单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 15021 - 15040 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15021 | 2024-08-07 |
Advances and challenges in epigenomic single-cell sequencing applications
2020-08, Current opinion in chemical biology
IF:6.9Q1
DOI:10.1016/j.cbpa.2020.01.013
PMID:32304986
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研究论文 | 本文探讨了单细胞测序技术在表观基因组学应用中的进展与挑战 | 单细胞测序方法消除了细胞群体或复杂组织的平均效应，但多模态数据的计算整合可能仍不完全反映基础生物学 | 目前的方法可能无法完全反映基础生物学，需要多模态分析来克服这些不足 | 理解多细胞生理学和病理生物学中基因型、染色质组织和表型之间的关系 | 探讨单细胞测序技术在表观基因组学中的应用 | 表观基因组学 | NA | 单细胞测序 | NA | 多组学数据 | NA |
| 15022 | 2024-08-07 |
Distinct synovial tissue macrophage subsets regulate inflammation and remission in rheumatoid arthritis
2020-08, Nature medicine
IF:58.7Q1
DOI:10.1038/s41591-020-0939-8
PMID:32601335
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研究论文 | 研究探讨了类风湿性关节炎（RA）中滑膜组织巨噬细胞（STM）在无药物缓解中的免疫调节机制 | 通过单细胞转录组学分析，识别了不同临床状态下四种不同STM亚群中的九种不同表型簇，并揭示了两种具有独特缓解转录组特征的STM亚群（MerTKTREM2和MerTKLYVE1） | NA | 探究类风湿性关节炎中滑膜组织巨噬细胞在无药物缓解中的免疫调节机制 | 滑膜组织巨噬细胞及其在类风湿性关节炎中的作用 | 免疫学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 32,000个滑膜组织巨噬细胞 |
| 15023 | 2024-08-07 |
Synthetic Lethal and Resistance Interactions with BET Bromodomain Inhibitors in Triple-Negative Breast Cancer
2020-06-18, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2020.04.027
PMID:32416067
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研究论文 | 研究探讨了BET溴结构域抑制剂在三阴性乳腺癌中的合成致死和耐药相互作用 | 通过CRISPR和分子筛选技术，发现了与BET溴结构域抑制剂合成致死相互作用的基因，并揭示了细胞周期调控因子、YAP、AXL和SRC信号通路以及化疗药物的协同作用 | 文章指出BET溴结构域抑制剂存在固有和获得性耐药问题，限制了其在临床上的应用 | 旨在识别和理解BET溴结构域抑制剂在三阴性乳腺癌中的合成致死和耐药机制 | 三阴性乳腺癌细胞及其对BET溴结构域抑制剂的响应和耐药性 | 癌症研究 | 乳腺癌 | CRISPR, 小分子抑制剂筛选, 单细胞RNA测序, ATAC测序, 细胞条形码分析 | NA | 基因组数据, 转录组数据 | 敏感和耐药的细胞系 |
| 15024 | 2024-08-07 |
Data generation and network reconstruction strategies for single cell transcriptomic profiles of CRISPR-mediated gene perturbations
2020-06, Biochimica et biophysica acta. Gene regulatory mechanisms
DOI:10.1016/j.bbagrm.2019.194441
PMID:31756390
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研究论文 | 本文讨论了如何克服关键挑战，以生成和分析数据，从而自信地重建细胞网络模型，特别是针对单细胞CRISPR/Cas9数据的挑战 | 提出了几种网络重建方法，包括共表达网络和贝叶斯网络，并强调了嵌套效应模型在单细胞RNA测序数据网络重建中的潜力 | 讨论了网络重建方法的局限性 | 开发大规模扰动研究的方法，并提供有关细胞响应背后生物网络的信息 | 单细胞转录组数据和CRISPR/Cas9技术 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)，CRISPR/Cas9 | 共表达网络，贝叶斯网络，嵌套效应模型 | 转录组数据 | NA |
| 15025 | 2024-08-07 |
Iterative Single-Cell Analyses Define the Transcriptome of the First Functional Hematopoietic Stem Cells
2020-05-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2020.107627
PMID:32402290
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研究论文 | 本文通过迭代单细胞分析方法，定义了小鼠胚胎中最早的功能性造血干细胞（HSC）的转录组 | 使用Gata2为基础的富集方法，直接关联到HSC的内部调控网络，并通过迭代分析揭示了特定的分子特征与HSC及多能祖细胞功能的关联 | NA | 确定小鼠胚胎中最早的功能性HSC的转录组特征 | 小鼠胚胎中的造血干细胞及其转录组 | NA | NA | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | 包含1-2个细胞的主动脉簇 |
| 15026 | 2024-08-07 |
Dissecting the early steps of MLL induced leukaemogenic transformation using a mouse model of AML
2020-03-16, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-020-15220-0
PMID:32179751
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研究论文 | 本文利用条件性阻断在多能造血祖细胞阶段的细胞，开发了一种MLL-r模型，捕捉MLL-ENL表达的早期细胞和分子后果，并通过scRNA-seq、ATAC-seq和全基因组CRISPR-Cas9筛选，识别可能驱动白血病早期阶段的通路和基因。 | 开发了一种新的MLL-r模型，捕捉早期白血病转化的细胞和分子后果，并结合多种高通量技术进行深入分析。 | NA | 研究MLL诱导的白血病转化早期步骤的细胞和分子机制。 | MLL-ENL表达对造血祖细胞的影响及其在白血病转化中的作用。 | NA | 急性髓系白血病 | scRNA-seq, ATAC-seq, CRISPR-Cas9 | NA | 基因组数据 | NA |
| 15027 | 2024-08-07 |
Re-evaluation of human BDCA-2+ DC during acute sterile skin inflammation
2020-03-02, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20190811
PMID:31845972
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研究论文 | 本文研究了在急性无菌皮肤炎症期间，BDCA-2+CD123int DC亚群在人类皮肤伤口中的快速浸润现象 | 发现了先前未被识别的CD123intBDCA-2+CD1a+ DC亚群在急性无菌炎症早期皮肤浸润的现象 | NA | 重新评估pDC在皮肤疾病中的作用 | BDCA-2+CD123int DC亚群和Axl+Siglec-6+ DCs（ASDC）在皮肤炎症中的作用 | 免疫学 | 皮肤疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 15028 | 2024-08-07 |
Bone Marrow Stromal Cells Drive Key Hallmarks of B Cell Malignancies
2020-Feb-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms21041466
PMID:32098106
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综述 | 本文综述了骨髓基质细胞与恶性B细胞之间的相互作用及其对信号传导、基因表达和代谢适应的深远影响 | 近期单细胞测序技术揭示了骨髓微环境的未被重视的细胞异质性，并探讨了肿瘤细胞与基质细胞相互作用的分子机制 | 对于这些细胞亚型如何相互作用并调节正常和恶性造血仍需进一步研究 | 探讨骨髓基质细胞与恶性B细胞在病理条件下的合作机制 | 骨髓基质细胞与恶性B细胞的相互作用 | NA | B细胞恶性肿瘤 | 单细胞测序技术 | NA | 细胞 | NA |
| 15029 | 2024-08-07 |
Loss of Kat2a enhances transcriptional noise and depletes acute myeloid leukemia stem-like cells
2020-01-27, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.51754
PMID:31985402
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研究论文 | 研究探讨了Kat2a基因在急性髓系白血病（AML）中的作用，发现Kat2a的缺失增强了转录噪音并耗尽了AML干细胞样细胞 | 首次证明了Kat2a在AML中的遗传脆弱性，并通过染色质分析和单细胞转录组学揭示了Kat2a对AML干细胞样细胞的维持作用 | 研究基于条件性敲除小鼠模型，可能需要进一步的人体细胞实验验证 | 探讨Kat2a在AML中的作用及其对AML干细胞样细胞的影响 | 急性髓系白血病及其干细胞样细胞 | NA | 急性髓系白血病 | 染色质分析，单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 条件性敲除小鼠 |
| 15030 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptomics Uncovers Zonation of Function in the Mesenchyme during Liver Fibrosis
2019-11-12, Cell reports
IF:7.5Q1
DOI:10.1016/j.celrep.2019.10.024
PMID:31722201
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了健康和纤维化小鼠肝脏中肝星状细胞（HSCs）的空间分区功能 | 首次揭示了肝星状细胞在肝小叶中的空间分区功能，并识别出主导病理性胶原蛋白产生的细胞类型 | NA | 解析驱动肝脏纤维化的关键胶原蛋白产生细胞 | 健康和纤维化小鼠肝脏中的肝星状细胞 | 数字病理学 | 肝脏疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 健康和纤维化小鼠肝脏样本 |
| 15031 | 2024-08-07 |
Dissociation of solid tumor tissues with cold active protease for single-cell RNA-seq minimizes conserved collagenase-associated stress responses
2019-10-17, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-019-1830-0
PMID:31623682
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研究论文 | 本文研究了使用低温活性蛋白酶和胶原酶在不同温度下对肿瘤组织进行单细胞RNA测序的影响 | 本文首次使用低温活性蛋白酶（6°C）进行肿瘤组织解离，减少了胶原酶（37°C）引起的应激反应 | 本文未详细探讨不同肿瘤类型和细胞类型对解离方法的具体反应差异 | 研究肿瘤组织解离方法对单细胞RNA测序结果的影响 | 肿瘤组织、患者来源的乳腺癌异种移植模型和癌细胞系 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 155,165个细胞 |
| 15032 | 2024-08-07 |
Discovery of a CD10-negative B-progenitor in human fetal life identifies unique ontogeny-related developmental programs
2019-09-26, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood.2019001289
PMID:31383639
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研究论文 | 本文提供了人类胎儿B细胞发育层次的综合分析，报道了胎儿组织中两种不同的CD19 B祖细胞，即成人型CD10+ ProB祖细胞和新的CD10- PreProB祖细胞，并描述了它们的分子和功能特征。 | 发现了人类胎儿生命中CD10阴性的B祖细胞，并描述了其独特的发育程序，这些程序与成人的PreProB祖细胞不同。 | NA | 理解胎儿B淋巴细胞生成及其在早期生命中白血病启动的关键作用。 | 人类胎儿B细胞发育层次及其分子和功能特征。 | NA | NA | 单细胞转录组学和功能分析 | NA | 转录组数据 | 胎儿骨髓中的B祖细胞 |
| 15033 | 2024-08-07 |
Defining the Identity and Dynamics of Adult Gastric Isthmus Stem Cells
2019-09-05, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2019.07.008
PMID:31422913
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研究论文 | 本研究通过无偏倚的遗传标记和生物物理建模，揭示了胃体腺被分为两个独立区域，慢周期干细胞维持基部，而快速周期干细胞通过“点状”中性漂移动态维持坑-峡-颈部区域。 | 首次通过单细胞RNA测序分析定义了单个周期性峡部干细胞的分子身份和谱系关系。 | NA | 确定成年胃峡部干细胞的身份和动态。 | 胃体峡部干细胞及其与其他干细胞群体的相互作用。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（RNA-seq） | NA | RNA | 单个周期性峡部干细胞 |
| 15034 | 2024-08-07 |
The Eleventh ENBDC Workshop: Advances in Technology Help to Unveil Mechanisms of Mammary Gland Development and Cancerogenesis
2019-09, Journal of mammary gland biology and neoplasia
IF:3.0Q2
DOI:10.1007/s10911-019-09436-0
PMID:31494779
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研讨会报告 | 第十一届欧洲乳腺发育与癌症网络研讨会，主题为乳腺生物学和乳腺癌研究中的高分辨率基因组学和蛋白质组学方法 | 介绍了单细胞RNA测序、遗传条形码、谱系追踪、空间转录组学、光遗传学、遗传小鼠模型和类器官等创新方法 | NA | 探讨乳腺发育和癌症发生机制 | 乳腺发育和乳腺癌 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序、遗传条形码、空间转录组学、光遗传学 | 遗传小鼠模型、类器官 | 基因组学、蛋白质组学 | NA |
| 15035 | 2024-08-07 |
Intrinsic Resistance to Immune Checkpoint Blockade in a Mismatch Repair-Deficient Colorectal Cancer
2019-08, Cancer immunology research
IF:8.1Q1
DOI:10.1158/2326-6066.CIR-18-0683
PMID:31217164
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研究论文 | 本文描述了一例MSI-H结直肠癌患者在接受免疫检查点抑制剂治疗后出现疾病进展的情况，并通过基因组、转录组和病理学特征分析了其内在抗药性 | 研究揭示了MSI-H肿瘤对免疫检查点抑制剂的抗药性机制，并提出了针对结直肠癌的免疫治疗策略 | 研究仅基于单一病例，可能需要更多样本验证结果 | 探讨MSI-H结直肠癌对免疫检查点抑制剂的内在抗药性 | MSI-H结直肠癌患者的肿瘤及其免疫微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞转录组分析，多重免疫荧光 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 数百个结直肠癌样本 |
| 15036 | 2024-08-07 |
In silico error correction improves cfDNA mutation calling
2019-07-15, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/bty1004
PMID:30520956
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PCR错误校正（PEC）的算法，用于识别和校正短读序数据中的错误，利用PCR扩增过程中的冗余来提高循环肿瘤DNA（ctDNA）分析的突变检测准确性 | PEC算法通过利用PCR扩增过程中的冗余，显著提高了突变检测的准确性，且性能与需要额外步骤和校准DNA数据集的更复杂策略相当 | NA | 提高循环肿瘤DNA分析中的突变检测准确性 | 循环肿瘤DNA（ctDNA） | 生物信息学 | 癌症 | PCR | 算法 | 短读序数据 | NA |
| 15037 | 2024-08-07 |
Spatially constrained tumour growth affects the patterns of clonal selection and neutral drift in cancer genomic data
2019-07, PLoS computational biology
IF:3.8Q1
DOI:10.1371/journal.pcbi.1007243
PMID:31356595
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研究论文 | 本文通过空间随机细胞自动机模型模拟肿瘤生长，研究空间约束对肿瘤基因组数据中克隆选择和遗传漂变模式的影响 | 提出了一个统计推断框架，该框架考虑了肿瘤生长中的空间效应，有助于从基因组数据中推断进化动力学 | 测量癌症进化使用下一代测序技术时，考虑到众多混杂因素仍然具有挑战性 | 量化空间肿瘤采样对下一代测序数据中检测到的突变模式的影响 | 研究空间结构对固体癌症中克隆选择和遗传漂变的检测影响 | 数字病理学 | NA | 下一代测序 | 细胞自动机模型 | 基因组数据 | 多区域采样数据 |
| 15038 | 2024-08-07 |
New insights into hematopoietic differentiation landscapes from single-cell RNA sequencing
2019-03-28, Blood
IF:21.0Q1
DOI:10.1182/blood-2018-08-835355
PMID:30728144
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综述 | 本文综述了单细胞转录组学在解析造血分化景观中的应用 | 探讨了单细胞分子 profiling 如何在高分辨率下绘制时间解析的分化轨迹，并挑战了我们对干细胞和祖细胞类型及其组织的先前认知 | 依赖于对转录组景观的推断，并基于某些假设 | 深入理解造血层次结构 | 造血分化过程及其相关细胞类型 | 数字病理学 | NA | 单细胞 RNA 测序 | NA | 转录组数据 | NA |
| 15039 | 2024-08-07 |
Correcting the Mean-Variance Dependency for Differential Variability Testing Using Single-Cell RNA Sequencing Data
2018-09-26, Cell systems
IF:9.0Q1
DOI:10.1016/j.cels.2018.06.011
PMID:30172840
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研究论文 | 本文介绍了一种扩展BASiCS统计框架的方法，用于从单细胞RNA测序数据中提取不受平均表达影响的变异性残差测量，并提供了一种在没有技术 spike-in 分子的情况下量化技术噪声的稳健程序。 | 本文提出的方法能够有效地消除平均表达与变异性之间的混杂关系，从而实现不同细胞群体间表达变异性的有意义比较。 | NA | 解决单细胞RNA测序数据中技术变异和平均表达与变异性之间混杂关系的问题，以更好地理解细胞间转录变异性的生物学意义。 | 单细胞RNA测序数据中的细胞间转录变异性。 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BASiCS统计框架 | RNA测序数据 | NA |
| 15040 | 2024-08-07 |
Detection and removal of barcode swapping in single-cell RNA-seq data
2018-07-10, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-018-05083-x
PMID:29991676
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研究论文 | 本文研究了单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题，并开发了一种算法来排除交换的分子 | 本文使用两种统计方法量化了交换读取的比例，并开发了一种算法来消除10x Genomics实验中的交换分子 | 本文仅研究了两个基于板的单细胞RNA测序数据集，未涵盖所有类型的数据集 | 研究条形码交换对单细胞RNA测序数据的影响，并开发解决方案 | 单细胞RNA测序数据中的条形码交换问题 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | 两个基于板的单细胞RNA测序数据集 |