeloid Recruitment 2017-Dec-11, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2017.11.001 PMID:29198913	研究论文	研究探讨了通过CD27激动剂增强抗体肿瘤靶向性的治疗潜力	首次证明结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体可以提供治愈效果，特别是在淋巴瘤模型中	NA	研究结合直接肿瘤靶向单克隆抗体与免疫调节单克隆抗体的治疗潜力	淋巴瘤模型中的肿瘤治疗效果	免疫学	淋巴瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括huCD27转基因小鼠在内的多个淋巴瘤模型
15048	2024-08-07	Mosaic autosomal aneuploidies are detectable from single-cell RNAseq data 2017-Nov-25, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-017-4253-x PMID:29178830	研究论文	本文开发了一种利用单细胞RNA测序数据中的染色体范围表达不平衡来识别非整倍体的方法	该方法提供了定量的非整倍体检测，并集成到一个R软件包中，相比传统的单细胞DNA测序技术，成本大幅降低	该方法不适用于基因表达高度可变的数据	开发一种快速、经济的方法来检测单细胞RNA测序数据中的非整倍体	非整倍体及其对细胞行为的影响	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA-seq数据	NA
15049	2024-08-07	Assessing the reliability of spike-in normalization for analyses of single-cell RNA sequencing data 2017-11, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.222877.117 PMID:29030468	研究论文	本文评估了使用spike-in RNA进行归一化在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性	通过混合实验量化了板式协议中每个孔添加的spike-in RNA量的变异，并展示了这对下游分析的影响较小	文章未明确提及具体的局限性	评估spike-in RNA归一化方法在单细胞RNA测序数据分析中的可靠性	单细胞RNA测序数据中的技术噪声和细胞特异性偏差	基因组学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	使用了两个不同的spike-in RNA集进行混合实验
15050	2024-08-07	Single-Cell Landscape of Transcriptional Heterogeneity and Cell Fate Decisions during Mouse Early Gastrulation 2017-08-01, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2017.07.009 PMID:28768204	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，系统地分析了小鼠早期原肠胚形成过程中转录异质性和细胞命运决定的分子机制	本研究首次系统地绘制了小鼠早期原肠胚形成过程中的转录噪声图谱，并揭示了与早期谱系决定相关的分子过程	NA	探究小鼠早期原肠胚形成过程中转录调控的基本原理	小鼠早期原肠胚形成过程中的细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	从E3.5到E6.5的概念体
15051	2024-08-07	Overcoming confounding plate effects in differential expression analyses of single-cell RNA-seq data 2017-Jul-01, Biostatistics (Oxford, England) DOI:10.1093/biostatistics/kxw055 PMID:28334062	研究论文	本文探讨了在单细胞RNA测序数据中，由于细胞分组与系统性板效应混杂，导致差异表达分析中未能考虑板效应的问题，并提出了一种解决方案	提出了一种通过汇总每个板中所有细胞的计数来进行差异表达分析的方法，该方法在模拟数据和真实数据中均能恢复类型I错误控制并提高相关基因的排名	NA	解决单细胞RNA测序数据差异表达分析中板效应混杂的问题	单细胞RNA测序数据中的差异表达基因	基因表达	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	多个板中的多个细胞
15052	2024-08-07	Mex3a Marks a Slowly Dividing Subpopulation of Lgr5+ Intestinal Stem Cells 2017-06-01, Cell stem cell IF:19.8Q1 DOI:10.1016/j.stem.2017.02.007 PMID:28285904	研究论文	本文报道了Lgr5+肠道干细胞群中存在意想不到的异质性，并发现Mex3a蛋白标记了一群缓慢分裂的Lgr5+肠道干细胞亚群，这些细胞对所有肠道谱系有不同的贡献	首次揭示了Lgr5+肠道干细胞群中的异质性，并识别出由Mex3a标记的缓慢分裂的干细胞亚群	NA	研究Lgr5+肠道干细胞的异质性及其对肠道再生的影响	Lgr5+肠道干细胞及其亚群	NA	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	NA
15053	2024-08-07	Normalizing single-cell RNA sequencing data: challenges and opportunities 2017-Jun, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4292 PMID:28504683	研究论文	本文讨论了单细胞RNA测序数据标准化过程中存在的问题，并提出了新的方法和建议	提出了适用于单细胞RNA测序数据的新标准化方法	目前使用的标准化方法主要针对批量RNA测序或微阵列数据，不适用于单细胞测序	探讨单细胞RNA测序数据标准化的挑战与机遇	单细胞RNA测序数据	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
15054	2024-08-07	SC3: consensus clustering of single-cell RNA-seq data 2017-May, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4236 PMID:28346451	研究论文	本文介绍了一种名为SC3的单细胞RNA测序数据共识聚类工具，该工具通过结合多种聚类解决方案来实现高精度和鲁棒性的无监督聚类	SC3通过共识方法结合多个聚类解决方案，提高了聚类的准确性和鲁棒性	NA	开发一种用于单细胞RNA测序数据的无监督聚类工具	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	RNA测序	共识聚类	转录组数据	来自患者的肿瘤细胞转录组数据
15055	2024-08-07	Power analysis of single-cell RNA-sequencing experiments 2017-Apr, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/nmeth.4220 PMID:28263961	研究论文	本文评估了单细胞RNA测序（scRNA-seq）实验中多种协议的灵敏度和准确性	开发了一个灵活的工具用于计数独特分子标识符（UMI），并提供了一个综合框架来比较scRNA-seq协议	NA	比较不同scRNA-seq协议在检测和准确量化基因表达方面的能力	scRNA-seq协议的灵敏度和准确性	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	15种计算比较的协议和4种实验比较的协议
15056	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of fish immune cells provides insight into the evolution of vertebrate immune cell types 2017-03, Genome research IF:6.2Q1 DOI:10.1101/gr.207704.116 PMID:28087841	研究论文	本文通过单细胞转录组分析鱼类免疫细胞，探讨脊椎动物免疫细胞类型的进化	首次在非哺乳动物物种中获得特定免疫细胞类型的转录组，并发现了新的免疫细胞特异性基因和免疫球蛋白样受体	NA	验证在人类和老鼠中发现的免疫细胞类型基因保守性在远缘脊椎动物物种中的适用性	鱼类免疫细胞	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	zebrafish中的多个细胞样本
15057	2024-08-07	Pooling across cells to normalize single-cell RNA sequencing data with many zero counts 2016-Apr-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0947-7 PMID:27122128	研究论文	本文提出了一种新的方法，通过将细胞池中的表达值求和并用于归一化，来消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	本文提出了一种基于细胞池的归一化方法，并通过解卷积得到细胞特异性因子，该方法在模拟数据和真实数据中均优于现有方法	NA	消除单细胞RNA测序数据中的细胞特异性偏差	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	多个细胞池
15058	2024-08-07	OncoNEM: inferring tumor evolution from single-cell sequencing data 2016-Apr-15, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0929-9 PMID:27083415	研究论文	本文介绍了OncoNEM方法，用于从单细胞测序数据中推断肿瘤内进化谱系树	OncoNEM是一种概率方法，用于从单细胞的体细胞单核苷酸变异中推断肿瘤内的进化谱系树，能够识别同质细胞亚群并推断其基因型及其进化关系	NA	开发一种新方法，从单细胞测序数据中推断肿瘤进化	单细胞测序数据中的肿瘤进化	数字病理学	膀胱癌, 血小板增多症	单细胞测序	概率模型	单细胞测序数据	NA
15059	2024-08-07	Classification of low quality cells from single-cell RNA-seq data 2016-Feb-17, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-016-0888-1 PMID:26887813	研究论文	本文提出了一种通用方法，用于处理单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据并检测低质量细胞	该方法通过使用超过20种生物和技术特征的精选集，提高了分类准确性，相较于传统方法提升了30%以上	NA	确保在下游分析中仅包含单个活细胞，避免受损细胞对数据解释的影响	单细胞RNA测序数据中的低质量细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	数据	超过5,000个细胞，包括CD4+ T细胞、骨髓树突状细胞和鼠胚胎干细胞
15060	2024-08-07	Corrigendum: Characterizing noise structure in single-cell RNA-seq distinguishes genuine from technical stochastic allelic expression 2016-Jan-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/ncomms10415 PMID:26752026	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA