单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1461	2025-04-04	Analyses of combined Merkel cell carcinomas with neuroblastic components suggests that loss of T antigen expression in Merkel cell carcinoma may result in cell cycle arrest and neuroblastic transdifferentiation 2024-09, The Journal of pathology IF:5.6Q1 DOI:10.1002/path.6304 PMID:39049595	research paper	该研究分析了两种具有神经母细胞分化的组合性Merkel细胞癌（MCC），并对其形态学、免疫组化、转录组学、遗传学和表观遗传学特征进行了全面表征	首次报道了两种罕见的组合性MCC与神经母细胞分化的病例，并提供了全面的分子特征分析，揭示了T抗原表达缺失可能导致细胞周期停滞和神经母细胞转分化	研究样本量较小（仅2例），可能限制了结论的普遍性	探讨组合性MCC中神经母细胞分化的分子机制	两种具有神经母细胞分化的组合性MCC肿瘤	digital pathology	Merkel cell carcinoma	全外显子测序、空间转录组学、DNA甲基化分析	NA	组织样本、基因组数据、转录组数据、表观遗传数据	2例组合性MCC/神经母细胞瘤（来自老年男性患者）
1462	2025-04-04	The Loss of PPARγ Expression and Signaling Is a Key Feature of Cutaneous Actinic Disease and Squamous Cell Carcinoma: Association with Tumor Stromal Inflammation 2024-08-15, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13161356 PMID:39195246	研究论文	该研究分析了表皮PPARγ缺陷小鼠的转录组变化，揭示了PPARγ在皮肤光化性疾病和鳞状细胞癌中的关键作用	首次通过单细胞测序验证了PPARγ缺失导致基质区室的变化，并发现PPAR信号通路是光化性角化病和皮肤鳞状细胞癌中共同受抑制的典型通路	研究主要基于小鼠模型，人类样本数据来源于公开数据库，可能需要进一步实验验证	探究PPARγ在皮肤炎症和癌变过程中的作用机制	PPARγ缺陷小鼠、人类和小鼠的光化性角化病及皮肤鳞状细胞癌样本	肿瘤生物学	皮肤鳞状细胞癌	转录组分析、单细胞测序、基因集富集分析	PPARγ缺陷小鼠模型	转录组数据	PPARγ缺陷小鼠和公开数据库中的人类/小鼠AKs和SCCs样本
1463	2025-04-04	Macrophages protect against sensory axon degeneration in diabetic neuropathy 2024-Jan-30, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.01.30.577801 PMID:38352324	研究论文	本文研究了巨噬细胞在糖尿病神经病变中对感觉轴突退化的保护作用	揭示了巨噬细胞在糖尿病神经病变中的新型神经保护作用，延迟了轴突退化的发生	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人体中验证	探讨炎症在糖尿病周围神经病变(DPN)发病机制中的作用	糖尿病小鼠模型中的巨噬细胞和感觉轴突	神经科学	糖尿病周围神经病变	单细胞测序	小鼠高脂高果糖饮食(HFHFD)模型	基因表达数据	未明确提及具体样本数量，使用糖尿病小鼠模型
1464	2025-04-04	Toll-Like Receptor 4 Agonist Injection With Concurrent Radiotherapy in Patients With Metastatic Soft Tissue Sarcoma: A Phase 1 Nonrandomized Controlled Trial 2023-12-01, JAMA oncology IF:22.5Q1 DOI:10.1001/jamaoncol.2023.4015 PMID:37824131	研究论文	评估TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合治疗转移性软组织肉瘤的安全性和免疫调节效果	首次在转移性软组织肉瘤患者中研究TLR4激动剂GLA-SE与放疗联合使用的安全性和免疫调节作用	样本量较小（12例患者），且为非随机对照试验	评估IT GLA-SE与放疗联合治疗的安全性和有效性	转移性软组织肉瘤患者	肿瘤免疫治疗	软组织肉瘤	免疫组织化学、T细胞受体（TCR）测序、单细胞测序	NA	临床数据、测序数据	12例患者（中位年龄65岁，8例女性）
1465	2025-04-04	Single-Cell Transcriptomics of Mtb/HIV Co-Infection 2023-09-17, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12182295 PMID:37759517	综述	本文总结了利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）在定义结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）感染的免疫图谱方面取得的进展	使用scRNA-seq技术揭示TB和HIV共感染中的宿主-病原体相互作用、HIV发病机制的异质性以及用于模拟疾病的动物模型	未提及具体的实验样本量或数据集的详细描述	探索TB和HIV共感染的免疫图谱，寻找潜在的生物标志物和转录特征	结核病（TB）和人类免疫缺陷病毒（HIV）共感染	数字病理学	结核病/HIV共感染	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA序列数据	NA
1466	2025-04-03	Single‑cell RNA‑Seq reveals PBMC profile alterations in a patient following a radiation accident 2025-May, Experimental and therapeutic medicine IF:2.4Q3 DOI:10.3892/etm.2025.12846 PMID:40165803	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了一名辐射事故患者外周血单核细胞的动态变化	首次应用单细胞RNA测序技术分析辐射暴露后PBMCs的动态变化，揭示了细胞比例变化和信号通路失调	样本量较小，仅包含一名辐射患者和10名健康对照	探究辐射暴露对人体血液免疫反应的影响	辐射事故患者和健康对照者的外周血单核细胞(PBMCs)	生物医学	辐射损伤	单细胞RNA测序(scRNA-Seq)	NA	RNA测序数据	1名辐射患者(两个时间点)和10名健康对照者，共计24,440个细胞
1467	2025-04-03	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Developmental Landscape of Wheat Roots 2025-May, Plant, cell & environment DOI:10.1111/pce.15321 PMID:39763237	研究论文	利用单细胞RNA测序技术揭示小麦根尖细胞的转录组异质性和细胞类型组成	首次报道了小麦中国春品种根尖单细胞的转录组，定义了细胞类型特异性标记基因，并重建了干细胞微环境、近端分生组织和分生组织的发育轨迹	研究仅针对小麦中国春品种，可能无法完全代表其他小麦品种	解析小麦根尖细胞的转录组异质性和发育轨迹	小麦中国春品种的根尖单细胞	植物生物学	NA	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	RNA测序数据	小麦中国春品种的根尖单细胞
1468	2025-04-03	Glycolysis-Derived Lactate Induces ACSL4 Expression and Lactylation to Activate Ferroptosis during Intervertebral Disc Degeneration 2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416149 PMID:40171826	研究论文	本研究揭示了糖酵解衍生的乳酸通过促进ACSL4表达和乳酰化激活铁死亡在椎间盘退变中的作用机制	首次阐明乳酸通过组蛋白H3K18乳酰化促进ACSL4转录，并通过K412位点乳酰化激活铁死亡的新机制	研究主要基于细胞和动物实验，临床转化应用仍需进一步验证	探究椎间盘退变过程中髓核细胞的代谢变化及乳酸的作用机制	髓核细胞(NPCs)	细胞生物学	椎间盘退变(IVDD)	单细胞RNA测序(scRNA-seq)，腺相关病毒9(AAV9)基因沉默	NA	基因表达数据	NA
1469	2025-04-03	Calpain-2-Mediated Endothelial Focal Adhesion Disruption in Thoracic Aortic Dissection 2025-Apr-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202501112 PMID:40171827	研究论文	本文探讨了钙蛋白酶-2在内皮细胞粘附破坏中的作用及其与胸主动脉夹层（TAD）的关系	首次揭示了钙蛋白酶-2通过调节内皮粘附蛋白在TAD早期病理过程中的关键作用，并提出了潜在的治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步研究	阐明胸主动脉夹层早期发病机制并寻找潜在治疗靶点	胸主动脉夹层患者样本和小鼠模型	心血管疾病研究	胸主动脉夹层	单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据	患者单细胞RNA测序数据及小鼠模型
1470	2025-04-03	Comprehensive Multi-omics and Mendelian Randomization Reveal the Key Role of Monocytes in Aging and Osteoarthritis 2025-Apr-02, Molecular biotechnology IF:2.4Q3 DOI:10.1007/s12033-025-01416-6 PMID:40172742	研究论文	本研究通过多组学和孟德尔随机化方法，探讨了骨关节炎（OA）与衰老之间的潜在联系和分子机制	整合单细胞RNA测序、批量RNA测序数据、孟德尔随机化、共定位分析和细胞功能分析，揭示了单核细胞在OA和衰老中的关键作用，并鉴定了与OA有因果关系的四个关键标记基因	研究结果需要在更大规模的独立队列中进行验证	探索OA与衰老之间的潜在联系和分子机制	OA患者、衰老患者和对照组的单核细胞	生物信息学	骨关节炎	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 孟德尔随机化, 共定位分析	NA	RNA测序数据	OA、衰老和对照组的scRNA-seq数据
1471	2025-04-03	Stem Cell Markers LGR5, LGR4 and Their Immediate Signalling Partners are Dysregulated in Preeclampsia 2025-Apr, Stem cell reviews and reports IF:4.5Q2 DOI:10.1007/s12015-024-10831-2 PMID:39688759	研究论文	本研究首次描述了LGR5/LGR4及其信号伴侣在人类胎盘中的表达，并探讨了它们在先兆子痫和胎儿生长受限中的失调	首次在人类胎盘中表征LGR5/LGR4及其配体/靶点，并揭示其与先兆子痫和胎儿生长受限的关联	缺氧/促炎细胞因子处理未显著改变LGR5/LGR4表达，可能限制了对其在胎盘功能不全发病机制中作用的深入理解	探究LGR5/LGR4及其信号伴侣在胎盘中的表达及其在先兆子痫和胎儿生长受限中的作用	人类胎盘组织、滋养层干细胞(hTSCs)及单细胞转录组数据	分子生物学	先兆子痫、胎儿生长受限(FGR)	原位杂交、单细胞转录组测序、RNA测序	NA	mRNA表达数据、单细胞转录组数据	胎盘样本：早期先兆子痫(n=81)、晚期先兆子痫(n=20)、FGR(n=34)及对照组(n=19-33)
1472	2025-04-03	Genome-Scale Metabolic Modeling of Human Pancreas with Focus on Type 2 Diabetes 2025-Apr, Omics : a journal of integrative biology IF:2.2Q3 DOI:10.1089/omi.2024.0211 PMID:40068171	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序数据和通用Human1模型，生成了非糖尿病和2型糖尿病状态下胰腺α、β、δ和PP细胞的基因组尺度代谢模型，并在单细胞分辨率下进行了代谢活动分析	首次在单细胞分辨率下构建了胰腺细胞的基因组尺度代谢模型，并研究了2型糖尿病状态下的代谢变化	研究主要基于计算模型，需要进一步的实验验证	深入理解2型糖尿病的病理生理学并发现新的分子靶点	人类胰腺α、β、δ和PP细胞	计算生物学	2型糖尿病	单细胞RNA测序、基因组尺度代谢建模、通量平衡分析	Human1模型	RNA测序数据	NA
1473	2025-04-03	Cxcr3 promotes protection from colorectal cancer liver metastasis by driving NK cell infiltration and plasticity 2025-Apr-01, The Journal of clinical investigation IF:13.3Q1 DOI:10.1172/JCI184036 PMID:40168086	research paper	研究探讨了CXCR3在促进自然杀伤细胞（NK细胞）在结直肠癌肝转移中的保护作用及其机制	揭示了CXCR3通过驱动NK细胞浸润和可塑性在结直肠癌肝转移中的保护机制，并发现CXCR3/配体轴在促进巨噬细胞依赖性NK细胞积累和功能维持中的作用	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证有限，且未探讨CXCR3在其他癌症类型中的普遍性	探究NK细胞在结直肠癌肝转移中的抗肿瘤机制	NK细胞、巨噬细胞、结直肠癌肝转移微环境	肿瘤免疫学	结直肠癌	scRNA-seq、抗体介导的巨噬细胞耗竭	MC38小鼠模型、SL4诱导的CRC转移模型	基因表达数据、细胞表型数据	小鼠模型和已发表的未治疗CRC患者scRNA-seq数据集
1474	2025-04-03	Pitaya stem polysaccharide promotes wound healing by modulating macrophage polarization via single-cell RNA sequencing evidence 2025-Mar-28, International journal of biological macromolecules IF:7.7Q1 DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.142653 PMID:40158567	研究论文	研究火龙果茎多糖通过调节巨噬细胞极化促进伤口愈合的作用	首次利用单细胞RNA测序技术揭示火龙果茎多糖（PSP）通过调节巨噬细胞M2/M1极化促进伤口愈合的分子机制	研究仅关注了PSP对巨噬细胞极化的影响，未探讨其对其他免疫细胞或组织修复细胞的作用	探究火龙果茎多糖（PSP）对伤口愈合的促进作用及其机制	皮肤伤口愈合过程中的巨噬细胞	生物医学	皮肤创伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	未明确说明样本数量，但涉及体内伤口愈合实验
1475	2025-04-03	Mechanism and Efficacy of Etanercept in Treating Autoimmune-like Manifestations of Coronavirus Disease 2019 in elderly individuals 2025-Mar-28, Immunobiology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.imbio.2025.152898 PMID:40168796	研究论文	评估依那西普（一种TNF抑制剂）在老年COVID-19患者中的治疗效果及其机制	首次通过单细胞测序分析老年COVID-19患者的自身免疫样表现，并发现依那西普通过抑制血小板因子4和TNF-α缓解症状	样本量较小（7名接受依那西普治疗的患者和2名未感染个体），且为观察性研究	探索老年COVID-19患者的治疗选择，特别是针对自身免疫样表现的治疗	老年COVID-19患者	NA	COVID-19	单细胞测序、分子对接	NA	临床指标、转录组数据	7名接受依那西普治疗的老年COVID-19患者和2名未感染个体
1476	2025-04-03	Identification of druggable targets in acute kidney injury by proteome- and transcriptome-wide Mendelian randomization and bioinformatics analysis 2025-Mar-27, Biology direct IF:5.7Q1 DOI:10.1186/s13062-025-00631-0 PMID:40148878	研究论文	通过蛋白质组和转录组范围的孟德尔随机化及生物信息学分析，识别急性肾损伤的可药物靶点	整合遗传数据与AKI GWAS结果，利用多组学孟德尔随机化方法识别潜在因果蛋白和基因，并通过反向MR和外部队列分析验证其稳健性	研究结果需在独立队列中进一步验证，且药物再利用分析的实际效果尚待临床实验确认	识别急性肾损伤（AKI）的潜在治疗靶点并探索药物再利用机会	与AKI相关的5,883个独特蛋白质和基因	生物信息学	急性肾损伤	GWAS, 孟德尔随机化, 单细胞转录组分析	NA	遗传数据, 转录组数据	涉及多个独立队列的样本，具体数量未明确说明
1477	2025-03-22	Spatial Transcriptomics Reveals Differential Inflammatory Pathways in Discoid Lupus Erythematosus and Lichen Planus 2025-Mar-18, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2025.02.148 PMID:40113031	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1478	2025-04-03	Segger: Fast and accurate cell segmentation of imaging-based spatial transcriptomics data 2025-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.14.643160 PMID:40161614	研究论文	介绍了一种基于图神经网络的细胞分割工具segger，用于提高成像空间转录组学数据中转录本分配的准确性和效率	提出了一种基于异构图表示的图神经网络方法，将细胞分割任务转化为转录本到细胞的链接预测问题，并能够利用单细胞RNA-seq信息改进转录本分配	未明确提及具体局限性	提高成像空间转录组学数据中细胞分割的准确性和效率	成像空间转录组学数据中的细胞和转录本	数字病理学	NA	成像空间转录组学	图神经网络	图像	多个Xenium数据集基准测试
1479	2025-04-03	scMEDAL for the interpretable analysis of single-cell transcriptomics data with batch effect visualization using a deep mixed effects autoencoder 2025-Mar-13, ArXiv PMID:39606715	研究论文	提出了一种名为scMEDAL的框架，用于单细胞转录组数据的可解释分析，通过深度混合效应自编码器实现批次效应的可视化	scMEDAL通过两个互补的自编码器网络分别建模批次不变和批次特异性效应，支持回顾性分析，并能预测细胞在不同批次中的表达	未明确提及具体局限性	解决单细胞RNA测序数据中批次效应的量化与建模问题，提升数据解释性和分析准确性	单细胞转录组数据	生物信息学	自闭症、白血病、心血管疾病	scRNA-seq	深度混合效应自编码器（包括对抗自编码器和贝叶斯自编码器）	单细胞转录组数据	未明确提及具体样本量
1480	2025-04-03	Biophysical modelling of intrinsic cardiac nervous system neuronal electrophysiology based on single-cell transcriptomics 2025-Mar, The Journal of physiology DOI:10.1113/JP287595 PMID:40077928	research paper	该研究基于单细胞转录组数据开发了心脏内神经系统神经元电生理的计算模型库	首次利用单细胞转录组数据构建心脏内神经系统神经元的电生理模型，填补了分子水平基因表达与细胞水平电生理功能之间的研究空白	模型依赖于转录组数据的阈值选择，可能影响离子通道组合的准确性	研究心脏内神经系统在心脏调节和病理中的功能作用	心脏内神经系统（ICNS）神经元	计算生物学	心血管疾病	单细胞转录组测序	神经元电生理模型	转录组数据	NA