单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15021	2024-08-07	m6A RNA methylation impacts fate choices during skin morphogenesis 2020-08-26, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.56980 PMID:32845239	研究论文	研究m6A RNA甲基化在皮肤形态发生中的作用及其对细胞命运选择的影响	揭示了m6A修饰在编码序列中与增强翻译的相关性，特别是在关键形态发生信号通路中的作用	NA	探讨m6A RNA甲基化的功能及其在皮肤胚胎发生中的生理重要性	小鼠皮肤胚胎发生过程中的m6A RNA甲基化	NA	NA	单细胞转录组学和生物信息学	NA	mRNA	NA
15022	2024-08-07	Self-Reporting Transposons Enable Simultaneous Readout of Gene Expression and Transcription Factor Binding in Single Cells 2020-08-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.06.037 PMID:32710817	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞呼叫卡（scCC）的新技术，利用自报告转座子（SRTs）在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点（TFBS）	首次实现了在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点，为研究细胞异质性和转录因子生物学提供了新方法	NA	开发一种新技术，能够在单细胞水平上同时测量基因表达和转录因子结合位点	单细胞中的基因表达和转录因子结合位点	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	mRNA	多个转录因子和K562细胞，以及小鼠大脑皮层的单细胞
15023	2024-08-07	Multimodal Analysis of Composition and Spatial Architecture in Human Squamous Cell Carcinoma 2020-07-23, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2020.05.039 PMID:32579974	研究论文	本文通过结合单细胞RNA测序、空间转录组学和多路离子束成像技术，研究了人皮肤鳞状细胞癌（cSCC）的细胞组成和空间结构	首次揭示了cSCC中的四种肿瘤亚群，包括三种重现正常表皮状态的亚群和一个肿瘤特异性角质形成细胞（TSK），并展示了这些细胞在癌症中的特定定位和相互作用	NA	定义皮肤鳞状细胞癌的细胞组成和结构	人皮肤鳞状细胞癌及其匹配的正常皮肤	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序、空间转录组学、多路离子束成像	NA	RNA序列数据、图像	一系列人皮肤鳞状细胞癌样本及其匹配的正常皮肤
15024	2024-08-04	Increased heterogeneity in expression of genes associated with cancer progression and drug resistance 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101879 PMID:38262110	研究论文	本文探讨了与癌症进展及药物耐受性相关的基因表达噪声的增加。	通过单细胞RNA测序数据，识别出37个在肺腺癌患者癌症进展过程中表现出表达噪声增加趋势的基因，揭示了线粒体在异质性生成中的重要作用。	该研究对实际癌症患者的表达噪声变化的探讨仍然不足，具体机制尚需进一步研究。	分析癌症进展过程中基因表达噪声的变化，以揭示肿瘤内部异质性的生成机制。	研究对象为不同阶段的肺腺癌患者的基因表达噪声。	数字病理学	肺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	不同阶段的肺腺癌患者的单细胞 RNA 数据
15025	2024-08-07	The role of tertiary lymphoid structure and B cells in nasopharyngeal carcinoma: Based on bioinformatics and experimental verification 2024-Mar, Translational oncology IF:4.5Q1 DOI:10.1016/j.tranon.2024.101885 PMID:38295746	研究论文	本研究探讨了鼻咽癌中三级淋巴结构（TLS）和浸润B细胞的转录组特征及预后作用	首次通过单细胞RNA测序分析揭示了鼻咽癌中不同B细胞亚群的转录特征，并验证了B细胞和TLS作为鼻咽癌患者生存预后标志物的可能性	NA	探究鼻咽癌中浸润B细胞和TLS的转录组特征及其临床相关性	鼻咽癌患者的转录组数据和临床样本	数字病理学	鼻咽癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	88名鼻咽癌患者
15026	2024-08-07	Newcastle disease virus infection remodels plasma phospholipid metabolism in chickens 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.108962 PMID:38322989	研究论文	本文研究了新城疫病毒感染对鸡血浆磷脂代谢网络的影响	首次揭示了新城疫病毒感染如何重塑鸡血浆磷脂代谢网络	NA	探讨新城疫病毒感染对鸡血浆代谢网络的影响	鸡血浆磷脂代谢网络及肺组织细胞	NA	新城疫	代谢组学和脂质组学分析，单细胞RNA测序	NA	代谢数据，RNA序列数据	具体样本数量未提及
15027	2024-08-07	A single cell atlas of circulating immune cells involved in diabetic retinopathy 2024-Feb-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2024.109003 PMID:38327792	研究论文	本研究聚焦于探讨循环免疫细胞在糖尿病视网膜病变（DR）发展中的确切作用	首次通过单细胞RNA测序揭示了健康对照组、非糖尿病视网膜病变患者和糖尿病视网膜病变患者循环免疫细胞中独特的差异表达基因和通路，并发现JUND在糖尿病视网膜病变患者PBMCs中的上调	NA	研究循环免疫细胞在糖尿病视网膜病变发展中的作用	糖尿病视网膜病变患者的循环免疫细胞和视网膜微血管内皮细胞	数字病理学	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15028	2024-08-04	Spatial and single-cell analyses uncover links between ALKBH1 and tumor-associated macrophages in gastric cancer 2024-Feb-06, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03232-5 PMID:38317214	研究论文	这项研究揭示了ALKBH1与胃癌肿瘤相关巨噬细胞之间的联系	本研究通过多组学方法确认ALKBH1作为胃腺癌的潜在诊断生物标志物，并探讨了其在肿瘤免疫微环境中的作用	本研究的数据来源于公共数据库，可能受限于样本选择的代表性和数据的完整性	探讨ALKBH1在胃腺癌的临床和病理相关性及其在精准肿瘤学中的潜力	研究对象为60例胃腺癌患者样本及相关的公共基因组数据	数字病理学	胃癌	空间转录组学，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	60例胃腺癌患者样本
15029	2024-08-04	Smith-specific regulatory T cells halt the progression of lupus nephritis 2024-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45056-x PMID:38321013	研究论文	这篇文章研究了Smith特异性调节性T细胞在狼疮性肾炎进展中的作用	通过生物物理亲和力结合测定识别了HLA-DR15限制的免疫优势Sm T细胞表位，并利用高通量单细胞测序识别了高亲和力的Sm特异性T细胞受体	研究主要集中在特定的Sm T细胞受体，可能缺乏对其他自体反应性的考虑	探讨Sm特异性调节性T细胞在系统性红斑狼疮中的治疗潜力	对来自有抗Sm和HLA-DR15阳性的系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞进行研究	数字病理学	狼疮性肾炎	单细胞测序	人源化小鼠模型	细胞数据	来自系统性红斑狼疮患者的调节性T细胞
15030	2024-08-07	A clinically applicable connectivity signature for glioblastoma includes the tumor network driver CHI3L1 2024-Feb-06, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45067-8 PMID:38320988	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）和染料摄取方法建立了一种适用于临床的胶质母细胞瘤（GB）连接性特征，并通过细胞钙信号记录和临床相关性进行了验证	首次建立了基于单细胞RNA测序的胶质母细胞瘤连接性特征，并验证了其在患者预后中的应用	NA	研究胶质母细胞瘤的肿瘤微管（TM）连接性对肿瘤进展和治疗抵抗的影响	胶质母细胞瘤细胞及其连接性特征	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	包括来自患者的大量胶质母细胞瘤样本
15031	2024-08-07	Integrated bioinformatics analysis of SEMA3C in tongue squamous cell carcinoma using machine-learning strategies 2024-Feb-06, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03247-y PMID:38321460	研究论文	本研究通过生物信息学分析和机器学习策略，识别并验证了舌鳞状细胞癌（TSCC）中的关键生物标志物SEMA3C	首次报道SEMA3C在舌鳞状细胞癌中的作用，表明其上调可能成为未来预测诊断、预防、预后评估和个性化医疗服务的关键潜在生物标志物	NA	旨在通过生物信息学分析识别和验证舌鳞状细胞癌的潜在生物标志物	舌鳞状细胞癌（TSCC）及其生物标志物SEMA3C	机器学习	口腔癌	单细胞RNA测序（ScRNA-seq）	NA	RNA表达数据	涉及来自Gene Expression Omnibus（GEO）数据库的舌鳞状细胞癌患者的临床和RNA表达信息
15032	2024-08-07	Single-cell analysis reveals alterations in cellular composition and cell-cell communication associated with airway inflammation and remodeling in asthma 2024-Feb-05, Respiratory research IF:4.7Q1 DOI:10.1186/s12931-024-02706-4 PMID:38317239	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，揭示了哮喘中气道炎症和重塑相关的细胞组成变化和细胞间通讯机制	首次通过单细胞RNA测序技术详细分析了哮喘模型中细胞组成和细胞间通讯的变化，特别是GdT17细胞和巨噬细胞在炎症和重塑中的作用	研究仅使用了小鼠模型，且样本量较小，可能限制了结果的普遍性和可靠性	确定哮喘中的关键细胞类型及其病理机制	哮喘中的细胞组成和细胞间通讯	数字病理学	哮喘	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	NA	基因表达数据	16周龄的尘螨诱导哮喘小鼠模型3只和对照组3只
15033	2024-08-04	Targeting Tumor Heterogeneity with Neoantigen-Based Cancer Vaccines 2024-02-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-2042 PMID:38055891	综述	这篇综述讨论了以新抗原为基础的癌症疫苗的最新进展，强调了肿瘤异质性的挑战。	文章创新性地探讨了单细胞测序和人工智能在识别免疫原性新抗原方面的应用	文章提到当前在开发有效的新抗原疫苗方面的局限性	研究以新抗原为基础的疫苗的设计，以应对肿瘤异质性	主要研究对象是新抗原及其在癌症疫苗中的应用	数字病理学	癌症	单细胞测序, 人工智能	NA	NA	NA
15034	2024-08-07	Patterning ganglionic eminences in developing human brain organoids using a morphogen-gradient-inducing device 2024-Jan-22, Cell reports methods IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.crmeth.2023.100689 PMID:38228151	研究论文	本文开发了一种利用聚二甲基硅氧烷装置生成持续化学梯度的方法，用于制备具有空间模式的大脑类器官，称为形态素梯度诱导的大脑类器官（MIBOs）	MIBOs能够在体外复制早期神经发育中的背腹模式，并通过单细胞RNA测序揭示了不同类型的神经元	NA	建立更精确的体外大脑发育模型	大脑类器官及其在神经发育和疾病模型中的应用	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	MIBOs培养时间长达5.5个月
15035	2024-08-07	[Research Progress in the Molecular Regulatory Mechanisms of Alveolar Bone Restoration] 2024-Jan-20, Sichuan da xue xue bao. Yi xue ban = Journal of Sichuan University. Medical science edition DOI:10.12182/20240160501 PMID:38322519	研究论文	本文综述了牙槽骨修复的分子调控机制的研究进展	探讨了Notch、Wnt、Toll样受体（TLR）和核因子-κB（NF-κB）等多种信号通路在牙槽骨修复中的作用	目前研究尚未构建成熟的牙槽骨修复分子调控网络	深入理解牙槽骨修复的分子调控机制，探索新的治疗靶点	牙槽骨、成骨细胞、破骨细胞、牙周韧带细胞等多种细胞类型及其信号通路	NA	口腔炎症疾病	单细胞转录组测序、空间转录组测序	NA	转录组	NA
15036	2024-08-07	Human iPSC modeling recapitulates in vivo sympathoadrenal development and reveals an aberrant developmental subpopulation in familial neuroblastoma 2024-Jan-19, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2023.108096 PMID:38222111	研究论文	本文通过人类多能干细胞和单细胞RNA测序技术，重现了交感肾上腺系的正常发育过程，并识别出与家族性神经母细胞瘤相关的异常发育亚群	开发了一种新的分化模型，用于重现交感肾上腺系的正常发育过程，并利用单细胞RNA测序技术揭示了分子事件	NA	研究神经嵴相关疾病如儿童癌症神经母细胞瘤的早期破坏事件	人类多能干细胞及其在交感肾上腺系发育中的应用	数字病理学	儿童癌症	单细胞RNA测序	NA	转录组	来自携带生殖系激活突变的患者来源的iPSC细胞
15037	2024-08-07	In-depth transcriptomic analysis of Anopheles gambiae hemocytes uncovers novel genes and the oenocytoid developmental lineage 2024-Jan-19, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-09986-6 PMID:38243165	research paper	本研究通过大规模RNA测序和组装，构建了成年雌性A. gambiae蚊子的血细胞转录组，发现了大量新的基因和转录本，并重新定义了血细胞的分化路径	本研究首次构建了详细的血细胞转录组，发现了大量新的基因和转录本，为低丰度细胞的单细胞转录组数据分析提供了全面的参考转录本	NA	研究蚊子血细胞的转录组，揭示血细胞发育和功能的新方面	成年雌性A. gambiae蚊子的血细胞	digital pathology	NA	RNA sequencing	NA	RNA	约24亿个短Illumina高质量读取和约940万个长PacBio高质量读取
15038	2024-08-07	PancrESS - a meta-analysis resource for understanding cell-type specific expression in the human pancreas 2024-Jan-18, BMC genomics IF:3.5Q2 DOI:10.1186/s12864-024-09964-y PMID:38238687	meta-analysis	本文通过分析胰腺单细胞RNA测序数据，提供了一个数据库和工具，用于理解人类胰腺中细胞类型特异性表达	本文介绍了一个多功能工具，该工具可自由获取为R包，并允许集成到现有工作流程中，且适用于其他生物系统	NA	理解人类胰腺中细胞类型特异性的转录程序，以开发胰腺疾病的疗法	人类胰腺中的细胞类型特异性表达	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
15039	2024-08-04	Spatial and Single-Cell Transcriptomics Reveal a Cancer-Associated Fibroblast Subset in HNSCC That Restricts Infiltration and Antitumor Activity of CD8+ T Cells 2024-01-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1448 PMID:37930937	研究论文	本研究通过空间转录组学和单细胞RNA测序揭示了一种与肿瘤免疫逃逸相关的癌相关成纤维细胞亚群	该研究首次识别了高表达MHC-I和Galectin-9的癌相关成纤维细胞亚群，并探讨了它们对CD8+ T细胞浸润和功能的抑制作用	本研究仅通过五对肿瘤及相邻组织进行分析，样本数量较少，可能影响结果的普遍适用性	阐明调节HNSCC肿瘤微环境中CD8+ T细胞浸润和功能障碍的关键机制	研究对象为头颈部鳞状细胞癌患者的肿瘤样本及其相邻组织	数字病理学	头颈部鳞状细胞癌	空间转录组学和单细胞RNA测序	NA	肿瘤组织样本	五对肿瘤及相邻组织样本
15040	2024-08-04	Integration of Pan-Cancer Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals Stromal Cell Features and Therapeutic Targets in Tumor Microenvironment 2024-01-16, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-23-1418 PMID:38225927	研究论文	本研究揭示了肿瘤微环境中基质细胞的特征及治疗靶点	首次进行泛癌症分析，识别了39种基质亚群并探讨其功能特征与治疗相关性	分析仅限于258名患者，可能无法代表所有癌症类型的基质细胞特征	设计针对基质细胞的抗肿瘤策略	214,972个非免疫基质细胞及来自16种癌症类型的患者样本	数字病理学	肿瘤	单细胞RNA测序和空间转录组学	NA	RNA数据	258名患者的样本和16名患者的空间转录组数据