单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14861	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
14862	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
14863	2024-08-04	IL-21R signal reprogramming cooperates with CD40 and BCR signals to select and differentiate germinal center B cells 2023-02-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add1823 PMID:36800413	研究论文	本文研究了IL-21R信号如何与CD40和BCR信号共同作用，选择并分化生发中心B细胞	发现IL-21R与CD40信号的协同作用引导生发中心B细胞（GCBCs）走向特定命运，揭示了第二条正选择通路	研究主要基于体外和体内的细胞分选和转录组测序，可能未能完全模拟体内复杂的微环境	阐明IL-21R信号在生发中心B细胞命运决定中的作用	生发中心B细胞，特别是受IL-21R和CD40共同信号影响的细胞	免疫学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	细胞，转录组数据	具体细胞数量未在摘要中提供
14864	2024-08-07	Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094 PMID:38390172	研究论文	本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证，基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征	首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型，并构建了包含九个基因的SADG特征，这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关	NA	旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用	肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征	机器学习	肾癌	非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证
14865	2024-08-04	Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice 2024-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45821-y PMID:38383565	研究论文	本研究描述了一种平台，结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法，以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应	创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集，并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征	本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应，结果可能不适用于其他性别或物种	本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应	研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞	数字病理学	脑卒中	tDISCO、Visium、10X Chromium	NA	转录组数据、蛋白组数据	NA
14866	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of anaplastic ependymoma and H3K27M-mutant diffuse midline glioma 2024-Feb-21, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03558-7 PMID:38383423	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤的细胞类型差异	揭示了两种脑肿瘤间的细胞异质性及其可能的细胞起源差异	NA	分析和比较两种常见脑肿瘤亚型的细胞类型差异	间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	11,219个细胞
14867	2024-08-07	Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level 2024-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54113-w PMID:38383551	研究论文	本文通过3'单细胞RNA测序技术，研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）样本中L1表达的位点特异性，并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。	首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性，并发现L1表达主要在癌细胞中，但也存在于其他细胞类型中，如癌症相关成纤维细胞。	由于L1元素的重复性，使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。	探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。	高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。	数字病理学	卵巢癌	3'单细胞RNA测序	NA	RNA	11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本
14868	2024-08-04	Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54643-3 PMID:38378721	研究论文	本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响	提出了一种基于机器学习的框架，用于筛选潜在的治疗候选者，并开发了RCD.GP基因对评分系统	调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索	研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后	聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因	机器学习	胶质瘤	qRT-PCR	Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta	多组学数据，包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据	18个与RCD相关的标志物
14869	2024-08-07	New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54798-z PMID:38378978	研究论文	本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法（Copula、CTGAN和TVAE）在批量RNA序列反卷积中的应用，以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题	首次研究了数据增强对批量反卷积的影响，并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN，该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色	NA	旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性	批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用	数字病理学	NA	RNA序列	GAN	RNA序列数据	使用了四个公共数据集
14870	2024-08-07	Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54888-y PMID:38379084	研究论文	本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因，构建了一个风险指数，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应	首次构建了基于NETs相关基因的风险指数，并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性	NA	研究NETs相关基因在TNBC中的作用，并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明
14871	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases 2024-Feb-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473 PMID:38359792	研究论文	本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略，评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用	本研究首次识别了12个独立基因程序，这些程序控制着CD4 T细胞的异质性，并能解释典型聚类的模糊性	NA	揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用	循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过180万个外周CD4 T细胞，来自953名个体
14872	2024-08-04	Expression of EPB41L2 in Cancer-Associated Fibroblasts: Prognostic Implications for Bladder Cancer and Response to Immunotherapy 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102927 PMID:38154234	研究论文	研究了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的表达及其对免疫治疗的预后意义	首次确认了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的上调及其与肿瘤微环境重塑的相关性	未提供关于其他潜在生物标志物比较的数据	评估EPB41L2作为预测膀胱癌免疫治疗反应的生物标志物的潜力	膀胱癌患者的肿瘤微环境及相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织切片	IMvigor210队列的患者样本和正常组织对照
14873	2024-08-07	ABHD5-CPT1B: An Important Way of Regulating Placental Lipid Metabolism in Gestational Diabetes Mellitus 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102925 PMID:38042031	研究论文	本研究探讨了妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的调控机制，特别是ABHD5-CPT1B的作用	首次揭示了ABHD5-CPT1B在妊娠期糖尿病胎盘脂质代谢中的重要调控作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模验证	探究妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的分子机制	妊娠期糖尿病患者的胎盘和正常孕妇的胎盘	NA	妊娠期糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名妊娠期糖尿病患者和15名正常孕妇
14874	2024-08-07	Leveraging baseline transcriptional features and information from single-cell data to power the prediction of influenza vaccine response 2024, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2024.1243586 PMID:38384303	研究论文	本研究利用基因表达数据和单细胞数据，探索构建流感疫苗反应预测模型的改进策略	本研究采用了组合建模策略，并利用单细胞水平的信息来优化流感疫苗反应预测模型	NA	探索利用基因表达数据和单细胞数据构建流感疫苗反应预测模型的改进策略	流感疫苗反应预测模型的构建	生物信息学	流感	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用来自Immune Signatures Data Resource (IS2)的基因表达和免疫反应数据，具体样本数量未提及
14875	2024-08-07	Comprehensive analysis of genetic associations and single-cell expression profiles reveals potential links between migraine and multiple diseases: a phenome-wide association study 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1301208 PMID:38385040	研究论文	本研究通过综合分析遗传关联和单细胞表达谱，揭示了偏头痛与其他多种疾病之间的潜在联系	首次通过单细胞RNA测序和PheWAS研究，揭示了偏头痛与多种疾病之间的多效性关系及其生物学基础	NA	探究偏头痛与其他复杂疾病之间的遗传和生物学联系	偏头痛及其与416种表型的关联	遗传学	神经系统疾病	单细胞RNA测序, qPCR	NA	基因表达数据	73个偏头痛易感基因在不同脑细胞类型中的表达
14876	2024-08-07	Tumor-derived Endothelial Cell: Important Etiological Factors in Endometriosis 2023-11, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102891 PMID:37738888	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术构建了子宫内膜异位症细胞的转录组特征，并分析了肿瘤来源的内皮细胞在疾病中的作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了子宫内膜异位症中细胞异质性，并发现了肿瘤来源内皮细胞在疾病中的重要作用	研究样本量较小，且仅包括了三名患者，可能影响结果的普遍性	探究子宫内膜异位症中肿瘤来源内皮细胞的作用及其病理特征	子宫内膜异位症患者的异位和正常子宫内膜组织	数字病理学	妇科疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三名子宫内膜异位症患者，包括114例回顾性病例
14877	2024-08-07	DOT1L regulates lung developmental epithelial cell fate and adult alveolar stem cell differentiation after acute injury 2023-09-12, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2023.07.006 PMID:37595582	研究论文	研究探讨了DOT1L在肺发育和急性损伤后成年肺泡干细胞分化中的调控作用	首次发现DOT1L是AT2细胞生长和分化的调控因子，并揭示了Dot1l失活后AT2细胞的新状态	NA	识别控制肺AT2-AT1再生反应的表观遗传途径	肺AT2细胞和AT1细胞的分化	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	NA
14878	2024-08-04	Temporal and spatial staging of lung alveolar regeneration is determined by the grainyhead transcription factor Tfcp2l1 2023-05-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112451 PMID:37119134	研究论文	本研究探讨了转录因子Tfcp2l1在肺泡再生过程中对细胞命运的调控作用	本研究揭示了Tfcp2l1在肺泡AT2细胞自我更新与分化中的时间和空间调控功能	本研究主要基于小鼠模型，可能限制了其在其他物种中的适用性	探讨Tfcp2l1在肺泡再生过程中的作用及其机制	焦点是肺泡上皮2型（AT2）细胞及其在再生过程中的行为	数字病理学	肺癌	单细胞转录组学	NA	单细胞数据	通过小鼠进行的多次实验和细胞追踪
14879	2024-08-07	A proteo-transcriptomic map of non-alcoholic fatty liver disease signatures 2023-04, Nature metabolism IF:18.9Q1 DOI:10.1038/s42255-023-00775-1 PMID:37037945	研究论文	本文提供了一个详细的非酒精性脂肪肝病（NAFLD）进展过程中的脂肝炎和纤维化的蛋白质组-转录组图谱	通过多中心蛋白质组学研究，结合转录组分析，确定了与活动性脂肝炎和高级纤维化相关的循环蛋白质标志物，并通过单细胞RNA测序揭示了可能参与蛋白质变化进展的肝细胞类型	NA	研究NAFLD进展过程中循环蛋白质的系统性变化	306名具有组织学特征的NAFLD患者	数字病理学	非酒精性脂肪肝病	蛋白质组学, 转录组学, 单细胞RNA测序	逻辑回归模型	蛋白质, 转录组数据	4,730个循环蛋白质, 31个标志物
14880	2024-08-04	Patient-Induced Pluripotent Stem Cell-Derived Hepatostellate Organoids Establish a Basis for Liver Pathologies in Telomeropathies 2023, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2023.06.003 PMID:37302654	研究论文	研究利用患者诱导多能干细胞衍生的肝星状细胞类器官探讨端粒病中的肝脏病理机制	首次利用同源诱导多能干细胞衍生的类器官模型建立端粒病相关肝病的研究基础	尚未明确端粒功能障碍引发肝病的具体机制	探索端粒病中肝脏病理的机制	利用人类诱导多能干细胞研究有端粒病突变的肝脏细胞	数字病理学	端粒病	CRISPR/Cas9	类器官	单细胞转录组数据	NA