单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 30093 篇文献，本页显示第 1461 - 1480 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2025-07-15 |
Integrated single cell spatial multi-omics landscape of WHO grades 2-4 diffuse gliomas identifies locoregional metabolomic regulators of glioma growth
2025-May-09, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651361
PMID:40654923
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞空间多组学数据，揭示了WHO 2-4级弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢调控因子及其与肿瘤生长的关系 | 首次整合空间转录组学、成像质谱细胞术和质谱成像技术，揭示了胶质瘤边缘与核心区域的代谢差异及其与细胞状态的关系 | 样本量相对有限，且仅针对特定WHO分级的胶质瘤进行研究 | 探索弥漫性胶质瘤的区域特异性代谢依赖性及其与肿瘤恶性行为的关系 | WHO 2-4级弥漫性浸润性胶质瘤患者肿瘤组织的核心和边缘区域 | 数字病理学 | 胶质瘤 | 空间转录组学(stRNAseq)、成像质谱细胞术(IMC)、质谱成像(MSI) | NA | 空间转录组数据、代谢组数据、蛋白质组数据 | WHO 2-4级弥漫性胶质瘤患者(包括IDH突变型少突胶质细胞瘤和IDH野生型星形细胞瘤) |
| 1462 | 2025-07-15 |
A computational framework for mapping isoform landscape and regulatory mechanisms from spatial transcriptomics data
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651907
PMID:40654841
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research paper | 提出一个名为SPLISOSM的计算框架，用于从空间转录组数据中检测异构体分辨率模式 | SPLISOSM利用多元测试考虑点和异构体水平的依赖性，在稀疏数据上表现出稳健且理论基础的性能 | 未明确提及具体限制 | 研究转录多样性的空间协调及其调控机制 | 小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤 | computational biology | neuropsychiatric disorders, glioblastoma | spatial transcriptomics | multivariate statistical modeling | spatial transcriptomics data | 小鼠大脑和人类前额叶皮层及胶质母细胞瘤样本 |
| 1463 | 2025-07-15 |
INLAomics for Scalable and Interpretable Spatial Multiomic Data Integration
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.02.651831
PMID:40654897
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研究论文 | 开发了一种名为INLAomics的多变量层次贝叶斯框架，用于整合空间转录组学和基于抗体的蛋白质组学数据 | INLAomics通过利用组织学特征和从空间转录组数据推断的潜在空间因素，克服了现有方法忽视空间背景、可解释性差和可扩展性挑战的问题 | 未明确提及具体局限性 | 解决空间多组学数据整合中的可扩展性和可解释性问题 | 空间转录组学和抗体蛋白质组学数据 | 生物信息学 | NA | 空间转录组学、抗体蛋白质组学 | 多变量层次贝叶斯框架 | 空间多组学数据 | 多样本数据集（未明确数量） |
| 1464 | 2025-07-15 |
Spatiotemporal profiling reveals the impact of caloric restriction on mammalian brain aging
2025-May-08, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.04.652093
PMID:40654944
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研究论文 | 本研究通过时空分析揭示了热量限制对哺乳动物大脑衰老的影响 | 结合单细胞核基因组学和空间转录组学平台，首次在区域和细胞类型特异性分辨率上阐明热量限制的抗衰老机制 | 研究仅基于小鼠模型，结果在人类中的适用性尚需验证 | 探究热量限制延缓大脑衰老的分子和细胞机制 | 小鼠大脑 | 基因组学 | 神经退行性疾病 | 单细胞核基因组学、空间转录组学 | NA | 基因组数据、空间转录组数据 | 36个小鼠大脑的超过500,000个细胞，以及12个老年小鼠脑切片 |
| 1465 | 2025-07-15 |
CRISPRi perturbation screens and eQTLs provide complementary and distinct insights into GWAS target genes
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.05.651929
PMID:40654604
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研究论文 | 本文通过系统比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别与血细胞性状相关的基因调控方面的结果，揭示了这两种方法的互补性和独特性 | 首次系统比较了CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果，揭示了它们在基因调控研究中的互补性 | 研究主要关注血细胞性状相关的基因组区域，结果可能不适用于其他性状或疾病 | 比较CRISPRi扰动筛选和eQTL研究在识别非编码变异影响基因方面的效果 | 与血细胞性状相关的数百个基因组区域 | 基因组学 | NA | CRISPRi扰动筛选，单细胞转录组测序，eQTL分析 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 数百个与血细胞性状相关的基因组区域 |
| 1466 | 2025-07-15 |
Antiviral CD4 + T and myeloid cell responses to influenza vaccines are attenuated in older adults
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651528
PMID:40654992
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研究论文 | 研究探讨了老年人对流感疫苗的B细胞、CD4 T细胞和髓系细胞反应的差异 | 揭示了老年人中髓系细胞转录编程改变导致抗病毒T细胞反应减弱的机制 | 研究主要基于体外和离体实验，未涉及体内免疫反应的全貌 | 评估老年人对流感疫苗的免疫反应，特别是B细胞、CD4 T细胞和髓系细胞的反应 | 老年人和年轻人的免疫细胞反应 | 免疫学 | 流感 | 单细胞转录组学 | NA | 人类样本数据 | 未明确提及具体样本数量，但涉及老年人和年轻人的比较 |
| 1467 | 2025-07-15 |
Cross-species analysis of experimental PH at single cell resolution reveals prominent contributions Ednrb + EC and Dhcr24 + macrophage populations
2025-May-06, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.30.651587
PMID:40655025
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研究论文 | 本研究通过单细胞分辨率分析实验性肺动脉高压（PH）的跨物种关系，揭示了Ednrb+内皮细胞和Dhcr24+巨噬细胞亚群的重要贡献 | 发现了一种新型Dhcr24高表达巨噬细胞亚群，以及Ednrb+和Nox2+内皮细胞亚群，这些亚群在多种PH模型中一致增加，并可能通过特定信号通路参与人类疾病 | 研究主要基于动物模型和有限的人类数据，可能需要进一步验证这些发现在更广泛的人类PH患者中的普遍性 | 阐明实验性PH动物模型与人类疾病在单细胞水平上的关系 | 小鼠、大鼠的PH模型以及人类特发性肺动脉高压（IPAH）患者 | 数字病理学 | 肺动脉高压 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 多种PH模型动物（缺氧或Sugen/缺氧处理的小鼠、野百合碱处理的大鼠）及对照组的肺组织样本，整合了人类肺细胞图谱（HLCA）和IPAH单细胞数据集 |
| 1468 | 2025-07-15 |
Overexpression of Meis factors in late-stage retinal progenitors yields complex effects on temporal patterning and neurogenesis
2025-May-02, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.05.01.651492
PMID:40654906
|
research paper | 研究Meis1和Meis2转录因子在小鼠视网膜祖细胞晚期阶段对时间模式和神经发生的影响 | 揭示了Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的不同作用，尽管它们不足以完全重编程这些细胞 | 未能完全重编程晚期祖细胞，且对早期出生细胞类型的诱导效果有限 | 探究Meis1和Meis2在晚期视网膜祖细胞中的作用及其对时间模式和神经发生的影响 | 小鼠视网膜祖细胞 | 发育生物学 | NA | 电穿孔和单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1469 | 2025-07-15 |
Data standards for single-cell RNA-sequencing of paediatric cancer
2025-May, Clinical & translational immunology
IF:4.6Q2
DOI:10.1002/cti2.70033
PMID:40416408
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研究论文 | 本文系统评估了公开可用的儿科癌症单细胞RNA测序数据集，提出了改进数据存储实践的建议框架 | 首次系统评估儿科癌症scRNA-seq数据的公开可用性，并提出标准化数据存储实践的建议框架 | 研究仅关注儿科癌症领域，未涉及其他疾病类型的scRNA-seq数据 | 提高公共存储库中scRNA-seq数据集的有效利用，加速儿科癌症研究 | 公开可用的儿科癌症scRNA-seq数据集 | 生物信息学 | 儿科癌症 | scRNA-seq | NA | 单细胞RNA测序数据 | 488个临床样本，超过130万个细胞 |
| 1470 | 2025-07-15 |
Heterochronic transcription factor expression drives cone-dominant retina development in 13-lined ground squirrels
2025-May-01, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.25.650540
PMID:40654702
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序和染色质可及性分析，揭示了13线地松鼠锥体主导视网膜发育的分子机制 | 发现13线地松鼠锥体光感受器不仅来源于早期神经源性祖细胞，还来源于晚期神经源性祖细胞，这一现象由转录因子表达的异时性变化驱动 | 未明确说明研究中使用的样本数量，且部分转录因子名称未在摘要中完整列出 | 探索锥体主导视网膜发育的调控基础 | 13线地松鼠的视网膜发育过程 | 发育生物学 | NA | scRNA-Seq, scATAC-Seq | NA | 单细胞转录组数据, 染色质可及性数据 | NA |
| 1471 | 2025-07-15 |
Mechanism of mitochondrial dysfunction on placental trophoblastic cells in intrahepatic cholestasis of pregnancy
2025-Apr-25, Journal of molecular histology
IF:2.9Q3
DOI:10.1007/s10735-025-10427-1
PMID:40278950
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研究论文 | 本研究探讨了妊娠期肝内胆汁淤积症(ICP)中胆汁酸诱导的胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的机制 | 揭示了NRF1/PGC-1α通路介导的线粒体转录机制损伤可能是ICP胎盘滋养层细胞线粒体功能障碍的原因 | 研究主要基于体外细胞模型，需要更多临床样本验证 | 探究ICP中胆汁酸诱导的线粒体功能障碍机制，为ICP治疗提供精准靶点 | 人类胎盘组织和ICP细胞模型 | 生殖医学 | 妊娠期肝内胆汁淤积症 | 单细胞测序、荧光共聚焦显微镜、电子显微镜 | ICP细胞模型 | 基因表达数据、显微镜图像 | 未明确说明样本数量的人类胎盘组织和建立的ICP细胞模型 |
| 1472 | 2025-07-15 |
Biological sex affects gene expression and functional variation across the human genome
2025-Apr-14, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2024.09.03.24313025
PMID:39281750
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研究论文 | 研究人类基因组中性别对基因表达和功能变异的影响 | 通过单细胞RNA-seq技术识别出1200个具有显著性别偏向表达的基因，并发现79%的性别偏向基因是性别偏向表达转录因子的靶标 | 独立数据集中sb-eQTL的复制证据较为有限 | 探索性别对人类基因组基因表达和功能变异的遗传影响及其与疾病的关联 | 480个淋巴母细胞系 | 基因组学 | 自身免疫疾病 | 单细胞RNA-seq | 机器学习与线性建模 | 基因表达数据 | 480个淋巴母细胞系 |
| 1473 | 2025-07-15 |
A single-cell transcriptomic atlas of developing inhibitory neurons reveals expanding and contracting modes of diversification
2025-Feb-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.02.19.636192
PMID:40027755
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组测序技术，构建了一个包含超过51,000个SST+神经元的小鼠转录组数据资源Dev-SST-Atlas，揭示了抑制性神经元在发育过程中的三种多样化模式 | 开发了一种计算流程来富集和整合多个数据集中的稀有细胞类型，并首次描述了SST+抑制性神经元的三种多样化轨迹 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据仅涉及胎儿期，可能无法完全代表人类发育过程 | 探索大脑皮层抑制性神经元多样性在发育过程中的形成机制 | 小鼠和人类胎儿中的SST+抑制性神经元 | 神经科学 | NA | 单细胞RNA测序(scRNAseq) | 计算分析流程 | 转录组数据 | 超过51,000个小鼠SST+神经元 |
| 1474 | 2024-09-25 |
Unveiling Molecular Diversity in Cerebral Thrombi via Spatial Transcriptomics
2024-10, Stroke
IF:7.8Q1
DOI:10.1161/STROKEAHA.124.047907
PMID:39206540
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1475 | 2025-07-15 |
GZMK+CD8+ T cells Target A Specific Acinar Cell Type in Sjögren's Disease
2024-Jul-11, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-3601404/v2
PMID:38196575
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研究论文 | 利用单细胞和空间转录组学技术分析健康与疾病状态下的人类小唾液腺，揭示了干燥综合征（SjD）中特定腺泡细胞类型的免疫靶向机制 | 发现了新型浆液黏液腺泡细胞类型，并鉴定出SjD中特异性受攻击的腺泡细胞亚群，揭示了GZMK+CD8+ T细胞通过细胞毒性表型与免疫相关上皮细胞的物理关联机制 | 未明确SjD病因学或提出针对性治疗方案 | 解析干燥综合征的细胞水平病理机制 | 人类小唾液腺组织中的各类细胞（特别是腺泡细胞和CD8+ T细胞） | 单细胞组学 | 干燥综合征 | 单细胞转录组测序、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 健康与SjD患者的小唾液腺样本（具体数量未说明） |
| 1476 | 2025-07-15 |
COPD basal cells are primed towards secretory to multiciliated cell imbalance driving increased resilience to environmental stressors
2024-05-20, Thorax
IF:9.0Q1
DOI:10.1136/thorax-2022-219958
PMID:38286613
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research paper | 本研究探讨了慢性阻塞性肺病（COPD）基底细胞在环境应激下的分泌型与多纤毛细胞失衡现象及其对疾病进展的影响 | 首次揭示了COPD-IV期基底细胞的独特基因表达模式及其对支气管上皮细胞组成和环境纳米颗粒抵抗力的影响 | 样本量较小（COPD-IV n=4，COPD-II n=3，健康对照n=4），且仅针对特定纳米颗粒（氧化锌）进行研究 | 阐明COPD患者支气管上皮细胞对环境纳米颗粒的抵抗机制 | 原发性人支气管上皮细胞（pHBECs） | 呼吸系统疾病研究 | 慢性阻塞性肺病（COPD） | 单细胞转录组分析、功能测定、蛋白质分析 | NA | 转录组数据、蛋白质表达数据 | COPD-IV期4例，COPD-II期3例，健康对照4例 |
| 1477 | 2025-07-15 |
Variant STAT4 and Response to Ruxolitinib in an Autoinflammatory Syndrome
2023-06-15, The New England journal of medicine
DOI:10.1056/NEJMoa2202318
PMID:37256972
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研究论文 | 该研究探讨了STAT4基因的功能获得性变异与一种罕见自身炎症性疾病——致残性全硬化性硬斑病（DPM）的关系，并评估了JAK抑制剂鲁索替尼的治疗效果 | 首次发现STAT4基因的功能获得性变异与DPM的关联，并证实JAK抑制剂鲁索替尼在体外和患者中对炎症表型的改善作用 | 研究样本量较小（仅4名患者），且缺乏长期随访数据 | 揭示DPM的遗传基础并探索潜在治疗方法 | 来自三个无亲缘关系家庭的4名DPM患者 | 医学遗传学 | 自身炎症性疾病 | 基因组测序、单细胞RNA测序、体外细胞实验 | NA | 基因组数据、转录组数据、临床数据 | 4名患者 |
| 1478 | 2025-07-15 |
BASiCS workflow: a step-by-step analysis of expression variability using single cell RNA sequencing data
2022, F1000Research
DOI:10.12688/f1000research.74416.2
PMID:38779464
|
研究论文 | 本文介绍了一种使用BASiCS Bioconductor包逐步分析单细胞RNA测序数据中表达变异性的计算工作流程 | BASiCS提供了一个集成框架，用于数据标准化、技术噪声量化和下游分析，并在这些步骤中传播统计不确定性 | NA | 量化已知细胞组内和组间的表达变异性 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | BASiCS | RNA测序数据 | 公开可用的数据集 |
| 1479 | 2025-07-14 |
Impact of intercellular adhesion molecule 1-positive dental pulp stem cells in deep caries progression
2025-Aug, International endodontic journal
IF:5.4Q1
DOI:10.1111/iej.14248
PMID:40343788
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research paper | 本研究探讨了深龋进展中ICAM1阳性牙髓干细胞（ICAM1+ DPSCs）的作用及其在免疫微环境中的功能 | 首次揭示了ICAM1+ DPSCs在深龋牙髓组织中的促炎作用及其对巨噬细胞炎症活性的增强机制 | 研究主要基于体外实验和小鼠模型，临床样本数量有限，需进一步验证 | 开发针对深龋的治疗策略 | 牙髓干细胞（DPSCs）和单核巨噬细胞 | 口腔医学 | 龋齿 | 单细胞测序、免疫荧光/流式细胞术、RT-qPCR、Western Blot、ELISA、SCENIC、RNA-seq | 人类和小鼠模型 | 基因表达数据和细胞表型数据 | 人类和小鼠的深龋及健康牙髓组织 |
| 1480 | 2025-07-14 |
EIF4A3 Promotes Muscle Atrophy and Aging by Inhibiting the FAK Pathway Through NEDD9 mRNA Destabilization
2025-Aug, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.70010
PMID:40641186
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研究论文 | 本研究探讨了EJC核心RNA解旋酶EIF4A3在肌肉萎缩和衰老中的作用及其机制 | 首次揭示了EIF4A3通过促进NEDD9 mRNA降解抑制FAK通路导致肌肉萎缩的新机制 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，人类样本数量有限(n=5) | 探究外显子连接复合体(EJC)在肌肉萎缩中的作用 | 肌肉组织、肌管细胞、年轻与老年人类和小鼠样本 | 分子生物学 | 肌肉萎缩 | 单细胞转录组分析、RNA-seq、RIP-seq、RT-qPCR、免疫印迹 | NA | 转录组数据、蛋白质数据 | 人类样本：5例(年轻vs老年)；小鼠样本：6-10例/组；体外实验n=6 |