单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
15001	2024-08-07	Single-cell analysis of castration-resistant prostate cancers to identify potential biomarkers for diagnosis and prognosis of neuroendocrine prostate cancer 2023, American journal of cancer research IF:3.6Q2 PMID:37970364	研究论文	本文通过单细胞分析去势抵抗性前列腺癌，旨在识别神经内分泌前列腺癌的潜在诊断和预后生物标志物。	本文首次采用重新聚类特定细胞类型的方法，研究神经内分泌前列腺癌的异质性，并识别出三种神经内分泌状态，其中N-Myc和REST在介导谱系可塑性和分类神经内分泌表型中起中心作用。	文章指出，前列腺癌中神经内分泌细胞的高异质性和低比例限制了传统批量RNA测序和单细胞RNA测序在寻找更好生物标志物方面的应用。	识别神经内分泌前列腺癌的潜在诊断和预后生物标志物。	去势抵抗性前列腺癌样本中的神经内分泌细胞。	数字病理学	前列腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个去势抵抗性前列腺癌样本
15002	2024-08-07	Exploring tissue architecture using spatial transcriptomics 2021-08, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-021-03634-9 PMID:34381231	综述	本文综述了空间转录组技术及其在生物学研究中的应用	介绍了空间转录组技术在探索组织结构中的创新应用	NA	探讨基因活动如何调控多细胞生物中的复杂细胞排列	空间转录组技术在神经科学、发育生物学、植物生物学及疾病研究中的应用	生物信息学	癌症	下一代测序技术	NA	转录组数据	NA
15003	2024-08-07	De novo gene signature identification from single-cell RNA-seq with hierarchical Poisson factorization 2019-02-22, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.20188557 PMID:30796088	研究论文	本文介绍了一种名为单细胞层次泊松分解（scHPF）的贝叶斯分解方法，用于从单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中发现连续和离散的表达模式	scHPF方法不需要预先归一化，并且能更好地捕捉单细胞数据的统计特性	NA	开发一种新的方法来识别单细胞RNA测序数据中的基因特征	单细胞RNA测序数据中的基因表达模式	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	层次泊松分解（HPF）	基因表达数据	高级别胶质瘤的核心和边缘区域的单细胞RNA测序数据
15004	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing of Visceral Adipose Tissue Leukocytes Reveals that Caloric Restriction Following Obesity Promotes the Accumulation of a Distinct Macrophage Population with Features of Phagocytic Cells 2019, Immunometabolism DOI:10.20900/immunometab20190008 PMID:31396408	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析内脏脂肪组织中的白细胞，探讨肥胖后热量限制对特定巨噬细胞亚群积累的影响	首次揭示了肥胖后热量限制促进具有吞噬细胞特征的特定巨噬细胞亚群的积累	研究仅限于短期2周的热量限制效果，长期影响需进一步研究	探究肥胖及随后热量限制对内脏脂肪组织中白细胞亚群的影响	内脏脂肪组织中的白细胞，特别是巨噬细胞	数字病理学	肥胖	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	涉及15种白细胞亚群的转录变化
15005	2024-08-07	Patch-Seq Protocol to Analyze the Electrophysiology, Morphology and Transcriptome of Whole Single Neurons Derived From Human Pluripotent Stem Cells 2018, Frontiers in molecular neuroscience IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fnmol.2018.00261 PMID:30147644	研究论文	本文介绍了一种名为Patch-seq的新方法，结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）、膜片钳电生理记录和形态学分析，用于全面分析从人多能干细胞衍生的单个神经元的电生理、形态和转录组特征。	Patch-seq方法的创新之处在于它能够同时进行多模态的神经元分析，揭示功能特性、形态和基因表达之间的联系。	NA	研究目的是通过Patch-seq方法深入剖析神经元的类型和状态，揭示人类神经多样性的分子基础，并探索脑部疾病的细胞机制。	研究对象是从人胚胎和诱导多能干细胞（ESCs/iPSCs）衍生的单个神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	研究中使用了从健康受试者衍生的胚胎和诱导多能干细胞（ESCs/iPSCs）衍生的神经元。
15006	2024-08-07	Differentiation dynamics of mammary epithelial cells revealed by single-cell RNA sequencing 2017-12-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-017-02001-5 PMID:29225342	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了四个发育阶段的乳腺上皮细胞（MECs）的基因表达谱	研究提出了乳腺上皮细胞应被视为连续分化谱系的一部分，并支持存在一个共同的腔内祖细胞	NA	揭示乳腺上皮细胞的分化动态及其在成人发育中的调控机制	乳腺上皮细胞在不同发育阶段的分化动态	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	23,184个细胞
15007	2024-08-07	Functional characterization of human pluripotent stem cell-derived arterial endothelial cells 2017-07-25, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1702295114 PMID:28696312	研究论文	本文报道了从人多能干细胞中衍生出的动脉内皮细胞，这些细胞在体外和体内表现出动脉特异性功能	结合单细胞RNA测序和双报告人胚胎干细胞系，识别调控动脉内皮细胞分化的因子，并开发了一种无异种成分的培养协议	NA	研究人多能干细胞衍生的动脉内皮细胞的功能特性	人多能干细胞衍生的动脉内皮细胞	再生医学	NA	单细胞RNA测序	NA	细胞	多个人的胚胎和诱导多能干细胞系
15008	2024-08-04	Alternative Polyadenylation Characterizes Epithelial and Fibroblast Phenotypic Heterogeneity in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma 2024-Feb-02, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16030640 PMID:38339391	研究论文	这篇文章探讨了3'非翻译区选择性聚腺苷酸化(3' UTR-APA)如何特征化胰腺导管腺癌中的表型异质性	文章首次揭示了3' UTR-APA事件在肿瘤细胞状态表型异质性中的作用	目前未能完全理解转录和表型异质性的机制驱动因素	研究3' UTR-APA如何影响肿瘤细胞状态的表型异质性	胰腺导管腺癌中的不同细胞状态	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	NA	最大的单细胞人胰腺导管腺癌(PDAC)数据集
15009	2024-08-04	Identification of Hypoxia Prognostic Signature in Glioblastoma Multiforme Based on Bulk and Single-Cell RNA-Seq 2024-Feb-01, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16030633 PMID:38339384	研究论文	本研究旨在基于多组学分析识别脑胶质瘤中的缺氧预后标志	提出了一种由六个基因组成的缺氧相关预后标志，并揭示其与免疫细胞浸润的相关性	研究可能受限于公共数据库样本的选择和多组学分析的复杂性	识别缺氧相关的差异表达基因并构建脑胶质瘤患者的预后模型	脑胶质瘤患者的缺氧相关基因	数字病理	脑胶质瘤	RNA-Seq	Cox回归	基因表达数据	从多个公共数据库收集的样本数量不详
15010	2024-08-04	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Differences in Chromatin Remodeling and Energy Metabolism among In Vivo-Developed, In Vitro-Fertilized, and Parthenogenetically Activated Embryos from the Oocyte to 8-Cell Stages in Pigs 2024-Jan-31, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14030465 PMID:38338108	研究论文	该文章分析了体外受精和孤雌发育胚胎与体内发育胚胎在小猪早期胚胎发育过程中的转录组差异	揭示了体外胚胎在早期发展中与体内胚胎相比面临的独特转录组特征和挑战	未涉及不同发育阶段后续的长远影响	探讨小猪胚胎在不同受精方式下的基因表达差异	小猪的体内发育、体外受精和孤雌发育胚胎	数字病理	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	对小猪的多个胚胎样本进行了分析
15011	2024-08-07	scDisInFact: disentangled learning for integration and prediction of multi-batch multi-condition single-cell RNA-sequencing data 2024-Jan-30, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45227-w PMID:38291052	研究论文	介绍了一种名为scDisInFact的深度学习框架，用于处理多批次多条件单细胞RNA测序数据中的批次效应和条件效应	scDisInFact能够分离条件效应和批次效应，同时执行批次效应去除、条件相关关键基因检测和扰动预测	NA	开发一种能够同时处理批次效应和条件效应的深度学习框架，以提高多批次多条件单细胞RNA测序数据整合和预测的准确性	多批次多条件单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习框架	单细胞RNA测序数据	NA
15012	2024-08-07	RNA polymerase II pausing is essential during spermatogenesis for appropriate gene expression and completion of meiosis 2024-Jan-29, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45177-3 PMID:38287033	research paper	本文通过稳态、新生和单细胞RNA测序策略，全面分析了雄性生殖细胞群体中的基因表达，揭示了RNA聚合酶II（Pol II）在精子分化早期暂停的必要性及其在调控基因活性和完成减数分裂中的作用。	发现RNA聚合酶II在精子分化早期的暂停对于建立发育过程中的基因活性景观至关重要，并揭示了Pol II暂停在减数分裂调控中的新角色。	NA	旨在解析雄性生殖细胞发育过程中基因调控的机制，并为治疗相关不孕症提供新见解。	雄性生殖细胞的基因表达调控及其在精子发生中的作用。	NA	infertility	RNA sequencing	NA	RNA	涉及多种雄性生殖细胞群体
15013	2024-08-04	Multiomics characterization of pyroptosis in the tumor microenvironment and therapeutic relevance in metastatic melanoma 2024-01-17, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03175-0 PMID:38229080	研究论文	该文章研究了肿瘤微环境中热焦亡的多组学特征及其在转移性黑素瘤中的治疗相关性	提出了一种计算模型PScore来评估热焦亡状态，并展示其在预测免疫疗法有效性方面的潜力	对不同肿瘤免疫微环境中热焦亡角色的理解仍然不足，限制了相关治疗的发展	研究热焦亡在转移性黑素瘤中的作用及其与免疫反应的关系	研究对象为1388例黑素瘤样本及多个公开独立队列	数字病理学	黑素瘤	多组学数据分析	计算模型（PScore）	基因表达数据	1388例黑素瘤样本和其他多个公开独立队列
15014	2024-08-04	Comprehensive benchmark of differential transcript usage analysis for static and dynamic conditions 2024-Jan-15, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.14.575548 PMID:38313260	研究论文	本文对差异转录使用分析中的多种工具进行全面基准测试	通过考虑不同实验条件和数据类型，提供了工具选择的系统比较和推荐	主要集中于现有工具的比较，对新工具的开发和优化没有深入探讨	帮助用户选择最适合其实验任务的转录组分析工具	模拟和实际的转录组数据集，包括时间序列数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	转录组数据	使用了模拟的和实际的转录组数据集，包括时间序列数据
15015	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing in donor and end-stage heart failure patients identifies NLRP3 as a therapeutic target for arrhythmogenic right ventricular cardiomyopathy 2024-01-08, BMC medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1186/s12916-023-03232-8 PMID:38185631	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了供体和终末期心力衰竭患者的血液及双心室心肌细胞，识别出NLRP3作为治疗心律失常右室心肌病的潜在治疗靶点	首次通过单细胞RNA测序技术在心律失常右室心肌病患者中发现NLRP3的表达与右室扩张和功能障碍相关，并验证了其作为治疗靶点的有效性	研究样本量较小，仅包括8名研究参与者，且仅使用了Dsg2mut/mut小鼠模型进行验证	探索心律失常右室心肌病的新治疗靶点	心律失常右室心肌病患者的血液及双心室心肌细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	8名研究参与者，包括6名终末期心力衰竭的心律失常右室心肌病患者和2名正常对照
15016	2024-08-04	LCP1 knockdown in monocyte-derived macrophages: mitigating ischemic brain injury and shaping immune cell signaling and metabolism 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.88678 PMID:38164159	研究论文	本研究探讨了LCP1在单核细胞来源的巨噬细胞中对缺血性脑损伤的影响	研究首次揭示了LCP1在缺血性脑损伤中的作用，并阐明了其对免疫细胞信号和代谢的调节机制	尚不清楚LCP1在缺血性中风中作用的完整机制以及临床应用的可行性	旨在深入理解LCP1在缺血性脑伤害和免疫反应中的功能	研究对象为单核细胞来源的巨噬细胞及其对缺血性脑损伤的影响	数字病理学	缺血性中风	CyTOF 技术	小鼠模型	单细胞测序数据	小鼠样本数量未知
15017	2024-08-04	Palmitoylation of PKCδ by ZDHHC5 in hypothalamic microglia presents as a therapeutic target for fatty liver disease 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89602 PMID:38250049	研究论文	本研究发现PKCδ的棕榈酰化在下丘脑小胶质细胞中作为脂肪肝疾病的治疗靶点	首次揭示了抗疟药物阿莫西林通过抑制小胶质细胞的活化，改善脂质代谢，并确定了PKCδ作为直接靶 alvo	该研究主要在小鼠模型中进行，临床应用的有效性和安全性尚需进一步验证	探讨下丘脑小胶质细胞中PKCδ的棕榈酰化在脂肪肝疾病中的作用	高脂饮食诱导的小鼠及人类脑组织样本	数字病理学	脂肪肝疾病	生物素标记化学探针	NA	组织样本	高脂饮食诱导的小鼠和人类脑组织样本
15018	2024-08-07	Reciprocal interactions between malignant cells and macrophages enhance cancer stemness and M2 polarization in HBV-associated hepatocellular carcinoma 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87962 PMID:38169544	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了HBV相关肝细胞癌患者的肿瘤微环境，揭示了恶性细胞与巨噬细胞之间的相互作用如何增强癌症干细胞特性和M2极化	首次详细描述了HBV相关肝细胞癌中恶性细胞与巨噬细胞之间的相互作用，以及这种作用如何影响癌症干细胞特性和M2极化	研究仅基于九名患者的样本，可能存在样本量较小的问题	探讨肿瘤微环境中恶性细胞与巨噬细胞的相互作用对癌症干细胞特性和M2极化的影响	HBV相关肝细胞癌患者的恶性细胞和巨噬细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	九名HBV相关肝细胞癌患者
15019	2024-08-07	Exosomes derived from CD271+CD56+ bone marrow mesenchymal stem cell subpopoulation identified by single-cell RNA sequencing promote axon regeneration after spinal cord injury 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89008 PMID:38169566	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序发现了一种特殊的骨髓间充质干细胞亚群，该亚群能够促进脊髓损伤后的轴突再生，并探讨了其治疗效果及机制	本研究首次通过单细胞RNA测序技术发现了一种能够促进脊髓损伤后轴突再生的骨髓间充质干细胞亚群，并开发了一种持续释放系统的治疗方法	NA	探索能够增强脊髓损伤后轴突再生的途径	骨髓间充质干细胞亚群及其衍生的外泌体在脊髓损伤后的治疗效果	数字病理学	脊髓损伤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15020	2024-08-07	Comprehensive characterization of early-programmed tumor microenvironment by tumor-associated macrophages reveals galectin-1 as an immune modulatory target in breast cancer 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.88917 PMID:38169569	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）在早期肿瘤发展中对肿瘤微环境（TME）的调控作用，并发现Galectin-1作为免疫调节靶点	首次揭示了TAMs在早期肿瘤发展中对TME的全面调控作用，并确定了Galectin-1作为关键分子因子	NA	研究TAMs在早期肿瘤发展中对TME的调控作用及关键分子因子	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）、肿瘤微环境（TME）、Galectin-1	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA