单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 39758 篇文献，本页显示第 1481 - 1500 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1481 | 2026-05-12 |
A single-cell-resolution spatial transcriptomic atlas decodes wheat spike development and yield potential
2026-02-02, Molecular plant
IF:17.1Q1
DOI:10.1016/j.molp.2025.12.020
PMID:41437568
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研究论文 | 利用单细胞分辨率的空间转录组学技术，绘制小麦穗发育的时空转录组图谱，揭示其分子调控机制并构建基因调控网络 | 首次构建了小麦穗发育五个关键阶段的高分辨率空间转录组图谱，鉴定了9种细胞类型，发现了一种新的控制每穗粒数的基因模块，并开发了在线数据查询平台 | 信息未提 | 解析小麦穗发育的分子调控机制以提升产量潜力 | 小麦穗发育过程中的细胞类型及基因表达模式 | 新一代测序 | NA | 空间转录组学, 单核RNA测序 | NA | 空间转录组数据, 单核RNA测序数据 | 小麦穗发育的五个关键阶段样本 | 10x Genomics | 空间转录组学, 单核RNA测序 | 10x Visium, 10x Chromium | 10x Visium 空间转录组, 10x Chromium 单核RNA测序 |
| 1482 | 2026-05-12 |
Cytoplasm-nucleus shuttling of TET2: an intrinsic brake in colorectal cancer progression
2026-Jan-28, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-026-08418-5
PMID:41605908
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研究论文 | 本研究揭示了TET2蛋白在结直肠癌进展中的细胞质-细胞核穿梭机制，其作为内在刹车抑制肿瘤转移 | 首次发现TET2核增加仅在转移初期肿瘤中观察到，并阐明其与EMT/WNT通路形成的负反馈环路作为肿瘤抑制机制 | 未提及具体局限性 | 阐明TET2核质穿梭在结直肠癌进展中的作用及其分子机制 | 结直肠癌细胞和组织样本 | 机器学习 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x 铬 | 10x 铬单细胞3' |
| 1483 | 2026-05-12 |
Benchmarking cell type deconvolution in spatial transcriptomics and application to cancer immunotherapy
2026-Jan-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.01.13.699379
PMID:41648323
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研究论文 | 在空间转录组学中基准测试细胞类型反卷积方法并应用于癌症免疫治疗研究 | 通过结合空间和转录复杂性的逼真模拟构建了基准测试框架，发现简单的标记基因特征评分方法在稀有细胞类型反卷积中优于复杂模型 | 可能缺乏对真实生物场景中方法泛化能力的全面验证 | 评估现有细胞类型反卷积方法在空间转录组学数据中的准确性和一致性，并探索其在癌症免疫治疗中的应用 | 小鼠癌症模型中对单次抗PD1检查点阻断免疫治疗的早期应答 | 机器学习和空间转录组学 | 癌症 | 空间转录组学、单细胞参考数据 | 标记基因特征评分模型 | 空间转录组数据 | 小鼠癌症模型肿瘤和引流淋巴结的空间转录组数据集 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1484 | 2026-05-12 |
Identification and Validation of Mitophagy-Related Biomarkers in Colorectal Cancer: An Integrated Analysis of Single-Cell Transcriptome and Mendelian Randomization
2026, Genetics research
IF:1.4Q4
DOI:10.1155/genr/5579542
PMID:42108926
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研究论文 | 通过整合单细胞转录组和孟德尔随机化分析，鉴定并验证结直肠癌中线粒体自噬相关生物标志物 | 首次结合单细胞RNA测序与孟德尔随机化方法，从遗传因果角度鉴定结直肠癌中线粒体自噬相关的生物标志物 | 研究主要依赖公共数据库数据，临床样本验证规模有限，未深入探讨生物标志物的功能机制 | 鉴定结直肠癌中线粒体自噬相关的生物标志物，为诊断和治疗提供新见解 | 结直肠癌患者与对照组的临床样本及公共测序数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 单细胞RNA测序, 孟德尔随机化, 加权基因共表达网络分析, 机器学习, 定量PCR | NA | 单细胞转录组数据, 基因表达数据 | NA（未明确说明数量） | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1485 | 2026-05-12 |
Exploring the role of adenosine deaminase in esophageal cancer and its potential for traditional Chinese medicine intervention
2026, Frontiers in molecular biosciences
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fmolb.2026.1798177
PMID:42109526
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研究论文 | 通过多水平整合分析探索腺苷脱氨酶在食管癌中的遗传关联及其中医药干预潜力 | 首次从遗传学角度系统阐明腺苷脱氨酶与食管癌的关联，并结合中医药成分筛选进行分子对接 | 未提及具体局限性 | 探究腺苷脱氨酶在食管癌发生中的潜在作用机制及干预策略 | 食管癌患者和对照人群的血清样本及肿瘤组织 | 机器学习 | 食管癌 | 孟德尔随机化分析、转录组分析、单细胞RNA测序、分子对接模拟 | NA | 基因表达数据、血清样本数据 | 独立病例对照队列血清样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1486 | 2026-05-12 |
DoTools: a cross platform framework to streamline common single cell workflows
2026, Bioinformatics advances
IF:2.4Q2
DOI:10.1093/bioadv/vbag098
PMID:42109579
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研究论文 | 开发了一个跨平台框架DoTools，用于简化常见的单细胞分析流程 | 提供了一个统一的R/Bioconductor和Python/PyPI框架，整合了scVI、CellTypist和CellBender等第三方工具到标准流程如Seurat、SingleCellExperiment和Scanpy中，并提供了跨语言包装器和可视化工具 | 未提及 | 简化单细胞RNA测序数据分析中集成多个工具的复杂性，减少学习时间和编程技能需求 | 单细胞RNA测序数据分析流程 | 机器学习 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1487 | 2026-05-12 |
SPC24 boosts tumor progression and correlates with immune infiltrates in pancreatic adenocarcinoma
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1558646
PMID:42109651
|
研究论文 | 本研究系统揭示了SPC24在胰腺腺癌中的促癌作用及其与免疫浸润的相关性 | 首次系统阐明SPC24通过调控有丝分裂异常、代谢重编程和免疫微环境促进胰腺导管腺癌进展，并构建基于SPC24的预后风险模型 | 未来研究需进一步探索其分子机制及联合治疗潜力 | 探索SPC24在胰腺腺癌中的表达、功能及其作为预后标志物的价值 | 胰腺导管腺癌组织和细胞 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、临床数据 | 基于TCGA、GEO和单细胞RNA测序数据，体外和裸鼠异种移植模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1488 | 2026-05-12 |
Digital pathology and artificial intelligence in breast and gynecologic oncology: from molecular prediction to multimodal integration
2026, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2026.1833926
PMID:42109656
|
综述 | 综述数字病理学与人工智能在乳腺癌及妇科肿瘤中的应用，涵盖从分子预测到多模态数据整合的最新进展 | 系统整合了形态学与分子数据，结合空间转录组学和蛋白组学深入解析肿瘤异质性和微环境相互作用 | 面临标准化、可重复性、监管和工作流整合等挑战 | 探讨数字病理学与分子病理学在乳腺癌和妇科肿瘤中的临床整合应用 | 乳腺癌、子宫内膜癌、卵巢癌和宫颈癌 | 数字病理学 | 乳腺癌, 妇科癌症 | 下一代测序, 空间图谱分析, 数字病理学, 人工智能, 机器学习 | NA | 图像, 分子数据, 空间转录组数据, 蛋白质组数据 | NA | NA | 空间转录组学, 蛋白组学 | NA | NA |
| 1489 | 2026-05-12 |
Clofoctol as a novel senolytic drug eliminating therapy-induced senescent glioma cells
2026 Jan-Dec, Neuro-oncology advances
IF:3.7Q2
DOI:10.1093/noajnl/vdag102
PMID:42109835
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研究论文 | 本研究揭示了氯福克酚作为新型衰老细胞清除药物，通过P53靶向消除治疗诱导的衰老胶质瘤细胞 | 首次发现氯福克酚具有清除衰老胶质瘤细胞的作用，并揭示其通过P53诱导凋亡和铁死亡的双重机制 | 尚需进一步验证氯福克酚在人体中的安全性和有效性，以及其与替莫唑胺联合治疗的临床转化潜力 | 评估氯福克酚对胶质母细胞瘤的治疗潜力，特别是其清除衰老肿瘤细胞的能力 | 氯福克酚在胶质瘤细胞和动物模型中的作用机制 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | GL261细胞系和原位患者来源异种移植小鼠模型 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 用于肿瘤组织的单细胞RNA测序 |
| 1490 | 2026-05-12 |
PRDM1 Is Associated with Chemoradiotherapy-Associated Enrichment of Adaptive NK Cells in Cervical Cancer
2026, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.34133/csbj.0092
PMID:42110212
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研究论文 | 分析宫颈癌患者在放化疗前后适应性自然杀伤细胞的动态变化，发现转录因子PRDM1在适应性自然杀伤细胞中上调，并通过计算模拟预测其可能维持适应性自然杀伤细胞的特性和功能 | 首次揭示放化疗可显著富集适应性自然杀伤细胞并增强其细胞毒性和抗病毒程序，发现PRDM1作为关键调控因子在适应性自然杀伤细胞的活化和轨迹维持中发挥重要作用 | 仅基于计算模拟分析PRDM1的扰动效应，缺乏体内或体外实验验证其调控机制 | 探究放化疗诱导宫颈癌患者适应性自然杀伤细胞富集的动态变化及其背后的调控机制 | 宫颈癌患者 | 自然语言处理 | 宫颈癌 | 单细胞RNA测序 | scTenifoldKnk, CellOracle | 单细胞转录组数据 | 放化疗前、第一次放化疗后、第二次放化疗后的宫颈癌患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1491 | 2026-05-12 |
Integrative Transcriptomic and Single-Cell Analysis Reveals the Role of Autophagy-Related Genes in Psoriasis Pathogenesis
2026, Clinical, cosmetic and investigational dermatology
DOI:10.2147/CCID.S592553
PMID:42111235
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research paper | 整合转录组学和单细胞分析揭示自噬相关基因在银屑病发病机制中的作用 | 首次通过整合单细胞RNA测序和mRNA测序数据，结合伪时间轨迹分析和细胞通讯分析，系统揭示了自噬相关基因在银屑病角质形成细胞功能障碍和炎症进展中的潜在调控机制，并鉴定出PKP3、SPRR2B和KRT6B三个关键基因作为新的治疗靶点 | 本研究主要依赖于公开数据库和有限的临床样本，需要更大规模的多中心队列验证，且自噬相关基因在银屑病中的具体功能机制仍需进一步的体内外实验阐明 | 探索自噬相关基因在银屑病发病机制中的潜在调控机制和关键基因 | 银屑病患者和正常对照的皮肤样本 | digital pathology | chronic inflammatory skin disease | single-cell RNA sequencing, mRNA sequencing, RT-qPCR | NA | gene expression data, sequencing data | 银屑病及正常样本（具体数量未提及），临床队列样本及小鼠模型样本 | NA | single-cell RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1492 | 2026-05-12 |
Correction: Spatial transcriptomics reveals Inhba/Smad2/E2f4 axis in Lrp2high thecal cell proliferation in androgen-induced PCOS mice
2026, Frontiers in cell and developmental biology
IF:4.6Q1
DOI:10.3389/fcell.2026.1855846
PMID:42111260
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更正 | 对先前关于空间转录组学揭示Lrp2高表达内膜细胞在雄激素诱导的PCOS小鼠中增殖的Inhba/Smad2/E2f4轴的文章进行更正 | NA | NA | 更正先前研究中的错误 | 先前研究中涉及的研究对象 | NA | 多囊卵巢综合征 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1493 | 2026-05-12 |
A POSTN+ CAF/APOE+ TAM Axis is Associated with Tumor Progression and Potential Immunotherapy Resistance in Laryngeal Squamous Cell Carcinoma
2026, International journal of general medicine
IF:2.1Q2
DOI:10.2147/IJGM.S583478
PMID:42111396
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研究论文 | 通过多组学整合分析揭示喉鳞状细胞癌中POSTN+ CAF与APOE+ TAM的相互作用及其与肿瘤进展和免疫治疗耐药的相关性 | 首次在喉鳞状细胞癌中通过单细胞RNA测序、空间转录组学和bulk RNA-seq多组学整合分析，揭示了POSTN+ CAF和APOE+ TAM之间的双向信号传导和空间共定位，并发现其与免疫治疗耐药相关 | 研究主要基于公共数据库数据，缺乏独立的前瞻性临床队列验证；POSTN与APOE之间的分子对接结果需进一步实验验证其直接相互作用 | 探究POSTN+ CAF和APOE+ TAM在喉鳞状细胞癌肿瘤微环境中的特征、相互作用及临床意义 | 喉鳞状细胞癌肿瘤组织和正常组织中的POSTN+ 癌症相关成纤维细胞和APOE+ 肿瘤相关巨噬细胞 | 机器学习 | 喉鳞状细胞癌 | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据、空间转录组数据、bulk RNA-seq数据 | 29例喉鳞状细胞癌单细胞样本（肿瘤16例，正常13例），共206,399个细胞 | NA | single-cell RNA-seq, spatial transcriptomics, bulk RNA-seq | NA | NA |
| 1494 | 2026-05-12 |
Multiomics Characterization of GCSH + Macrophages Reveals Therapeutic Vulnerabilities and Immune-Metabolic Crosstalk in Triple-Negative Breast Cancer
2026, Human mutation
IF:3.3Q2
DOI:10.1155/humu/7893655
PMID:42111497
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研究论文 | 通过多组学方法表征三阴性乳腺癌中GCSH阳性巨噬细胞，揭示其治疗脆弱性和免疫代谢串扰 | 首次系统描述GCSH+巨噬细胞在三阴性乳腺癌中的代谢重塑、免疫抑制功能及其作为治疗靶点的潜力 | 主要基于生物信息学分析和有限的体外体内实验，需要更大样本和临床验证 | 探讨巨噬细胞代谢重编程与免疫调节的分子机制，评估GCSH作为治疗靶点的潜力 | 三阴性乳腺癌组织中的肿瘤相关巨噬细胞（TAMs） | 生物信息学 | 三阴性乳腺癌 | 单细胞RNA测序、空间转录组学、伪时间轨迹分析、细胞通讯推断、代谢通路富集、突变分析、药物敏感性预测 | NA | 单细胞转录组数据、空间转录组数据、临床突变数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1495 | 2026-05-12 |
ANPEP governs macrophage lipid metabolism and macrophage foam cell formation in large-artery atherosclerotic stroke
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1747321
PMID:42112330
|
研究论文 | 本研究整合多组学数据与实验验证，发现ANPEP基因通过调控巨噬细胞脂质代谢在动脉粥样硬化性大动脉卒中中发挥关键作用 | 首次发现溶酶体相关基因ANPEP在TREM2+脂质相关巨噬细胞中特异性富集，并通过VDR和MAPK信号通路调控泡沫细胞形成 | 未提及具体局限性信息 | 识别大动脉粥样硬化性卒中的关键溶酶体相关基因并阐明其分子机制 | 大动脉粥样硬化性卒中患者的动脉粥样硬化斑块组织及巨噬细胞 | 机器学习, 数字病理学 | 心血管疾病 | RNA测序, 单细胞RNA测序 | 机器学习算法 | 转录组数据, 单细胞RNA测序数据 | GSE100927和GSE28829数据集（样本量未明确说明），单细胞RNA测序数据集GSE159677 | NA | 单细胞RNA测序, 批量RNA测序 | NA | NA |
| 1496 | 2026-05-12 |
Identification of a prognostic signature based on ammonia metabolism-related genes in clear cell renal cell carcinoma: an integrated analysis of bulk and single-cell transcriptomics
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1765098
PMID:42112332
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研究论文 | 基于氨代谢相关基因构建透明细胞肾细胞癌预后标志物的综合分析 | 首次将氨诱导细胞死亡基因与透明细胞肾细胞癌预后模型相结合，并在单细胞水平上鉴定恶性细胞为关键细胞 | 未明确提及研究局限性 | 探索氨代谢相关基因在透明细胞肾细胞癌预后中的潜在机制并构建预后模型 | 透明细胞肾细胞癌患者样本及公开转录组数据 | 机器学习 | 肾细胞癌 | RNA测序, RT-qPCR | 机器学习预后模型 | 转录组数据 | 公开数据集样本（具体数量未提及） | NA | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1497 | 2026-05-12 |
WSTF-associated regulation of GLYCTK and metabolic adaptation in colorectal cancer
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1819148
PMID:42112339
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研究论文 | 本研究整合多组学数据，探索WSTF调控GLYCTK及代谢重编程在结直肠癌进展中的作用 | 首次通过多组学SMR分析揭示WSTF与GLYCTK的甲基化依赖性调控关系，并鉴定出潜在靶向化合物 | 未在体内模型或临床样本中验证WSTF-GLYCTK轴的因果关系；药物筛选仅基于计算模拟 | 阐明WSTF通过转录和表观遗传调控代谢适应促进结直肠癌进展的分子机制 | 结直肠癌细胞系及患者队列 | 机器学习 | 结直肠癌 | RNA-seq, LC-MS代谢组学, ChIP-seq, 全基因组关联研究, 单细胞RNA-seq | NA | 转录组、代谢组、表观基因组、基因组关联数据 | 结直肠癌细胞系及多个公开队列数据 | Illumina | bulk RNA-seq, 单细胞RNA-seq, ChIP-seq, 代谢组学 | NA | NA |
| 1498 | 2026-05-12 |
Pan-cancer analysis of OSR2 with a focus on underlying mechanisms and therapeutic implications in lung adenocarcinoma
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1769446
PMID:42112349
|
研究论文 | 对OSR2进行泛癌分析，重点探讨其在肺腺癌中的潜在机制和治疗意义 | 首次通过整合多组学数据系统分析OSR2在多种癌症中的表达模式、预后价值及其与肿瘤微环境中癌相关成纤维细胞的关联 | OSR2在肺腺癌中的功能验证仅限于体外实验，缺乏体内模型和临床队列的进一步确认 | 探讨OSR2在不同癌症类型中的表达特征、预后意义及其在免疫治疗反应预测中的潜力 | OSR2转录因子及其在多种癌症（特别是肺腺癌）中的作用机制 | 计算机视觉 | 肺癌 | RNA-seq | NA | 转录组数据 | 泛癌数据库（TCGA和GEO）中的多个癌症样本 | NA | NA | NA | NA |
| 1499 | 2026-05-12 |
Diabetic neuropathy's immune-metabolic network: mechanistic complexity, therapeutic challenges, and the path forward
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1804076
PMID:42112353
|
综述 | 本文提出了糖尿病神经病变从“代谢毒性”向“免疫-代谢网络”功能障碍的病理进展转变，分析了核心机制并探讨了治疗挑战 | 提出糖尿病神经病变是免疫-代谢网络整体功能障碍，而非单纯代谢毒性，并识别了施万细胞在免疫反应和代谢支持中的“零和游戏”，以及ZBP1作为关键分子开关的新机制 | 未提及明确局限性，但指出了动物模型与临床现实之间的差距 | 重新定义糖尿病神经病变的病理机制，提出从代谢毒性到免疫-代谢网络功能障碍的转变，并探讨新的治疗方向 | 糖尿病神经病变的免疫-代谢网络，包括免疫细胞、施万细胞和神经元 | 机器学习 | 糖尿病神经病变 | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1500 | 2026-05-12 |
Mapping the immune environment: spatiotemporal dynamics in cardiovascular events
2026, Frontiers in immunology
IF:5.7Q1
DOI:10.3389/fimmu.2026.1809941
PMID:42112356
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综述 | 提出一个四维时空框架来描绘心血管事件中的免疫动态变化 | 将免疫反应从静态风险因素转变为可测量、可靶向的时空动态过程，整合分子成像、单细胞和空间转录组学等技术 | 未在真实患者队列中进行完整验证，缺乏多中心临床数据支持 | 构建心血管事件免疫环境的时空动态框架，实现精确免疫调节 | 心血管疾病中的免疫细胞、炎症介质和组织微环境 | 机器学习 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 分子成像数据、单细胞转录组数据、空间转录组数据、生物标志物数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序， 空间转录组学 | NA | NA |