单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14981	2024-08-04	Disentangling brain vasculature in neurogenesis and neurodegeneration using single-cell transcriptomics 2023-07, Trends in neurosciences IF:14.6Q1 DOI:10.1016/j.tins.2023.04.007 PMID:37210315	评论	这篇文章主要探讨了利用单细胞转录组学研究脑血管在神经发生和神经退行性疾病中的作用	创新点在于利用单细胞转录组学揭示了血管细胞的亚型及其在胚胎和成年大脑中的组织和分区	该文章没有提供具体实验证据来支持所讨论的观点	研究神经血管相互作用在健康和疾病中的影响	主要研究胚胎和成年大脑中的血管细胞及其功能	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	NA	NA
14982	2024-08-04	Spatial single-cell sequencing of meiosis I arrested oocytes indicates acquisition of maternal transcripts from the soma 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112544 PMID:37227820	研究论文	本研究探讨了在减数分裂I期被抑制的卵母细胞中母源转录本的获得	揭示了邻近体细胞转录本的获取作为减数分裂I期抑制期间转录本增加的机制	未确定环境或激素信号对处于减数分裂I期抑制的卵母细胞是否可以启动新转录	研究减数分裂I期被抑制的卵母细胞的转录本获取机制	C. elegans 减数分裂I期抑制的卵母细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14983	2024-08-07	Transcriptional dynamics of delaminating neuroblasts in the mouse otic vesicle 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112545 PMID:37227818	研究论文	本文通过高深度单细胞RNA测序分析了E10.5小鼠耳泡及其周围组织，揭示了耳泡标记物和基因表达变化，从神经母细胞脱离到CVG发育的过程。	提供了关于CVG发育机制的新数据集，有助于进一步识别与CVG发育相关的机制。	NA	深入理解参与CVG发育的转录级联反应，为治疗内耳功能障碍提供见解。	小鼠耳泡中的CVG前体神经母细胞和新兴的CVG神经元。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	E10.5小鼠耳泡及其周围组织的细胞样本
14984	2024-08-07	Dynamic interplay between IL-1 and WNT pathways in regulating dermal adipocyte lineage cells during skin development and wound regeneration 2023-06-27, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112647 PMID:37330908	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了发育中或受伤的小鼠皮肤中的真皮成纤维细胞（dFBs），并探讨了IL-1和WNT信号通路在调控真皮脂肪细胞谱系细胞中的作用	首次详细描述了IL-1和WNT信号通路在真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性中的分子机制	NA	揭示真皮脂肪细胞谱系细胞的可塑性背后的分子机制，并为缺陷性伤口愈合和瘢痕形成定义潜在的治疗靶点	真皮成纤维细胞（dFBs）及其在皮肤发育和伤口再生中的分化和去分化过程	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠皮肤样本
14985	2024-08-04	Inhibition of a signaling modality within the gp130 receptor enhances tissue regeneration and mitigates osteoarthritis 2023-03-22, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abq2395 PMID:36947594	研究论文	该研究探讨了gp130受体内一种信号方式的抑制如何促进组织再生并减轻骨关节炎	通过对gp130的Y814位点的遗传和药理干预，首次明确了其在组织再生中的关键作用	研究主要集中于小鼠和大鼠，可能无法完全应用于人体	旨在探讨如何增强组织再生能力和减轻骨关节炎的机制	研究对象为gp130受体及其在小鼠和大鼠模型中的作用	数字病理学	骨关节炎	药理调节和基因编辑	小鼠模型和大鼠模型	单细胞测序数据	小鼠和大鼠的样本数量未具体说明
14986	2024-08-04	A cofunctional grouping-based approach for non-redundant feature gene selection in unannotated single-cell RNA-seq analysis 2023-03-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad042 PMID:36754847	研究论文	本研究开发了一种新颖的计算方法GeneClust，用于选择scRNA-seq细胞聚类的特征基因	该方法通过基因表达谱对基因进行分组，并旨在最大化相关性、最小化冗余和保持互补性	未提及研究限制	研究目标是改善单细胞RNA测序分析中的细胞聚类性能	研究对象是在未注释的单细胞RNA测序数据集中的特征基因	数字病理学	NA	单细胞RNA-seq	NA	基因表达数据	NA
14987	2024-08-07	IBRAP: integrated benchmarking single-cell RNA-sequencing analytical pipeline 2023-03-19, Briefings in bioinformatics IF:6.8Q1 DOI:10.1093/bib/bbad061 PMID:36847692	研究论文	本文介绍了一个名为IBRAP的综合基准单细胞RNA测序分析管道，该管道包含一系列可互换的分析组件和多种基准测试指标，使用户能够比较结果并确定其数据的最佳管道组合	IBRAP允许用户在管道中互换分析组件，并提供多种基准测试指标，以比较不同工具在不同数据类型和复杂性下的性能	NA	开发一个综合的单细胞RNA测序分析管道，以帮助用户选择最适合其数据的最佳分析工具组合	单细胞RNA测序数据分析中的预处理、质量控制、归一化、降维、整合和聚类等关键步骤	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	使用胰腺组织、癌细胞系和模拟数据进行分析
14988	2024-08-04	Spatial Gene Expression Changes in the Mouse Heart After Base-Targeted Irradiation 2023-02-01, International journal of radiation oncology, biology, physics DOI:10.1016/j.ijrobp.2022.08.031 PMID:35985456	研究论文	本研究旨在利用空间转录组学表征小鼠心脏在靶向辐射后基部区域的基因表达变化	这是首个报告在照射组织中空间分辨基因表达变化的研究	只在小鼠模型中进行研究，可能不完全适用于人类	探索辐射对心脏基部区域的基因表达变化及其对心脏放射敏感性的影响	老年女性C57BL/6小鼠	数字病理学	肺癌	空间转录组学	NA	基因表达数据	2只小鼠，一只辐射，另一只为假辐射对照
14989	2024-08-07	Implanted Tissue-Engineered Vascular Graft Cell Isolation with Single-Cell RNA Sequencing Analysis 2023-02, Tissue engineering. Part C, Methods DOI:10.1089/ten.TEC.2022.0189 PMID:36719780	研究论文	本文介绍了一种简单且商业可用的方法，用于从组织工程血管移植物（TEVG）中分离细胞，以便进行单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析，并揭示了参与TEVG早期新生组织重塑阶段的细胞亚群。	首次描述了植入的组织工程血管移植物在单细胞基因表达水平上的细胞组成，并展示了磁性细胞分离技术在生成高质量细胞悬液用于scRNA-Seq分析中的有效性。	该方法主要针对使用可生物降解合成材料作为支架成分的其他可植入材料，其广泛适用性尚需进一步验证。	利用单细胞RNA测序技术深入了解组织工程血管移植物的细胞组成和基因表达异质性，特别是在新生组织形成和重塑过程中的应用。	组织工程血管移植物（TEVG）中的细胞分离和单细胞RNA测序分析。	生物技术	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	基因表达数据	具体样本数量未在摘要中明确提及
14990	2024-08-04	Integration of Single-Cell RNA-Sequencing and Network Analysis to Investigate Mechanisms of Drug Resistance 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3163-8_7 PMID:37191792	研究论文	本研究探讨了抗癌药物耐药机制的单细胞RNA测序与网络分析的结合	提出了一种通过单细胞RNA测序结合网络分析的新方法，以识别与药物耐药相关的通路	未在摘要中提供具体的实验数据或样本限制信息	探索抗癌药物耐药的机制以发展替代治疗方法	药物敏感和耐药变体的单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PANDA	表达数据	NA
14991	2024-08-05	Single-cell RNA sequencing of neurofibromas reveals a tumor microenvironment favorable for neural regeneration and immune suppression in a neurofibromatosis type 1 porcine model 2023, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2023.1253659 PMID:37817770	研究论文	本研究揭示了神经纤维瘤的细胞组成和信号传导，强调其肿瘤微环境对神经再生及免疫抑制的影响	首次在神经纤维瘤动物模型中观察到肿瘤相关的树突状细胞，并识别到新的成纤维细胞和免疫细胞群体	尚未探索成熟、非皮肤神经纤维瘤中的细胞信号网络	旨在探讨神经纤维瘤的细胞组成及其与正常组织的信号传导对比	研究对象为猪模型中的成熟神经纤维瘤及其相邻正常组织	数字病理学	神经纤维瘤病1型	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	组织样本	猪模型中的多个成熟神经纤维瘤样本
14992	2024-08-07	Immunological Analysis of Cryptococcal Meningoencephalitis in a Murine Model 2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3199-7_5 PMID:37145276	研究论文	本文描述了一种诱导产生与人类隐球菌病免疫病理学多个方面相符的C. neoformans中枢神经系统感染小鼠模型的方法，并进行了详细的免疫学分析	结合基因敲除小鼠、抗体阻断、细胞转移以及单细胞RNA测序等高通量技术，该模型为揭示隐球菌中枢神经系统疾病的发病机制提供了新见解	NA	研究隐球菌性脑膜脑炎的免疫学机制，以开发更有效的治疗策略	隐球菌性脑膜脑炎的免疫病理学和小鼠模型的建立	NA	隐球菌性脑膜脑炎	单细胞RNA测序	NA	NA	小鼠模型
14993	2024-08-07	Multi-omics segregate different transcriptomic impacts of anti-IL-17A blockade on type 17 T-cells and regulatory immune cells in psoriasis skin 2023, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2023.1250504 PMID:37781383	研究论文	本研究探讨了系统性IL-17A阻断对银屑病皮肤中1型17 T细胞和调节性免疫细胞转录组的影响	首次通过多组学方法整合免疫细胞富集的scRNA-seq、微阵列和免疫组化数据，揭示了系统性IL-17A阻断在银屑病皮肤中对T17轴和调节性DC转录组的调控作用	研究样本量有限，且仅限于银屑病患者的皮肤样本，可能限制了结果的普遍性	寻找系统性IL-17A阻断促进银屑病皮肤免疫细胞亚群调节性转录组修饰的转化证据	银屑病患者的皮肤样本，包括治疗前后的6mm穿刺活检组织	数字病理学	银屑病	scRNA-seq, 微阵列, 免疫组化	NA	RNA	scRNA-seq样本18个，微阵列样本61个，免疫组化样本61个，正常对照皮肤scRNA-seq样本10个，微阵列样本8个
14994	2024-08-07	Notch-dependent cooperativity between myeloid lineages promotes Langerhans cell histiocytosis pathology 2022-12-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add3330 PMID:36525505	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序和蛋白质分析技术，探讨了朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）的病理机制，揭示了LCH细胞的异质性及其与正常单核吞噬细胞的区别	发现了LCH的两个主要谱系，即DC2和DC3/单核细胞样表型，并验证了它们在多个病理组织位点的存在；揭示了Notch依赖的DC2和DC3/单核细胞谱系之间的协同作用	未详细说明Notch依赖的协同作用的具体机制	探讨LCH的病理机制及其细胞来源	朗格汉斯细胞组织细胞增生症（LCH）及其细胞谱系	NA	朗格汉斯细胞组织细胞增生症	单细胞RNA测序，蛋白质分析，高含量成像	NA	RNA-seq数据，蛋白质数据	多个病理组织位点的样本
14995	2024-08-07	Delivery of costimulatory blockade to lymph nodes promotes transplant acceptance in mice 2022-12-15, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI159672 PMID:36519543	研究论文	研究纤维网状细胞（FRCs）在心脏移植小鼠模型中如何促进抗CD40L诱导的耐受性，并探讨淋巴结（LN）靶向纳米递送抗CD40L的效果。	首次证明FRCs在促进共刺激阻断中的关键作用，并展示了淋巴结靶向纳米递送抗CD40L的有效性。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证。	探讨FRCs在心脏移植中的作用及淋巴结靶向纳米递送抗CD40L的效果。	纤维网状细胞（FRCs）、淋巴结（LN）、心脏移植小鼠模型。	NA	NA	单细胞RNA测序、纳米颗粒（NPs）递送技术。	NA	RNA测序数据	小鼠心脏移植模型
14996	2024-08-07	Mapping single-cell transcriptomes in the intra-tumoral and associated territories of kidney cancer 2022-12-12, Cancer cell IF:48.8Q1 DOI:10.1016/j.ccell.2022.11.001 PMID:36423636	研究论文	研究通过分析超过270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，探索肾癌肿瘤内部及周围区域的细胞相互作用和微环境特征	首次通过单细胞RNA测序数据进行从头突变调用，推断基质细胞的克隆性并追踪髓系细胞的发育	NA	理解肿瘤行为与癌细胞及其多细胞相互作用的关系	肾癌患者的肿瘤核心、肿瘤-正常组织界面、周围正常组织及外周血的组织样本	数字病理学	肾癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	270,000个单细胞转录组和100个微切割的全外显子，来自12名患者
14997	2024-08-07	Mouse primordial germ-cell-like cells lack piRNAs 2022-12-05, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.11.004 PMID:36473462	research paper	研究通过单细胞RNA测序和RT-qPCR分析，发现体外分化的第6天小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）中piRNA途径因子未完全表达，且未检测到piRNAs。	首次揭示了体外分化的mPGCLCs中piRNA途径因子表达的缺失，以及piRNAs的检测缺失。	研究仅限于第6天的mPGCLCs，未涉及更晚期的细胞状态。	探讨体外分化的mPGCLCs中piRNA途径的表达情况。	小鼠原始生殖细胞样细胞（mPGCLCs）及其piRNA途径。	NA	NA	单细胞RNA测序，RT-qPCR，小RNA测序	NA	RNA	多个第6天的mPGCLC细胞系
14998	2024-08-07	Targeting cancer glycosylation repolarizes tumor-associated macrophages allowing effective immune checkpoint blockade 2022-11-02, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.abj1270 PMID:36322632	研究论文	本文研究了肿瘤糖基化对肿瘤相关巨噬细胞的影响，并探讨了通过靶向去除Siglec配体来增强免疫检查点阻断疗法的效果。	首次展示了肿瘤唾液酸化与特定免疫状态和生存率降低的相关性，并证明了使用抗体-唾液酸酶偶联物靶向去除肿瘤微环境中的Siglec配体可以增强抗肿瘤免疫并阻止肿瘤进展。	NA	探讨肿瘤糖基化对肿瘤相关巨噬细胞的影响，并寻找增强免疫检查点阻断疗法效果的新方法。	肿瘤糖基化、肿瘤相关巨噬细胞、免疫检查点阻断疗法。	免疫学	癌症	单细胞RNA测序	NA	RNA	多个小鼠模型
14999	2024-08-07	Anti-CTLA-4 antibodies drive myeloid activation and reprogram the tumor microenvironment through FcγR engagement and type I interferon signaling 2022-11, Nature cancer IF:23.5Q1 DOI:10.1038/s43018-022-00447-1 PMID:36302895	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析了抗CTLA-4抗体通过FcγR结合和I型干扰素信号传导重编程肿瘤微环境的影响	发现FcγR结合和I型干扰素信号传导在抗CTLA-4治疗中的重要作用，支持开发具有这些特性的优化免疫治疗剂	NA	探讨抗CTLA-4抗体的作用机制及其对肿瘤微环境的影响	抗CTLA-4抗体、FcγR结合、I型干扰素信号传导、肿瘤微环境	免疫学	肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
15000	2024-08-07	Elevated pentose phosphate pathway flux supports appendage regeneration 2022-10-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2022.111552 PMID:36288713	research paper	本文研究了Xenopus tropicalis附肢再生过程中的代谢重编程，特别是戊糖磷酸途径（PPP）的作用。	首次详细描述了再生组织中葡萄糖流向PPP的增加，以及PPP在促进细胞增殖和再生中的关键作用。	NA	探究再生过程中支持快速生长的代谢途径。	Xenopus tropicalis的附肢再生过程。	NA	NA	液相色谱-质谱联用（LC-MS）、单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	代谢物、RNA	NA