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| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1461 | 2026-03-03 |
From Single-Cell Atlas to Functional Validation: Critical Next Steps for Understanding Tip Cell-Mediated Communication in the Injured Spinal Cord
2025-11, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70117
PMID:41288006
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评论 | 本文对Zeng等人(2025年)利用单细胞RNA测序研究脊髓损伤的研究进行了前瞻性展望和批判性审视,强调了从单细胞图谱到功能验证的关键后续步骤 | 提出了对单细胞测序研究中计算预测的旁分泌网络(如Angptl4-Sdc4轴)进行严格体内功能验证的必要性,并探讨了靶向尖端细胞治疗策略中的治疗困境 | 评论文章本身不产生新数据,主要基于对现有研究的分析和展望;未提供具体的实验验证方案 | 批判性审视单细胞测序在脊髓损伤研究中的应用,提出从描述性见解向机制理解和治疗策略转化的关键挑战 | 脊髓损伤中的内皮尖端细胞、星形胶质细胞和巨噬细胞 | 单细胞组学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1462 | 2026-03-03 |
Epac1 deletion attenuates Müller glial pathological activation and mitigates retinal neurodegeneration in ischemia-induced retinopathy
2025-Sep-19, Journal of advanced research
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jare.2025.09.031
PMID:40976555
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研究论文 | 本研究探讨了Epac1在缺血诱导的视网膜病变(OIR)小鼠模型中的作用,发现Epac1缺失可减轻Müller胶质细胞的病理性激活,并缓解视网膜神经变性 | 揭示了Epac1通过调节Müller细胞中的VEGF信号通路促进视网膜神经变性的新作用机制 | 研究基于小鼠OIR模型,其发现向人类疾病的转化仍需进一步验证 | 探究Epac1在缺血诱导视网膜病变中的作用及其分子机制 | 小鼠氧诱导视网膜病变(OIR)模型中的视网膜组织,特别是Müller胶质细胞 | 数字病理学 | 视网膜病变 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、免疫染色、qPCR、Western blot、邻近连接分析 | 小鼠遗传缺失模型(Epac1敲除) | 单细胞转录组数据、组织图像、蛋白质印迹数据 | 未明确说明具体数量的小鼠OIR模型 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1463 | 2026-03-03 |
Single-cell transcriptome and surfaceome profiling of the adult human retinal pigment epithelium
2025-Sep-09, Stem cell reports
IF:5.9Q2
DOI:10.1016/j.stemcr.2025.102611
PMID:40882639
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研究论文 | 本研究利用CITE-seq技术对成人视网膜色素上皮细胞进行单细胞转录组和表面组分析,揭示了其亚群的多样性、空间分布和功能差异 | 首次结合单细胞转录组和表面蛋白标记(CITE-seq)对成人RPE进行综合分析,发现了具有独特空间模式和功能的新亚群,并验证了培养过程中亚群的保留情况 | 研究主要基于成人样本,未涵盖发育或疾病状态下的RPE变化;样本量相对有限 | 探索成人视网膜色素上皮细胞的亚群多样性及其对视网膜生物学和细胞治疗的意义 | 成人视网膜色素上皮细胞 | 单细胞组学 | 年龄相关性黄斑变性 | CITE-seq(转录组和表面蛋白标记测序),免疫组织化学分析 | NA | 单细胞转录组数据,表面蛋白数据,图像数据 | 成人RPE细胞样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq,表面蛋白检测 | NA | NA |
| 1464 | 2026-03-03 |
High-resolution spatial transcriptomics in fixed tissue using a cost-effective PCL-seq workflow
2025-Sep-02, Genome research
IF:6.2Q1
DOI:10.1101/gr.279906.124
PMID:40764053
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研究论文 | 本文介绍了一种名为PCL-seq的高分辨率空间转录组学方法,适用于固定组织,具有成本效益 | 采用光控DNA标记策略和光裂解寡核苷酸,实现亚细胞分辨率,并兼容FFPE组织 | NA | 开发一种高分辨率、成本效益高的空间转录组学工作流程 | 小鼠胚胎的冷冻和FFPE组织切片 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 基因表达数据 | 小鼠胚胎组织(具体数量未明确) | NA | 空间转录组学 | PCL-seq工作流程 | 使用光裂解寡核苷酸和连接适配器,通过显微镜控制的光照指定感兴趣区域 |
| 1465 | 2026-03-03 |
Innate immunity and the NF-κB pathway control prostate stem cell plasticity, reprogramming and tumor initiation
2025-Sep, Nature cancer
IF:23.5Q1
DOI:10.1038/s43018-025-00994-3
PMID:40550901
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研究论文 | 本研究探讨了Pten缺失如何通过先天免疫和NF-κB通路调控前列腺基底细胞的可塑性、重编程和肿瘤起始 | 揭示了Pten缺失导致基底细胞以区域化方式重编程为hillock样状态,并进展为近端样管腔状态,最终形成侵袭性肿瘤,且这一过程与先天免疫激活相关 | NA | 研究前列腺基底细胞可塑性和肿瘤起始的分子机制 | 前列腺基底细胞 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序, ATAC-seq, 原位表征 | NA | RNA测序数据, 染色质可及性数据, 原位图像数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, ATAC-seq | NA | NA |
| 1466 | 2026-03-03 |
Single-Cell Sequencing-Based Exploration of the Role of Tip Cells on Astrocytes and Macrophages After Spinal Cord Injury
2025-09, Journal of cellular physiology
IF:4.5Q1
DOI:10.1002/jcp.70088
PMID:40891625
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研究论文 | 本研究基于单细胞RNA测序和体外实验,探讨了尖端细胞在脊髓损伤后对星形胶质细胞和巨噬细胞的作用 | 揭示了尖端细胞通过Angptl4-Sdc4配体-受体通路调控星形胶质细胞迁移和巨噬细胞极化,并首次报道其在脊髓损伤中的核糖体蛋白表达特征 | 研究主要基于体外实验和单细胞测序数据,体内验证和临床转化潜力尚需进一步探索 | 探索脊髓损伤后尖端细胞对炎症微环境中星形胶质细胞和巨噬细胞的影响 | 尖端细胞、星形胶质细胞、巨噬细胞 | 数字病理学 | 脊髓损伤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1467 | 2026-03-03 |
Population analysis and immunologic landscape of melanoma in people living with HIV
2025-Aug-22, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2025.04.17.648995
PMID:40313919
|
研究论文 | 本研究通过分析HIV感染者(PLWH)与HIV阴性者(PLw/oH)的黑色素瘤临床数据,结合空间免疫转录组学和多色免疫荧光技术,揭示了PLWH患者肿瘤微环境的免疫抑制特征及其与不良临床结局的关联 | 首次在HIV感染背景下,结合大规模临床队列分析与空间免疫转录组学技术,系统揭示了黑色素瘤肿瘤微环境的免疫抑制特征及其与治疗延迟、脑转移风险增加和生存率降低的关联 | 样本量相对有限(空间转录组学n=11,多色免疫荧光n=29),且为回顾性研究,可能受混杂因素影响 | 剖析HIV感染者黑色素瘤的临床和免疫学特征,以解释其比HIV阴性患者更差的临床结局 | HIV感染者(PLWH)和HIV阴性者(PLw/oH)的黑色素瘤患者 | 数字病理学 | 黑色素瘤 | 空间免疫转录组学,多色免疫荧光 | NA | 电子健康记录,空间转录组数据,免疫荧光图像 | 临床队列:1,019名PLWH和373,121名PLw/oH;空间转录组:11个肿瘤样本;多色免疫荧光:15名PLWH和14名PLw/oH的样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1468 | 2026-03-03 |
Epigenetic Reprogramming of Autophagy Leads to Uncovering a Novel Therapeutic Target for Mutant IDH1 Astrocytomas
2025-Jun-14, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2024.03.08.584091
PMID:38559270
|
研究论文 | 本研究揭示了自噬在突变IDH1胶质瘤生存中的关键作用,并通过靶向Atg7抑制自噬,增强了肿瘤对放疗的敏感性 | 首次发现mIDH1胶质瘤通过表观遗传重编程激活自噬作为能量来源,并开发了靶向Atg7的合成蛋白纳米颗粒siRNA递送系统,在体内实现放疗增敏 | 研究主要基于基因工程小鼠模型和患者样本分析,临床转化效果仍需进一步验证 | 探索mIDH1胶质瘤的生存机制并开发新的治疗靶点 | 突变IDH1胶质瘤细胞、患者肿瘤样本、基因工程小鼠模型 | 肿瘤生物学 | 胶质瘤 | RNA-seq, ChIP-seq, scRNA-seq, siRNA纳米递送 | 基因工程小鼠模型 | 基因表达数据、表观遗传数据、单细胞转录组数据 | 人类和小鼠mIDH1胶质瘤细胞及患者样本(具体数量未明确说明) | NA | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, ChIP-seq | NA | NA |
| 1469 | 2026-03-03 |
Molecular and cellular neurocardiology in heart disease
2025-Mar, The Journal of physiology
DOI:10.1113/JP284739
PMID:38778747
|
综述 | 本文更新并扩展了先前关于心脏病分子与细胞神经生物学基础的论文,重点关注心脏自主神经发育、新型细胞内通路和神经可塑性的最新发现 | 强调了利用患者特异性干细胞研究交感神经功能障碍的新方法,以及新型成像技术和空间转录组学在心脏自主神经失调治疗靶点发现中的应用 | 文中指出了未解决的问题和争议领域,但未具体说明研究方法或数据局限性 | 探讨心脏病的分子与细胞神经生物学机制,以发现治疗心脏自主神经失调的新靶点 | 心脏自主神经系统、神经化学通路、患者特异性干细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 空间转录组学、新型成像技术、干细胞技术 | NA | 分子与细胞数据、成像数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1470 | 2024-10-04 |
A Single-Cell RNA Sequencing Atlas of the Chronic Obstructive Pulmonary Disease Distal Lung to Predict Cell-Cell Communication
2025-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2024-0232LE
PMID:39356793
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1471 | 2026-03-03 |
Glial 'omics in ischemia: Acute stroke and chronic cerebral small vessel disease
2025-Mar, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24634
PMID:39463002
|
综述 | 本文综述了在急性缺血性中风和慢性脑小血管病中,胶质细胞(特别是小胶质细胞)在神经免疫反应中的作用,以及转录组学、单细胞RNA测序和空间转录组学等技术在揭示胶质细胞亚群和功能中的应用 | 整合了多种组学方法(如单细胞RNA测序、空间转录组学和核糖体标记策略)来阐明胶质细胞在缺血性疾病中的动态响应,并强调了这些技术在识别新型细胞亚型和生成新假设方面的潜力 | NA | 阐明胶质细胞在急性缺血性中风和慢性脑小血管病中的神经免疫反应,并探索多组学方法在进一步解析这些反应中的应用 | 胶质细胞,包括小胶质细胞和星形胶质细胞,在缺血性中风和脑小血管病中的响应 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学, 核糖体标记策略, 转录组分析 | NA | 转录组数据, 空间转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1472 | 2026-03-03 |
All the single cells: Single-cell transcriptomics/epigenomics experimental design and analysis considerations for glial biologists
2025-Mar, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24633
PMID:39558887
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综述 | 本文为胶质细胞生物学家提供单细胞RNA-seq实验设计与分析的入门指南 | 针对胶质细胞研究领域,系统梳理单细胞组学实验设计与分析的关键决策点 | 作为入门指南,未涉及具体算法或工具的深入技术细节 | 提升胶质生物学家对单细胞组学数据的分析、解释与批判能力 | 胶质细胞及其在神经疾病中的亚型与功能 | 单细胞组学 | 神经疾病 | 单细胞RNA-seq | NA | 单细胞转录组数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1473 | 2026-03-03 |
Analysis of human neutrophils from nasal polyps by single-cell RNA sequencing reveals roles of neutrophils in chronic rhinosinusitis
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2024.10.032
PMID:39522652
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析鼻息肉组织中的中性粒细胞,揭示了其在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病机制中的潜在作用及异质性 | 首次利用基于微孔的单细胞RNA测序技术,对鼻息肉组织中的中性粒细胞进行高分辨率分析,揭示了其基因表达谱的改变和亚群异质性 | 样本量较小(5例对照、5例鼻息肉组织),且仅分析了粒细胞富集样本,可能未完全捕获所有细胞类型 | 揭示中性粒细胞在慢性鼻窦炎伴鼻息肉发病机制中的作用和异质性 | 鼻息肉组织、对照鼻窦组织及患者匹配的外周血样本中的中性粒细胞 | 单细胞组学 | 慢性鼻窦炎伴鼻息肉 | 单细胞RNA测序 | Benjamini-Hochberg算法、通路富集分析、基因本体富集分析 | 单细胞转录组数据 | 5例对照鼻窦组织、5例鼻息肉组织及匹配外周血样本 | 未明确 | 单细胞RNA-seq | 微孔基单细胞RNA测序检测方法 | 新型基于微孔的单细胞RNA测序检测方法,使用粒细胞富集样本 |
| 1474 | 2026-03-03 |
Microglial Responses to Alzheimer's Disease Pathology: Insights From "Omics" Studies
2025-Mar, Glia
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/glia.24666
PMID:39760224
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综述 | 本文综述了利用多种组学技术研究阿尔茨海默病小鼠模型中小胶质细胞反应的文献,旨在阐明小胶质细胞在AD病理中的作用机制 | 整合了多种组学技术(如单细胞转录组学、空间转录组学、蛋白质组学等)来系统分析AD小鼠模型中小胶质细胞的异质性和分子模式变化 | 主要基于小鼠模型研究,可能无法完全反映人类AD的复杂性;且为综述性文章,未提供原始实验数据 | 阐明小胶质细胞在阿尔茨海默病病理中的驱动和贡献机制 | 阿尔茨海默病小鼠模型中的小胶质细胞 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | 转录组学、表观基因组学、空间转录组学、蛋白质组学、脂质组学、代谢组学 | NA | 组学数据 | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, 批量RNA-seq | NA | NA |
| 1475 | 2026-03-03 |
Techniques and analytic workflow for spatial transcriptomics and its application to allergy and inflammation
2025-Mar, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2025.01.009
PMID:39837466
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综述 | 本文综述了空间转录组学技术及其在过敏和炎症研究中的应用,重点关注数据处理和分析方法 | 通过整合单细胞基因表达数据与细胞定位,在完整空间背景下提供前所未有的生物学见解,为数据解释增加新维度 | NA | 总结空间转录组学领域的最新进展及其在过敏和炎症研究中的应用 | 过敏和炎症疾病,如特应性皮炎和慢性阻塞性肺疾病 | 数字病理学 | 过敏和炎症疾病 | 空间转录组学 | NA | 空间基因表达数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1476 | 2026-03-03 |
Deciphering key roles of B cells in prognostication and tailored therapeutic strategies for lung adenocarcinoma: a multi-omics and machine learning approach towards predictive, preventive, and personalized treatment strategies
2025-Mar, The EPMA journal
DOI:10.1007/s13167-024-00390-4
PMID:39991096
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研究论文 | 本研究通过多组学和机器学习方法,揭示了B细胞在肺腺癌预后中的关键作用,并开发了SRBS评分以支持预测性、预防性和个性化治疗策略 | 整合了多组学数据(包括bulk RNA、ATAC-seq、单细胞RNA和空间转录组测序)和机器学习算法,首次构建了与B细胞相关的SRBS评分,用于肺腺癌的预后预测和个性化治疗指导 | 未明确说明样本量大小,且实验验证部分可能有限,需要进一步临床验证 | 探索B细胞在肺腺癌预后中的作用,并开发个性化治疗策略以改善患者结局 | 肺腺癌患者及其相关的多组学数据 | 机器学习 | 肺癌 | 多组学整合分析,包括bulk RNA-seq、ATAC-seq、单细胞RNA-seq、空间转录组测序 | 多种机器学习算法整合 | 多组学数据(RNA、ATAC、单细胞、空间转录组) | NA | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学, bulk RNA-seq, bulk ATAC-seq | NA | NA |
| 1477 | 2026-03-03 |
Spatial Transcriptomics in Inflammatory Skin Diseases Using GeoMx Digital Spatial Profiling: A Practical Guide for Applications in Dermatology
2025-Jan, JID innovations : skin science from molecules to population health
DOI:10.1016/j.xjidi.2024.100317
PMID:39559817
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研究论文 | 本文提供了使用NanoString GeoMx数字空间分析仪在炎症性皮肤病中进行空间转录组学研究的实用指南 | 提供了制造商指南中未包含的RNA捕获优化方法和潜在问题解决方案,并通过具体疾病案例展示了空间分析策略 | 主要关注GeoMx平台在皮肤病学的应用,可能不直接适用于其他空间转录组技术或其他组织类型 | 为皮肤病研究者提供数字空间分析技术的实用操作指南和优化策略 | 炎症性皮肤病(银屑病、扁平苔藓、盘状红斑狼疮)的组织样本 | 数字病理学 | 皮肤病 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组数据 | NA | NanoString | 空间转录组学 | GeoMx Digital Spatial Profiler | GeoMx数字空间分析仪 |
| 1478 | 2026-03-03 |
Network pharmacology, bioinformatics and in vitro/in vivo validation elucidate the anti-lung cancer activities and potential targets of Rhoifolin
2025, Frontiers in pharmacology
IF:4.4Q1
DOI:10.3389/fphar.2025.1727729
PMID:41614077
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研究论文 | 本研究通过整合网络药理学、生物信息学及体外/体内实验,系统探讨了Rhoifolin的抗肺癌活性及其潜在分子靶点EPHB2 | 首次将网络药理学、转录组学与机器学习相结合,识别出EPHB2作为Rhoifolin的关键治疗靶点,并通过分子对接、动力学模拟及体内外实验验证了其直接作用机制 | 研究主要基于H358细胞系和小鼠异种移植模型,临床前数据需在更多肺癌模型和临床试验中进一步验证 | 系统研究Rhoifolin的抗肿瘤效应并识别其关键分子靶点,为肺癌治疗提供新策略 | 肺癌细胞系(如H358)及H358异种移植小鼠模型 | 生物信息学 | 肺癌 | 网络药理学、转录组分析、机器学习、RT-qPCR、Western blot、免疫荧光、分子对接、动力学模拟 | 机器学习 | 转录组数据、单细胞RNA测序数据、临床数据 | 体外细胞实验及H358异种移植小鼠模型,具体样本数量未明确说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1479 | 2026-03-03 |
Single-cell and spatial transcriptomics identify COL6A3 as a prognostic biomarker in undifferentiated pleomorphic sarcoma
2024-Nov-15, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-024-02168-8
PMID:39548577
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研究论文 | 本研究利用单细胞和空间转录组学技术,鉴定COL6A3作为未分化多形性肉瘤的预后生物标志物 | 首次结合单细胞和空间转录组学分析未分化多形性肉瘤及其亚型,发现COL6A3和BGN基因能预测生存和转移,且COL6A3优于现有肉瘤预后基因组合 | 样本量较小(单细胞分析仅5个活检样本和1个切除样本),需在更大队列中验证 | 更好表征未分化多形性肉瘤及其亚型(如非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤),并识别预后生物标志物 | 未分化多形性肉瘤、非典型纤维黄色瘤和多形性真皮肉瘤的肿瘤样本 | 数字病理学 | 软组织肉瘤 | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | 转录组数据 | 5个活检样本(AFX和PDS)和1个切除样本(PDS),另加独立队列46个和38个UPS肿瘤 | NA | 单细胞RNA-seq, 空间转录组学 | NA | NA |
| 1480 | 2026-03-03 |
Recovering single-cell expression profiles from spatial transcriptomics with scResolve
2024-Oct-21, Cell reports methods
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.crmeth.2024.100864
PMID:39326411
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研究论文 | 本文开发了一种名为scResolve的方法,用于从多细胞分辨率空间转录组学数据中恢复单细胞表达谱 | scResolve能够准确恢复单个细胞在其位置上的表达谱,这是细胞类型去卷积方法无法实现的,并支持细胞类型特异性差异基因表达分析和稀有细胞群体的准确识别 | NA | 开发一种从空间转录组学测量中恢复单细胞表达谱的方法,以克服现有技术缺乏单细胞分辨率的问题 | 人类乳腺癌数据和人类肺部疾病数据 | 数字病理学 | 肺癌 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学测量数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |