单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 15001 - 15020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15001 | 2024-08-07 |
Biological Misinterpretation of Transcriptional Signatures in Tumor Samples Can Unknowingly Undermine Mechanistic Understanding and Faithful Alignment with Preclinical Data
2022-09-15, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-22-1102
PMID:35792866
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研究论文 | 本文探讨了肿瘤样本中转录组特征的生物学误解可能无意中削弱对疾病机制的理解，并影响与临床前数据的准确对应 | 开发了ConfoundR资源，允许用户测试基因/特征在多种癌症数据集中受基质影响的程度 | 研究主要集中在结直肠癌，可能需要进一步研究其他癌症类型 | 评估广泛使用的基因表达特征（GES）在肿瘤组织中受基质成分影响的程度 | 结直肠癌样本及其基因表达特征 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 激光捕获显微切割、流式细胞术、单细胞RNA测序和空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 多区域活检临床样本 |
| 15002 | 2024-08-07 |
'Youthful' phenotype of c-Kit+ cardiac fibroblasts
2022-Jul-16, Cellular and molecular life sciences : CMLS
IF:6.2Q1
DOI:10.1007/s00018-022-04449-1
PMID:35841449
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研究论文 | 本文研究了c-Kit阳性心脏成纤维细胞的'年轻'表型，探讨了c-Kit在心脏成纤维细胞中的生物学意义及其与DDR2标记的关系。 | 首次评估了c-Kit在DDR2阳性心脏成纤维细胞中的生物学特性，并揭示了其与'年轻'细胞表型的关联。 | NA | 探讨c-Kit在心脏成纤维细胞中的生物学意义及其对心肌生物学、病理损伤反应和生理衰老的影响。 | c-Kit阳性心脏成纤维细胞及其与DDR2标记的关系。 | NA | NA | 流式细胞术、免疫组化、单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及约8%的总心脏间质细胞 |
| 15003 | 2024-08-07 |
Processing single-cell RNA-seq datasets using SingCellaR
2022-06-17, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2022.101266
PMID:35391938
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研究论文 | 本文提供了一个全面的分析协议，使用SingCellaR工具在R语言环境中处理多个单细胞RNA测序数据集 | 介绍了使用SingCellaR工具进行单细胞转录组分析的新方法 | NA | 开发和验证一个用于处理和分析单细胞RNA测序数据集的计算平台 | 人类造血干细胞和祖细胞 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 多个数据集 |
| 15004 | 2024-08-07 |
In vivo labeling reveals continuous trafficking of TCF-1+ T cells between tumor and lymphoid tissue
2022-06-06, The Journal of experimental medicine
IF:12.6Q1
DOI:10.1084/jem.20210749
PMID:35472220
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研究论文 | 本文通过光转换技术研究肿瘤免疫细胞的动态迁移，揭示了TCF-1+ T细胞在肿瘤和淋巴组织之间的持续循环 | 首次使用光转换技术结合单细胞转录组学和流式细胞术，揭示了CD8 T细胞在肿瘤内的快速耗竭过程及其在肿瘤和淋巴组织间的动态循环 | NA | 提高免疫检查点疗法的疗效，深入理解免疫细胞在肿瘤中的招募和维持机制 | TCF-1+ T细胞在肿瘤和淋巴组织间的迁移及其动态变化 | 免疫学 | NA | 光转换技术，单细胞转录组学，流式细胞术 | NA | 细胞 | NA |
| 15005 | 2024-08-07 |
Locus-specific expression of transposable elements in single cells with CELLO-seq
2022-04, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-021-01093-1
PMID:34782740
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研究论文 | 研究使用CELLO-seq技术在单细胞水平上测量转座元件在特定位点的表达 | CELLO-seq技术结合长读长单细胞RNA测序和计算分析，能够测量转座元件在特定位点的表达 | 研究指出只有少数非常年轻的元素在老鼠中无法高置信度地映射回参考序列 | 探索转座元件在单细胞中的位点特异性表达及其与潜在调控因子的关系 | 转座元件在两细胞期小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞中的表达 | 基因组学 | NA | CELLO-seq | NA | RNA序列 | 两细胞期小鼠胚胎和人类诱导多能干细胞 |
| 15006 | 2024-08-07 |
Hyperpolarised 13C-MRI identifies the emergence of a glycolytic cell population within intermediate-risk human prostate cancer
2022-01-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-022-28069-2
PMID:35075123
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研究论文 | 本文利用超极化13C磁共振成像（HP C-MRI）技术，通过检测前列腺癌中[1-C]乳酸的产生，区分临床显著性前列腺癌与惰性病变 | 本文首次通过HP C-MRI技术，结合免疫组化和空间转录组学，揭示了前列腺癌中上皮细胞和基质细胞的代谢差异 | NA | 区分临床显著性前列腺癌与惰性病变 | 低/中度风险人群中的前列腺癌 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 超极化磁共振成像（HP C-MRI） | NA | 图像 | 独立TCGA队列中的肿瘤样本 |
| 15007 | 2024-08-07 |
Age-Dependent Changes in the Plasma and Brain Pharmacokinetics of Amyloid-β Peptides and Insulin
2022, Journal of Alzheimer's disease : JAD
DOI:10.3233/JAD-215128
PMID:34924382
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研究论文 | 研究年龄对小鼠血浆和脑中Aβ肽和胰岛素药代动力学的影响 | 首次探讨了年龄对Aβ同工型和胰岛素在血浆药代动力学和脑内流入的差异性影响，以及这种影响如何潜在增加阿尔茨海默病风险 | NA | 识别年龄相关的小鼠血浆分布和血脑屏障（BBB）中Aβ肽和胰岛素的转运变化 | 野生型（WT）和阿尔茨海默病转基因（APP/PS1）小鼠 | NA | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA-Seq数据 | 不同年龄的野生型（WT）和APP/PS1转基因小鼠 |
| 15008 | 2024-08-07 |
Targeting integrated epigenetic and metabolic pathways in lethal childhood PFA ependymomas
2021-Oct-06, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abc0497
PMID:34613815
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研究论文 | 本文研究了儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）的表观遗传和代谢途径，并探讨了使用抗糖尿病药物二甲双胍作为治疗策略的可能性。 | 首次整合了患者来源细胞和肿瘤的代谢分析、单细胞RNA测序以及非侵入性代谢成像，揭示了PFA中增强的糖酵解和三羧酸循环代谢，并发现二甲双胍能降低病理性EZHIP，增加H3K27me3，抑制肿瘤生长。 | NA | 探索儿童PFA室管膜瘤的表观遗传和代谢途径，并寻找潜在的治疗策略。 | 儿童后颅窝A组室管膜瘤（PFA）及其代谢和表观遗传特征。 | 数字病理学 | 儿童疾病 | 单细胞RNA测序，非侵入性代谢成像 | NA | 基因表达数据，代谢数据 | 患者来源的细胞和肿瘤，以及表达野生型EZHIP的神经干细胞（NSCs） |
| 15009 | 2024-08-07 |
Morphological Features Extracted by AI Associated with Spatial Transcriptomics in Prostate Cancer
2021-Sep-28, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers13194837
PMID:34638322
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研究论文 | 本研究利用人工智能（AI）分析前列腺癌患者的组织切片形态，并结合空间转录组学技术，探索形态变化与分子模式之间的关联 | 提出了一种新的方法，通过AI分析组织切片的形态特征，并与空间转录组学数据相结合，以揭示形态与分子之间的关联 | 研究样本量较小，仅使用了七张组织切片，可能影响结果的普遍性 | 开发一种方法，深入探索前列腺癌中形态变化与分子模式之间的联系 | 前列腺癌患者的组织切片及其分子表达模式 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 空间转录组学（ST） | 卷积神经网络（CNN） | 图像 | 七张H&E染色的前列腺切除术切片 |
| 15010 | 2024-08-07 |
A review of computational strategies for denoising and imputation of single-cell transcriptomic data
2021-07-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa222
PMID:33003202
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综述 | 本文综述了用于单细胞转录组数据去噪和插补的计算策略 | 本文首次提出了对这些方法进行定量基准评估的需求 | 目前尚未有定量基准来评估这些方法 | 分析和比较当前最先进的单细胞转录组数据去噪和插补的计算方法 | 19种去噪和插补方法在模拟和真实数据集上的性能 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | NA | 转录组数据 | 涉及不同规模的样本和不同水平的生物变异性和技术噪声 |
| 15011 | 2024-08-07 |
Analysis of single-cell RNA sequencing data based on autoencoders
2021-Jun-08, BMC bioinformatics
IF:2.9Q1
DOI:10.1186/s12859-021-04150-3
PMID:34103004
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研究论文 | 本文介绍了scAEspy工具，该工具利用自动编码器（AEs）分析单细胞RNA测序数据，旨在提高数据整合和细胞类型识别的效率 | scAEspy工具集成了四种先进的AEs和两种新开发的AEs，以及不同的损失函数，能够有效整合来自不同平台的scRNA-Seq数据 | NA | 开发和评估一种新的工具，用于分析单细胞RNA测序数据，并提高数据整合和细胞类型识别的效率 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | 自动编码器（AEs） | 基因交互数据 | NA |
| 15012 | 2024-08-07 |
Ovarian tumors orchestrate distinct cellular compositions
2021-06-08, Immunity
IF:25.5Q1
DOI:10.1016/j.immuni.2021.05.014
PMID:34107269
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研究论文 | 本文利用单细胞RNA测序技术研究卵巢癌微环境中的细胞组成及其对T细胞浸润的影响 | 首次详细描述了卵巢癌微环境中肿瘤细胞、免疫细胞和基质细胞的相互作用及其对T细胞浸润的影响 | NA | 探究肿瘤中T细胞浸润的决定因素 | 卵巢癌微环境中的细胞组成及其相互作用 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA |
| 15013 | 2024-08-07 |
Population-scale single-cell RNA-seq profiling across dopaminergic neuron differentiation
2021-03, Nature genetics
IF:31.7Q1
DOI:10.1038/s41588-021-00801-6
PMID:33664506
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研究论文 | 研究使用高效的复用策略将215个人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经命运，包括多巴胺能神经元，并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）在三个分化时间点对超过100万个细胞进行分析 | 本研究展示了如何通过结合单细胞RNA测序与长期的iPSC分化，实现对人类性状相关遗传变异的机制研究 | NA | 研究常见遗传变异在人类主要组织和发育过程中的功能 | 人类诱导多能干细胞（iPSC）分化为中脑神经元，特别是多巴胺能神经元 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 215个人类诱导多能干细胞（iPSC）线 |
| 15014 | 2024-08-07 |
Meta-analysis of tumor- and T cell-intrinsic mechanisms of sensitization to checkpoint inhibition
2021-02-04, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.01.002
PMID:33508232
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meta-analysis | 本研究通过收集和分析超过1000名接受过检查点抑制剂治疗的患者的全外显子和转录组数据，评估了肿瘤细胞内在和微环境特征对检查点抑制剂敏感性的影响 | 首次系统性地分析了多种肿瘤类型中肿瘤突变负荷和CXCL9表达对检查点抑制剂反应的预测作用，并识别了与免疫原性表位相关的二核苷酸变异 | 研究未能达到泛癌种意义的亚克隆肿瘤突变负荷、体细胞拷贝数改变负荷和人类白细胞抗原进化分歧 | 揭示肿瘤细胞内在和微环境特征对检查点抑制剂敏感性的相对重要性 | 检查点抑制剂治疗患者的全外显子和转录组数据 | NA | NA | 全外显子测序、转录组测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据、转录组数据 | 超过1000名患者，涵盖七种肿瘤类型 |
| 15015 | 2024-08-07 |
Tuning MPL signaling to influence hematopoietic stem cell differentiation and inhibit essential thrombocythemia progenitors
2021-01-12, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2017849118
PMID:33384332
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研究论文 | 本文开发了一系列用于TPO-R的替代蛋白配体，即二聚体（DBs），通过调节TPO-R信号传导来影响造血干细胞的分化和抑制原发性血小板增多症祖细胞 | 开发了能够调节TPO-R信号传导的替代蛋白配体，这些配体能够通过不同的几何结构调节下游信号响应，从而实现对TPO/TPO-R双重功能的解耦 | NA | 探索通过调节TPO-R信号传导来影响造血干细胞的分化和抑制原发性血小板增多症祖细胞的方法 | 造血干细胞和原发性血小板增多症祖细胞 | NA | 原发性血小板增多症 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 15016 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome analysis of CAR T-cell products reveals subpopulations, stimulation, and exhaustion signatures
2021-01-06, Oncoimmunology
IF:6.5Q1
DOI:10.1080/2162402X.2020.1866287
PMID:33489472
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研究论文 | 本研究利用流式细胞术和单细胞转录组测序技术，分析了3名健康供体的CAR T细胞产品，揭示了细胞亚群、刺激反应和耗竭标志物 | 首次详细描述了CAR T细胞在抗原特异性刺激下的转录组变化，并发现了与T细胞耗竭相关的新基因 | 研究仅限于3名健康供体，样本量较小 | 探究CAR T细胞疗法中细胞激活的分子机制 | CAR T细胞产品及其在抗原特异性刺激下的反应 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | 53,191个单细胞转录组，来自3名健康供体 |
| 15017 | 2024-08-07 |
Group 2 Innate Lymphoid Cells Coordinate Damage Response in the Stomach
2020-12, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2020.08.051
PMID:32891625
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研究论文 | 本文研究了2型先天淋巴细胞（ILC2s）在胃上皮修复中的作用 | 发现ILC2s在胃组织损伤后协调了metaplastic反应 | NA | 探讨ILC2s在胃上皮修复中的作用 | 2型先天淋巴细胞（ILC2s）在胃上皮修复中的作用 | NA | 胃癌 | 流式细胞术，单细胞RNA测序，免疫染色 | NA | 组织 | C57BL/6J小鼠和胃腺癌患者组织样本 |
| 15018 | 2024-08-07 |
Manipulating niche composition limits damage to haematopoietic stem cells during Plasmodium infection
2020-12, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-020-00601-w
PMID:33230302
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研究论文 | 本文通过使用疟疾的小鼠模型，结合单细胞RNA测序、数学建模、移植实验和活体显微镜技术，研究了感染对造血干细胞（HSCs）功能的影响及其机制 | 首次展示了感染期间造血干细胞功能受影响的机制，并提出了通过调节骨髓微环境来恢复造血干细胞功能的方法 | NA | 探讨感染对造血干细胞功能的影响及其机制 | 造血干细胞及其骨髓微环境 | NA | 疟疾 | 单细胞RNA测序、数学建模、移植实验、活体显微镜技术 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 15019 | 2024-08-07 |
RUNX1 marks a luminal castration-resistant lineage established at the onset of prostate development
2020-10-07, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.60225
PMID:33025905
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research paper | 本研究报告转录因子RUNX1标记了发育和成年小鼠前列腺中特定亚群的近端腔细胞（PLCs），这些细胞在前列腺发育的早期阶段出现，并与前列腺上皮细胞的谱系关系有关。 | 首次发现RUNX1 PLCs是一个内在的抗去势且自我维持的谱系，这些细胞不受雄激素剥夺的影响，且不参与远端腔隔室的再生。 | NA | 阐明前列腺上皮细胞的层次结构和谱系异质性，以理解其再生特性和恶性病变。 | 小鼠前列腺中的近端腔细胞（PLCs）及其在前列腺发育和成年阶段的功能。 | digital pathology | prostate cancer | scRNA-seq | NA | RNA | NA |
| 15020 | 2024-08-07 |
Ageing compromises mouse thymus function and remodels epithelial cell differentiation
2020-08-25, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.56221
PMID:32840480
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研究论文 | 本文研究了衰老对小鼠胸腺功能的影响及其对上皮细胞分化的重塑作用 | 首次揭示了衰老过程中胸腺祖细胞分化受损的分子和细胞机制 | NA | 探讨衰老如何影响胸腺功能和上皮细胞分化 | 小鼠胸腺及其上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序和谱系追踪 | NA | RNA序列 | NA |