单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14741	2024-08-07	Cell type-specific transcriptional programs in mouse prefrontal cortex during adolescence and addiction 2019-09-13, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-019-12054-3 PMID:31519873	研究论文	本文利用单细胞RNA测序技术，全面分类了小鼠前额叶皮层中的所有独特细胞亚型，并分析了这些细胞亚型在自然适应和诱导条件下的转录动力学。	首次详细描述了小鼠前额叶皮层在青春期和慢性可卡因成瘾期间各神经元亚型的特异性转录程序。	NA	研究小鼠前额叶皮层在青春期和成瘾状态下各神经元亚型的特异性转录程序。	小鼠前额叶皮层的神经元亚型及其在青春期和成瘾状态下的转录动力学。	神经科学	神经精神疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	从P21到P60的小鼠前额叶皮层样本
14742	2024-08-07	Identifying gene expression programs of cell-type identity and cellular activity with single-cell RNA-Seq 2019-07-08, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.43803 PMID:31282856	研究论文	本文通过单细胞RNA测序（scRNA-Seq）技术，利用共识非负矩阵分解（cNMF）方法，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	提出了一种名为共识非负矩阵分解（cNMF）的方法，能够准确推断细胞身份和活动程序及其在每个细胞中的相对贡献	NA	理解细胞和组织的组织结构，识别细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	细胞类型身份和细胞活动的基因表达程序	基因组学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）	共识非负矩阵分解（cNMF）	基因表达数据	使用了已发表的脑类器官和视觉皮层scRNA-Seq数据集
14743	2024-08-07	Alevin efficiently estimates accurate gene abundances from dscRNA-seq data 2019-03-27, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1670-y PMID:30917859	research paper	本文介绍了一种名为alevin的快速端到端管道，用于处理基于液滴的单细胞RNA测序数据，执行细胞条形码检测、读取映射、唯一分子标识符（UMI）去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	alevin的UMI去重方法考虑了可能产生UMI的分子的转录水平约束，并处理了基因特异性读取和基因间多重映射读取，从而解决了现有工具中因丢弃基因模糊读取而产生的固有偏差，提高了基因丰度估计的准确性。	NA	开发一种快速且准确的基因丰度估计方法，用于基于液滴的单细胞RNA测序数据。	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的细胞条形码检测、读取映射、UMI去重、基因计数估计和细胞条形码白名单。	digital pathology	NA	dscRNA-seq	NA	RNA sequencing data	NA
14744	2024-08-07	EmptyDrops: distinguishing cells from empty droplets in droplet-based single-cell RNA sequencing data 2019-03-22, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-019-1662-y PMID:30902100	研究论文	本文介绍了一种新的统计方法EmptyDrops，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	EmptyDrops方法通过检测与环境溶液表达谱显著偏离的液滴，提高了检测真实细胞的能力，并控制了检测细胞中的假发现率	NA	开发一种新的计算方法，用于区分基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	基于液滴的单细胞RNA测序数据中的真实细胞和空液滴	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计方法	RNA测序数据	NA
14745	2024-08-07	Single-cell transcriptome analysis of lineage diversity in high-grade glioma 2018-07-24, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-018-0567-9 PMID:30041684	研究论文	本研究通过高密度微孔系统对分离的人体手术样本进行大规模单细胞RNA测序，分析高级别胶质瘤（HGG）中的细胞系多样性	首次揭示了高级别胶质瘤中细胞身份与增殖之间的关系，并发现恶性转化细胞中神经与非神经系相似性的不同群体结构	NA	深入理解高级别胶质瘤中的细胞系身份、分化和增殖	高级别胶质瘤（HGG）细胞及其微环境细胞	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序	图论方法	转录组	多个分离的人体手术样本
14746	2024-08-07	Gli3 is a negative regulator of Tas1r3-expressing taste cells 2018-02, PLoS genetics IF:4.0Q1 DOI:10.1371/journal.pgen.1007058 PMID:29415007	研究论文	研究探讨了Gli3在味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3表达的味觉受体细胞中的表达和功能	首次揭示了Gli3作为抑制因子在成年后舌味觉细胞再生中的作用，特别是在Tas1r3+细胞中的作用	研究主要集中在后舌的味觉细胞，前舌的情况未详细探讨	探究Gli3在成年后舌味觉细胞再生中的作用及其对味觉功能的影响	小鼠的味觉细胞和味觉干细胞	NA	NA	单细胞RNA测序、PCR和免疫组织化学	NA	RNA	Gli3CKO和Gli3WT小鼠
14747	2024-08-07	The European Bioinformatics Institute in 2017: data coordination and integration 2018-01-04, Nucleic acids research IF:16.6Q1 DOI:10.1093/nar/gkx1154 PMID:29186510	research paper	本文介绍了欧洲生物信息学研究所（EMBL-EBI）在2017年如何通过提供开放数据、开源软件和分析工具以及技术基础设施来支持全球生命科学研究，并整合日益多样化的数据类型	EMBL-EBI通过整合高质量的生物成像、生物银行和其他类型的分子数据，以及参与Open Targets、植物表型标准（MIAPPE）和人类细胞图谱数据协调平台等项目，展示了其在数据整合和服务开发方面的深入参与	NA	支持全球生命科学研究，整合多样化数据类型，以便各学科的生物学家能够更详细地探索生命	EMBL-EBI提供的开放数据、开源软件、分析工具和技术基础设施	生物信息学	NA	细胞成像和单细胞测序技术	NA	高维数据	数据存储量在不到两年内翻倍至120PB
14748	2024-08-07	Extracting Intercellular Signaling Network of Cancer Tissues using Ligand-Receptor Expression Patterns from Whole-tumor and Single-cell Transcriptomes 2017-08-18, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-017-09307-w PMID:28821810	研究论文	本文通过分析公共癌症转录组数据库中的配体-受体表达模式，构建了癌症组织中的细胞间信号网络。	本文首次利用全肿瘤和单细胞转录组数据，构建了细胞间通信网络，揭示了癌症细胞间的信号交换机制。	NA	研究癌症细胞间的通信机制，以揭示癌症进展和预后的分子标志。	癌症组织中的细胞间信号网络。	数字病理学	皮肤癌	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	超过2,500对配体-受体对
14749	2024-08-07	Diversity amongst trigeminal neurons revealed by high throughput single cell sequencing 2017, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0185543 PMID:28957441	研究论文	本文通过单细胞测序和原位杂交技术研究了小鼠三叉神经节中感觉神经元的细胞多样性，定义了十三种神经元集群	展示了功能重要基因在多个集群中的分布，表明这些遗传定义的类别在生理上可能是异质的，而非高度并行的感觉输入	NA	探索三叉神经节中感觉神经元的细胞多样性及其功能分类	小鼠三叉神经节中的感觉神经元	NA	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	十三种神经元集群
14750	2024-08-07	LINC00960 affects osteosarcoma treatment and prognosis by regulating the tumor immune microenvironment 2024-Feb-15, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e24990 PMID:38352756	研究论文	本研究探讨了LINC00960在骨肉瘤中的表达及其对肿瘤免疫微环境的调控作用，评估了其在骨肉瘤治疗和预后中的价值	发现LINC00960在骨肉瘤中的高表达与转移和不良预后相关，并可能作为新的生物标志物用于预测骨肉瘤患者的总体生存	NA	评估LINC00960在骨肉瘤中的预后和治疗价值，并分析其作用机制	骨肉瘤患者的LINC00960表达及其对肿瘤免疫微环境的影响	数字病理学	骨肉瘤	转录组分析	NA	转录组数据	85例骨肉瘤样本及6例骨肉瘤患者的单细胞RNA测序数据
14751	2024-08-07	A Novel Approach for Pancreas Transcriptomics Reveals the Cellular Landscape in Homeostasis and Acute Pancreatitis 2024-Feb-05, Gastroenterology IF:25.7Q1 DOI:10.1053/j.gastro.2024.01.043 PMID:38325760	研究论文	本文介绍了一种名为FixNCut的单细胞RNA测序方法，用于研究胰腺在稳态和急性胰腺炎中的细胞景观	FixNCut方法通过可逆固定组织，提高了对胰腺细胞，特别是腺泡细胞和免疫细胞的定义，为研究胰腺生物学和疾病提供了一个广泛适用的方法和参考图谱	NA	创新一种方法，克服现有单细胞RNA测序研究中腺泡细胞代表性不足的问题，加速对胰腺在健康和疾病状态下的研究	胰腺在稳态和急性胰腺炎中的细胞景观	数字病理学	急性胰腺炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	使用已建立的小鼠急性胰腺炎模型进行研究
14752	2024-08-04	BACH1 promotes tissue necrosis and Mycobacterium tuberculosis susceptibility 2024-Jan, Nature microbiology IF:20.5Q1 DOI:10.1038/s41564-023-01523-7 PMID:38066332	研究论文	本文研究了转录因子BACH1在结核分枝杆菌感染中的作用及其对组织坏死的促进作用	该研究首次揭示了BACH1作为细胞和组织坏死及宿主对结核分枝杆菌感染抵抗力的关键调节因子	本研究主要基于动物模型，可能无法完全反映人类的情况	探索BACH1在结核分枝杆菌感染中的作用及其对宿主抵抗力的影响	研究对象为感染结核分枝杆菌的小鼠模型	数字病理学	肺结核	单细胞RNA测序	NA	RNA数据	感染结核分枝杆菌的小鼠样本
14753	2024-08-07	Data Analysis Pipeline for scRNA-seq Experiments to Study Early Oogenesis 2024, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.) DOI:10.1007/978-1-0716-3698-5_15 PMID:38351456	研究论文	本文介绍了一种用于分析早期卵母细胞发育的单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据分析流程	通过使用scRNA-seq技术，能够在单细胞分辨率下解析卵母细胞发育的转录组，克服了传统批量RNA测序中细胞异步分化和高细胞异质性的挑战	NA	旨在揭示调控配子发生过程中细胞和分子机制的转录调控机制	早期卵母细胞发育的转录组分析	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA测序数据	从E11.5到E14.5的小鼠卵巢中生成的scRNA-seq数据
14754	2024-08-07	Cross-species analysis of transcriptome emphasizes a critical role of TNF-α in mediating MAP2K7/AKT2 signaling in zearalenone-induced apoptosis 2023-10-05, Journal of hazardous materials IF:12.2Q1 DOI:10.1016/j.jhazmat.2023.132226 PMID:37549580	研究论文	本研究通过跨物种转录组分析，探讨了玉米赤霉烯酮（ZEN）诱导的细胞凋亡中TNF-α介导的MAP2K7/AKT2信号通路的关键作用	首次综合运用比较转录组分析、单细胞转录组分析和加权基因共表达网络分析（WGCNA），结合体内基因敲除和体外RNA干扰技术，揭示了ZEN诱导的细胞凋亡中TNF-α-MAP2K7/AKT2轴的主要信号通路	NA	探究ZEN诱导的细胞凋亡机制，并为因ZEN导致的畜牧业和人类生殖健康损失提供新的潜在治疗靶点	猪和鼠的颗粒细胞（pGCs和mGCs）	数字病理学	生殖健康风险	比较转录组分析、单细胞转录组分析、加权基因共表达网络分析（WGCNA）、基因敲除、RNA干扰	NA	转录组数据	涉及猪和鼠的颗粒细胞
14755	2024-08-04	Neural connectivity molecules best identify the heterogeneous clock and dopaminergic cell types in the Drosophila adult brain 2023-02-22, Science advances IF:11.7Q1 DOI:10.1126/sciadv.ade8500 PMID:36812309	研究论文	这篇文章研究了果蝇成年脑中时钟和多巴胺细胞类型的异质性	首次揭示了成体脑中多巴胺神经元与时钟神经元在基因表达上的相似异质性，并强调了神经连接分子在识别细胞类型中的重要性	研究主要集中于果蝇成年大脑的特定神经元类型，结果可能不适用于其他物种或更广泛的神经元类型	确定果蝇成体大脑中多巴胺神经元和时钟神经元的异质性及其基因表达特点	成年果蝇的大脑多巴胺神经元和时钟神经元	数字病理学	NA	单细胞测序	NA	基因表达数据	成年果蝇的大脑多个神经元群体
14756	2024-08-04	Reactive astrogliosis in the era of single-cell transcriptomics 2023, Frontiers in cellular neuroscience IF:4.2Q2 DOI:10.3389/fncel.2023.1173200 PMID:37153637	综述	本文概述了通过单细胞转录组学定义的反应性星形胶质细胞群体在多种神经病理中的作用	揭示了反应性星形胶质细胞在神经病理中的多样性及其时间和空间上的不同表达模式	未详细探讨特定疾病模型中的机制，可能影响对复杂病理的理解	探讨反应性星形胶质细胞在不同神经病理中的作用及其转录组特征	反应性星形胶质细胞及其在神经病理中的表现	数字病理学	神经退行性疾病	单细胞转录组学	NA	转录组数据	多种神经病理的数据集，具体样本量未明确
14757	2024-08-07	SpotClean adjusts for spot swapping in spatial transcriptomics data 2022-05-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-022-30587-y PMID:35624112	研究论文	本文提出了一种名为SpotClean的概率模型，用于调整空间转录组学数据中的点交换伪影，以提供更准确的基因特异性UMI计数估计	SpotClean模型能够显著改善标记基因分析和聚类效果，特别是在组织区域不易分离的情况下	NA	提高空间转录组学实验中下游分析的效力和精度	空间转录组学数据中的点交换伪影	分子医学	癌症	空间转录组学	概率模型	转录组数据	数千个点
14758	2024-08-07	An Overview on Single-Cell Technology for Hepatocellular Carcinoma Diagnosis 2022-01-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms23031402 PMID:35163329	综述	本文综述了单细胞技术在肝细胞癌诊断中的应用	单细胞技术能够分析肿瘤组织样本中的每个单细胞，从而深入了解癌症的遗传异质性，有助于识别和评估罕见的细胞群体	文章中提到的挑战包括单细胞技术的局限性和实施中的困难	促进肝细胞癌的个性化诊断和治疗	肝细胞癌的诊断、肿瘤微环境分析、单细胞基因组测序、单细胞转录组学、单细胞组学测序用于生物标志物开发、肝细胞癌的起源和进化	数字病理学	肝细胞癌	单细胞技术	NA	基因表达模式	NA
14759	2024-08-07	Single-cell analysis with childhood and adult systemic lupus erythematosus 2024-Dec, Autoimmunity IF:3.3Q3 DOI:10.1080/08916934.2023.2281228 PMID:38347676	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据分析了儿童和成人系统性红斑狼疮患者的外周血单个核细胞（PBMC）的组成和转录特征	首次比较了儿童和成人系统性红斑狼疮患者的PBMC组成和转录变异，并发现了潜在的治疗靶点	NA	探讨儿童和成人系统性红斑狼疮患者的PBMC组成和转录特征的差异	儿童和成人系统性红斑狼疮患者及健康对照者的PBMC	数字病理学	系统性红斑狼疮	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	儿童和成人系统性红斑狼疮患者及健康对照者的PBMC样本
14760	2024-08-07	Cuproptosis/OXPHOS tendency prediction of prognosis and immune microenvironment of esophageal squamous cell carcinoma: Bioinformatics analysis and experimental validation 2024-Apr-15, Gene IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.gene.2024.148156 PMID:38211899	研究论文	本研究通过生物信息学分析和实验验证，探讨了氧化磷酸化（OXPHOS）与铜死亡（cuproptosis）在食管鳞状细胞癌（ESCC）中的关联及其对预后的影响	首次揭示了OXPHOS与ESCC中铜死亡倾向的关系，并构建了铜死亡-OXPHOS预后标志物	NA	研究OXPHOS与ESCC中铜死亡倾向的关系及其对预后的影响	食管鳞状细胞癌（ESCC）中的铜死亡和氧化磷酸化	生物信息学	食管癌	scRNA-seq	CNN	单细胞数据	10种核心细胞类型