单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 14901 - 14920 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14901 | 2024-08-04 |
Spatial Omics Driven Crossmodal Pretraining Applied to Graph-based Deep Learning for Cancer Pathology Analysis
2024, Pacific Symposium on Biocomputing. Pacific Symposium on Biocomputing
PMID:38160300
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研究论文 | 该文章探讨了利用空间组学数据与对比跨模态预训练机制相结合，提高基于图的深度学习模型对癌症病理分析的提取能力 | 将空间转录组学数据与图形化深度学习结合的对比跨模态预训练机制，展示了对形态和分子层面理解的提升 | 未提及具体的局限性 | 提高用于癌症病理分析的图基深度学习模型的性能 | 癌症病理图像中的形态和分子信息 | 数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 图形神经网络 | 图像和转录组数据 | 具体样本数量未明确提供 |
| 14902 | 2024-08-04 |
Pan-cancer and single-cell analysis reveal THRAP3 as a prognostic and immunological biomarker for multiple cancer types
2024, Frontiers in genetics
IF:2.8Q2
DOI:10.3389/fgene.2024.1277541
PMID:38333620
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研究论文 | 本研究揭示了THRAP3在多种癌症中的预后和免疫学标志物的潜力 | 首次全面分析了THRAP3在泛癌症中的作用，并验证了其在肺癌中的表达水平 | THRAP3的低表达在肺鳞状细胞癌中未得到详细探讨 | 探讨THRAP3在多种癌症中的生物学活性及其作为预后标志物的有效性 | 研究了THRAP3在肺癌及其他多种癌症中的表达和预后关系 | 数字病理学 | 肺癌 | 免疫组化(IHC)和单细胞测序(ScRNA-seq) | NA | 生物信息学数据库数据 | 在研究中利用了多种癌症类型的样本，具体样本数量未明示 |
| 14903 | 2024-08-04 |
The use of single-cell RNA-seq to study heterogeneity at varying levels of virus-host interactions
2024-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011898
PMID:38236826
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综述 | 本研究描述了利用单细胞RNA测序技术研究病毒感染异质性的方法。 | 提出使用单细胞RNA测序技术来研究病毒与宿主相互作用中存在的复杂性和细胞异质性。 | 强调了在不同尺度上分析单细胞RNA测序数据时的一些关键实验限制和方法选择。 | 研究病毒感染过程中的异质性及感染细胞人群的动态变化。 | 研究对象包括个别病毒粒子和感染个体之间的免疫反应。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 成千上万的个体细胞 |
| 14904 | 2024-08-07 |
BHLHE40 drives protective polyfunctional CD4 T cell differentiation in the female reproductive tract against Chlamydia
2024-Jan, PLoS pathogens
IF:5.5Q1
DOI:10.1371/journal.ppat.1011983
PMID:38271477
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研究论文 | 本研究探讨了转录因子Bhlhe40在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用 | 首次揭示了Bhlhe40在调节CD4 T细胞分化和多功能反应中的关键作用，对抗沙眼衣原体感染 | NA | 研究Bhlhe40在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应中的作用 | Bhlhe40在女性生殖道中对沙眼衣原体感染的保护性T细胞反应 | 免疫学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序结合TCR分析 | NA | RNA | Bhlhe40缺陷小鼠和野生型小鼠的CD4 T细胞 |
| 14905 | 2024-08-07 |
MAPK-activated protein kinase 2 is associated with poor prognosis of glioma patients and immune inhibition in glioma
2024, Frontiers in oncology
IF:3.5Q2
DOI:10.3389/fonc.2024.1307992
PMID:38322416
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研究论文 | 本研究探讨了MAPK激活蛋白激酶2（MAPKAPK2）在胶质瘤中的表达及其对患者预后和免疫抑制的影响 | 首次揭示了MAPKAPK2在胶质瘤中的临床意义和分子功能，特别是在细胞增殖、迁移、DNA损伤修复和免疫调节中的作用 | NA | 研究MAPKAPK2在胶质瘤中的临床意义和分子功能 | MAPKAPK2在胶质瘤组织中的表达及其对患者预后和免疫抑制的影响 | 数字病理学 | 脑瘤 | 免疫组织化学、转录组测序、单细胞RNA测序、流式细胞术 | NA | 组织样本、RNA序列 | 使用了来自TCGA和CGGA的数据，具体样本数量未详细说明 |
| 14906 | 2024-08-07 |
Development and Validation of a Novel Nomogram Integrated with Hypoxic and Lactate Metabolic Characteristics for Prognosis Prediction in Hepatocellular Carcinoma
2024, Journal of hepatocellular carcinoma
IF:4.2Q2
DOI:10.2147/JHC.S446313
PMID:38333220
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研究论文 | 本研究开发并验证了一种新型诺模图，该诺模图整合了缺氧和乳酸代谢特征，用于预测肝细胞癌的预后 | 本研究创新性地构建了一个与缺氧和乳酸代谢相关的预后模型（HLPM），并开发了一个整合HLPM和临床特征的诺模图，用于肝细胞癌的预后预测 | NA | 旨在构建一个与缺氧和乳酸代谢相关的预后模型，以评估肝细胞癌患者的生存和治疗反应，并开发一个整合这些特征的诺模图用于预后预测 | 肝细胞癌患者 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序 | 诺模图 | 组织样本 | 14对组织样本和单细胞RNA测序数据集 |
| 14907 | 2024-08-04 |
Enrichment of a neutrophil-like monocyte transcriptional state in glioblastoma myeloid suppressor cells
2023-Dec-28, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3793353/v1
PMID:38234734
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研究论文 | 研究发现胶质母细胞瘤（GBM）患者的单核细胞来源的抑制细胞（M-MDSC）表现出异质性，尤其是富集在类中性粒细胞的转录状态中 | 首次描述了GBM患者M-MDSC的发育来源和表型特征，并识别出了一种新型的单核细胞生成途径NeuMo | 未完全阐明M-MDSC的确切发育过程和所有表型标记 | 揭示胶质母细胞瘤中M-MDSC的异质性和其在肿瘤免疫抑制中的作用 | 胶质母细胞瘤患者的血液样本中的单核细胞来源抑制细胞 | 数字病理学 | 胶质母细胞瘤 | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 来自多位（具体数量未提供）胶质母细胞瘤患者的血液样本 |
| 14908 | 2024-08-04 |
Predicting the Structural Impact of Human Alternative Splicing
2023-Dec-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.21.572928
PMID:38187531
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研究论文 | 本研究探讨了人类替代剪接对蛋白质结构的影响 | 我们使用AlphaFold2预测了超过11,000个人类同种异构体的结构，揭示了替代剪接所引发的结构变化 | 本研究主要集中在少数技术指标上，可能未能全面覆盖所有替代剪接对结构的影响 | 研究替代剪接对蛋白质结构和功能的影响 | 人类蛋白质同种异构体及其替代剪接变体 | 数字病理学 | NA | RNA-seq, AlphaFold2 | NA | 结构数据 | 超过11,000个人类同种异构体 |
| 14909 | 2024-08-04 |
CD4+ T cells are homeostatic regulators during Mtb reinfection
2023-Dec-21, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.20.572669
PMID:38187598
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研究论文 | 该文研究了CD4+ T细胞在Mtb再感染期间的调节作用 | 研究表明CD4 T细胞在再感染环境中通过减少肺部炎症和调节CD8 T细胞活性来提供长期的保护作用 | 目前对再感染后肺部细胞环境的变化了解仍然有限 | 探讨CD4 T细胞在Mtb再感染中的作用及其对疾病严重性的影响 | 采用非人灵长类动物的再感染模型观察CD4 T细胞对保护反应的影响 | 免疫学 | 结核病 | PET-CT、流式细胞术和单细胞RNA测序 | NA | 临床和微生物学数据 | 非人灵长类动物模型 |
| 14910 | 2024-08-07 |
Single-cell morphological and transcriptome analysis unveil inhibitors of polyploid giant breast cancer cells in vitro
2023-12-21, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-023-05674-5
PMID:38129519
|
研究论文 | 本文通过单细胞形态学和转录组分析，识别了抑制体外多倍体巨型乳腺癌细胞的化合物 | 建立了高吞吐量和精确度的单细胞形态学分析流程，并结合scRNA-Seq技术，揭示了乳腺癌多倍体巨型细胞的细胞周期、代谢和铁死亡敏感性的变化 | NA | 发现有效的抗多倍体巨型癌细胞化合物 | 多倍体巨型乳腺癌细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | scRNA-Seq | NA | 单细胞数据 | NA |
| 14911 | 2024-08-04 |
Common and divergent gene regulatory networks control injury-induced and developmental neurogenesis in zebrafish retina
2023-Dec-20, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44142-w
PMID:38123561
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研究论文 | 该文章分析了斑马鱼视网膜中受伤诱导和发育神经发生的基因调控网络 | 展示了损伤如何诱导穆勒胶质细胞重编程为类似晚期视网膜前体细胞的状态 | 需要进一步确认不同视网膜细胞亚型损伤的转录因子基因表达差异及其再生结果的机制 | 研究斑马鱼在视网膜受损后的再生能力及其与发育过程的关系 | 斑马鱼视网膜中的穆勒胶质细胞及其分化为神经前体细胞的过程 | 数字病理 | NA | 单细胞RNA测序和ATAC测序 | NA | 基因表达数据 | 开发和再生的视网膜样本 |
| 14912 | 2024-08-04 |
Differential detection workflows for multi-sample single-cell RNA-seq data
2023-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.17.572043
PMID:38187695
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研究论文 | 本文开发了一种评估差异检测的工作流程，在单细胞转录组中测试基因在样本或细胞中的检测差异 | 提出了一种统一的工作流程，联合评估差异表达和差异检测 | 本文未提及具体的局限性 | 探索单细胞转录组学中基因表达的差异及其分布特性 | 多样本单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 使用了模拟和两个案例研究 |
| 14913 | 2024-08-04 |
Pathway centric analysis for single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics data with GSDensity
2023-Dec-18, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-44206-x
PMID:38110427
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研究论文 | 本文介绍了一种名为GSDensity的图建模方法，能够对单细胞和空间转录组数据进行通路中心的分析。 | GSDensity方法能够在没有进行聚类的情况下，准确检测生物学上不同的细胞，并揭示现有方法未能识别的新型细胞-通路关联。 | 本研究的局限性未在摘要中提到 | 研究旨在提供一种新的方法来分析复杂的单细胞和空间转录组数据。 | 研究对象包括小鼠大脑发育各阶段和人类肿瘤的空间转录组数据。 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | 图模型 | 单细胞和空间转录组数据 | 涉及六种不同肿瘤类型的样本 |
| 14914 | 2024-08-04 |
Unagi: Deep Generative Model for Deciphering Cellular Dynamics and In-Silico Drug Discovery in Complex Diseases
2023-Dec-18, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3676579/v1
PMID:38196613
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研究论文 | 本文介绍了UNAGI，一种深度生成神经网络，旨在分析时间序列单细胞转录组数据。 | 本文的创新点在于开发了一种专门用于解析复杂疾病中细胞动态和药物发现的深度生成模型UNAGI。 | 本文未具体说明UNAGI在不同疾病应用中的局限性。 | 研究的目的是通过深度学习分析细胞动态，以改进疾病进程分析和药物发现。 | 研究对象主要是来自特发性肺纤维化患者的单细胞转录组数据。 | 数字病理学 | 特发性肺纤维化 | 单细胞测序 | 深度生成神经网络 | 文本 | NA |
| 14915 | 2024-08-07 |
STACCato: Supervised Tensor Analysis tool for studying Cell-cell Communication using scRNA-seq data across multiple samples and conditions
2023-Dec-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.15.571918
PMID:38168391
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研究论文 | 介绍了一种名为STACCato的监督张量分析工具，用于在考虑批次和人口统计变量等潜在混杂因素的情况下，研究多样本、多条件的单细胞RNA测序数据中的细胞间通信 | STACCato工具在分析细胞间通信时，能够调整潜在的混杂因素，如批次和人口统计变量，从而提供更准确的疾病效应和细胞类型活性模式的估计 | NA | 开发一种新的工具，以更准确地分析和理解细胞间通信，特别是在多条件和多样本的单细胞RNA测序数据中 | 细胞间通信事件及其在不同生物条件下的效应 | 数字病理学 | 自身免疫性疾病 | scRNA-seq | NA | scRNA-seq数据 | 涉及狼疮和自闭症研究的模拟数据和真实单细胞RNA测序数据 |
| 14916 | 2024-08-07 |
Comprehensive single-cell analysis demonstrates radiotherapy-induced infiltration of macrophages expressing immunosuppressive genes into tumor in esophageal squamous cell carcinoma
2023-Dec-15, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9069
PMID:38091397
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研究论文 | 通过综合空间和单细胞分析，研究了放射治疗后食管鳞状细胞癌肿瘤中免疫细胞的浸润及其基因表达的变化 | 首次证实了放射治疗后肿瘤中免疫细胞的动态浸润及其免疫刺激和免疫抑制基因表达的变化，并揭示了时间依赖性和细胞类型依赖性的基因表达变化 | NA | 研究放射治疗后食管鳞状细胞癌肿瘤中的免疫反应特征，为个性化免疫治疗提供靶点信息 | 食管鳞状细胞癌肿瘤中的免疫细胞及其基因表达 | 数字病理学 | 食管癌 | 多重免疫染色（CODEX）、空间转录组（VISIUM）和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 14917 | 2024-08-04 |
A neuronal coping mechanism linking stress-induced anxiety to motivation for reward
2023-12-08, Science advances
IF:11.7Q1
DOI:10.1126/sciadv.adh9620
PMID:38055830
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研究论文 | 这篇文章展示了急性压力如何通过激活小鼠的GABA能神经元影响焦虑和奖励动机。 | 研究揭示了应激、焦虑与动机之间的神经基础，并首次探索IPN GABA能神经元在应激应对机制中的作用。 | 研究主要在小鼠模型中进行，是否适用于其他物种尚不明确。 | 本研究旨在揭示压力如何通过神经机制影响焦虑和奖励动机。 | 本研究的对象为小鼠，特别是研究其GABA能神经元的活动。 | 神经科学 | 焦虑症 | 光遗传学，单细胞测序，光纤光度测定 | NA | 生物体实验数据 | 使用多个小鼠进行实验，具体样本数量未在摘要中明确 |
| 14918 | 2024-08-04 |
Hemorrhage-activated NRF2 in tumor-associated macrophages drives cancer growth, invasion, and immunotherapy resistance
2023-Dec-07, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI174528
PMID:38060331
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研究论文 | 这篇文章探讨了肿瘤相关巨噬细胞中由出血激活的NRF2如何促进癌症生长、侵袭和免疫治疗抵抗。 | 文章首次揭示了肿瘤内出血通过NRF2激活的巨噬细胞促进癌症发展的新机制。 | 研究主要集中在小鼠模型上，临床转化的有效性和适用性尚未得到验证 | 研究目的是探索出血在癌症进展和治疗反应中的独立作用。 | 研究对象为肿瘤相关巨噬细胞及其在肿瘤微环境中如何发育与功能。 | 数字病理学 | 肠癌 | 单细胞RNA测序，空间转录组测序 | NA | 细胞，组织样本 | 用于实验的样本数量和种类未在摘要中明确提及 |
| 14919 | 2024-08-04 |
Spatial gene expression in the adult rat patellar tendon
2023-Dec, Matrix biology plus
DOI:10.1016/j.mbplus.2023.100138
PMID:38124714
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研究论文 | 本研究探讨了成年大鼠髌腱的空间基因表达特征 | 发现了一个新的空间调控基因(AABR07000398.1)，其功能尚不明确 | 仅使用了两份雄性大鼠髌腱样本，样本量较小 | 确定髌腱的基因表达谱及其空间分布 | 雄性大鼠的髌腱样本 | 数字病理 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 2个雄性大鼠髌腱样本 |
| 14920 | 2024-08-04 |
Semi-reference based cell type deconvolution with application to human metastatic cancers
2023-Dec, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqad109
PMID:38143958
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研究论文 | 本研究介绍了一种新颖的解卷积方法SECRET，用于从大规模RNA-seq数据中准确估计细胞类型比例 | SECRET方法允许在参考数据中未代表的细胞类型情况下灵活选择参考数据，并且在合成数据上表现出优越的准确性 | 未提及具体的限制信息 | 研究如何从大规模RNA-seq数据中提取细胞类型特异性信息 | 研究以人类转移性癌症为对象 | 数字病理学 | 癌症 | RNA-seq | NA | RNA-seq数据 | NA |