单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1481	2025-09-12	Single-cell transcriptomic and genomic changes in the ageing human brain 2025-Sep-03, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-09435-8 PMID:40903571	研究论文	本研究使用单细胞测序技术揭示人类前额叶皮层从婴儿期到百岁老人期的基因表达和基因组变化	首次结合单核RNA测序、单细胞全基因组测序和空间转录组学技术，系统揭示人类大脑衰老过程中的转录组和基因组动态变化	研究主要聚焦前额叶皮层，其他脑区变化尚未涉及；样本年龄跨度大但具体样本数量未明确说明	探究人类大脑发育和衰老过程中的关键分子机制	人类前额叶皮层细胞	基因组学	老年疾病	snRNA-seq, scWGS, 空间转录组学	NA	基因组数据、转录组数据	从婴儿到百岁老人的年龄跨度样本（具体数量未说明）
1482	2025-09-12	Spatial and functional characterization of IL1RL1+ mast cells reveals immune regulatory roles in renal cancer 2025-Sep-03, Molecular and cellular probes IF:2.3Q4 DOI:10.1016/j.mcp.2025.102049 PMID:40912479	研究论文	本研究通过空间和功能分析揭示IL1RL1+肥大细胞在肾透明细胞癌中的免疫调节作用	首次在ccRCC中系统表征IL1RL1+肥大细胞的空间分布和免疫调节功能，并证实其通过MHC-I通路增强CD8+ T细胞活化	研究主要基于生物信息学分析和体外实验，缺乏体内功能验证和临床干预研究	探究IL1RL1在肾透明细胞癌肿瘤微环境中的表达模式和免疫调节功能	肾透明细胞癌患者组织样本和细胞系	肿瘤免疫学	肾癌	scRNA-seq, 空间转录组学, 多重免疫组化, 基因敲除实验	NA	基因表达数据, 空间转录组数据, 免疫组化图像	TCGA和GEO数据库样本，具体数量未明确说明
1483	2025-09-12	Sensitive dissection of a genomic regulatory landscape using bulk and targeted single-cell activation 2025-Sep-03, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100984 PMID:40930101	研究论文	开发TESLA-seq方法结合CRISPR激活筛选与靶向单细胞RNA测序，用于高灵敏度解析基因组调控景观	提出TESLA-seq技术，能够并行读取数百个增强子对基因座内所有基因的影响，揭示传统方法难以发现的调控关系	NA	识别和功能扰动内源性增强子，解析PHOX2B基因座周围的调控网络	神经元细胞命运主调控因子PHOX2B及其相关增强子	基因组学	神经母细胞瘤	CRISPR激活筛选(CRISPRa)，靶向单细胞RNA测序(TESLA-seq)	NA	基因组数据，单细胞转录组数据	NA
1484	2025-09-12	Cellular cartography reveals mouse prostate organization and determinants of castration resistance 2025-Sep-02, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2427116122 PMID:40854129	研究论文	通过整合单细胞多组学和空间转录组学技术，构建小鼠前列腺细胞图谱，揭示去势抵抗的细胞机制	首次系统描绘小鼠前列腺叶特异性细胞类型及其对去势反应的转录和表观遗传基础，并发现与人类前列腺癌亚型对应的细胞亚群	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步扩展	解析前列腺癌去势治疗抵抗的细胞机制和空间组织基础	小鼠前列腺细胞及人类前列腺癌样本	单细胞生物学	前列腺癌	单细胞RNA测序, 单细胞多组学, 空间转录组学, meta分析	NA	单细胞转录组数据, 表观遗传数据, 空间转录组数据	小鼠前列腺多叶样本及人类前列腺癌meta分析数据
1485	2025-09-12	Single-cell RNA Sequencing In Pediatric Sepsis: γδ T Cell Exhibits A Differentiation To γδT17 Subtype Along With Significantly Enhanced Cell Communication With Neutrophils 2025-Sep-02, Journal of innate immunity IF:4.7Q2 DOI:10.1159/000547934 PMID:40931501	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序分析儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特征，揭示其向γδT17亚型分化及与中性粒细胞增强的细胞通讯	首次在儿科脓毒症中发现γδ T细胞向促炎性γδT17亚型分化，并鉴定中性粒细胞来源的抵抗素通过CAP1受体结合驱动该过程	研究局限于外周血单核细胞分析，未涉及组织局部免疫微环境	阐明儿科脓毒症中γδ T细胞的免疫特性及其分化机制	儿科脓毒症患者的外周血单核细胞（PBMCs）	单细胞组学	脓毒症	单细胞RNA测序（scRNA-seq），流式细胞术	伪时序分析（Pseudotime analysis）	单细胞转录组数据	儿科脓毒症患者PBMCs样本（具体数量未明确说明）
1486	2025-09-12	An Organ-on-Chip Platform for Strain-Controlled, Tissue-Specific Compression of Cartilage and Mineralized Osteochondral Interface to Study Mechanical Overloading in Osteoarthritis 2025-Sep, Advanced healthcare materials IF:10.0Q1 DOI:10.1002/adhm.202501588 PMID:40556597	研究论文	开发一种芯片上的骨软骨单元平台，用于研究机械超负荷在骨关节炎中的作用	首次在芯片上实现应变控制、组织特异性压缩的骨软骨界面模型，能够模拟体内应变梯度	模型仍需进一步验证其与完整人体关节的生物学相关性	研究异常力学与骨关节炎起始/进展之间的分子联系	人源复合透明软骨-矿化软骨下微组织	组织工程与生物力学	骨关节炎	单细胞RNA测序，芯片器官技术	芯片器官模型	基因表达数据，力学响应数据	NA
1487	2025-09-12	Senescent Microglia Mediate Neuroinflammation-Induced Cognitive Dysfunction by Selective Elimination of Excitatory Synapses in the Hippocampal CA1 2025-Sep, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70167 PMID:40624910	研究论文	本研究揭示了衰老小胶质细胞通过选择性清除海马CA1区兴奋性突触介导神经炎症诱导的认知功能障碍的机制	首次发现衰老小胶质细胞通过过度吞噬兴奋性突触导致认知功能障碍，并证明使用senolytic药物ABT-737可逆转这一过程	研究仅使用小鼠模型，尚未在人类中进行验证；长期治疗效果和安全性需要进一步评估	探究衰老小胶质细胞在神经炎症诱导认知功能障碍中的作用机制	C57BL/6J小鼠的海马CA1区小胶质细胞和锥体神经元	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序、高尔基染色、全细胞膜片钳记录、Western blotting、免疫荧光	小鼠神经炎症模型（LPS诱导）	基因表达数据、电生理数据、行为学数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体数量，使用C57BL/6J小鼠进行实验
1488	2025-09-12	Integrating single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics to reveal the Glycolysis-related gene GPRC5A as a potential biomarker for gastric cancer by machine learning 2025-Sep, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.147059 PMID:40865843	研究论文	本研究整合单细胞RNA测序和空间转录组学，通过机器学习识别糖酵解相关基因GPRC5A作为胃癌潜在生物标志物	开发了基于四分位距(IQR)的新方法评估单细胞水平糖酵解活性，解决了以往评分方法分辨率不足和鲁棒性有限的问题	NA	探索胃癌中糖酵解代谢改变的生物标志物，用于早期诊断和靶向治疗	胃癌细胞和组织	数字病理	胃癌	单细胞RNA测序, 空间转录组学, 机器学习	NA	基因表达数据	NA
1489	2025-09-12	A Spatially Coordinated Keratinocyte-Fibroblast Circuit Recruits MMP9+ Myeloid Cells to Drive IFN-I-Driven Inflammation in Photosensitive Autoimmunity 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.19.670635 PMID:40894544	研究论文	本研究揭示了一种由角质形成细胞、成纤维细胞和髓系细胞组成的空间协调炎症回路，驱动IFN-I介导的光敏性自身免疫皮肤病理	首次发现MMP9+ CD14+髓系细胞作为光敏性的关键效应细胞，并阐明角质形成细胞-成纤维细胞-髓系细胞轴的空间调控机制	研究主要基于人类样本和体外模型，体内功能验证仍需进一步深入	阐明紫外线B（UVB）暴露导致皮肤特异性自身免疫的分子和细胞机制	皮肤红斑狼疮（CLE）和皮肌炎（DM）患者皮肤组织及体外细胞模型	免疫学与皮肤病学	自身免疫性皮肤病	单细胞RNA测序、空间转录组学（seqFISH+）、UVB激发试验、体外建模	NA	基因表达数据、空间定位数据、临床样本数据	人类皮肤组织样本（包括病变和非病变组织）及体外细胞模型
1490	2025-09-12	High-Resolution Spatial Transcriptomics Unveils Spatially Resolved Gene Modules and Fatty Acid Metabolism Dysregulation in Human Skin Aging 2025-Aug-23, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.08.011 PMID:40850650	研究论文	利用高分辨率空间转录组技术揭示人类皮肤衰老中空间基因模块和脂肪酸代谢紊乱	首次通过高分辨率空间转录组技术构建人眼睑皮肤图谱，发现18个空间相关基因模块并揭示表皮脂肪酸合成减少等新衰老特征	研究主要聚焦眼睑皮肤，其他皮肤区域可能存在差异；功能验证仅基于体外模型	解析皮肤衰老的分子机制和空间细胞互作	人类眼睑皮肤组织、原代角质形成细胞、全层皮肤模型（T-Skin）	空间转录组学	皮肤衰老	空间增强分辨率组学测序（STeoM-seq）、多重FISH	NA	空间转录组数据、图像数据	人类眼睑皮肤样本（具体数量未明确说明）
1491	2025-09-12	Integrated spatial and functional metabolic profiling identified the thick ascending limb as a mitochondrial vulnerability hub in acute kidney injury 2025-Aug-22, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2025.07.021 PMID:40850621	研究论文	本研究通过整合空间和功能代谢分析，发现肾小管厚壁升支是急性肾损伤中的线粒体脆弱性枢纽	首次结合空间转录组学、单细胞转录组学和同位素示踪成像技术，系统揭示肾外髓厚壁升支段的代谢特性及其在肾损伤中的关键作用	研究主要基于小鼠模型和人类肾移植样本，结果在更广泛人群中的普适性需进一步验证	探究急性肾损伤的代谢机制及其与临床麻醉药物使用的关联	小鼠模型和人类肾移植受者	代谢组学	急性肾损伤	空间转录组学、单细胞转录组学、免疫荧光、同位素示踪成像	NA	空间转录组数据、单细胞数据、成像数据	小鼠缺血再灌注模型及人类肾移植样本（具体数量未明确说明）
1492	2025-09-12	FAHD1-mediated pyruvate metabolism in hepatocellular carcinoma: Multi-omics and causal genetic evidence 2025-Aug-14, HGG advances DOI:10.1016/j.xhgg.2025.100494 PMID:40814172	研究论文	本研究通过多组学与因果遗传证据揭示FAHD1介导的丙酮酸代谢在肝细胞癌中的作用机制	首次发现丙酮酸高活性上皮亚群(PyHighEpi)，并通过因果推断鉴定FAHD1为关键驱动因子，阐明其通过ITGB2介导的细胞互作机制	NA	探究肝细胞癌中丙酮酸代谢的因果调控因子及其空间互作机制	肝细胞癌肿瘤微环境中的上皮细胞亚群和癌症相关成纤维细胞	肿瘤代谢研究	肝细胞癌	单细胞转录组学、空间图谱、孟德尔随机化分析、分子对接	NA	基因组数据、转录组数据、空间转录组数据	NA
1493	2025-09-12	Inhibition of astrocyte signaling leads to sex-specific changes in microglia phenotypes in a diet-based model of cerebral small vessel disease 2025-Aug-09, Journal of neuroinflammation IF:9.3Q1 DOI:10.1186/s12974-025-03523-2 PMID:40783543	研究论文	本研究探讨在高同型半胱氨酸血症诱导的脑小血管疾病模型中，星形胶质细胞信号对小鼠小胶质细胞表型的性别特异性影响	揭示了星形胶质细胞通过CN/NFAT信号通路对小胶质细胞表型调控存在性别二态性，首次在饮食诱导模型中系统分析这种性别差异	样本量较小，需要更多生物学重复和更严格的统计分析来验证结果	研究星形胶质细胞信号在高同型半胱氨酸血症背景下对小胶质细胞表型的调控机制	7-8周龄雌雄C57BL/6J小鼠	神经科学	脑小血管疾病	免疫组化、Western blot、单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据、蛋白质数据	雌雄C57BL/6J小鼠（具体数量未明确说明，但提及样本量较小）
1494	2025-09-12	Analysis of individual patient pathway coordination in a cross-species single-cell kidney atlas 2025-Aug, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-025-02285-0 PMID:40775269	研究论文	通过构建跨物种单细胞肾脏图谱并开发计算工具CellSpectra，分析个体患者细胞通路协调性以推动精准医疗应用	开发了能量化基因表达协调性变化的计算工具CellSpectra，并创建了包含百万细胞、涵盖70多种保守细胞状态的跨物种肾脏图谱	NA	解决单细胞RNA测序在识别个体患者细胞类型特异性分子变化和跨物种差异方面的挑战	人类和啮齿类模型的肾脏细胞及肺癌数据	生物信息学	肾脏疾病	单细胞RNA测序	计算工具CellSpectra	单细胞基因表达数据	140个样本中的超过100万个细胞
1495	2025-09-12	Loeys-Dietz syndrome subtypes exhibit distinct clinical behavior and aortic cellular transcriptomic profiles 2025-Aug, JTCVS open DOI:10.1016/j.xjon.2025.06.013 PMID:40923070	研究论文	本研究整合Loeys-Dietz综合征患者主动脉根部置换术后的纵向临床结果与主动脉平滑肌细胞转录组分析，探讨不同亚型特异性主动脉脆弱性的机制	首次通过单细胞RNA测序比较TGFBR1/2和SMAD3变异患者的平滑肌细胞表型，揭示亚型特异的基因调控模式	单中心研究，样本量有限（单细胞RNA测序仅n=8），随访时间中位数为6.16年	研究Loeys-Dietz综合征不同亚型的临床行为差异及主动脉细胞转录组特征	Loeys-Dietz综合征患者（n=62，其中59例基因确认）	医学遗传学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	临床数据和转录组数据	62例患者（36例TGFBR1/2变异，16例SMAD3变异，7例TGFB2/TGFB3变异），其中8例进行单细胞RNA测序分析
1496	2025-09-12	CREB drives acinar cells to ductal reprogramming and promotes pancreatic cancer progression in preclinical models of alcoholic pancreatitis 2025-Jul-14, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.05.574376 PMID:38903082	研究论文	本研究探讨了CREB在酒精性胰腺炎背景下驱动腺泡细胞向导管重编程并促进胰腺癌进展的机制	揭示了CREB与致癌Kras在慢性炎症环境中协同促进胰腺癌进展的分子互作机制	研究基于小鼠模型，临床转化需进一步验证	阐明CREB在酒精性胰腺炎相关胰腺癌发展中的作用	转基因小鼠模型（Ptf1aCreERTM/+;LSL-KrasG12D/+）及其衍生品系	癌症生物学	胰腺癌	Western blotting、磷酸激酶阵列、qPCR、单细胞RNA测序、谱系追踪	NA	基因表达数据、组织学图像	多种遗传修饰小鼠模型（KC、KCC-/-等）
1497	2025-09-12	Single-cell analysis of dup15q syndrome reveals developmental and postnatal molecular changes in autism 2025-Jul-04, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-61184-4 PMID:40615364	研究论文	通过单细胞和单核RNA测序分析dup15q综合征的皮质类器官和死后脑样本，揭示胎儿期和青少年-成人期的分子变化	首次在单细胞水平揭示dup15q综合征发育期和成年期的细胞类型特异性分子变化，并发现类器官与死后样本间高度保守的疾病相关模块	基于死后脑样本和类器官模型，可能无法完全反映活体大脑的动态过程	研究dup15q综合征与自闭症相关的分子机制	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本	数字病理学	自闭症谱系障碍	单细胞RNA测序, 单核RNA测序, 空间转录组学, 基因共表达网络分析	NA	RNA测序数据, 空间转录组数据	dup15q患者来源的iPSC皮质类器官和死后脑样本
1498	2025-09-12	SpaceBF: Spatial coexpression analysis using Bayesian Fused approaches in spatial omics datasets 2025-Jun-22, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.29.646124 PMID:40236135	研究论文	提出一种基于贝叶斯融合模型的空间共表达分析方法SpaceBF，用于空间组学数据中分子对的空间共表达检测	首次将贝叶斯融合建模框架应用于空间共表达分析，能够同时估计局部和全局水平的分子共表达，相比现有基于地理空间指标的方法具有更高的特异性和效力	NA	开发稳健的空间共表达分析方法，以更好地理解细胞间通讯中的配体-受体等分子相互作用	空间转录组学和蛋白质组学数据集中的分子对（基因、肽段、脂质、N-聚糖等）	空间组学数据分析	多种癌症	空间转录组学、质谱成像	Bayesian fused modeling framework	空间组学数据	NA
1499	2025-09-12	A Molecular, Spatial, and Regulatory Atlas of the Hydra vulgaris Nervous System 2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.15.531610 PMID:36993575	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和空间分析构建了Hydra vulgaris神经系统的分子和空间图谱	首次全面表征了Hydra神经系统的神经元类型、空间分布和基因调控网络	NA	揭示神经系统发育、稳态和再生的分子机制	Hydra vulgaris（水螅）的神经系统	发育神经科学	NA	单细胞RNA测序, ATAC-seq, 轨迹推断	NA	单细胞转录组数据, 染色质可及性数据	NA
1500	2025-09-12	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-05-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	研究论文	研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5以增强T细胞功能并防止抑制	利用改造的疱疹病毒TIP蛋白非经典方式招募LCK激酶直接激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	NA	增强T细胞疗法在实体瘤中的持久性和功能性	T细胞（特别是CD8+ T细胞）	生物医学工程	肿瘤	单细胞转录组学、蛋白质工程	NA	基因表达数据、功能实验数据	NA