单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14801	2024-08-07	Single-cell transcriptomics of alloreactive CD4+ T cells over time reveals divergent fates during gut graft-versus-host disease 2020-07-09, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.137990 PMID:32484791	研究论文	本研究使用单细胞转录组测序和计算建模，探讨了在小鼠模型中，供体树突细胞介导的GVHD加剧过程中，同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径	首次在单细胞水平上揭示了GVHD过程中同种异体反应性CD4+ T细胞的分化轨迹，包括一个意外的第二轨迹，表现为低增殖、低细胞因子表达、高tcf7表达和较高的静息状态	研究基于小鼠模型，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证	探讨同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径及其在GVHD过程中的作用	同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径	单细胞测序	GVHD	scRNA-Seq	计算模型	转录组数据	小鼠模型中的CD4+ T细胞样本
14802	2024-08-07	Joint single cell DNA-seq and RNA-seq of gastric cancer cell lines reveals rules of in vitro evolution 2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaa016 PMID:32215369	研究论文	本研究通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，分析了九种胃癌细胞系的细胞多样性，并揭示了体外进化的规律	首次量化了细胞系中共存的克隆数量及其特征，并通过单细胞RNA测序独立验证了单细胞DNA分析的克隆结构	NA	探究胃癌细胞系中的细胞多样性及其对实验重复性的影响	九种胃癌细胞系	数字病理学	胃癌	单细胞DNA测序，单细胞RNA测序	NA	基因组数据，转录组数据	8824个细胞的基因组，超过28000个单细胞的转录组
14803	2024-08-07	Mechanisms of Fibrosis Development in Nonalcoholic Steatohepatitis 2020-05, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2019.11.311 PMID:32044315	综述	本文综述了非酒精性脂肪肝病如何进展为非酒精性脂肪性肝炎（NASH）并导致肝纤维化的机制，重点探讨了肝细胞、巨噬细胞和肝星状细胞之间的相互作用及其对纤维化发展的影响。	讨论了通过单细胞RNA测序揭示的肝星状细胞和巨噬细胞的异质性，以及这些发现对治疗干预的潜在影响。	NA	探讨非酒精性脂肪性肝炎中肝纤维化的发生机制及其治疗干预的可能性。	非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的肝纤维化机制。	NA	肝病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14804	2024-08-07	scBatch: batch-effect correction of RNA-seq data through sample distance matrix adjustment 2020-05-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btaa097 PMID:32053185	research paper	本文介绍了一种名为scBatch的数值算法，用于批量和单细胞RNA测序数据的批次效应校正	scBatch算法不依赖于批次效应生成机制的假设，并且在模拟和实际数据分析中表现优于现有的批次效应校正方法	NA	旨在改进批次效应校正方法，特别是在单细胞RNA测序数据分析中	批量和单细胞RNA测序数据	digital pathology	NA	RNA-seq	NA	RNA-seq data	NA
14805	2024-08-07	IL-2 enhances ex vivo-expanded regulatory T-cell persistence after adoptive transfer 2020-04-28, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2019001248 PMID:32311015	研究论文	本研究探讨了白细胞介素-2（IL-2）与雷帕霉素联合使用对体外扩增的调节性T细胞（Treg）在非人类灵长类动物模型中持久性的影响	研究发现IL-2与雷帕霉素联合使用能显著增加体外扩增Treg的半衰期，有效双倍增加外周血Treg细胞数量	研究仅在非人类灵长类动物模型中进行，尚未在人体中验证	探讨免疫调节剂与Treg细胞的最佳配对，以实现Treg细胞的持久性和抑制功能的稳定	体外扩增的Treg细胞及其在体内的持久性和功能稳定性	免疫学	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	使用非人类灵长类动物模型进行研究
14806	2024-08-07	Single Cell Sequencing and Kidney Organoids Generated from Pluripotent Stem Cells 2020-04-07, Clinical journal of the American Society of Nephrology : CJASN IF:8.5Q1 DOI:10.2215/CJN.07470619 PMID:31992574	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）与从多能干细胞生成的肾脏类器官结合使用的进展和未来应用	结合scRNA-seq和肾脏类器官技术，以更好地理解肾脏发育和疾病，并预测未来应用	NA	探讨scRNA-seq在类器官领域的应用及未来发展	单细胞RNA测序技术和肾脏类器官	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
14807	2024-08-07	TooManyCells identifies and visualizes relationships of single-cell clades 2020-04, Nature methods IF:36.1Q1 DOI:10.1038/s41592-020-0748-5 PMID:32123397	研究论文	本文介绍了TooManyCells，一套基于图的算法，用于高效且无偏地识别和可视化单细胞类群	TooManyCells引入了一种与降维方法正交的可视化模型，并配备了不同于流行单分辨率聚类方法的高效无矩阵分裂层次谱聚类	NA	开发一种新的算法工具，用于更好地识别和可视化单细胞转录组数据中的细胞多样性	单细胞转录组数据中的细胞类群	单细胞转录组学	NA	单细胞转录组学	图算法	转录组数据	使用现有单细胞转录组数据集和新数据模型，研究白血病T细胞中的药物抗性获取
14808	2024-08-07	Astrocyte layers in the mammalian cerebral cortex revealed by a single-cell in situ transcriptomic map 2020-04, Nature neuroscience IF:21.2Q1 DOI:10.1038/s41593-020-0602-1 PMID:32203496	研究论文	本研究开发了一种高含量的大面积空间转录组（LaST）图谱，用于在原位定量单细胞基因表达，揭示了哺乳动物大脑皮层中星形胶质细胞的分层模式	首次通过单细胞原位转录组图谱揭示了星形胶质细胞在大脑皮层中的分层模式，并证实这些模式在成年鼠和人类皮层中持续存在	研究主要集中在小鼠和人类皮层，其他物种的星形胶质细胞分层模式尚未探讨	探究大脑皮层中星形胶质细胞是否具有特定的分层结构	大脑皮层中的星形胶质细胞	NA	NA	单细胞RNA测序，空间重建分析	NA	基因表达数据	小鼠和人类的大脑皮层样本
14809	2024-08-07	Trajectory-based differential expression analysis for single-cell sequencing data 2020-03-05, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-020-14766-3 PMID:32139671	研究论文	本文介绍了tradeSeq方法，一种基于负二项分布的广义加性模型框架，用于单细胞测序数据中的轨迹推断下游分析，能够灵活推断同系和异系间的差异表达	tradeSeq方法能够充分利用轨迹推断提供的连续分辨率，并精确识别差异表达的类型，同时通过引入观测级别的权重来考虑零膨胀问题	NA	开发一种新的方法来分析单细胞RNA测序数据中的基因表达动态变化	单细胞RNA测序数据中的基因差异表达	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	广义加性模型	基因表达数据	使用了模拟数据集和真实数据集（包括基于液滴和全长协议的数据）
14810	2024-08-07	Interleukin 27 Protects From Gastric Atrophy and Metaplasia During Chronic Autoimmune Gastritis 2020, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2020.04.014 PMID:32376420	研究论文	研究白细胞介素27（IL27）在自身免疫性胃炎小鼠模型中对胃萎缩、增生和化生的作用	发现IL27通过抑制CD4+ T细胞介导的炎症来抑制胃炎和化生	研究仅限于小鼠模型，需要进一步在人类中验证	探讨免疫细胞和细胞因子如何调节慢性炎症与胃癌发生之间的关系	自身免疫性胃炎小鼠模型中的胃萎缩、增生和化生	NA	胃炎	免疫荧光、流式细胞术、单细胞RNA测序	NA	组织样本	TxA23小鼠（对照组）和TxA23xEbi3-/-小鼠
14811	2024-08-07	Single-Cell RNA-Seq Analysis Uncovers Distinct Functional Human NKT Cell Sub-Populations in Peripheral Blood 2020, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2020.00384 PMID:32528956	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了人外周血中的NKT细胞，揭示了不同的功能性NKT细胞亚群	本研究首次通过单细胞RNA测序技术，揭示了多个先前未被识别的NKT细胞亚群及其潜在的功能特异性	研究中使用的样本数量有限，可能影响对NKT细胞亚群的全面理解	旨在通过单细胞RNA测序技术揭示人NKT细胞的功能性亚群，以推动针对特定NKT亚群的个性化治疗	人外周血中的NKT细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	超过4000个未刺激和7000个刺激的人外周血NKT细胞
14812	2024-08-07	Non-cell autonomous mechanism of Parkinson's disease pathology caused by G2019S LRRK2 mutation in Ashkenazi Jewish patient: Single cell analysis 2019-11-01, Brain research IF:2.7Q3 DOI:10.1016/j.brainres.2019.146342 PMID:31330122	研究论文	本研究通过从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取诱导多能干细胞（iPSCs），分离出自我更新的多能神经干细胞（NSCs），并在体外模拟这种形式的帕金森病，利用单细胞RNA测序转录组分析探讨NSCs中的细胞多样性和疾病病理。	研究首次揭示了G2019S LRRK2突变可能通过非细胞自主机制影响多种细胞类型的帕金森病病理，并展示了无偏见的单细胞转录组学在个性化医学中的潜力。	NA	探讨G2019S LRRK2突变如何导致帕金森病病理。	从携带G2019S LRRK2突变的阿什肯纳兹犹太患者中提取的诱导多能干细胞（iPSCs）及其分离出的神经干细胞（NSCs）。	数字病理学	帕金森病	单细胞RNA测序	NA	转录组	一个阿什肯纳兹犹太患者
14813	2024-08-07	Cell type-specific transcriptional programs in mouse prefrontal cortex during adolescence and addiction 2019-09-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12054-3 PMID:31519873	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，全面分类了小鼠前额叶皮层中的所有独特细胞亚型，并分析了这些细胞亚型在自然适应和诱导条件下的转录动力学。	首次详细描述了小鼠前额叶皮层在青春期和慢性可卡因成瘾期间各神经元亚型的特异性转录程序。	NA	研究小鼠前额叶皮层在青春期和成瘾状态下各神经元亚型的特异性转录程序。	小鼠前额叶皮层的神经元亚型及其在青春期和成瘾状态下的转录动力学。	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从P21到P60的小鼠前额叶皮层样本
14814	2024-08-07	Identifying gene expression programs of cell-type identity and cellular activity with single-cell RNA-Seq 2019-07-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.43803 PMID:31282856	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术，利用共识非负矩阵分解（cNMF）方法，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	提出了一种名为共识非负矩阵分解（cNMF）的方法，能够准确推断细胞身份和活动程序及其在每个细胞中的相对贡献	NA	理解细胞和组织的组织结构，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	基因表达数据	使用了已发表的脑类器官和视觉皮层scRNA-Seq数据集
14815	2024-08-07	Alevin efficiently estimates accurate gene abundances from dscRNA-seq data 2019-03-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1670-y PMID:30917859	research paper	本文介绍了一种名为alevin的快速端到端管道，用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，执行细胞条形码检测、读取映射、唯一分子标识符（UMI）去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	alevin的UMI去重方法考虑了可能产生UMI的分子的转录水平约束，并处理了基因特异性读取和基因间多重映射读取，从而解决了现有工具中因丢弃基因模糊读取而产生的固有偏差，提高了基因丰度估计的准确性。	NA	开发一种快速且准确的基因丰度估计方法，用于基于液滴的单细胞RNA测序数据。	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞条形码检测、读取映射、UMI去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	digital pathology	NA	dscRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
14816	2024-08-07	EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data 2019-03-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1662-y PMID:30902100	研究论文	本文介绍了一种新的统计方法EmptyDrops，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	EmptyDrops方法通过检测与环境溶液表达谱显著偏离的液滴，提高了检测真实细胞的能力，并控制了检测细胞中的假发现率	NA	开发一种新的计算方法，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	RNA测序数据	NA
14817	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of lineage diversity in high-grade glioma 2018-07-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0567-9 PMID:30041684	研究论文	本研究通过高密度微孔系统对分离的人体手术样本进行大规模单细胞RNA测序，分析高级别胶质瘤（HGG）中的细胞系多样性	首次揭示了高级别胶质瘤中细胞身份与增殖之间的关系，并发现恶性转化细胞中神经与非神经系相似性的不同群体结构	NA	深入理解高级别胶质瘤中的细胞系身份、分化和增殖	高级别胶质瘤（HGG）细胞及其微环境细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	图论方法	转录组	多个分离的人体手术样本
14818	2024-08-07	Gli3 is a negative regulator of Tas1r3-expressing taste cells 2018-02, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007058 PMID:29415007	研究论文	研究探讨了Gli3在味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3表达的味觉受体细胞中的表达和功能	首次揭示了Gli3作为抑制因子在成年后舌味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3+细胞中的作用	研究主要集中在后舌的味觉细胞，前舌的情况未详细探讨	探究Gli3在成年后舌味觉细胞再生中的作用及其对味觉功能的影响	小鼠的味觉细胞和味觉干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学	NA	RNA	Gli3CKO和Gli3WT小鼠
14819	2024-08-07	The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration 2018-01-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx1154 PMID:29186510	research paper	本文介绍了欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）在2017年如何通过提供开放数据、开源软件和分析工具以及技术基础设施来支持全球生命科学研究，并整合日益多样化的数据类型	EMBL-EBI通过整合高质量的生物成像、生物银行和其他类型的分子数据，以及参与Open Targets、植物表型标准（MIAPPE）和人类细胞图谱数据协调平台等项目，展示了其在数据整合和服务开发方面的深入参与	NA	支持全球生命科学研究，整合多样化数据类型，以便各学科的生物学家能够更详细地探索生命	EMBL-EBI提供的开放数据、开源软件、分析工具和技术基础设施	生物信息学	NA	细胞成像和单细胞测序技术	NA	高维数据	数据存储量在不到两年内翻倍至120PB
14820	2024-08-07	Extracting Intercellular Signaling Network of Cancer Tissues using Ligand-Receptor Expression Patterns from Whole-tumor and Single-cell Transcriptomes 2017-08-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-09307-w PMID:28821810	研究论文	本文通过分析公共癌症转录组数据库中的配体-受体表达模式，构建了癌症组织中的细胞间信号网络。	本文首次利用全肿瘤和单细胞转录组数据，构建了细胞间通信网络，揭示了癌症细胞间的信号交换机制。	NA	研究癌症细胞间的通信机制，以揭示癌症进展和预后的分子标志。	癌症组织中的细胞间信号网络。	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2,500对配体-受体对