单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1481	2025-05-24	Single-Cell RNA and Transcriptome Sequencing to Analyze the Role of Lactate Metabolism in Traumatic Brain Injury Astrocytes 2025-May, Brain and behavior IF:2.6Q3 DOI:10.1002/brb3.70428 PMID:40395067	research paper	通过单细胞RNA和转录组测序分析乳酸代谢在创伤性脑损伤（TBI）星形胶质细胞中的作用	首次在单细胞水平上探索TBI后乳酸代谢在脑细胞中的角色，并鉴定出与TBI相关的乳酸代谢关键基因Ndufb9和Cox8a	研究仅使用小鼠模型，结果是否适用于人类仍需进一步验证	探索创伤性脑损伤后乳酸代谢在脑细胞中的作用	10周龄雄性C57BL/6J小鼠的额叶皮层组织	digital pathology	traumatic brain injury	scRNA-seq, transcriptome sequencing	NA	single-cell RNA sequencing data	C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明）
1482	2025-05-24	An integrated analysis of scRNA-seq and RNA-seq data revealed metastasis-related regulators as prognostic indicators in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2025-482 PMID:40400936	research paper	通过整合单细胞RNA测序(scRNA-seq)和批量RNA测序(RNA-seq)数据，开发了一个预测肺腺癌(LUAD)患者预后的创新模型	整合scRNA-seq和RNA-seq数据，识别与转移相关的调控基因作为预后指标	未提及样本量是否足够大以验证模型的普遍适用性	开发预测肺腺癌(LUAD)患者预后的列线图	肺腺癌(LUAD)患者	digital pathology	lung cancer	scRNA-seq, RNA-seq, WGCNA	prognostic model	RNA sequencing data	NA
1483	2025-05-24	Single-cell analysis and machine learning-based integration develop an immune-responsive signature of antigen-presenting cancer-associated fibroblasts in lung adenocarcinoma 2025-Apr-30, Journal of thoracic disease IF:2.1Q3 DOI:10.21037/jtd-2024-2015 PMID:40400942	研究论文	本研究通过单细胞分析和机器学习整合，开发了一种与抗原呈递癌症相关成纤维细胞（apCAFs）相关的免疫反应特征，用于预测肺腺癌（LUAD）中免疫检查点抑制剂（ICIs）的疗效	发现了一种新型的具有巨噬细胞样特征的apCAFs亚群，其特征是表达MHC II类分子、CD74和共刺激分子（CD80、CD86、CD83和CD40），这一亚群与ICIs的疗效显著相关	apCAFs的丰度在个体间存在差异，可能影响预测模型的普适性	识别与ICIs疗效相关的CAF亚群，并开发预测模型以指导肺腺癌患者的治疗策略	肺腺癌（LUAD）样本中的癌症相关成纤维细胞（CAFs）	数字病理学	肺腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、机器学习	机器学习驱动的方法	RNA测序数据	多个肺腺癌数据集中的样本
1484	2025-05-24	Rigor and Reproducibility of Spatial Transcriptomics Performed on Clinically Sourced Human Tissues 2025-Apr-29, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104190 PMID:40311874	研究论文	本研究评估了空间转录组学技术在临床来源的人类组织中的严谨性和可重复性，重点关注数字空间分析和单分子成像平台的性能	首次系统评估数字空间分析技术在临床样本中的表现，并与新型单细胞分辨率平台进行性能比较	研究主要集中于肾脏组织，可能不适用于其他组织类型	评估空间转录组学技术在临床研究和诊断中的应用潜力	临床来源的人类肾脏组织和活检样本	空间转录组学	肾脏疾病	数字空间分析(DSP)和单分子成像	NA	基因表达数据	临床来源的人类肾脏组织和活检样本(具体数量未提及)
1485	2025-05-24	Glutathione accelerates the cell cycle and cellular reprogramming in plant regeneration 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.019 PMID:39755116	研究论文	研究谷胱甘肽在植物再生过程中加速细胞周期和细胞重编程的作用	发现谷胱甘肽在G1期细胞中短暂核内积累，促进细胞快速进入S期并加速细胞重编程	研究主要基于拟南芥根部细胞，在其他植物组织中的普适性有待验证	探究细胞周期动态在细胞重编程中的作用机制	拟南芥根部细胞	植物细胞生物学	NA	单细胞RNA测序、活体成像	NA	基因表达数据、影像数据	拟南芥根部细胞(具体数量未说明)
1486	2025-05-24	Unlocking plant regeneration: The role for glutathione 2025-04-21, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2025.03.012 PMID:40262524	research paper	本文揭示了谷胱甘肽（GSH）在植物再生中的关键作用，通过促进细胞周期转换加速器官再生	首次发现GSH在植物组织损伤后释放，并通过缩短G1期加速细胞周期，从而促进器官再生	NA	探究植物再生过程中GSH的作用机制	植物再生过程中的细胞周期调控	植物发育生物学	NA	scRNA-seq, 活体成像	NA	RNA序列数据, 图像数据	NA
1487	2025-05-24	Evaluating genetic-ancestry inference from single-cell RNA-seq data 2025-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.25.645175 PMID:40196550	research paper	该研究提出了一个评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先方法的框架	提出了一个评估遗传祖先推断方法的框架，并验证了现有工具在单细胞RNA测序数据中的准确性	研究中使用的遗传多态性数量有限，且单细胞RNA测序的变异检测不完美	评估从单细胞RNA测序数据推断遗传祖先的方法，以确保数据集的遗传同质性和人类遗传多样性的代表性	196名来自人类细胞图谱四个单细胞RNA测序数据集的捐赠者	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	ADMIXTURE	RNA测序数据	196名捐赠者
1488	2025-05-24	Mucosal Macrophages Govern Intestinal Regeneration in Response to Injury 2025-Mar-12, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2025.01.252 PMID:40086603	研究论文	本研究揭示了巨噬细胞在辐射诱导的肠炎中促进肠道再生的关键作用	首次发现巨噬细胞通过分泌neuregulin 1和osteopontin等关键分子促进肠道干细胞区室周围的上皮细胞胎儿样重编程和增殖	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	阐明辐射性肠炎中肠道再生程序的激活机制	小鼠和人类肠道类器官与巨噬细胞的互作	免疫学与再生医学	辐射性肠炎	RNA-seq、单细胞RNA-seq、细胞轨迹分析	小鼠辐射损伤模型、人源类器官共培养系统	基因表达数据、影像数据	NA
1489	2025-05-24	TcEVdb: a database for T-cell-derived small extracellular vesicles from single-cell transcriptomes 2025-Feb-28, Database : the journal of biological databases and curation DOI:10.1093/database/baaf012 PMID:40402791	research paper	构建了一个名为TcEVdb的数据库，用于探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）的表达和聚类	首次通过SEVtras方法从T细胞单细胞RNA测序数据中构建了全面的TcEV数据库，揭示了TcEV的异质性	技术限制和缺乏全面的数据可能影响对TcEV异质性的深入理解	探索T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）在免疫调节和肿瘤微环境调控中的作用	T细胞来源的小细胞外囊泡（TcEVs）	生物信息学	弥漫性大B细胞淋巴瘤	单细胞RNA测序	SEVtras方法	RNA测序数据	277,265个EV液滴，来自21个项目中的221个样本，涵盖51种T细胞类型
1490	2025-05-24	CAF-macrophage crosstalk in tumour microenvironments governs the response to immune checkpoint blockade in gastric cancer peritoneal metastases 2025-Feb-06, Gut IF:23.0Q1 DOI:10.1136/gutjnl-2024-333617 PMID:39537239	研究论文	本研究探讨了胃癌腹膜转移（GCPM）中肿瘤微环境内CAF-巨噬细胞间的相互作用如何影响免疫检查点阻断（ICB）治疗的响应	揭示了GCPM中独特的免疫抑制模式，主要由SPP1+肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和THBS2+基质癌相关成纤维细胞（mCAFs）构成的基质-髓系生态位介导ICB耐药性	研究样本量有限，且为单中心II期临床试验，需要更大规模的多中心研究验证	阐明GCPM患者对ICB治疗产生耐药性的机制，并寻找潜在的治疗靶点	胃癌腹膜转移患者	肿瘤免疫学	胃癌	单细胞测序	NA	单细胞测序数据	II期临床试验患者样本（具体数量未明确说明）
1491	2025-05-24	TLR7 responses in glomerular macrophages accelerate the progression of glomerulonephritis in NZBWF1 mice 2025-Jan-27, International immunology IF:4.8Q2 DOI:10.1093/intimm/dxaf005 PMID:39868591	研究论文	本研究探讨了TLR7在肾小球巨噬细胞中的反应如何加速NZBWF1小鼠肾小球肾炎的进展	揭示了TLR7信号通过促进单核细胞迁移至肾小球及巨噬细胞产生IL-1β等机制加剧肾小球肾炎的新机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类患者中验证	阐明巨噬细胞TLR7反应在肾小球肾炎进展中的作用机制	NZBWF1小鼠模型中的肾小球巨噬细胞	免疫学	系统性红斑狼疮/肾小球肾炎	scRNA-seq	基因敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本量的NZBWF1小鼠
1492	2025-05-24	Plasticity in metastatic colorectal cancer 2025-01-20, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2024.12.018 PMID:39837278	research paper	该研究通过单细胞转录组测序技术，探索了结直肠癌（CRC）进展过程中癌细胞状态的变化	使用单细胞转录组测序技术绘制了CRC进展过程中癌细胞状态变化的图谱	NA	研究结直肠癌（CRC）进展和耐药性中癌细胞状态的变化	结直肠癌细胞	digital pathology	colorectal cancer	single-cell transcriptome sequencing	NA	transcriptomic data	NA
1493	2025-05-24	Comprehensive analysis of autophagy-related prognostic genes in breast cancer using bulk and single-cell RNA sequencing 2025, American journal of clinical and experimental immunology IF:1.4Q4 DOI:10.62347/XPCM9169 PMID:40401006	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和传统高通量RNA测序（bulk RNA-seq）分析了乳腺癌中的自噬相关基因（ARGs），并开发了一个基于3个自噬相关基因的预后模型	首次在乳腺癌中结合单细胞和批量RNA测序数据构建自噬相关基因的预后模型，并识别出FEZ1、STX11和ADAMTSL1这三个关键基因	研究样本量有限，外部验证数据集较少，且未进行功能实验验证基因的生物学机制	阐明乳腺癌中的自噬景观并开发预后模型	乳腺癌患者和肿瘤细胞	数字病理学	乳腺癌	scRNA-seq, bulk RNA-seq	Cox比例风险回归模型	RNA测序数据	TCGA数据集、GSE75688、GSE20685和GSE48390数据集中的样本
1494	2025-05-24	Erratum: Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy [Corrigendum] 2025, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S540734 PMID:40406633	correction	该文章是对先前发表的一篇关于糖尿病肾病免疫特征的论文的更正	NA	NA	NA	NA	NA	diabetic nephropathy	NA	NA	NA	NA
1495	2025-05-24	A cross-disease resource of living human microglia identifies disease-enriched subsets and tool compounds recapitulating microglial states 2024-Dec, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-024-01764-7 PMID:39406950	研究论文	该研究通过单细胞RNA测序分析了来自74名捐赠者的215,680个活体人类小胶质细胞，揭示了小胶质细胞的异质性及其在不同神经系统疾病中的作用	首次大规模跨疾病分析人类小胶质细胞异质性，发现与神经退行性疾病相关的特定亚群，并验证了能够模拟这些亚群状态的化合物	研究主要基于转录组数据，可能未能完全捕捉小胶质细胞的功能状态	揭示人类小胶质细胞的异质性及其在神经系统疾病中的作用，为靶向治疗开发提供依据	人类小胶质细胞	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序(scRNA-seq), RNAscope免疫荧光, MERFISH	NA	单细胞转录组数据	215,680个活体人类小胶质细胞，来自74名捐赠者
1496	2025-05-24	SPI1+CD68+ macrophages as a biomarker for gastric cancer metastasis: a rationale for combined antiangiogenic and immunotherapy strategies 2024-Oct-24, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-009983 PMID:39455096	研究论文	本研究探讨了SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌转移中的作用及其作为生物标志物的潜力	首次揭示了SPI1+CD68+巨噬细胞亚群在胃癌中的特异性作用机制及其与抗血管生成和免疫治疗联合策略的相关性	研究主要基于实验室模型和小鼠腹膜转移模型，临床样本验证仍需进一步扩大	评估SPI1+CD68+肿瘤相关巨噬细胞在胃癌中的作用及其临床意义	胃癌组织和相关巨噬细胞	肿瘤免疫学	胃癌	免疫组化、免疫荧光、流式细胞术、单细胞转录组分析、染色质免疫沉淀	小鼠腹膜转移模型	基因表达数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，包含体外实验、动物模型和临床组织样本
1497	2025-05-24	A phase 2 randomized trial with autologous polyclonal expanded regulatory T cells in children with new-onset type 1 diabetes 2024-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.adn2404 PMID:38718135	研究论文	该研究探讨了自体多克隆扩增调节性T细胞（expT）在新发1型糖尿病儿童中的安全性和有效性	首次在儿童和青少年中进行自体多克隆扩增调节性T细胞的随机二期临床试验，并评估其安全性和对β细胞功能的影响	单次剂量的expT未能显著阻止β细胞功能的下降，且治疗效果与T细胞的质量相关	评估自体多克隆扩增调节性T细胞在1型糖尿病治疗中的安全性和有效性	新发1型糖尿病的儿童和青少年	临床医学	1型糖尿病	流式细胞术、批量RNA测序、单细胞RNA测序	NA	临床数据、RNA测序数据	110名儿童和青少年患者
1498	2025-05-24	Library-based single-cell analysis of CAR signaling reveals drivers of in vivo persistence 2024-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.29.591541 PMID:38746119	research paper	该研究通过单细胞测序技术，探索了不同细胞内信号域（ICD）结构如何影响CAR-T细胞的功能，特别是在分子水平上	首次系统性地研究了不同ICD结构如何通过信号传导影响CAR-T细胞的转录输出和功能，并发现了一种与持久性相关的独特信号特征	研究发现这种持久性信号特征仅适用于液体肿瘤，对实体瘤无效	解码CAR信号传导的设计原则，为下一代优化ICD结构的合理设计提供依据	表达嵌合抗原受体（CARs）的工程化T细胞	免疫治疗	肿瘤	单细胞测序	NA	单细胞转录组数据	NA
1499	2025-05-24	Targeting of epigenetic co-dependencies enhances anti-AML efficacy of Menin inhibitor in AML with MLL1-r or mutant NPM1 2023-04-13, Blood cancer journal IF:12.9Q1 DOI:10.1038/s41408-023-00826-6 PMID:37055414	研究论文	本研究探讨了Menin抑制剂（MI）在携带MLL1-r或mtNPM1的AML患者中的抗白血病效果，并通过联合靶向表观遗传共依赖性增强其疗效	发现MI与BET、MOZ、LSD1或CBP/p300抑制剂联合使用可协同降低AML细胞的存活率，并在体内模型中显示出显著优越的疗效	研究主要基于临床前模型，尚未在临床试验中验证其效果	增强Menin抑制剂在AML治疗中的疗效，防止AML干细胞/祖细胞逃逸	携带MLL1-r或mtNPM1的AML细胞	肿瘤学	急性髓系白血病（AML）	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、染色质免疫沉淀测序（ChiP-Seq）、ATAC-Seq、RNA测序（RNA-Seq）、反向蛋白质阵列（RPPA）、质谱流式细胞术（CyTOF）	CRISPR-Cas9筛选	基因组数据、转录组数据、蛋白质数据	临床前研究中的AML细胞系和异种移植模型
1500	2025-05-24	Integrated Analysis of Single-Cell RNA-Seq and Bulk RNA-Seq Combined with Multiple Machine Learning Identified a Novel Immune Signature in Diabetic Nephropathy 2023, Diabetes, metabolic syndrome and obesity : targets and therapy DOI:10.2147/DMSO.S413569 PMID:37312900	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，结合多种机器学习方法，识别了糖尿病肾病中的新型免疫特征	首次从免疫学角度揭示了糖尿病肾病进展的关键免疫相关基因和潜在药物靶点	研究主要基于生物信息学分析，需要进一步实验验证	探索糖尿病肾病中免疫调节的潜在治疗靶点和分子机制	糖尿病肾病患者的基因表达数据和免疫相关基因	生物信息学	糖尿病肾病	单细胞RNA测序, 大块RNA测序, WGCNA, CIBERSORT算法	随机森林(RF), 支持向量机(SVM), AdaBoost, KNN	基因表达数据	来自GEO数据库的多个数据集，包括GSE142025等