单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 14881 - 14900 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14881 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics reveals colonic immune perturbations during amyloid-β driven Alzheimer's disease in mice
2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.01.27.573841
PMID:38352325
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研究论文 | 这篇论文揭示了在阿尔茨海默病小鼠模型中，肠道免疫扰动的单细胞转录组学研究 | 文章首次揭示了阿尔茨海默病与肠道免疫机制之间的关联，特别是CXCR4抗体分泌细胞的显著减少 | 该研究主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类阿尔茨海默病的免疫机制 | 研究肠-脑轴在阿尔茨海默病中的免疫机制 | 使用5XFAD阿米洛β小鼠模型研究肠道免疫活动 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用5XFAD小鼠模型进行实验，样本数量未具体说明 |
| 14882 | 2024-08-07 |
Toward the Identifiability of Comparative Deep Generative Models
2024-Jan-29, ArXiv
PMID:38351930
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研究论文 | 本文提出了一种针对比较深度生成模型（DGMs）的可识别性理论，通过扩展非线性独立成分分析领域的最新进展，展示了在混合函数为分段仿射（如由ReLU神经网络参数化）时模型的可识别性，并探讨了模型误指定的影响。 | 本文通过理论分析和实验验证，提出了一种新的方法来提高比较DGMs的可识别性，特别是在处理多个数据源时通过多目标优化和约束优化调整超参数。 | 文章指出，现有的比较DGMs方法通常依赖于没有理论基础的临时正则化方案，且在实际应用中，DGMs自然推断可解释和模块化的潜在表示是一个问题。 | 研究旨在提高比较深度生成模型的可识别性和实用性。 | 研究对象是比较深度生成模型及其在不同数据集比较中的应用。 | 机器学习 | NA | 深度生成模型（DGMs） | ReLU神经网络 | 单细胞RNA测序数据 | 文章未具体提及样本数量 |
| 14883 | 2024-08-04 |
scCorrector: a robust method for integrating multi-study single-cell data
2024-Jan-22, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbad525
PMID:38271483
|
研究论文 | 本文提出了一种基于变分自编码器的模型scCorrector，用于整合来自不同研究的单细胞数据 | scCorrector通过研究特异性自适应归一化来优化不同研究的单细胞数据整合，且在不同条件下表现出竞争力和稳健性 | 暂无明确提及的限制 | 旨在解决多研究单细胞数据整合过程中的技术噪声、样本异质性等挑战 | 整合来自不同研究的单细胞数据 | 数字病理学 | NA | 变分自编码器 | NA | 单细胞数据 | NA |
| 14884 | 2024-08-07 |
Nasopharyngeal neutrophilic-retention signatures could predict disease progression in early SARS-CoV-2 infection
2024-01, Journal of medical virology
IF:6.8Q1
DOI:10.1002/jmv.29328
PMID:38146903
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研究论文 | 本研究通过RNA测序分析了COVID-19患者鼻咽拭子中的中性粒细胞相关基因表达，并发现与疾病严重程度相关的四个基因组成的NSAP可以作为早期诊断严重COVID-19的标志物 | 首次揭示了鼻咽部中性粒细胞的功能特征及其在预测COVID-19疾病进展中的作用，并识别出与疾病进展相关的四个基因组成的NSAP | NA | 探究鼻咽部中性粒细胞在COVID-19早期感染中的动态变化及其预测疾病进展的作用 | COVID-19患者的鼻咽拭子样本 | 数字病理学 | COVID-19 | RNA测序 | NA | RNA | 包括轻度、中度、重度COVID-19患者及健康对照的鼻咽拭子样本 |
| 14885 | 2024-08-07 |
Ivabradine Alleviates Experimental Autoimmune Myocarditis-Mediated Myocardial Injury
2024, International heart journal
IF:1.2Q3
DOI:10.1536/ihj.23-330
PMID:38296563
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研究论文 | 研究伊伐布雷定在实验性自身免疫性心肌炎模型中对心肌损伤的影响及其机制 | 首次探讨伊伐布雷定通过抑制HCNs通道在心肌炎中的抗炎作用 | 研究仅在动物模型中进行，需进一步在人体中验证 | 探究伊伐布雷定在心肌炎中的作用及其机制 | 实验性自身免疫性心肌炎大鼠模型 | 心血管疾病 | 心肌炎 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | RNA | 32只Lewis大鼠 |
| 14886 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of single cell and bulk data develops a promising prognostic signature for improving immunotherapy responses in ovarian cancer
2024, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0298125
PMID:38346070
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量数据集成的优势，分析卵巢癌的肿瘤异质性，并开发了一种新的预后标志物，以改善卵巢癌患者的免疫治疗反应 | 首次综合利用单细胞和批量数据来解码卵巢癌的肿瘤异质性，并开发了一种稳定的细胞特征基因相关预后标志物（CCIS） | 研究基于公开数据集，可能存在样本选择偏倚；预后标志物的临床应用需要进一步的验证 | 探索卵巢癌的肿瘤异质性，并开发新的预后标志物以改善患者的免疫治疗反应 | 卵巢癌患者的肿瘤异质性及预后标志物 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 随机森林算法 | 基因表达数据 | 包括E-MTAB-8107、TCGA-OV、GSE63885和GSE26193四个队列的公开数据集 |
| 14887 | 2024-08-04 |
FXYD3 functionally demarcates an ancestral breast cancer stem cell subpopulation with features of drug-tolerant persisters
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI166666
PMID:37966117
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研究论文 | 该文章研究了FXYD3在三阴性乳腺癌干细胞亚群体中的功能及其耐药特征 | 发现了以FXYD3为标志的乳腺癌干细胞亚群，并揭示了其与药物耐受性持久存活者的关系 | 研究主要集中在三阴性乳腺癌，可能不适用于其他类型的癌症 | 探讨肿瘤中癌症干细胞的异质性及其在化疗中的敏感性 | 三阴性乳腺癌（TNBC）中的癌症干细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞转录组分析 | NA | NA | NA |
| 14888 | 2024-08-07 |
Mechanisms underlying the therapeutic effects of cinobufagin in treating melanoma based on network pharmacology, single-cell RNA sequencing data, molecular docking, and molecular dynamics simulation
2023, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2023.1315965
PMID:38348352
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研究论文 | 本研究旨在预测蟾毒灵在黑色素瘤中的潜在作用靶点，通过网络药理学、单细胞RNA测序数据、分子对接和分子动力学模拟等方法进行分析 | 本研究结合多种先进技术，如单细胞RNA测序和分子动力学模拟，以揭示蟾毒灵治疗黑色素瘤的新机制 | 研究结论缺乏相关实验数据支持，需要进一步实验验证 | 预测蟾毒灵在黑色素瘤中的潜在作用靶点 | 蟾毒灵在黑色素瘤中的作用机制 | 分子生物学 | 黑色素瘤 | 单细胞RNA测序, 分子对接, 分子动力学模拟 | NA | 基因表达数据 | 使用GSE46517和GSE215120数据集中的样本 |
| 14889 | 2024-08-07 |
Scrutinizing the human TEX genes in the context of human male infertility
2024-Mar, Andrology
IF:3.2Q1
DOI:10.1111/andr.13511
PMID:37594251
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研究论文 | 本文通过筛选1305名男性的外显子测序数据，包括1056名隐匿性和无精子症患者，以及分析睾丸特异性单细胞RNA测序数据，研究了人类TEX基因在男性不育中的作用，并验证了先前描述的疾病关联。 | 本文发现了TEX10、ZFAND3（TEX27）和TEX33作为新的潜在候选基因，这些基因可能与非阻塞性无精子症相关。 | NA | 旨在筛选人类TEX基因中的新型潜在候选基因，并验证先前描述的疾病关联。 | 人类TEX基因及其在男性不育中的作用。 | NA | 男性不育 | 外显子测序、单细胞RNA测序 | NA | 基因数据 | 1305名男性，包括1056名隐匿性和无精子症患者 |
| 14890 | 2024-08-05 |
Type I interferon signature and cycling lymphocytes in macrophage activation syndrome
2023-11-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI165616
PMID:37751296
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研究论文 | 本文研究了与Still病相关的巨噬细胞激活综合征（MAS）中的I型干扰素特征和循环淋巴细胞。 | 该研究揭示了MAS患者中I型干扰素过量产生与IL-15的协同作用，导致CD38+HLA-DR+循环淋巴细胞的生成，这为理解MAS的免疫机制提供了新见解。 | 该研究主要基于对外周血单核细胞的分析，尚需进一步验证其在不同患者群体中的普遍性。 | 旨在更深入地理解Still病和巨噬细胞激活综合征的免疫学特征。 | 研究对象为健康对照组与有或没有MAS的Still病患者。 | 数字病理学 | Still病 | bulk RNA-Seq, single-cell RNA-Seq, 质量细胞术, 流式细胞术 | NA | RNA数据 | 超过65,000个PBMC样本 |
| 14891 | 2024-08-05 |
SnapATAC2: a fast, scalable and versatile tool for analysis of single-cell omics data
2023-Sep-15, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.09.11.557221
PMID:37745443
|
研究论文 | 本文介绍了一种新算法SnapATAC2，用于单细胞组学数据的分析。 | 提出了一种快速非线性降维算法，能够高效捕捉单细胞组学数据的异质性，同时运行时间和内存使用与细胞数量线性相关。 | 未提及具体的限制 | 旨在提高对复杂组织中动态基因调控的理解。 | 分析单细胞组学数据，包括单细胞ATAC-seq和单细胞RNA-seq等。 | 单细胞组学 | NA | NA | NA | 单细胞组学数据 | 使用了多种单细胞组学数据类型 |
| 14892 | 2024-08-07 |
Plakoglobin is a mechanoresponsive regulator of naive pluripotency
2023-07-07, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-023-39515-0
PMID:37419903
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研究论文 | 本文研究了机械力对小鼠胚胎干细胞原始多能性的调控作用，特别是通过微流控技术调控细胞微环境，发现Plakoglobin在维持原始多能性中的关键作用 | 首次揭示了Plakoglobin作为机械敏感调节因子在原始多能性中的作用，并提供了一种研究体积限制对细胞命运转变影响的新范式 | NA | 探讨机械刺激如何转化为转录程序，以深入了解哺乳动物植入前发育的机制 | 小鼠胚胎干细胞 | NA | NA | 微流控技术 | NA | 单细胞转录组 | NA |
| 14893 | 2024-08-05 |
New technologies to study helminth development and host-parasite interactions
2023-07, International journal for parasitology
IF:3.7Q1
DOI:10.1016/j.ijpara.2022.11.012
PMID:36931423
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综述 | 本文回顾了单细胞RNA测序在研究多细胞蠕虫和探讨宿主免疫细胞类型中的应用 | 引入了单细胞RNA测序技术，以更细致的方式分析寄生虫生物学和宿主免疫 | 在体内研究宿主与寄生虫的相互作用具挑战性 | 理解寄生虫的发展及其与宿主免疫反应的相互作用 | 多细胞蠕虫及其与宿主细胞之间的相互作用 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 14894 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics for the assessment of cardiac disease
2023-05, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-022-00805-7
PMID:36539452
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综述 | 本文综述了用于评估心脏疾病的单细胞转录组学的技术挑战和新发现 | 介绍了心脏不同细胞类型的新的转录组学发现，并讨论了单细胞数据与空间转录组学结合的高级应用 | 文章提到目前在细胞类型标注上存在共识与不一致，表明急需标准化 | 提高对心血管疾病机制的理解，以改善治疗策略和患者风险分层 | 心脏细胞类型的转录组学研究 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA |
| 14895 | 2024-08-05 |
Spatially Resolved Transcriptomics Deconvolutes Prognostic Histological Subgroups in Patients with Colorectal Cancer and Synchronous Liver Metastases
2023-04-14, Cancer research
IF:12.5Q1
DOI:10.1158/0008-5472.CAN-22-2794
PMID:37057593
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研究论文 | 本研究确定了简单的组织学评估在预测结直肠癌和肝转移患者手术后结果中的实际应用 | 通过空间转录组学分析揭示了驱动不同预后表型的转录组程序 | 大规模转录组分析受到基质成分的干扰 | 研究结直肠癌和肝转移患者在同步切除后的预后预测 | 接受结直肠癌和肝转移同步切除手术的患者样本 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 空间转录组学 | NA | 组织样本 | 来自进行同步切除的患者的样本 |
| 14896 | 2024-08-05 |
Placental Inflammation Leads to Abnormal Embryonic Heart Development
2023-03-21, Circulation
IF:35.5Q1
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研究论文 | 本研究探讨了胎盘炎症如何导致异常的胚胎心脏发育 | 发现中性粒细胞驱动的胎盘炎症会导致胎盘发育不良和心脏功能障碍 | 未涉及更大样本量或不同物种的验证 | 探讨胎盘发育不良与先天性心脏病间的机制关系 | 使用小鼠模型研究妊娠期间的胎盘和胚胎心脏发育 | 数字病理学 | 先天性心脏病 | 流式细胞术、组织学、RNA测序 | NA | 组织样本 | 小鼠胚胎14.5天和出生后5天及28天的样本 |
| 14897 | 2024-08-07 |
Losartan controls immune checkpoint blocker-induced edema and improves survival in glioblastoma mouse models
2023-02-07, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2219199120
PMID:36724255
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研究论文 | 本文研究了免疫检查点抑制剂（ICBs）在胶质母细胞瘤小鼠模型中引起的脑水肿问题，并发现洛沙坦能够控制这种水肿并提高生存率。 | 首次发现洛沙坦能够预防ICB诱导的脑水肿，并重新编程肿瘤微环境，提高小鼠生存率。 | 研究主要在动物模型中进行，需要在临床试验中进一步验证。 | 探讨洛沙坦与ICBs联合使用在胶质母细胞瘤治疗中的效果及机制。 | 胶质母细胞瘤小鼠模型及脑水肿的控制。 | NA | 脑肿瘤 | 单细胞RNA测序、活体成像、CD8 T细胞阻断研究 | NA | 图像、基因表达数据 | 小鼠模型，具体数量未详细说明 |
| 14898 | 2024-08-04 |
A cellular hierarchy of Notch and Kras signaling controls cell fate specification in the developing mouse salivary gland
2023-01-23, Developmental cell
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.devcel.2022.12.009
PMID:36693323
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研究论文 | 该文章探讨了小鼠唾液腺发育中Notch和Kras信号通路如何控制细胞命运规范。 | 研究首次揭示了在小鼠唾液腺发育过程中，Notch和Kras信号如何通过不同的表达影响细胞谱系的分离和管状模式的形成。 | 该研究主要专注于小鼠模型，尚需验证其在其他物种或人类中的适用性。 | 理解Notch和Kras信号在小鼠唾液腺发育中的作用及其对细胞命运的影响。 | 小鼠唾液腺发育中的细胞谱系及其信号通路。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 三维重构和细胞谱系追踪 | NA |
| 14899 | 2024-08-05 |
Spatial Transcriptomics in Kidney Tissue
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-3179-9_17
PMID:37423994
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研究论文 | 本文介绍了在肾脏组织中应用空间转录组测序(ST-seq)的方法 | 结合组织学与RNA测序，提供组织内转录组表达的空间背景信息 | 未提及具体的局限性 | 探索空间转录组测序在肾脏组织中的应用 | 小鼠和人类肾脏组织 | 数字病理学 | NA | 空间转录组测序 | NA | 组织样本 | 小鼠和人类肾脏组织样本 |
| 14900 | 2024-08-07 |
Imipridones affect tumor bioenergetics and promote cell lineage differentiation in diffuse midline gliomas
2022-09-01, Neuro-oncology
IF:16.4Q1
DOI:10.1093/neuonc/noac041
PMID:35157764
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research paper | 研究伊米普利酮类药物对弥漫中线胶质瘤的肿瘤生物能量学和细胞谱系分化的影响 | 首次详细描述了ONC201及其衍生物ONC206在弥漫中线胶质瘤中的抗癌机制，包括对肿瘤细胞代谢和线粒体损伤的影响，以及诱导细胞谱系分化的能力 | NA | 探究伊米普利酮类药物ONC201和ONC206在弥漫中线胶质瘤中的抗癌机制 | 弥漫中线胶质瘤的细胞和动物模型，以及患者样本 | digital pathology | 脑癌 | Seahorse XF Cell Mito Stress Test, MitoSOX, TMRM assay, 电子显微镜成像, bulk和单细胞RNA-seq | NA | 细胞, 动物模型, 患者样本 | 体外模型18个, 体内模型包括小鼠和斑马鱼, 患者样本20个 |