单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14701	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing integrated with bulk RNA sequencing analysis reveals diagnostic and prognostic signatures and immunoinfiltration in gastric cancer 2023-09, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.107239 PMID:37450965	研究论文	本研究探讨了与胃癌（GC）患者T细胞相关的预后基因特征，提供了预测患者生存率和免疫浸润水平的见解	建立了胃癌的单细胞转录组图谱，并识别了与T细胞相关的预后基因特征	样本数量较少，仅基于10个肿瘤样本和相应的正常样本进行分析	探讨可以预测胃癌患者预后的相关基因特征	胃癌患者的免疫相关预后基因特征	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序，批量RNA测序	NA	细胞	10个肿瘤样本和相应正常样本，包含18416个细胞
14702	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing defines disease-specific differences between chronic nodular prurigo and atopic dermatitis 2023-08, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2023.04.019 PMID:37210042	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，比较了慢性结节性痒疹（CNPG）与特应性皮炎（AD）以及健康对照个体皮肤病变中的分子差异	发现了CNPG和AD中免疫偏斜的类型2，以及CNPG特有的细胞外基质组织、胶原蛋白合成和纤维化特征	NA	旨在深入理解CNPG的病理机制以及CNPG与AD之间的分子关系	慢性结节性痒疹（CNPG）和特应性皮炎（AD）患者的皮肤病变	数字病理学	皮肤疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	CNPG、AD患者及健康对照个体的皮肤病变样本
14703	2024-08-07	scJVAE: A novel method for integrative analysis of multimodal single-cell data 2023-05, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2023.106865 PMID:37030268	研究论文	本文介绍了一种名为scJVAE的新方法，用于整合和学习多模态单细胞数据的联合表示，并去除批次效应	scJVAE方法能够有效地去除批次效应并整合配对的scRNA-seq和scATAC-seq数据，优于现有的先进方法	NA	研究目的是开发一种新的方法来处理多模态单细胞数据的批次效应和联合表示	多模态单细胞数据，特别是scRNA-seq和scATAC-seq数据	单细胞组学	NA	单细胞技术	变分自编码器（VAE）	多模态数据	使用多种配对基因表达和开放染色质数据集进行评估
14704	2024-08-07	Connexin 43-mediated neurovascular interactions regulate neurogenesis in the adult brain subventricular zone 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112371 PMID:37043357	研究论文	本文探讨了连接蛋白43（Cx43）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）中通过神经血管相互作用调节神经发生的作用	发现Cx43在SVZ中的神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）中高度表达，其缺失导致NSC增殖和神经母细胞生成增加，表明Cx43介导的NSC-EC相互作用维持NSC静息状态	NA	研究Cx43在成年大脑SVZ中通过神经血管相互作用调节神经干细胞行为的机制	神经干细胞（NSC）和内皮细胞（EC）在成年大脑侧脑室下区（SVZ）的相互作用	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14705	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics To Define Plasmodium falciparum Stage Transition in the Mosquito Midgut 2023-Feb-27, Microbiology spectrum IF:3.7Q2 DOI:10.1128/spectrum.03671-22 PMID:36847501	研究论文	本研究利用单细胞转录组学分析了疟原虫在蚊子肠道中的发育过程	揭示了疟原虫在蚊子肠道中早期到晚期发展的转录组特征，并发现了一些新的生物标志物	对其他发育阶段或其他蚊子种类的适用性未进行探索	深入理解疟原虫在蚊子体内发育期间的生物学特性	疟原虫Plasmodium falciparum在蚊子肠道的发育过程	数字病理学	疟疾	单细胞转录组学	NA	转录组数据	覆盖疟原虫从配子到ookinete的多个阶段
14706	2024-08-07	Exploring the potential mechanisms of impairment on genitourinary system associated with coronavirus disease 2019 infection: Bioinformatics and molecular simulation analyses 2023-Feb-07, Asian journal of urology IF:2.4Q2 DOI:10.1016/j.ajur.2022.12.004 PMID:36776826	研究论文	本研究通过生物信息学和分子模拟分析，探讨了新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制	本研究揭示了ACE2、TMPRSS2和CD147在正常泌尿生殖器官中的高表达，并分析了这些蛋白在多种肿瘤和慢性肾脏疾病中的表达情况，以及它们在泌尿生殖器官中的细胞特异性表达模式	NA	探索新冠病毒感染对泌尿生殖系统损害的潜在机制	ACE2、TMPRSS2、CD147等蛋白在泌尿生殖器官中的表达模式及其与新冠病毒感染的关系	生物信息学	泌尿生殖系统疾病	单细胞RNA测序、基因集富集分析	NA	基因表达数据	涉及膀胱、肾脏、前列腺和睾丸等多种泌尿生殖器官的细胞
14707	2024-08-07	The vascular phenotype of BPD: new basic science insights-new precision medicine approaches 2022-Dec-22, Pediatric research IF:3.1Q1 DOI:10.1038/s41390-022-02428-7 PMID:36550351	研究论文	本文探讨了支气管肺发育不良（BPD）的血管表型，并提出了基于细胞和微小RNA的精准医疗方法	利用单细胞RNA测序技术深入研究了BPD-PH中发育性内皮细胞耗竭，并提出了基于外泌体和微小RNA的治疗策略	需要更多关于中断通路、干预时机和递送方式的研究	探索BPD中血管表型的分子机制，并开发新的治疗策略	BPD患儿的肺血管发育和肺动脉高压	生物医学	新生儿疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14708	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing analyses: interference by the genes that encode the B-cell and T-cell receptors 2022-Dec-06, Briefings in functional genomics IF:2.5Q3 DOI:10.1093/bfgp/elac044 PMID:36473726	研究论文	本文研究了单细胞RNA测序数据中B细胞和T细胞受体编码基因对无监督聚类和下游分析的影响	首次系统分析了包含与排除B细胞和T细胞受体编码基因对单细胞RNA测序数据分析的影响	仅限于B细胞和T细胞的研究，未涉及其他细胞类型	探讨B细胞和T细胞受体编码基因在单细胞RNA测序中的作用	B细胞和T细胞	基因组学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	未具体说明样本数量
14709	2024-08-07	Dissecting Heterogeneity Reveals a Unique BAMBIhigh MFGE8high Subpopulation of Human UC-MSCs 2022-Nov-14, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202202510 PMID:36373720	研究论文	本研究通过大规模单细胞转录组图谱分析，揭示了人类脐带间充质干细胞（UC-MSCs）的异质性，并鉴定出一个独特的BAMBI高表达和MFGE8高表达的C1亚群	首次实验验证了从scRNA-seq样本中分类的UC-MSC亚群的功能，并发现了一个具有独特表型和转录组特征的BAMBI MFGE8 C1亚群	研究主要集中在体外和体内狼疮小鼠模型中，未来需要进一步在更多疾病模型中验证这些发现	阐明人类UC-MSCs的本质，并选择最优的MSC类型用于未来特定疾病的治疗	人类脐带间充质干细胞及其亚群的功能和特性	细胞生物学	自身免疫性疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	多个UC-MSC样本
14710	2024-08-07	Electrical responses from human retinal cone pathways associate with a common genetic polymorphism implicated in myopia 2022-05-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2119675119 PMID:35594404	研究论文	本文研究了人类视网膜锥体通路的电反应与近视相关的常见遗传多态性之间的关系	首次探讨了GJD2基因位点的遗传多态性与视网膜电图（ERG）参数之间的关联，特别是在光适应状态下锥体驱动的反应	研究样本仅限于186名成年双胞胎志愿者，可能限制了结果的普遍性	探讨近视相关的遗传多态性与视网膜电反应之间的关系	视网膜锥体通路的电反应与GJD2基因位点的遗传多态性	NA	近视	视网膜电图（ERG）	混合线性模型	电生理数据	186名成年双胞胎志愿者
14711	2024-08-07	Single-cell immune profiling reveals a developmentally distinct CD4+ GM-CSF+ T-cell lineage that induces GI tract GVHD 2022-05-10, Blood advances IF:7.4Q1 DOI:10.1182/bloodadvances.2021006084 PMID:35015822	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序分析（scRNAseq）揭示了在移植物抗宿主病（GVHD）中出现的两种CD4+ GM-CSF+ T细胞群体，它们根据是否共表达干扰素-γ（IFN-γ）而区分	本研究首次识别出一种在GVHD中出现的独特的CD4+ GM-CSF+ IFN-γ- T细胞亚群，该亚群具有独特的转录组特征和T细胞受体库	NA	揭示在GVHD中CD4+ GM-CSF+ T细胞的异质性，并定义一种独特的T辅助细胞亚型	CD4+ GM-CSF+ T细胞在GVHD中的作用和特性	免疫学	移植物抗宿主病	单细胞RNA测序分析（scRNAseq）	NA	转录组数据	NA
14712	2024-08-07	Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples 2021-Dec-20, STAR protocols IF:1.3Q4 DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041 PMID:36475567	研究论文	本文利用多重单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达	采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸（Ab-HTO）和10× Genomics技术进行样本多重标记，降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应	NA	研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育	小鼠胸腺和脾脏样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	多个小鼠胸腺和脾脏样本
14713	2024-08-07	Evaluation of some aspects in supervised cell type identification for single-cell RNA-seq: classifier, feature selection, and reference construction 2021-09-09, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-021-02480-2 PMID:34503564	研究论文	本文系统评估了监督式细胞类型识别方法中的关键因素，包括特征选择、分类器选择和参考数据集构建	提出了使用多层感知器（MLP）作为分类器和F检验作为特征选择方法的建议，并建议合并所有可用数据集来构建参考数据集	NA	评估监督式细胞类型识别方法中的关键策略	单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别	生物信息学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	多层感知器（MLP）	RNA序列数据	涉及多个真实数据集，具体样本数量未详细说明
14714	2024-08-07	Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)† 2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btab085 PMID:33676365	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14715	2024-08-07	Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics 2021-06, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.15252/msb.202010108 PMID:34057817	研究论文	本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性	JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类	NA	提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织	小鼠海马区的细胞及其基因表达模式	空间转录组学	NA	RNA杂交	JSTA框架	图像	分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型
14716	2024-08-07	Quantifying the effect of experimental perturbations at single-cell resolution 2021-05, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-020-00803-5 PMID:33558698	研究论文	本文通过连续测量转录组空间中扰动效应，量化了单细胞水平上实验扰动的影响	开发了一种使用图信号处理估计每个细胞在各实验条件下相对似然性的方法，并提出了顶点频率聚类来提取受扰动影响的细胞群	NA	量化单细胞水平上实验扰动的影响	单细胞RNA测序数据集	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	图信号处理	转录组数据	未具体说明
14717	2024-08-07	High-resolution single-cell transcriptomics reveals heterogeneity of self-renewing hair follicle stem cells 2021-04, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.14262 PMID:33319418	研究论文	本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，揭示了自我更新阶段的毛囊干细胞的分子异质性	首次通过高分辨率单细胞RNA测序技术，详细分析了毛囊干细胞在自我更新阶段的转录组特征，揭示了不同亚群的分子标记和潜在功能	研究仅限于小鼠皮肤样本，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性	揭示毛囊干细胞在自我更新阶段的分子异质性	毛囊干细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	从小鼠皮肤中分离的CD34 /K14-H2BGFP标记的毛囊干细胞
14718	2024-08-07	Molecular classification of zebrafish retinal ganglion cells links genes to cell types to behavior 2021-02-17, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.003 PMID:33357413	研究论文	本研究利用单细胞转录组学方法，对成年和幼年斑马鱼的视网膜神经节细胞（RGCs）进行了系统分类，并识别了超过30种成熟类型及其发育中间体的标记基因	本研究首次系统地分类了斑马鱼视网膜神经节细胞，并利用这些数据开发了转基因驱动线，实现了对特定RGC类型的实验操作	NA	研究旨在理解视网膜神经节细胞的多样性及其在视觉系统中的功能架构	斑马鱼的视网膜神经节细胞	生物学	NA	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	成年和幼年斑马鱼
14719	2024-08-07	Lipid-mediated innate lymphoid cell recruitment and activation in aspirin-exacerbated respiratory disease 2021-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology DOI:10.1016/j.anai.2020.09.011 PMID:32950684	研究论文	本文综述了脂质介导的2型先天淋巴细胞（ILC2s）招募和激活在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	利用新一代单细胞测序方法和最近开发的AERD小鼠模型，未来研究将更好地定义脂质介导的ILC2在AERD患者中的迁移	关于脂质介导的ILC2激活在AERD中发生的证据尚不充分	探讨脂质介导的ILC2招募和激活在AERD中的作用	2型先天淋巴细胞（ILC2s）在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用	NA	呼吸疾病	单细胞测序	NA	文本	NA
14720	2024-08-07	Harnessing Single-Cell RNA Sequencing to Better Understand How Diseased Cells Behave the Way They Do in Cardiovascular Disease 2021-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314776 PMID:33327741	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管疾病中对病变细胞行为理解的应用	利用单细胞RNA测序技术构建细胞图谱，发现新的细胞类型及其在心血管疾病中的作用	NA	深入理解心血管疾病中病变细胞的行为机制	心血管组织中的特定细胞类型及其在疾病中的变化	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA