单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14841	2024-08-07	Müller Glial Expression of REDD1 Is Required for Retinal Neurodegeneration and Visual Dysfunction in Diabetic Mice 2022-05-01, Diabetes IF:6.2Q1 DOI:10.2337/db21-0853 PMID:35167652	研究论文	研究探讨了REDD1蛋白在糖尿病小鼠视网膜病变中的作用，特别是在Müller胶质细胞中的表达。	首次揭示了Müller胶质细胞中REDD1的表达对糖尿病引起的视网膜病变、神经退行性和视觉功能障碍的关键作用。	研究仅限于小鼠模型，需要进一步的人体研究来验证这些发现。	探究REDD1在糖尿病视网膜病变中的作用及其机制。	糖尿病小鼠的视网膜和人类Müller细胞在高糖条件下的反应。	NA	糖尿病	单细胞测序	NA	蛋白质表达数据	包括糖尿病控制小鼠和REDD1-mgKO小鼠的视网膜样本，以及暴露于高糖条件下的人类Müller细胞培养物。
14842	2024-08-07	Cellular heterogeneity of human fallopian tubes in normal and hydrosalpinx disease states identified using scRNA-seq 2022-04-11, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.02.017 PMID:35320732	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术分析了来自正常和输卵管积水疾病状态的人类输卵管细胞的异质性	首次构建了包含12种主要细胞类型的输卵管细胞图谱，并识别出四种纤毛和六种非纤毛分泌上皮亚型	仅分析了四名健康和两名输卵管积水患者的样本，样本量有限	探究输卵管稳态在正常发育和疾病中的细胞异质性	人类输卵管细胞	数字病理学	不孕症	scRNA-seq	NA	细胞数据	59,738个细胞来自四名健康受试者，17,798个细胞来自两名输卵管积水患者
14843	2024-08-07	IL-22 Plays a Dual Role in the Amniotic Cavity: Tissue Injury and Host Defense against Microbes in Preterm Labor 2022-04-01, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.4049/jimmunol.2100439 PMID:35304419	研究论文	本研究探讨了IL-22在早产中对母胎免疫的作用，发现IL-22 T细胞在早产妇女的母胎界面富集，并在体内外实验中展示了IL-22在早产中的双重作用：组织损伤和宿主防御。	首次展示了IL-22 T细胞在早产妇女母胎界面的富集，并通过体内外实验证实了IL-22在早产中的双重作用。	研究主要集中在小鼠模型和体外人系统，可能需要进一步的人体临床研究来验证这些发现。	探讨IL-22在晚期妊娠中母胎免疫的作用及其在早产中的作用机制。	IL-22 T细胞在早产妇女母胎界面的分布及其在早产中的作用。	免疫学	早产	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及早产妇女和小鼠的母胎组织样本
14844	2024-08-07	Neuroinflammation creates an immune regulatory niche at the meningeal lymphatic vasculature near the cribriform plate 2022-04, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-022-01158-6 PMID:35347285	研究论文	研究发现在神经炎症期间，筛板附近的脑膜淋巴管通过淋巴管生成来排出多余液体，并可能获得改变的表型以调节免疫。	首次报道了神经炎症期间，筛板附近的脑膜淋巴管上调与抗原呈递相关的基因，如主要组织相容性复合体II类、粘附分子和免疫调节分子，形成一个免疫调节微环境。	NA	探讨神经炎症期间脑膜淋巴管在免疫调节中的作用。	健康和实验性自身免疫性脑脊髓炎（EAE）小鼠模型中筛板附近的脑膜淋巴管。	NA	神经炎症	单细胞RNA测序	NA	RNA	健康和EAE小鼠模型的脑膜淋巴管样本
14845	2024-08-07	Differential assembly diversifies GABAA receptor structures and signalling 2022-04, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-022-04517-3 PMID:35355020	研究论文	本文使用低温电子显微镜研究了由α4、β3和δ亚基组装的外突触GABAA受体的结构，以及包含γ2亚基的对应物，发现两种具有不同化学计量和排列的受体亚型，这些亚型与先前观察到的突触α1-包含受体不同	本文首次提供了结构和功能证据，表明选定的GABAR排列可以作为同时响应GABA和组胺两种神经递质的巧合检测器	NA	探讨GABAA受体的组装原理及其对GABA能信号传导的影响	GABAA受体的结构和功能	神经科学	NA	低温电子显微镜	NA	结构数据	NA
14846	2024-08-07	Using topic modeling to detect cellular crosstalk in scRNA-seq 2022-04, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1009975 PMID:35395014	研究论文	本文介绍了一种基于隐狄利克雷分配（LDA）的新方法，用于检测scRNA-seq数据中的细胞间相互作用相关基因变化	该方法不依赖于现有的生物学知识数据库，而是通过分析物理相互作用的细胞数据来检测基因表达变化	文章未明确提及该方法的局限性	开发一种新的方法来检测scRNA-seq数据中的细胞间相互作用	研究细胞间相互作用对基因表达的影响	单细胞测序	NA	scRNA-seq	LDA	基因表达数据	涉及两个物理相互作用细胞的数据集和一个标准液滴法生成的数据集
14847	2024-08-07	NGF-p75 signaling coordinates skeletal cell migration during bone repair 2022-03-18, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abl5716 PMID:35302859	研究论文	本文研究了神经生长因子（NGF）通过p75信号通路在颅骨损伤后调节骨再生中的作用	首次揭示了NGF通过p75信号通路在骨修复过程中协调骨骼细胞迁移的机制	研究主要集中在小鼠模型上，可能需要进一步的人体研究来验证结果	探讨骨损伤后神经信号与骨再生之间的关系	神经生长因子（NGF）及其p75受体在骨修复中的作用	NA	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	小鼠模型
14848	2024-08-07	Clonal lineage tracing reveals shared origin of conventional and plasmacytoid dendritic cells 2022-03-08, Immunity IF:25.5Q1 DOI:10.1016/j.immuni.2022.01.016 PMID:35180378	研究论文	本研究使用诱导性谱系追踪结合克隆DNA条形码和单细胞转录组及表型分析（CITE-seq），在未经处理的成年小鼠中研究树突状细胞（DCs）的发育过程	揭示了常规DCs（cDCs）和浆细胞样DCs（pDCs）的共同起源，并提出了DC发育的新模式	NA	阐明树突状细胞的发育起源	树突状细胞（包括常规DCs和浆细胞样DCs）的发育过程	NA	NA	CITE-seq	NA	单细胞转录组	成年小鼠
14849	2024-08-07	Cell type-specific mechanism of Setd1a heterozygosity in schizophrenia pathogenesis 2022-03-04, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm1077 PMID:35245111	研究论文	本研究通过生成Setd1a半合子不足的小鼠模型，探讨了这一与精神分裂症相关的表观遗传因子如何在高度相关的脑区影响基因表达	首次通过单细胞RNA测序揭示了Setd1a半合子不足在不同细胞类型中的高度可变的转录适应性，并发现这些变化与神经元形态发生和突触功能相关的基因失调有关	NA	理解Setd1a半合子不足在精神分裂症发病机制中的细胞特异性机制	Setd1a半合子不足的小鼠模型及其在精神分裂症相关脑区的基因表达变化	神经科学	精神分裂症	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	NA
14850	2024-08-07	Widespread choroid plexus contamination in sampling and profiling of brain tissue 2022-03, Molecular psychiatry IF:9.6Q1 DOI:10.1038/s41380-021-01416-3 PMID:34983929	研究论文	本研究探讨了脑组织样本中脉络丛污染的问题，并提出了相应的解决方案	首次系统性地识别和分析了脑组织样本中的脉络丛污染，并提出了预防措施	无法完全确定某些差异表达的基因或蛋白质是否仅由脉络丛污染引起	揭示脑组织样本中脉络丛污染的问题及其对数据分析的影响	脑组织样本中的脉络丛污染	数字病理学	NA	RNA测序, 基因表达谱分析, RT-qPCR, 蛋白质印迹	NA	转录组数据	多个研究中的脑组织样本
14851	2024-08-07	Systems-based approaches to study immunometabolism 2022-03, Cellular & molecular immunology IF:21.8Q1 DOI:10.1038/s41423-021-00783-9 PMID:35121805	综述	本文综述了利用系统生物学方法研究免疫细胞代谢的现状和挑战	介绍了数学建模方法用于系统性分析免疫细胞代谢变化	讨论了代谢建模技术的应用和不足	定义免疫代谢的系统性质，总结细胞和系统层面的研究方法	免疫细胞的代谢	系统生物学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	数学模型	细胞数据	NA
14852	2024-08-07	Identification of kidney injury released circulating osteopontin as causal agent of respiratory failure 2022-02-25, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abm5900 PMID:35213222	研究论文	本文通过单细胞RNA测序和配体-受体分析，识别了急性肾损伤（AKI）引起的急性肺损伤（ALI）中，肾脏释放的循环骨桥蛋白（OPN）作为关键介质的作用	首次揭示了肾脏释放的OPN在AKI-ALI中的因果作用，并证明了OPN抑制剂在预防AKI-ALI中的有效性	研究主要在动物模型中进行，需要在人类中进一步验证	识别并验证介导组织损伤间相互作用的分子	急性肾损伤和急性肺损伤	NA	肾脏疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	小鼠模型和人类患者样本
14853	2024-08-07	4D imaging analysis of the aging mouse neural stem cell niche reveals a dramatic loss of progenitor cell dynamism regulated by the RHO-ROCK pathway 2022-02-08, Stem cell reports IF:5.9Q2 DOI:10.1016/j.stemcr.2021.12.007 PMID:35030320	research paper	研究通过4D成像分析老龄小鼠神经干细胞微环境，揭示了由RHO-ROCK通路调控的前体细胞动态活性的显著丧失	首次使用活体时间流逝成像结合计算机图像分析，探讨了年轻和老龄小鼠V-SVZ中神经干细胞及其前体细胞的动态行为，并发现RHO-ROCK信号通路在调控这些细胞运动和相互作用中的关键作用	NA	探索成年小鼠V-SVZ中神经干细胞及其前体细胞的动态行为及其与年龄相关的变化	神经干细胞（NSCs）和过渡放大前体（TAP）细胞的动态行为	digital pathology	NA	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	图像	年轻和老龄的转基因小鼠V-SVZ全装片
14854	2024-08-07	CellMeSH: probabilistic cell-type identification using indexed literature 2022-02-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab834 PMID:34893819	研究论文	本文介绍了一种名为CellMeSH的新自动化方法，用于基于先前文献识别细胞类型	CellMeSH结合了基因-细胞类型关联数据库与概率方法进行数据库查询，相比手动构建的数据库更全面且易于更新	NA	开发一种自动化方法来识别和量化单细胞RNA测序实验中的细胞类型	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	概率方法	文本	多个小鼠和人类数据集
14855	2024-08-07	Coding and long non-coding gene expression changes in the CNS traumatic injuries 2022-Feb-07, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-021-04092-2 PMID:35129669	综述	本文综述了创伤性脑损伤（TBI）和脊髓损伤（SCI）中编码和长非编码基因表达变化的研究进展	强调了长非编码RNA（lncRNAs）在CNS损伤中的重要作用及其作为诊断、治疗和预后潜在靶点的可能性	NA	探讨TBI和SCI中基因表达变化及其分子机制	创伤性脑损伤和脊髓损伤中的基因表达变化	NA	神经系统损伤	RNA测序（RNA-Seq）和单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	RNA	NA
14856	2024-08-07	Temporal analyses of postnatal liver development and maturation by single-cell transcriptomics 2022-02-07, Developmental cell IF:10.7Q1 DOI:10.1016/j.devcel.2022.01.004 PMID:35134346	研究论文	本研究通过单细胞转录组学分析了小鼠出生后1、3、7、21和56天的肝脏发育和成熟过程	首次揭示了发育中肝脏内肝细胞的高度异质性以及从中心到门静脉肝细胞的代谢功能分区的逐步构建过程	NA	深入理解肝脏在出生后的发育和成熟过程	小鼠出生后不同时间点的肝脏细胞	数字病理学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组	52,834个单细胞
14857	2024-08-07	Complement activation induces excessive T cell cytotoxicity in severe COVID-19 2022-02-03, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.040 PMID:35032429	研究论文	本文通过单细胞转录组学和单细胞蛋白质组学结合机制研究，评估了严重COVID-19中病理性T细胞功能及其诱导信号	发现了在严重COVID-19中高度激活的CD16 T细胞，其具有增强的细胞毒性功能，并通过免疫复合物介导的T细胞受体非依赖性脱颗粒和细胞毒性作用，这在其他疾病中未见	NA	研究严重COVID-19中T细胞是否参与疾病病理过程	严重COVID-19患者的T细胞功能及诱导信号	免疫学	COVID-19	单细胞转录组学，单细胞蛋白质组学	NA	单细胞数据	COVID-19患者的CD16 T细胞
14858	2024-08-07	Biologic correlates of beneficial convalescent plasma therapy in a COVID-19 patient reveal disease resolution mechanisms 2022-Feb-03, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2022.02.03.22269612 PMID:35132422	研究论文	本研究报告了一例由于恢复期血浆输注导致严重COVID-19完全缓解的病例，并通过纵向无偏蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了与疾病从严重到无病状态过渡相关的关键生物学过程。	本研究首次通过纵向无偏蛋白质组学和单细胞转录组学分析，揭示了恢复期血浆治疗COVID-19患者后，疾病缓解的生物学机制。	本研究仅基于单一病例，可能缺乏广泛的代表性，需要更多病例验证研究结果。	探究恢复期血浆治疗COVID-19的生物学机制及其在疾病缓解中的作用。	严重COVID-19患者及其恢复期血浆治疗后的生物学变化。	NA	COVID-19	蛋白质组学、单细胞转录组学	NA	血液样本	单一病例
14859	2024-08-07	Tumor-specific T cells support chemokine-driven spatial organization of intratumoral immune microaggregates needed for long survival 2022-02, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2021-004346 PMID:35217577	研究论文	本文通过多模态高维度策略分析了口腔鳞状细胞癌（OPSCC）中肿瘤特异性T细胞响应的肿瘤免疫微环境（TIME），揭示了与长期生存相关的免疫微聚集物的形成机制。	首次揭示了肿瘤特异性T细胞通过产生趋化因子支持免疫微聚集物的形成，从而形成正反馈循环，维持DC-T细胞微聚集物的形成。	NA	研究肿瘤特异性T细胞响应的肿瘤免疫微环境与长期生存之间的关系。	口腔鳞状细胞癌（OPSCC）中的肿瘤特异性T细胞及其免疫微环境。	数字病理学	口腔鳞状细胞癌	NanoString、Hyperion成像质谱流式细胞术、单细胞RNA测序（scRNAseq）	NA	组织样本	包括免疫响应阳性（IR+）和免疫响应阴性（IR-）的口腔鳞状细胞癌组织样本
14860	2024-08-07	Enhancing CDK4/6 inhibitor therapy for medulloblastoma using nanoparticle delivery and scRNA-seq-guided combination with sapanisertib 2022-Jan-28, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.abl5838 PMID:35080986	研究论文	研究通过纳米颗粒递送和单细胞RNA测序指导的组合疗法，增强CDK4/6抑制剂对髓母细胞瘤的治疗效果	使用纳米颗粒封装减少药物毒性，改善中枢神经系统药代动力学，并通过单细胞RNA测序分析识别新的联合治疗策略	尽管延长了生存期，但复发问题仍未完全解决	探索提高CDK4/6抑制剂治疗髓母细胞瘤效果的新方法	髓母细胞瘤及其治疗	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用基因工程小鼠模型进行实验