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序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
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1461 | 2025-10-05 |
Neuromodulatory Signaling in Chronic Pain Patients: A Narrative Review
2025-Aug-27, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14171320
PMID:40940732
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综述 | 本叙述性综述综合分析了神经调节信号系统在慢性疼痛中的作用机制及治疗潜力 | 整合转录组分析、功能性神经影像和单细胞RNA测序等新技术发现患者特异性神经调节功能障碍模式,提出精准医疗干预点 | 叙述性综述缺乏系统性文献检索和定量分析,证据质量受原始研究限制 | 探讨神经调节信号通路在慢性疼痛病理生理机制中的作用及治疗靶点 | 慢性疼痛患者及相关的神经调节系统 | 神经科学 | 慢性疼痛 | 转录组分析,功能性神经影像,单细胞RNA测序 | NA | 临床观察数据,临床前研究数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1462 | 2025-10-05 |
Artificial Intelligence in Ocular Transcriptomics: Applications of Unsupervised and Supervised Learning
2025-Aug-26, Cells
IF:5.1Q2
DOI:10.3390/cells14171315
PMID:40940727
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综述 | 本文综述了2019-2025年间人工智能在眼科转录组学中的应用,重点介绍了无监督和监督学习方法在生物标志物发现、细胞类型分类及眼部疾病建模方面的进展 | 系统总结了AI在眼科转录组学中的最新应用,涵盖单细胞工作流程标准方法和深度学习框架在多组学整合中的潜力 | 存在可解释性和标准化方面的挑战 | 探讨人工智能在眼科转录组学数据分析中的应用 | 眼部组织转录组数据,包括视网膜、角膜、黄斑等 | 自然语言处理 | 年龄相关性黄斑变性 | 微阵列、bulk RNA-seq、单细胞RNA-seq | PCA, t-SNE, UMAP, WGCNA, LASSO, SVM, 随机森林, 变分自编码器, 神经网络 | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, bulk RNA-seq | NA | NA |
1463 | 2025-10-05 |
Current Role and Future Frontiers of Spatial Transcriptomics in Genitourinary Cancers
2025-Aug-26, Cancers
IF:4.5Q1
DOI:10.3390/cancers17172774
PMID:40940870
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综述 | 本文概述了空间转录组学技术在泌尿生殖系统癌症中的新兴作用和未来潜力 | 聚焦空间转录组学技术在泌尿生殖系统癌症中的独特应用,区别于传统转录组学仅关注基因表达水平 | NA | 探讨空间转录组学技术在泌尿生殖系统癌症研究中的当前作用和未来发展方向 | 泌尿生殖系统恶性肿瘤 | 空间转录组学 | 泌尿生殖系统癌症 | 空间转录组学 | NA | 基因表达空间数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1464 | 2025-10-05 |
A fibroblast-centric network drives cold fibrosis in the tumor microenvironment of lung squamous cell carcinoma
2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.25.668405
PMID:40909739
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析揭示了肺鳞癌肿瘤微环境中由癌症相关成纤维细胞驱动的冷纤维化网络 | 首次将非癌性纤维化中的热/冷纤维化概念应用于肺鳞癌,发现了由CAF自分泌生长因子环路维持的冷纤维化结构 | 样本量相对较小(16例患者),仅针对初治患者进行研究 | 探究慢性炎症相关癌症中纤维化基质的组织原则 | 肺鳞癌患者的肿瘤和癌旁正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞转录组学 | NA | 单细胞RNA测序数据 | 16例初治肺鳞癌患者的匹配肿瘤和癌旁组织 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1465 | 2025-10-05 |
CCL26 and CXCL12 Promote Release of Insulin-Sensitizing Adipose Tissue Macrophage sEVs from Subcutaneous Adipose Tissue in Obesity
2025-Aug-24, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.08.20.670151
PMID:40894782
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研究论文 | 本研究揭示皮下脂肪组织巨噬细胞通过释放小细胞外囊泡改善胰岛素敏感性的新机制 | 首次发现CCL26和CXCL12调控皮下脂肪组织巨噬细胞释放具有胰岛素增敏作用的小细胞外囊泡 | NA | 探究肥胖状态下皮下脂肪组织对代谢功能障碍的保护机制 | 皮下脂肪组织巨噬细胞及其释放的小细胞外囊泡 | 单细胞生物学 | 代谢性疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1466 | 2025-10-05 |
Genomic Insights into Tumorigenesis in Newly Diagnosed Multiple Myeloma
2025-Aug-23, Diagnostics (Basel, Switzerland)
DOI:10.3390/diagnostics15172130
PMID:40941618
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序分析新诊断多发性骨髓瘤患者的遗传突变,揭示疾病进展的分子机制 | 首次通过单细胞RNA测序比较MGUS、SMM和新诊断MM各阶段的遗传突变特征,发现新的肿瘤发生相关基因 | 样本数量未明确说明,研究仅关注遗传突变而可能忽略其他分子机制 | 识别导致多发性骨髓瘤进展和肿瘤发生的遗传突变 | MGUS、SMM和新诊断多发性骨髓瘤患者样本 | 基因组学 | 多发性骨髓瘤 | 单细胞RNA测序 | 计算分析流程 | 基因组序列数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1467 | 2025-10-05 |
Dynamic Intercellular Networks in the CNS: Mechanisms of Crosstalk from Homeostasis to Neurodegeneration
2025-Aug-22, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms26178155
PMID:40943076
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综述 | 本文综述了中枢神经系统中动态细胞间通讯网络在健康稳态到神经退行性疾病过程中的作用机制 | 通过整合单细胞和空间转录组学最新发现,系统比较了不同疾病背景下细胞间通讯网络的动态变化 | 作为综述文章,主要基于现有文献分析,缺乏原始实验数据验证 | 探讨中枢神经系统中细胞间通讯网络在健康稳态和疾病状态下的作用机制 | 神经元、星形胶质细胞、小胶质细胞、少突胶质细胞等中枢神经系统细胞 | 神经科学 | 阿尔茨海默病 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq、空间转录组学 | NA | NA |
1468 | 2025-10-05 |
Deciphering the combinatorial expression pattern and genetic regulatory mechanisms of Beats and Sides in the olfactory circuits of Drosophila
2025-Aug-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.31.657193
PMID:40502011
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和转基因驱动线分析果蝇嗅觉回路中Beat和Side基因家族的表达模式及其调控机制 | 首次系统揭示了果蝇嗅觉神经元中Beat和Side基因的类别特异性组合表达模式,并发现其在昆虫进化中的保守性 | 干扰Beat-IIa-Side-IV相互作用未在检测的两个肾小球中产生显著错误靶向,功能验证有限 | 解析果蝇嗅觉回路中Beat和Side基因家族的组合表达模式及其遗传调控机制 | 果蝇的嗅觉受体神经元(ORNs)和投射神经元(PNs) | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序, 基因陷阱转基因驱动线技术 | NA | 基因表达数据, 转基因品系数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1469 | 2025-10-05 |
Immunomodulatory effects of a short-term gluten-free diet on pediatric celiac disease: Findings from a single-cell transcriptomics study
2025-Aug-11, The Journal of nutritional biochemistry
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.jnutbio.2025.110063
PMID:40803542
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组学分析探讨短期无麸质饮食对儿童乳糜泻患者免疫细胞的调节作用 | 首次使用单细胞RNA测序技术分析短期无麸质饮食对儿童乳糜泻患者外周血单个核细胞的免疫调节机制 | 样本量较小(仅5名患者),结果需要更大规模队列研究进一步验证 | 研究短期无麸质饮食对儿童乳糜泻患者免疫细胞转录组的影响 | 儿童乳糜泻患者的外周血单个核细胞 | 单细胞转录组学 | 乳糜泻 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 5名儿童乳糜泻患者(干预前后配对样本) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 液滴式单细胞RNA测序 |
1470 | 2025-10-05 |
Plasma Proteomics Reveals Dysregulated Pathways Across the Spectrum LMNA Cardiomyopathy
2025-Aug, Circulation. Genomic and precision medicine
DOI:10.1161/CIRCGEN.124.004924
PMID:40509996
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研究论文 | 通过血浆蛋白质组学分析揭示LMNA心肌病发展过程中的失调通路 | 首次在LMNA心肌病中鉴定出EDA2R、MYL4等新型蛋白标志物,并发现26个蛋白在心肌细胞中呈现一致性差异表达 | 样本量相对有限(LMNA组41例,肌小节组18例),需要更大规模研究验证 | 探索LMNA基因致病变异相关的蛋白质和生物学通路 | 遗传性扩张型心肌病患者(LMNA和肌小节变异)及表型阴性家族成员 | 蛋白质组学 | 心血管疾病 | 血浆蛋白质组学分析,单细胞测序 | 主成分分析 | 蛋白质表达数据,基因表达数据 | 114例(41例LMNA DCM,18例肌小节DCM,55例表型阴性个体) | OLINK | 血浆蛋白质组学 | OLINK平台 | 测量约3000种血浆蛋白质 |
1471 | 2025-10-05 |
Autophagy-related biomarkers in non-obstructive azoospermia: insights from transcriptomics and single-cell sequencing
2025-Aug, Journal of assisted reproduction and genetics
IF:3.2Q2
DOI:10.1007/s10815-025-03559-6
PMID:40587077
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研究论文 | 本研究通过转录组学和单细胞测序技术筛选非梗阻性无精子症中的自噬相关生物标志物 | 首次结合差异表达分析、WGCNA和机器学习算法筛选NOA的自噬相关生物标志物,并在单细胞水平验证其表达模式 | 研究主要依赖公共数据库数据,需要进一步实验验证生物标志物的功能机制 | 探索自噬相关基因在非梗阻性无精子症中的作用并筛选诊断生物标志物 | 非梗阻性无精子症患者的睾丸组织样本 | 生物信息学 | 男性不育症 | 转录组测序, 单细胞测序, RT-qPCR, 机器学习 | 机器学习算法 | 基因表达数据 | 多个公共数据集(包括GSE9210和GSE145467) | NA | 单细胞RNA-seq, 转录组测序 | NA | NA |
1472 | 2025-09-14 |
Comparative spatial transcriptomics of pancreatic cancer with ductal and acinar origins in mouse models
2025-Aug, Clinical and translational medicine
IF:7.9Q1
DOI:10.1002/ctm2.70416
PMID:40717219
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
1473 | 2025-10-05 |
Barcoded monoclonal embryoids are a potential solution to confounding bottlenecks in mosaic organoid screens
2025-Jul-23, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655669
PMID:40475436
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研究论文 | 本研究开发了条形码单克隆胚胎体技术,解决了嵌合体类器官筛选中因细胞瓶颈导致的统计效力不足和结果混淆问题 | 开发了可扩展的单克隆胚胎体协议,通过遗传条形码技术解决了嵌合体类器官筛选中细胞瓶颈导致的统计效力限制 | 研究仍处于概念验证阶段,需要在更广泛的遗传扰动和表型分析中进一步验证 | 解决嵌合体类器官遗传筛选中因细胞瓶颈导致的统计效力不足和结果不可重复性问题 | 小鼠胚胎干细胞和胚胎体 | 发育生物学 | NA | CRISPR筛选,单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1474 | 2025-10-05 |
Resident memory T cell development is gradual and shows AP-1 gene expression in mature cells
2025-Jun-23, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.187381
PMID:40548376
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了组织驻留记忆T细胞发育的渐进过程及成熟细胞中AP-1转录因子家族的关键作用 | 首次定义了跨越皮肤和小肠上皮淋巴细胞的时序性TRM特征,发现AP-1转录因子家族在成熟TRM中的特异性表达 | 研究主要关注CD8+ TRM细胞,其他T细胞亚型的研究相对有限 | 阐明组织驻留记忆T细胞分化机制及其回忆效应功能的启动原理 | CD8+ 组织驻留记忆T细胞(皮肤和小肠上皮淋巴细胞) | 免疫学 | 感染性疾病 | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 循环免疫荧光成像 | 线性模型 | 基因表达数据, 表观遗传数据, 组织成像数据 | 10个发育时间点的单细胞数据 | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq, 空间成像 | NA | NA |
1475 | 2025-10-05 |
Maintenance of chronic neuroinflammation in multiple sclerosis via interferon signaling and CD8 T cell-mediated cytotoxicity
2025-Jun-11, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.06.09.658729
PMID:40568143
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研究论文 | 本研究通过单细胞技术揭示了多发性硬化中慢性神经炎症的机制,发现干扰素信号和CD8 T细胞介导的细胞毒性是主要驱动因素 | 首次将放射学特征(PRL)与单细胞水平的免疫反应机制相关联,揭示了B细胞耗竭治疗后仍持续的CD8 T细胞介导的神经炎症机制 | 样本量相对有限(34名MS患者和5名健康对照),且未能完全阐明所有提名治疗靶点的具体作用机制 | 探究多发性硬化中慢性神经炎症的分子机制和潜在治疗靶点 | 多发性硬化患者和健康对照者的脑脊液和血液免疫细胞 | 单细胞生物学 | 多发性硬化 | 单细胞转录组测序, T细胞受体测序, 蛋白质组学, 流式细胞术 | NA | 单细胞转录组数据, T细胞受体序列数据, 蛋白质组数据 | 34名多发性硬化成年患者(17名未治疗,6名B细胞耗竭治疗)和5名健康对照 | NA | 单细胞RNA测序, 单细胞TCR测序, 蛋白质组学 | NA | NA |
1476 | 2025-10-05 |
High-throughput differentiation of human blood vessel organoids reveals overlapping and distinct functions of the cerebral cavernous malformation proteins
2025-Jun-06, Angiogenesis
IF:9.2Q1
DOI:10.1007/s10456-025-09985-5
PMID:40478324
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研究论文 | 本研究通过高通量分化人血管类器官揭示脑 cavernous 畸形蛋白的重叠和独特功能 | 结合高通量血管类器官分化、单细胞RNA测序和高内涵成像技术系统比较CCM1/2/3基因敲除的功能差异 | 研究主要基于体外类器官模型,需要进一步体内验证 | 探究CCM3突变为何比CCM1/2突变导致更严重表型的分子机制 | 人诱导多能干细胞分化的血管类器官 | 单细胞生物学 | 脑血管畸形 | 单细胞RNA测序, 高内涵成像, 基因敲除 | 类器官模型 | 单细胞转录组数据, 图像数据 | 96孔板高通量格式的血管类器官 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
1477 | 2025-10-05 |
A novel frameshift mutation in Phosphoinositide 3-kinase regulatory subunit 1 (PIK3R1) causes immunodeficiency and Amyotrophic Lateral Sclerosis (ALS)
2025-May-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655625
PMID:40568112
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研究论文 | 本研究通过鉴定PIK3R1基因的新型移码突变,揭示了其在免疫缺陷和肌萎缩侧索硬化症发病机制中的作用 | 首次报道PIK3R1基因c.1710dup移码突变导致单倍体不足,并通过iPSC模型证明其对神经元功能和存活的影响 | 研究基于单例患者样本,需要更大样本量验证 | 探究PIK3R1基因突变在免疫缺陷和神经系统疾病中的致病机制 | 携带PIK3R1 c.1710dup突变的常见变异型免疫缺陷患者及其iPSC衍生细胞模型 | 遗传学与神经科学 | 肌萎缩侧索硬化症 | 单细胞RNA测序,iPSC技术,脑类器官培养 | iPSC衍生运动神经元和脑类器官模型 | 基因测序数据,单细胞转录组数据,细胞功能数据 | 1例患者及其iPSC衍生细胞模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1478 | 2025-10-05 |
Alternatively activated monocyte-derived myeloid cells promote extracellular pathogen persistence within pulmonary fungal granulomas
2025-May-27, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.23.655817
PMID:40568097
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研究论文 | 本研究揭示了CD4 T辅助2细胞通过替代性激活单核来源髓系细胞抑制肺部真菌清除的新机制 | 发现替代性激活的髓系细胞并非真菌内在复制场所,且真菌主要存在于细胞外环境,提出了T辅助2细胞-髓系细胞环路驱动细胞外真菌持续存在的新机制 | 研究主要基于小鼠模型,人类临床相关性需要进一步验证 | 探究潜伏性真菌感染中无法产生灭菌免疫的机制 | 隐球菌肉芽肿的免疫动态和细胞结构 | 空间转录组学 | 真菌感染 | 空间转录组学, 流式细胞术, 命运图谱, 小鼠遗传工具 | NA | 空间转录组数据, 流式细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
1479 | 2025-10-05 |
Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer
2025-May-16, iScience
IF:4.6Q1
DOI:10.1016/j.isci.2025.112498
PMID:40475851
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析揭示了肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在癌症免疫治疗中的重编程机制 | 首次通过伪时间分析揭示了巨噬细胞从免疫刺激状态向免疫抑制状态的发育轨迹,并发现特定基因失活可阻断这一过程 | 研究主要基于小鼠模型,人类样本验证相对有限 | 探索肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用机制 | 肿瘤相关巨噬细胞 | 单细胞生物学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | 伪时间分析 | 单细胞转录组数据 | 小鼠癌症模型和癌症患者样本 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
1480 | 2025-10-05 |
An improved nuclei isolation protocol from leaf tissue for single-cell transcriptomics
2025, PloS one
IF:2.9Q1
DOI:10.1371/journal.pone.0302118
PMID:40929130
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研究论文 | 本研究开发了一种从玉米叶片组织中分离细胞核的改进方案,用于单细胞转录组学研究 | 利用叶绿体自发荧光特性在FACS步骤中有效去除叶绿体污染,提高了测序reads与基因组和转录组的比对效率 | 该方法主要针对高叶绿体含量的植物叶片组织,在其他组织类型中的适用性需要进一步验证 | 开发适用于高叶绿体含量植物组织的单细胞核RNA测序样品制备方法 | 玉米叶片组织 | 植物生物学 | NA | 单细胞核RNA测序,荧光激活细胞分选 | NA | 转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |