单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14801	2024-08-07	Widespread monoclonal IgE antibody convergence to an immunodominant, proanaphylactic Ara h 2 epitope in peanut allergy 2024-01, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.08.035 PMID:37748654	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术研究了花生过敏中人类单克隆IgE抗体的序列、亲和力、克隆性和功能特性	发现了IgE单克隆抗体的显著趋同进化现象，并揭示了主要过敏原蛋白上的免疫优势表位	NA	定义花生过敏中人类单克隆IgE抗体的序列、亲和力、克隆性和功能特性	花生过敏患者的单克隆IgE抗体	免疫学	过敏性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	来自不同年龄、性别、种族和地理位置的过敏个体样本
14802	2024-08-04	Deciphering driver regulators of cell fate decisions from single-cell transcriptomics data with CEFCON 2023-Dec-20, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-44103-3 PMID:38123534	研究论文	本文提出了CEFCON，一个以网络为基础的框架，用于从单细胞转录组数据中解析细胞命运决策的驱动调节因子	CEFCON结合图神经网络和注意机制，从单细胞RNA测序数据中推导出细胞谱系特异的基因调控网络，并通过网络控制理论建模细胞命运动态	NA	研究细胞命运决策背后的调控机制	小鼠造血干细胞分化数据	数字病理学	NA	RNA-seq	图神经网络	单细胞RNA测序数据	NA
14803	2024-08-07	The developmental hierarchy and scarcity of replicative slender trypanosomes in blood challenges their role in infection maintenance 2023-10-17, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2306848120 PMID:37824530	研究论文	本文通过实验证明在急性与慢性感染的小鼠中，细胞周期停滞是不可逆的，并通过复制能力分析和单细胞转录组分析揭示了时间层次结构	本文首次展示了在感染建立后，血液中的增殖寄生虫异常稀少，这挑战了血液寄生虫通过增殖或抗原变异维持感染的能力	NA	探讨寄生虫在宿主体内的发展层次及其在感染维持中的作用	寄生虫的细胞周期停滞及其在感染中的作用	NA	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	小鼠实验
14804	2024-08-04	Developmental estrogen exposure in mice disrupts uterine epithelial cell differentiation and causes adenocarcinoma via Wnt/β-catenin and PI3K/AKT signaling 2023-10, PLoS biology IF:7.8Q1 DOI:10.1371/journal.pbio.3002334 PMID:37856394	研究论文	本研究探讨了发育期雌激素接触如何通过Wnt/β-catenin和PI3K/AKT信号通路影响子宫上皮细胞的分化并导致腺癌	本研究首次揭示了从发育期接触内分泌干扰化学物质到成人癌症发展的机制路径	研究主要基于小鼠模型，可能存在物种间差异的局限性	本研究旨在探究在发育期接触环境因素如何影响癌症风险及其机制	研究对象是小鼠模型，特别关注子宫腺癌及相关细胞类型	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNAseq）和空间转录组学	NA	NA	NA
14805	2024-08-07	Probing the communication patterns of different chondrocyte subtypes in osteoarthritis at the single cell level using pattern recognition and manifold learning 2023-09-02, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-023-41874-z PMID:37660146	研究论文	本研究利用单细胞转录组数据集探索不同软骨细胞亚型在骨关节炎中的协同和通信模式	首次基于单细胞层面的网络分析和模式识别，分析了不同软骨细胞亚型的活跃通信模式，并使用流形学习和定量对比分析了保守和特定的通信途径	NA	理解骨关节炎的微环境并优化细胞靶向疗法	不同软骨细胞亚型在人类软骨退化和再生中的通信模式	数字病理学	骨关节炎	单细胞转录组	流形学习	转录组数据	1600个软骨细胞来自10名骨关节炎患者
14806	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals diagnostic and prognostic signatures and immunoinfiltration in gastric cancer 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107239 PMID:37450965	研究论文	本研究探讨了与胃癌（GC）患者T细胞相关的预后基因特征，提供了预测患者生存率和免疫浸润水平的见解	建立了胃癌的单细胞转录组图谱，并识别了与T细胞相关的预后基因特征	样本数量较少，仅基于10个肿瘤样本和相应的正常样本进行分析	探讨可以预测胃癌患者预后的相关基因特征	胃癌患者的免疫相关预后基因特征	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	细胞	10个肿瘤样本和相应正常样本，包含18416个细胞
14807	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing defines disease-specific differences between chronic nodular prurigo and atopic dermatitis 2023-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.04.019 PMID:37210042	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了慢性结节性痒疹（CNPG）与特应性皮炎（AD）以及健康对照个体皮肤病变中的分子差异	发现了CNPG和AD中免疫偏斜的类型2，以及CNPG特有的细胞外基质组织、胶原蛋白合成和纤维化特征	NA	旨在深入理解CNPG的病理机制以及CNPG与AD之间的分子关系	慢性结节性痒疹（CNPG）和特应性皮炎（AD）患者的皮肤病变	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	CNPG、AD患者及健康对照个体的皮肤病变样本
14808	2024-08-07	scJVAE: A novel method for integrative analysis of multimodal single-cell data 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106865 PMID:37030268	研究论文	本文介绍了一种名为scJVAE的新方法，用于整合和学习多模态单细胞数据的联合表示，并去除批次效应	scJVAE方法能够有效地去除批次效应并整合配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据，优于现有的先进方法	NA	研究目的是开发一种新的方法来处理多模态单细胞数据的批次效应和联合表示	多模态单细胞数据，特别是scRNA-seq和scATAC-seq数据	单细胞组学	NA	单细胞技术	变分自编码器（VAE）	多模态数据	使用多种配对基因表达和开放染色质数据集进行评估
14809	2024-08-07	Connexin 43-mediated neurovascular interactions regulate neurogenesis in the adult brain subventricular zone 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112371 PMID:37043357	研究论文	本文探讨了连接蛋白43（Cx43）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）中通过神经血管相互作用调节神经发生的作用	发现Cx43在SVZ中的神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）中高度表达，其缺失导致NSC增殖和神经母细胞生成增加，表明Cx43介导的NSC-EC相互作用维持NSC静息状态	NA	研究Cx43在成年大脑SVZ中通过神经血管相互作用调节神经干细胞行为的机制	神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）的相互作用	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14810	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics To Define Plasmodium falciparum Stage Transition in the Mosquito Midgut 2023-Feb-27, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03671-22 PMID:36847501	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了疟原虫在蚊子肠道中的发育过程	揭示了疟原虫在蚊子肠道中早期到晚期发展的转录组特征，并发现了一些新的生物标志物	对其他发育阶段或其他蚊子种类的适用性未进行探索	深入理解疟原虫在蚊子体内发育期间的生物学特性	疟原虫Plasmodium falciparum在蚊子肠道的发育过程	数字病理学	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	覆盖疟原虫从配子到ookinete的多个阶段
14811	2024-08-07	Exploring the potential mechanisms of impairment on genitourinary system associated with coronavirus disease 2019 infection: Bioinformatics and molecular simulation analyses 2023-Feb-07, Asian journal of urology IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.ajur.2022.12.004 PMID:36776826	研究论文	本研究通过生物信息学和分子模拟分析，探讨了新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制	本研究揭示了ACE2、TMPRSS2和CD147在正常泌尿生殖器官中的高表达，并分析了这些蛋白在多种肿瘤和慢性肾脏疾病中的表达情况，以及它们在泌尿生殖器官中的细胞特异性表达模式	NA	探索新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制	ACE2、TMPRSS2、CD147等蛋白在泌尿生殖器官中的表达模式及其与新冠病毒感染的关系	生物信息学	泌尿生殖系统疾病	单细胞RNA测序、基因集富集分析	NA	基因表达数据	涉及膀胱、肾脏、前列腺和睾丸等多种泌尿生殖器官的细胞
14812	2024-08-07	The vascular phenotype of BPD: new basic science insights-new precision medicine approaches 2022-Dec-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-022-02428-7 PMID:36550351	研究论文	本文探讨了支气管肺发育不良（BPD）的血管表型，并提出了基于细胞和微小RNA的精准医疗方法	利用单细胞RNA测序技术深入研究了BPD-PH中发育性内皮细胞耗竭，并提出了基于外泌体和微小RNA的治疗策略	需要更多关于中断通路、干预时机和递送方式的研究	探索BPD中血管表型的分子机制，并开发新的治疗策略	BPD患儿的肺血管发育和肺动脉高压	生物医学	新生儿疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14813	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analyses: interference by the genes that encode the B-cell and T-cell receptors 2022-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac044 PMID:36473726	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中B细胞和T细胞受体编码基因对无监督聚类和下游分析的影响	首次系统分析了包含与排除B细胞和T细胞受体编码基因对单细胞RNA测序数据分析的影响	仅限于B细胞和T细胞的研究，未涉及其他细胞类型	探讨B细胞和T细胞受体编码基因在单细胞RNA测序中的作用	B细胞和T细胞	基因组学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
14814	2024-08-07	Dissecting Heterogeneity Reveals a Unique BAMBIhigh MFGE8high Subpopulation of Human UC-MSCs 2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202202510 PMID:36373720	研究论文	本研究通过大规模单细胞转录组图谱分析，揭示了人类脐带间充质干细胞（UC-MSCs）的异质性，并鉴定出一个独特的BAMBI高表达和MFGE8高表达的C1亚群	首次实验验证了从scRNA-seq样本中分类的UC-MSC亚群的功能，并发现了一个具有独特表型和转录组特征的BAMBI MFGE8 C1亚群	研究主要集中在体外和体内狼疮小鼠模型中，未来需要进一步在更多疾病模型中验证这些发现	阐明人类UC-MSCs的本质，并选择最优的MSC类型用于未来特定疾病的治疗	人类脐带间充质干细胞及其亚群的功能和特性	细胞生物学	自身免疫性疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个UC-MSC样本
14815	2024-08-07	Electrical responses from human retinal cone pathways associate with a common genetic polymorphism implicated in myopia 2022-05-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2119675119 PMID:35594404	研究论文	本文研究了人类视网膜锥体通路的电反应与近视相关的常见遗传多态性之间的关系	首次探讨了GJD2基因位点的遗传多态性与视网膜电图（ERG）参数之间的关联，特别是在光适应状态下锥体驱动的反应	研究样本仅限于186名成年双胞胎志愿者，可能限制了结果的普遍性	探讨近视相关的遗传多态性与视网膜电反应之间的关系	视网膜锥体通路的电反应与GJD2基因位点的遗传多态性	NA	近视	视网膜电图（ERG）	混合线性模型	电生理数据	186名成年双胞胎志愿者
14816	2024-08-07	Single-cell immune profiling reveals a developmentally distinct CD4+ GM-CSF+ T-cell lineage that induces GI tract GVHD 2022-05-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006084 PMID:35015822	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析（scRNAseq）揭示了在移植物抗宿主病（GVHD）中出现的两种CD4+ GM-CSF+ T细胞群体，它们根据是否共表达干扰素-γ（IFN-γ）而区分	本研究首次识别出一种在GVHD中出现的独特的CD4+ GM-CSF+ IFN-γ- T细胞亚群，该亚群具有独特的转录组特征和T细胞受体库	NA	揭示在GVHD中CD4+ GM-CSF+ T细胞的异质性，并定义一种独特的T辅助细胞亚型	CD4+ GM-CSF+ T细胞在GVHD中的作用和特性	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序分析（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
14817	2024-08-07	Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples 2021-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041 PMID:36475567	研究论文	本文利用多重单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达	采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸（Ab-HTO）和10× Genomics技术进行样本多重标记，降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应	NA	研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育	小鼠胸腺和脾脏样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠胸腺和脾脏样本
14818	2024-08-07	Evaluation of some aspects in supervised cell type identification for single-cell RNA-seq: classifier, feature selection, and reference construction 2021-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02480-2 PMID:34503564	研究论文	本文系统评估了监督式细胞类型识别方法中的关键因素，包括特征选择、分类器选择和参考数据集构建	提出了使用多层感知器（MLP）作为分类器和F检验作为特征选择方法的建议，并建议合并所有可用数据集来构建参考数据集	NA	评估监督式细胞类型识别方法中的关键策略	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多层感知器（MLP）	RNA序列数据	涉及多个真实数据集，具体样本数量未详细说明
14819	2024-08-07	Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)† 2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab085 PMID:33676365	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14820	2024-08-07	Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010108 PMID:34057817	研究论文	本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性	JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类	NA	提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织	小鼠海马区的细胞及其基因表达模式	空间转录组学	NA	RNA杂交	JSTA框架	图像	分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型