单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 14781 - 14800 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14781 | 2024-09-14 |
Fast model-free standardization and integration of single-cell transcriptomics data
2023-Jan-23, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-2485985/v1
PMID:36747625
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研究论文 | 本文介绍了一种名为MASI的快速无模型方法，用于标准化和整合单细胞转录组数据 | MASI通过细胞类型标记而非模型推断进行整合，能够在个人笔记本电脑上注释约一百万个细胞，为单细胞研究提供了一种廉价的计算替代方案 | NA | 开发一种快速且计算成本低的工具，用于标准化细胞类型注释和整合单细胞转录组数据 | 单细胞转录组数据的标准化和整合 | 生物信息学 | NA | 单细胞转录组学 | 无模型方法 | 基因表达矩阵 | 约一百万个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14782 | 2024-09-14 |
Multimodal mapping of cell types and projections in the central nucleus of the amygdala
2023-01-20, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.84262
PMID:36661218
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序和荧光原位杂交技术，系统地分析了中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 开发了新的方法将EASI-FISH与5-plex逆行轴突标记结合，揭示了中央杏仁核的空间分子组织结构和远距离轴突投射网络 | NA | 系统地研究中央杏仁核中的细胞类型及其投射，揭示其空间分子组织结构和功能 | 中央杏仁核中的细胞类型及其投射 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq), 荧光原位杂交 (EASI-FISH), 逆行轴突标记 | NA | 基因表达数据 | 约30,000个分子定义的中央杏仁核神经元 | NA | NA | NA | NA |
| 14783 | 2024-09-14 |
Marker-free characterization of full-length transcriptomes of single live circulating tumor cells
2023-01, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.276600.122
PMID:36414416
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为unCTC的R包，用于从单细胞转录组数据中无偏倚地识别和表征循环肿瘤细胞 | 提出了名为DDLK的深度字典学习方法，用于单细胞RNA测序数据的聚类，以及基于表达的拷贝数变异推断和组合标记验证恶性表型的方法 | NA | 开发一种无偏倚的方法来识别和表征循环肿瘤细胞，以更好地理解转移性癌症的生物学特性、监测疾病进展和疾病管理 | 循环肿瘤细胞 | 数字病理学 | 乳腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 6名患者的循环肿瘤细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14784 | 2024-09-14 |
Single-Cell Transcriptomic Census of Endothelial Changes Induced by Matrix Stiffness and the Association with Atherosclerosis
2022-Nov-17, Advanced functional materials
IF:18.5Q1
DOI:10.1002/adfm.202203069
PMID:36816792
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研究论文 | 研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的影响及其与动脉粥样硬化的关联 | 首次在单细胞分辨率下研究了基质硬度对内皮细胞向间充质细胞转化的调控作用，并揭示了新的间充质-内皮反向转化轨迹 | 研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂的相互作用 | 探讨基质硬度对内皮细胞可塑性和动脉粥样硬化进展的影响 | 人冠状动脉内皮细胞及其在不同基质硬度下的转录特征 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 人冠状动脉内皮细胞在生理和病理基质硬度下的培养样本 | NA | NA | NA | NA |
| 14785 | 2024-09-13 |
STPDA: Leveraging spatial-temporal patterns for downstream analysis in spatial transcriptomic data
2024-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为STPDA的计算框架，用于空间转录组数据中的时空模式分析 | STPDA通过整合时空模式，提供了一种新的空间转录组数据分析方法，超越了现有的最先进方法 | NA | 开发一种新的计算框架，以更深入地理解空间转录组数据中的基因表达模式 | 空间转录组数据中的时空基因表达模式 | 数字病理学 | NA | NA | LSTM | 空间转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14786 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptome sequencing revealed the metabolic changes and microenvironment changes of cardiomyocytes induced by diabetes
2024-Oct, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序分析了糖尿病诱导的心肌细胞代谢变化和微环境变化 | 首次通过单细胞转录组测序揭示了糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 研究仅基于小鼠模型，结果的临床相关性有待进一步验证 | 分析糖尿病对心肌细胞异质性和细胞间通讯的影响 | 糖尿病诱导的心肌细胞 | 数字病理学 | 糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 控制组和链脲佐菌素诱导的糖尿病小鼠心脏样本 | NA | NA | NA | NA |
| 14787 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptomics reveals subset-specific metabolic profiles underpinning the bronchial epithelial response to flagellin
2024-Sep-20, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2024.110662
PMID:39252969
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，分析了鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响 | 首次揭示了鞭毛蛋白暴露下人类支气管上皮细胞的功能异质性，并发现了炎症性分泌细胞和炎症性基底细胞在代谢重编程上的差异 | 研究仅限于体外培养的支气管上皮细胞，未涉及体内环境的影响 | 探究鞭毛蛋白对人类支气管上皮细胞的细胞特异性影响及其代谢重编程机制 | 人类支气管上皮细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 7个细胞簇，包括纤毛细胞、离子细胞和多种状态的基底细胞和分泌细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14788 | 2024-09-13 |
Single-cell transcriptomics reveals heterogeneity in plant responses to the environment: a focus on biotic and abiotic interactions
2024-Sep-11, Journal of experimental botany
IF:5.6Q1
DOI:10.1093/jxb/erae107
PMID:38466621
|
综述 | 本文综述了单细胞转录组学在植物对生物和非生物环境因素响应中的应用 | 单细胞转录组学提供了前所未有的细胞响应环境变化的视角 | 单细胞研究在植物-环境相互作用中面临技术挑战 | 探讨单细胞转录组学在理解植物对生物和非生物环境因素响应中的贡献 | 植物细胞对生物和非生物环境因素的响应 | 基因组学 | NA | 单细胞转录组测序 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14789 | 2024-09-13 |
Increased autoreactivity and maturity of EBI2+ antibody-secreting cells from nasal polyps
2024-Sep-10, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.177729
PMID:39253973
|
研究论文 | 研究了鼻息肉中表达EBI2的B细胞是否具有更高的自身抗体产生倾向，并评估了鼻息肉中抗体分泌细胞的分子特征 | 首次揭示了鼻息肉中EBI2+抗体分泌细胞具有更高的自身抗体产生倾向，并展示了其分子特征 | 研究仅限于鼻息肉和扁桃体组织，未涉及其他组织或疾病状态 | 探讨鼻息肉中EBI2+ B细胞的自身抗体产生倾向及其分子特征 | 鼻息肉和扁桃体组织中的EBI2+抗体分泌细胞 | 免疫学 | 鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 鼻息肉和扁桃体组织的样本 | NA | NA | NA | NA |
| 14790 | 2024-09-13 |
Single-cell RNA sequencing reveals the change in cytotoxic NK/T cells, epithelial cells and myeloid cells of the tumor microenvironment of high-grade serous ovarian carcinoma
2024-Sep-09, Discover oncology
IF:2.8Q2
DOI:10.1007/s12672-024-01290-9
PMID:39249551
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术分析了高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境中NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞的变化 | 揭示了高级别浆液性卵巢癌从早期到晚期阶段上皮细胞的异质性和富集通路的变化，以及细胞间通讯的增强 | NA | 研究高级别浆液性卵巢癌肿瘤微环境的变化 | NK/T细胞、上皮细胞和髓系细胞 | 数字病理学 | 卵巢癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 45,448个单细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14791 | 2024-09-13 |
Revealing the crosstalk between LOX+ fibroblast and M2 macrophage in gastric cancer by single-cell sequencing
2024-Sep-09, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-024-12861-y
PMID:39251966
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研究论文 | 本研究通过单细胞测序揭示了胃癌中LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞之间的相互作用 | 首次构建了胃癌患者的单细胞转录组图谱，并揭示了LOX+成纤维细胞与M2巨噬细胞在肿瘤微环境中的紧密定位和相互作用 | 研究仅限于胃癌样本，未来需在更多癌症类型中验证这些发现 | 揭示胃癌肿瘤微环境中成纤维细胞与巨噬细胞之间的相互作用，寻找潜在的治疗靶点 | 胃癌患者的肿瘤微环境中的LOX+成纤维细胞和M2巨噬细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 150,913个细胞 | NA | NA | NA | NA |
| 14792 | 2024-09-13 |
Dimension reduction, cell clustering, and cell-cell communication inference for single-cell transcriptomics with DcjComm
2024-Sep-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03385-6
PMID:39252099
|
研究论文 | 提出了一种名为DcjComm的方法，用于单细胞转录组学的综合分析，包括降维、细胞聚类和细胞间通信推断 | DcjComm通过非负矩阵分解联合学习模型进行降维和聚类，并整合配体-受体对、转录因子和靶基因来推断细胞间通信，性能优于现有方法 | NA | 改进单细胞转录组学分析中的降维、细胞聚类和细胞间通信推断方法 | 单细胞转录组数据 | 生物信息学 | NA | 非负矩阵分解 | 联合学习模型 | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14793 | 2024-09-13 |
Cancer cell states: Lessons from ten years of single-cell RNA-sequencing of human tumors
2024-Sep-09, Cancer cell
IF:48.8Q1
DOI:10.1016/j.ccell.2024.08.005
PMID:39214095
|
研究论文 | 本文回顾了过去十年单细胞RNA测序（scRNA-seq）在人类肿瘤研究中的应用，并强调了从这些研究中获得的一些重要见解 | 本文总结了scRNA-seq在定义癌症细胞状态和肿瘤内异质性方面的创新方法和发现 | 本文讨论了在定义和命名肿瘤内异质性程序时存在的模糊性 | 回顾和总结scRNA-seq在人类肿瘤研究中的应用，并展望未来在临床中的应用 | 人类肿瘤中的癌症细胞状态和肿瘤内异质性 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14794 | 2024-09-13 |
SpatialOne: end-to-end analysis of visium data at scale
2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae509
PMID:39152991
|
研究论文 | 本文介绍了一个名为SpatialOne的端到端分析管道，用于简化10x Visium数据的分析 | SpatialOne整合了多种先进的计算方法，简化了空间转录组数据的分析流程 | NA | 简化空间转录组数据的分析 | 10x Visium数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14795 | 2024-09-13 |
Identifying cancer cells from calling single-nucleotide variants in scRNA-seq data
2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae512
PMID:39163479
|
研究论文 | 开发了一种名为CCLONE的工具，用于从scRNA-seq数据中识别癌症细胞并匹配其表达谱 | 提出了CCLONE工具，能够处理scRNA-seq数据中SNV的不确定性和稀疏性，并联合识别癌症克隆群体及其相关变异 | 仅在急性髓系白血病和肺腺癌数据集上进行了验证，尚未在其他癌症类型中测试 | 解决从scRNA-seq数据中识别癌症细胞的挑战 | scRNA-seq数据中的单核苷酸变异（SNV） | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 涉及两个急性髓系白血病数据集和一个肺腺癌数据集 | NA | NA | NA | NA |
| 14796 | 2024-09-13 |
scDiffusion: conditional generation of high-quality single-cell data using diffusion model
2024-09-02, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btae518
PMID:39171840
|
研究论文 | 本文介绍了一种名为scDiffusion的生成模型，结合扩散模型和基础模型，用于生成高质量的单细胞RNA测序数据，并能在控制条件下生成数据 | scDiffusion通过设计多个分类器同时指导扩散过程，并提出了一种新的控制策略——梯度插值，使得模型能够生成连续的细胞发育轨迹 | NA | 开发一种能够生成高质量单细胞RNA测序数据的生成模型，并能在控制条件下生成数据 | 单细胞RNA测序数据 | 机器学习 | NA | 扩散模型 | 生成模型 | 单细胞RNA测序数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14797 | 2024-09-13 |
Targeting transposable elements in cancer: developments and opportunities
2024-Sep, Biochimica et biophysica acta. Reviews on cancer
DOI:10.1016/j.bbcan.2024.189143
PMID:38936517
|
综述 | 本文综述了转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 本文探讨了转座子在癌症中的多方面作用，并提出了基于转座子的诊断和治疗新方法 | NA | 探讨转座子在癌症中的作用及其在癌症治疗中的潜在应用 | 转座子及其在癌症中的作用 | NA | 癌症 | 长读长测序、计算分析、单细胞测序、蛋白质组学、CRISPR-Cas9技术 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14798 | 2024-09-13 |
Cathepsin D is essential for the degradomic shift of macrophages required to resolve liver fibrosis
2024-Sep, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2024.101989
PMID:39019115
|
研究论文 | 研究探讨了溶酶体蛋白酶Cathepsin D在巨噬细胞介导的肝纤维化逆转中的关键作用 | 首次描述了Cathepsin D驱动的溶酶体活性在纤维化逆转过程中巨噬细胞修复功能中的核心作用 | NA | 探讨Cathepsin D在肝纤维化逆转中的作用机制 | 巨噬细胞和肝细胞中的Cathepsin D表达及其在肝纤维化中的功能 | NA | 肝纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 人类肝硬化样本和myeloid-CtsD及hepatocyte-CtsD敲除小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 14799 | 2024-09-13 |
An Efficient Fluorescence-Activated Protoplast Sorting (FAPS) and Regeneration Protocol for Canola (Brassica napus)
2024-Sep, Current protocols
DOI:10.1002/cpz1.70008
PMID:39264225
|
研究论文 | 本文介绍了一种高效的荧光激活原生质体分选（FAPS）和再生协议，用于油菜（Brassica napus）的研究 | 本文首次报道了将FAPS方法应用于油菜原生质体的分选和再生，为功能基因组学和基因编辑应用提供了新的工具 | NA | 开发一种高效的原生质体分选和再生协议，以支持植物科学中的基础和应用研究 | 油菜（Brassica napus）的原生质体 | 植物科学 | NA | 荧光激活原生质体分选（FAPS） | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14800 | 2024-09-13 |
The microenvironmental factors induced invasive tumor cells in glioblastoma
2024-Aug-30, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e35770
PMID:39253204
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研究论文 | 研究探讨了胶质母细胞瘤（GBM）细胞在肿瘤微环境（TME）影响下的侵袭性转变机制 | 揭示了肿瘤微环境中的OSMR和LIFR表达与GBM细胞侵袭性之间的关系 | 研究主要集中在体外实验，缺乏临床数据支持 | 探究肿瘤微环境如何调节胶质母细胞瘤细胞的侵袭性 | 胶质母细胞瘤细胞及其微环境中的OSMR和LIFR表达 | 数字病理学 | 脑癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 具体样本数量未在摘要中提及 | NA | NA | NA | NA |