单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14841	2024-08-07	Machine learning identifies novel blood protein predictors of penetrating and stricturing complications in newly diagnosed paediatric Crohn's disease 2021-01, Alimentary pharmacology & therapeutics IF:6.6Q1 DOI:10.1111/apt.16136 PMID:33131065	研究论文	本研究通过机器学习方法，识别出与新诊断的儿童克罗恩病穿透性和狭窄并发症相关的新型血液蛋白质预测因子。	本研究首次识别出与儿童克罗恩病进展相关的特定血液蛋白质标记物，这些标记物在肠道和血液中的细胞表达有显著差异。	研究样本量相对较小，且仅限于儿童克罗恩病患者，可能限制了结果的普遍性。	旨在识别与克罗恩病并发症相关的新型血液蛋白质生物标志物。	新诊断的儿童克罗恩病患者及其穿透性和狭窄并发症。	机器学习	克罗恩病	近端延伸分析（Olink Proteomics）	随机生存森林（RSF）	蛋白质	265名患者，平均年龄11.6岁，其中73名患者出现狭窄并发症，34名患者出现穿透并发症。
14842	2024-08-07	Single-Cell Analysis of Hematopoietic Stem Cells 2021, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-1425-9_22 PMID:34057731	研究论文	本文描述了一种全面的单细胞RNA测序（scRNA-Seq）分析小鼠骨髓的协议，使用基于板（低通量）和基于液滴（高通量）的方法	结合单细胞转录组分析与分子扰动，允许对基因调控网络中的单个因子进行功能分析，并更好地理解恶性转化的最早阶段	NA	研究造血干细胞的单细胞分析	小鼠骨髓中的造血干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	NA	转录组数据	NA
14843	2024-08-07	An atlas of immune cell exhaustion in HIV-infected individuals revealed by single-cell transcriptomics 2020-Dec, Emerging microbes & infections IF:8.4Q1 DOI:10.1080/22221751.2020.1826361 PMID:32954948	研究论文	本文通过单细胞转录组学分析，揭示了HIV感染者免疫细胞衰竭的图谱	首次在单细胞水平上详细描述了HIV感染者免疫细胞衰竭的多样性和特定亚群，并发现了KLRG1受体在HIV特异性衰竭CD8 T细胞中的作用	研究样本仅包括四名健康受试者和六名HIV感染者，样本量相对较小	探讨HIV感染对免疫细胞衰竭的影响及其分子机制	外周血单个核细胞中的免疫细胞	数字病理学	HIV感染	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	37,847个细胞来自四名健康受试者，28,610个细胞来自六名HIV感染者
14844	2024-08-07	Spatial cell type composition in normal and Alzheimers human brains is revealed using integrated mouse and human single cell RNA sequencing 2020-10-22, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-020-74917-w PMID:33093481	研究论文	本研究利用集成的小鼠和人类单细胞RNA测序数据，揭示了正常和阿尔茨海默病人类大脑的空间细胞类型组成	提出了一种利用小鼠单细胞RNA测序数据补充人类数据的方法，以解决人类大脑组织样本稀缺的问题	NA	探索正常和阿尔茨海默病人类大脑的细胞类型组成	人类大脑组织样本	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	3702个人类大脑样本
14845	2024-08-07	Targeting tumor-associated macrophages and granulocytic myeloid-derived suppressor cells augments PD-1 blockade in cholangiocarcinoma 2020-10-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI137110 PMID:32663198	研究论文	本文研究了在胆管癌中，肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞对PD-1阻断疗法的影响	发现了肿瘤相关巨噬细胞是人类和小鼠胆管癌中PD-L1的主要来源，并且双重抑制肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞能增强免疫检查点阻断疗法的效果	文章未提及具体的局限性	探索在胆管癌中，免疫检查点阻断疗法与针对免疫抑制性骨髓细胞的免疫疗法结合的治疗潜力	肿瘤相关巨噬细胞和粒细胞样骨髓来源的抑制细胞在胆管癌中的作用	数字病理学	胆管癌	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	文章未提及具体的样本数量
14846	2024-08-07	Sel1L-Hrd1 ER-associated degradation maintains β cell identity via TGF-β signaling 2020-07-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI134874 PMID:32182217	研究论文	本文通过比较β细胞特异性删除内质网相关降解（ERAD）和自噬的小鼠模型，揭示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体在维持β细胞成熟和身份中的作用	首次展示了Sel1L-Hrd1 ERAD蛋白复合体通过TGF-β信号通路控制β细胞身份，并提供了针对蛋白质质量控制不同机制的治疗框架	NA	探讨β细胞损失的分子驱动因素	β细胞的成熟和身份维持	NA	糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
14847	2024-08-07	Integrated urine proteomics and renal single-cell genomics identify an IFN-γ response gradient in lupus nephritis 2020-06-18, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.138345 PMID:32396533	研究论文	本研究通过分析30名活动性狼疮肾炎患者的1000种尿蛋白生物标志物模式，并结合肾脏活检的单细胞转录组学，识别出由IFN-γ诱导的趋化因子梯度	本研究首次将尿蛋白组学与肾脏单细胞基因组学相结合，揭示了狼疮肾炎中的IFN-γ反应梯度，并发现尿趋化因子梯度与肾脏浸润的CD8+细胞数量显著相关	研究样本量较小，可能影响结果的普遍性	旨在理解狼疮肾炎的分子异质性，并识别免疫机制和通路	活动性狼疮肾炎患者的尿蛋白生物标志物及肾脏单细胞转录组学	数字病理学	自身免疫性疾病	尿蛋白组学，单细胞转录组学	NA	蛋白质，转录组	30名活动性狼疮肾炎患者
14848	2024-08-07	Deep learning enables accurate clustering with batch effect removal in single-cell RNA-seq analysis 2020-05-11, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-15851-3 PMID:32393754	研究论文	本文介绍了一种名为DESC的无监督深度嵌入算法，用于在单细胞RNA测序分析中进行准确聚类并去除批次效应	DESC算法通过迭代自学习逐步去除批次效应，且聚类分配概率具有生物学可解释性，能揭示细胞的离散和伪时间结构	NA	开发一种能够在单细胞RNA测序数据分析中准确聚类并去除批次效应的算法	单细胞RNA测序数据	机器学习	NA	单细胞RNA测序	深度学习算法	RNA测序数据	NA
14849	2024-08-07	A Targeted Multi-omic Analysis Approach Measures Protein Expression and Low-Abundance Transcripts on the Single-Cell Level 2020-04-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2020.03.063 PMID:32268080	research paper	本文介绍了一种靶向多组学分析方法，能够在单细胞水平上同时测量超过400个基因的表达和超过40种蛋白质的表达	本文开发了一种靶向多组学分析方法，相较于全转录组方法，该方法所需的测序读取深度仅为十分之一，同时保持了对低丰度转录本的高灵敏度	目前仍缺乏分析和可视化结合转录本与蛋白质数据集的工具	旨在开发一种能够在单细胞水平上同时测量基因和蛋白质表达的靶向多组学分析方法	研究对象包括超过400个基因和超过40种蛋白质的表达	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	一维非线性随机嵌入（One-SENSE）	基因和蛋白质表达数据	2 × 10个细胞
14850	2024-08-07	Clonal ZEB1-Driven Mesenchymal Transition Promotes Targetable Oncologic Antiangiogenic Therapy Resistance 2020-04-01, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-19-1305 PMID:32041837	研究论文	本文研究了胶质母细胞瘤（GBM）对贝伐单抗的耐药性，并探讨了通过靶向ZEB1来逆转耐药性的可能性。	首次揭示了ZEB1在贝伐单抗耐药性中的作用，并通过CRISPR和药物靶向ZEB1逆转了耐药性。	NA	识别可以延长治疗窗口的调控因子，并发现治疗窗口关闭的生物标志物。	贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型。	数字病理学	脑癌	单细胞测序, 微阵列分析, 代谢组学	NA	基因表达数据, 代谢数据	贝伐单抗耐药的胶质母细胞瘤患者样本和异种移植模型
14851	2024-08-07	Runx1 negatively regulates inflammatory cytokine production by neutrophils in response to Toll-like receptor signaling 2020-03-24, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2019000785 PMID:32208490	研究论文	本文研究了RUNX1在调节中性粒细胞通过Toll样受体信号产生炎症细胞因子中的负向作用	首次展示了RUNX1在调节中性粒细胞的TLR1/2和TLR4信号及炎症细胞因子产生中的作用	研究主要集中在体外和动物模型，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨RUNX1在调控中性粒细胞炎症反应中的作用及其在相关疾病中的潜在影响	中性粒细胞及其在TLR信号传导中的反应	NA	血液恶性肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及骨髓中性粒细胞和肺组织的多个样本
14852	2024-08-07	A cell atlas of the adult Drosophila midgut 2020-01-21, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.1916820117 PMID:31915294	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对成年果蝇中肠上皮细胞的转录组进行了表征，并识别出22个不同的细胞群	本研究通过无偏倚的方法恢复了大多数已知的肠道干细胞/成肠细胞和内分泌细胞标记，并揭示了肠道干细胞生物学、细胞类型特异性细胞器特征、新转录因子在祖细胞中的作用以及沿肠道区域的变异	NA	旨在提供一个全面的资源，用于解决中肠上皮中基因的功能	成年果蝇中肠上皮细胞	分子生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	22个不同的细胞群
14853	2024-08-07	Postnatal Alveologenesis Depends on FOXF1 Signaling in c-KIT+ Endothelial Progenitor Cells 2019-11-01, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201812-2312OC PMID:31233341	研究论文	本文研究了c-KIT+内皮祖细胞中的FOXF1信号传导对产后肺泡形成的影响	首次揭示了c-KIT EC祖细胞在肺泡隔形成中的作用及其治疗潜力	NA	探讨c-KIT EC祖细胞是否促进新生儿肺泡形成	c-KIT+内皮祖细胞在肺泡形成中的作用	NA	儿童肺部疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	新生儿人鼠肺组织样本
14854	2024-08-07	SNV identification from single-cell RNA sequencing data 2019-11-01, Human molecular genetics IF:3.1Q2 DOI:10.1093/hmg/ddz207 PMID:31504520	研究论文	本文评估了两种单核苷酸变异（SNV）识别管道（GATK和Monovar）在单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据中的应用，以检测细胞类型特异性基因表达变异背后的功能性遗传变异。	本文首次探讨了仅使用scRNA-seq数据进行SNV识别的可行性，并提供了实际应用的参数设置建议。	尽管两种管道在某些情况下能识别高质量的SNV，但它们在单个细胞中识别SNV的准确性仍有限。	旨在通过scRNA-seq数据识别SNV，以最大化现有scRNA-seq研究的价值。	研究对象为scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV）。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	未具体说明样本数量
14855	2024-08-07	Transcriptome analysis of LRRK2 knock-out microglia cells reveals alterations of inflammatory- and oxidative stress-related pathways upon treatment with α-synuclein fibrils 2019-09, Neurobiology of disease IF:5.1Q1 DOI:10.1016/j.nbd.2019.05.012 PMID:31102768	研究论文	本研究通过RNA测序分析了LRRK2敲除的微胶质细胞在α-突触核蛋白纤维处理后的转录组变化，揭示了炎症和氧化应激相关通路的改变	首次详细探讨了LRRK2敲除微胶质细胞在α-突触核蛋白纤维处理后氧化应激相关通路的改变，并验证了SOD2在mRNA和蛋白质水平上的表达	研究主要集中在体外细胞实验，需要进一步的体内实验验证	探讨LRRK2基因在帕金森病发病机制中通过改变氧化应激信号的作用	LRRK2野生型和敲除的微胶质细胞，以及α-突触核蛋白预形成纤维和脂多糖处理后的细胞	数字病理学	帕金森病	RNA测序	NA	转录组数据	涉及LRRK2野生型和敲除的微胶质细胞样本
14856	2024-08-07	A pooled single-cell genetic screen identifies regulatory checkpoints in the continuum of the epithelial-to-mesenchymal transition 2019-09, Nature genetics IF:31.7Q1 DOI:10.1038/s41588-019-0489-5 PMID:31477929	研究论文	本文通过整合单细胞轨迹分析与聚合遗传筛选，探索了控制上皮-间质转化（EMT）的遗传电路	本文首次将单细胞RNA测序与CRISPR-Cas9筛选相结合，揭示了EMT过程中的连续基因调控波和关键调控点	NA	揭示在发育和疾病中指导细胞决策的遗传结构	上皮-间质转化（EMT）过程中的遗传电路	NA	NA	单细胞RNA测序, CRISPR-Cas9	NA	RNA	NA
14857	2024-08-07	A large pool of actively cycling progenitors orchestrates self-renewal and injury repair of an ectodermal appendage 2019-09, Nature cell biology IF:17.3Q1 DOI:10.1038/s41556-019-0378-2 PMID:31481792	研究论文	本文通过单细胞RNA测序、小鼠遗传学和组织损伤方法，揭示了小鼠门齿维持和修复的细胞层次结构和机制	发现了一组活跃分裂的上皮祖细胞在稳态下产生牙釉质产生的成釉细胞和相邻的非成釉细胞层，并在损伤后通过祖细胞增殖和Notch1表达细胞直接转化为成釉细胞来实现组织修复	NA	解析干细胞身份和组织结构，以理解组织更新	小鼠门齿的维持和修复机制	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14858	2024-08-07	Application of single-cell RNA sequencing methodologies in understanding haematopoiesis and immunology 2019-07-03, Essays in biochemistry IF:5.6Q1 DOI:10.1042/EBC20180072 PMID:31186287	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在理解造血和免疫学中的应用	揭示了造血是一个连续而非阶梯式过程，挑战了传统的造血谱系树模型，并发现了新的免疫细胞类型	讨论了当前的挑战和未来方向	推动对生理和疾病状态下造血和免疫反应过程的理解	血液和免疫系统的细胞多样性	免疫学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组	NA
14859	2024-08-07	Single-Cell Transcriptomic Analysis of Human Lung Provides Insights into the Pathobiology of Pulmonary Fibrosis 2019-06-15, American journal of respiratory and critical care medicine IF:19.3Q1 DOI:10.1164/rccm.201712-2410OC PMID:30554520	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了人肺组织，以揭示肺纤维化发病机制中的细胞群体变化	发现了在肺纤维化患者中特有的一类促纤维化肺泡巨噬细胞，并识别出在肺纤维化过程中出现的稀有细胞群体，如气道干细胞和衰老细胞	研究样本量相对较小，且仅限于肺移植捐赠者和接受者以及一例特发性肺纤维化患者的样本	探究单细胞RNA测序是否能揭示肺纤维化患者肺组织中肺泡巨噬细胞、上皮细胞等细胞类型的疾病相关异质性	肺纤维化患者的肺组织细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	8名肺移植捐赠者、8名肺纤维化接受者及1名特发性肺纤维化患者的肺组织样本
14860	2024-08-07	Adaptive Immune Resistance Emerges from Tumor-Initiating Stem Cells 2019-05-16, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2019.03.025 PMID:31031009	研究论文	本文通过设计一种皮肤癌模型，研究了肿瘤起始干细胞（tSCs）如何通过适应性免疫抵抗机制克服免疫监视	发现tSCs通过表达CD80并结合CTLA4直接抑制细胞毒性T细胞活性，从而抵抗免疫疗法	NA	探讨肿瘤起始干细胞如何克服免疫监视并形成肿瘤复发的机制	肿瘤起始干细胞（tSCs）及其在皮肤鳞状细胞癌（SCC）中的免疫抵抗机制	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序（RNA-seq）	NA	RNA	NA