单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27435 篇文献，本页显示第 15001 - 15020 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 15001 | 2024-08-07 |
Single-Cell Analysis Differentiates the Effects of p53 Mutation and p53 Loss on Cell Compositions of Oncogenic Kras-Driven Pancreatic Cancer
2023-11-12, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells12222614
PMID:37998349
|
研究论文 | 本研究通过跨数据集的单细胞RNA测序分析，比较了KP和KP小鼠模型中胰腺肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 首次系统比较了p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌肿瘤微环境的影响 | NA | 研究p53突变和p53缺失对致癌KRAS驱动的胰腺癌进展的影响 | 胰腺癌肿瘤微环境的细胞组成和转录组表型 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及KP和KP小鼠模型中的多种细胞类型 |
| 15002 | 2024-08-07 |
Skeletal muscle regeneration failure in ischemic-damaged limbs is associated with pro-inflammatory macrophages and premature differentiation of satellite cells
2023-11-10, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01250-y
PMID:37950327
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研究论文 | 本研究探讨了慢性肢体威胁性缺血（CLTI）中骨骼肌再生受损的细胞和转录组水平病理变化，以及细胞间信号传导途径 | 首次提供了CLTI患者和CLTI小鼠模型骨骼肌的单细胞转录组图谱 | NA | 阐明慢性肢体威胁性缺血中骨骼肌再生受损的机制 | 人类组织样本和CLTI小鼠模型的骨骼肌 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | CLTI患者和CLTI小鼠模型的骨骼肌样本 |
| 15003 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomic interrogation of the murine bone marrow signaling landscape
2023-11-06, Bone research
IF:14.3Q1
DOI:10.1038/s41413-023-00298-1
PMID:37926705
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研究论文 | 本研究结合空间转录组学和单细胞RNA测序探讨小鼠骨髓信号传导环境 | 首次展示了将空间转录组学应用于完全矿化组织的可行性，并提出了结合空间和单细胞转录组学的方法 | 仅限于小鼠模型，可能无法完全外推至其他生物或人类 | 研究骨髓微环境对骨骼干细胞及其祖细胞的调控机制 | 成年小鼠的骨髓干细胞及其周围的细胞 | 数字病理学 | 骨病 | 单细胞RNA测序，空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 成年小鼠的骨髓样本 |
| 15004 | 2024-08-04 |
Spatial transcriptomics reveals unique gene expression changes in different brain regions after sleep deprivation
2023-11-04, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42751-z
PMID:37925446
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研究论文 | 这篇文章探讨了睡眠剥夺后不同脑区的基因表达变化 | 本研究利用空间转录组学技术揭示了睡眠剥夺对小鼠脑内不同区域基因表达的影响，并开发了新的生物信息学工具 | 研究仅在雄性小鼠身上进行，未考虑性别差异的影响 | 研究睡眠剥夺对不同脑区基因表达的影响 | 雄性小鼠的各个脑区 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 15005 | 2024-08-07 |
Moving closer towards a comprehensive view of tumor biology and microarchitecture using spatial transcriptomics
2023-11-02, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-42960-6
PMID:37919364
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 15006 | 2024-08-04 |
Hidden Markov random field models for cell-type assignment of spatially resolved transcriptomics
2023-11-01, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btad641
PMID:37944045
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研究论文 | 本文介绍了一种用于空间分辨转录组数据细胞类型分配的统计模型SPAN | SPAN模型结合了隐藏马尔可夫随机场和混合模型，有效利用了已定义的标记基因及空间信息 | 本文未提及具体的局限性 | 研究空间分辨转录组数据中的细胞类型注释方法 | 空间分辨转录组数据的细胞或斑点 | 数字病理学 | NA | 统计建模 | 隐藏马尔可夫随机场模型 | 转录组数据 | 通过广泛的模拟和真实数据实验验证了SPAN模型的有效性 |
| 15007 | 2024-08-04 |
scDiffCom: a tool for differential analysis of cell-cell interactions provides a mouse atlas of aging changes in intercellular communication
2023-Nov, Nature aging
IF:17.0Q1
DOI:10.1038/s43587-023-00514-x
PMID:37919434
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研究论文 | 本文介绍了一个工具scDiffCom，用于分析细胞间相互作用在老龄化过程中的变化 | 提出了一个新工具scDiffCom，结合了5000个配体-受体相互作用，用于差异细胞间通讯分析 | 目前的数据集仅限于小鼠，可能无法外推至其他物种 | 定量分析细胞间通讯在老龄化过程中的变化 | 23种小鼠组织的单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | 老年疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 58个单细胞RNA测序数据集 |
| 15008 | 2024-08-04 |
Ancestry-specific regulatory and disease architectures are likely due to cell-type-specific gene-by-environment interactions
2023-Oct-21, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2023.10.20.23297214
PMID:37905038
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA-seq数据，分析了东亚和欧洲血缘个体的基因表达差异，探讨了这些差异对疾病变异的影响 | 首次通过单细胞层面的分析阐明了血缘特异的基因表达和疾病变异之间的相互作用 | 研究仅限于少数血缘背景，需要更多样本来验证结果 | 研究血缘特异性基因与环境交互对疾病变异的影响 | 21名东亚血缘和23名欧洲血缘个体的外周血单核细胞 | 数字病理学 | 复杂性疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | 细胞数据 | 44个个体的172K单细胞 |
| 15009 | 2024-08-04 |
Sibling chimerism among microglia in marmosets
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.16.562516
PMID:37904944
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研究论文 | 本研究分析了在绒猴中微胶质细胞的兄弟嵌合现象 | 揭示了绒猴中微胶质细胞的兄弟来源嵌合性是由血液来源细胞引起的，且这种现象在不同脑区之间存在显著变异 | 只分析了特定几种组织和动物，可能限制了结果的普适性 | 研究兄弟嵌合对绒猴中微胶质细胞的影响及其与局部环境的关系 | 绒猴的血液、肝脏、肾脏和多个脑区的细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | 多只绒猴的多个组织样本 |
| 15010 | 2024-08-07 |
Increased epithelial mTORC1 activity in chronic rhinosinusitis with nasal polyps
2023-Oct-17, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.10.13.562288
PMID:37904989
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研究论文 | 本研究探讨了慢性鼻窦炎伴鼻息肉（CRSwNP）中上皮细胞mTORC1活性的增加及其在炎症维持中的作用 | 首次揭示了mTORC1在CRSwNP中调控糖酵解程序的作用，并发现上皮细胞表达的细胞因子和伤口愈合相关基因可能是其后续效应 | NA | 旨在通过转录组评估不同分化阶段的上皮细胞，定义上皮细胞维持气道炎症的机制 | 成人慢性鼻窦炎患者的筛窦上皮细胞 | 数字病理学 | 慢性鼻窦炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 来自慢性鼻窦炎患者的筛窦上皮细胞被分为3个子集进行分析 |
| 15011 | 2024-08-04 |
COMO: a pipeline for multi-omics data integration in metabolic modeling and drug discovery
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad387
PMID:37930022
|
研究论文 | 开发了一个名为COMO的用户友好型管道，用于多组学数据整合，支持代谢建模和药物发现 | COMO整合了多种建模方法和异构生物数据集，是一个高效的工具，适用于代谢模型的构建和药物发现 | 不提及具体的局限性 | 促进药物发现，通过代谢建模整合多组学数据 | 使用公共数据库和开源解决方案构建B细胞的代谢模型，以预测类风湿关节炎和系统性红斑狼疮的药物靶点 | 数字病理学 | 类风湿关节炎, 系统性红斑狼疮 | RNA-seq, 微阵列, 蛋白质组学 | 代谢模型 | 多组学数据 | 不提及具体样本量 |
| 15012 | 2024-08-04 |
Robust discovery of gene regulatory networks from single-cell gene expression data by Causal Inference Using Composition of Transactions
2023-09-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad370
PMID:37897702
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research paper | 使用因果推断方法从单细胞RNA-seq数据中发现基因调控网络 | 提出了一种新的因果推断方法CICT，以预测因果调控关系并推断基因调控网络 | NA | 揭示基因调控网络的结构和功能 | 单细胞RNA-seq数据 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA-seq (scRNA-seq) | 机器学习算法 | RNA表达数据 | 使用了模拟和实验的单细胞RNA-seq数据 |
| 15013 | 2024-08-07 |
Cell-type specific molecular signatures of aging revealed in a brain-wide transcriptomic cell-type atlas
2023-Jul-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.07.26.550355
PMID:38168182
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研究论文 | 本文通过高分辨率单细胞RNA测序技术，分析了年轻成年和老年小鼠大脑中约120万个高质量单细胞转录组数据，揭示了与年龄相关的细胞类型特异性分子特征。 | 本文首次在大脑全转录组细胞类型图谱中揭示了与年龄相关的基因表达特征，特别是在下丘脑第三脑室周围的细胞类型中发现了显著的基因表达变化。 | NA | 揭示大脑中与正常衰老相关的细胞类型特异性转录组变化，为研究衰老过程的功能变化及其与疾病的关系提供基础。 | 年轻成年和老年小鼠的大脑细胞。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 约120万个高质量单细胞转录组数据，来自年轻成年和老年小鼠的大脑细胞。 |
| 15014 | 2024-08-04 |
Human neural stem cells restore spatial memory in a transgenic Alzheimer's disease mouse model by an immunomodulating mechanism
2023, Frontiers in aging neuroscience
IF:4.1Q2
DOI:10.3389/fnagi.2023.1306004
PMID:38155736
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研究论文 | 这篇文章探讨了人类神经干细胞在阿尔茨海默病模型小鼠中通过免疫调节机制恢复空间记忆的作用 | 研究首次揭示了人类神经干细胞通过调节小胶质细胞介导的神经炎症改善空间记忆的机制 | 该研究未能观察到淀粉样斑块负荷的变化 | 阐明人类神经干细胞在阿尔茨海默病治疗中的作用机制 | 采用5XFAD小鼠模型研究人类神经干细胞的治疗效果 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 研究使用了5XFAD小鼠作为实验对象 |
| 15015 | 2024-08-07 |
Loss of Cadherin-11 in pancreatic ductal adenocarcinoma alters tumor-immune microenvironment
2023, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2023.1286861
PMID:37954069
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研究论文 | 研究了Cadherin-11在胰腺导管腺癌中的缺失如何改变肿瘤免疫微环境 | 首次详细阐明了Cadherin-11缺失对胰腺导管腺癌肿瘤微环境的影响，特别是对癌症相关成纤维细胞和免疫细胞的影响 | 研究主要基于小鼠模型，可能与人类胰腺导管腺癌存在差异 | 探讨Cadherin-11缺失对胰腺导管腺癌进展和抗肿瘤免疫反应的影响 | 胰腺导管腺癌中的Cadherin-11及其对肿瘤微环境的影响 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | KPC肿瘤携带的小鼠模型，包括Cadherin-11表达和缺失的小鼠 |
| 15016 | 2024-08-07 |
Development and function of chicken XCR1+ conventional dendritic cells
2023, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2023.1273661
PMID:37954617
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序等技术，详细描述了鸡脾脏中XCR1阳性常规树突状细胞的发育和功能 | 首次详细描述了鸡脾脏中XCR1阳性常规树突状细胞的特征，并揭示了其在抗原呈递和T细胞反应中的作用 | NA | 研究鸡脾脏中常规树突状细胞的特征及其在免疫反应中的作用 | 鸡脾脏中的XCR1阳性常规树突状细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序 | CRISPR-Cas9 | RNA | 鸡脾脏中的多个单细胞样本 |
| 15017 | 2024-08-07 |
Systematic single cell RNA sequencing analysis reveals unique transcriptional regulatory networks of Atoh1-mediated hair cell conversion in adult mouse cochleae
2023, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0284685
PMID:38079436
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序分析，揭示了成年小鼠耳蜗中Atoh1介导的支持细胞向毛细胞转化的独特转录调控网络 | 本文通过使用多种高通量测序分析工具，揭示了先前未被识别的关键调控因子，这些因子指导转化后的毛细胞分化 | NA | 研究成年哺乳动物耳蜗中毛细胞再生的调控机制 | 成年小鼠耳蜗中的支持细胞向毛细胞的转化过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列数据 | 成年小鼠耳蜗中的支持细胞和毛细胞样本 |
| 15018 | 2024-08-07 |
Endothelial anthrax toxin receptor 2 plays a protective role in liver fibrosis
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1278968
PMID:38322497
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析临床肝脏非实质细胞数据，探讨了内皮细胞中的炭疽毒素受体2（ANTXR2）在肝纤维化中的保护作用 | 首次揭示了ANTXR2通过促进MMP2活化降解细胞外基质（ECM）在肝纤维化中的保护作用 | NA | 识别肝纤维化中的关键细胞和分子机制，以开发控制肝脏相关疾病的新策略 | 肝脏非实质细胞中的ANTXR2表达及其在肝纤维化中的作用 | 数字病理学 | 肝癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了GSE136103和GSE181483两个数据集的临床肝脏非实质细胞样本 |
| 15019 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptome profiling highlights the role of APP in blood vessels in assessing the risk of patients with proliferative diabetic retinopathy developing Alzheimer's disease
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1328979
PMID:38328307
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据，探讨了增殖性糖尿病视网膜病变（PDR）与阿尔茨海默病（AD）之间血管中APP信号通路的关键作用 | 首次揭示了APP信号通路在PDR和AD血管病变中的重要作用，并验证了APP基因表达与AD相关基因的显著关联 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据和细胞间通信预测，未来需更多实验验证 | 探究PDR与AD之间血管病变的关键因素和共享信号通路 | 增殖性糖尿病视网膜病变和阿尔茨海默病的血管 | 数字病理学 | 糖尿病视网膜病变，阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 人类纤维血管膜（PDR）和人类海马血管（AD）的单细胞RNA测序数据 |
| 15020 | 2024-08-07 |
Exploring the tumor micro-environment in primary and metastatic tumors of different ovarian cancer histotypes
2023, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2023.1297219
PMID:38328306
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研究论文 | 本研究利用高分辨率单细胞RNA测序技术，探索了不同卵巢癌组织类型中肿瘤微环境的细胞组成及其相互作用 | 首次在不同卵巢癌组织类型中全面描绘了肿瘤微环境的细胞类型及其相互作用 | 样本量相对较小，可能影响结果的普遍性 | 进一步阐明肿瘤进展、转移及不同组织类型的分子特征，以实现个性化诊断和治疗 | 21个实体肿瘤样本，来自12名患有六种卵巢癌组织类型的患者，包括原发和转移部位 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 21个实体肿瘤样本，来自12名患者 |