单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14701	2024-08-07	Single-cell multi-omics analysis of lineage development and spatial organization in the human fetal cerebellum 2024-Feb-26, Cell discovery IF:13.0Q1 DOI:10.1038/s41421-024-00656-1 PMID:38409116	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序和空间转录组学分析，探讨了人类胎儿小脑从妊娠第13周到第18周的细胞多样性和发育程序的涌现。	本研究首次鉴定了跨物种保守的过渡性颗粒细胞前体，并揭示了小脑叶的物种特异性基因表达模式，以及小脑中潜在的神经上皮新簇。	NA	探索人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。	人类胎儿小脑的细胞多样性和发育程序。	数字病理学	NA	scRNA-seq, scATAC-seq, 空间转录组学分析	NA	基因表达数据	妊娠第13周到第18周的胎儿样本
14702	2024-08-07	Human cytomegalovirus exploits STING signaling and counteracts IFN/ISG induction to facilitate infection of dendritic cells 2024-Feb-26, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45614-3 PMID:38409141	研究论文	研究人巨细胞病毒（HCMV）如何利用STING信号通路并对抗干扰素/干扰素刺激基因（IFN/ISG）的诱导，以促进树突状细胞的感染	首次揭示了HCMV通过激活STING信号通路并抑制干扰素-β的转录，从而促进其在树突状细胞中的复制	研究主要集中在单核细胞衍生的树突状细胞上，可能无法完全代表所有树突状细胞类型对HCMV的反应	探讨HCMV如何影响树突状细胞的免疫反应，以及病毒如何调控宿主的抗病毒反应	人巨细胞病毒（HCMV）和单核细胞衍生的树突状细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及的样本包括单核细胞衍生的树突状细胞的三个亚群
14703	2024-08-04	An alternative splicing signature defines the basal-like phenotype and predicts worse clinical outcome in pancreatic cancer 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2024.101411 PMID:38325381	研究论文	该研究揭示了一种与预后相关的亚型特异性剪接特征，并确定了QKI作为基础样亚型的决定因素	发现了PDAC亚型特异性的剪接特征，并阐明了QKI在基础样特征中的作用	尚未明确剪接异常在亚型特异性中的具体机制	探究胰腺癌中剪接失调与亚型特异性之间的关系	胰腺导管腺癌（PDAC）及其不同亚型	数字病理学	胰腺癌	单细胞测序	NA	NA	高等级原发肿瘤和转移病灶中的样本
14704	2024-08-04	Surface CD52, CD84, and PTGER2 mark mature PMN-MDSCs from cancer patients and G-CSF-treated donors 2024-Feb-20, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2023.101380 PMID:38242120	研究论文	本研究关注来自癌症患者和接受G-CSF治疗的健康供体的成熟多形核髓源抑制细胞（mPMN-MDSCs）	识别了成熟PMN-MDSCs的新特征基因标记CD52、CD84和PTGER2	可能仅限于特定类型的肿瘤患者和供体的样本	精确分子表征循环的成熟PMN-MDSCs	来自癌症患者和G-CSF治疗供体的成熟PMN-MDSCs	数字病理学	NA	RNA测序	NA	基因数据	NA
14705	2024-08-04	Model-based dimensionality reduction for single-cell RNA-seq using generalized bilinear models 2024-Feb-16, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.04.21.537881 PMID:37162914	研究论文	本文提出了一种基于模型的单细胞RNA-seq数据降维新方法scGBM	scGBM利用泊松双线性模型处理RNA-seq数据，并引入快速估计算法以提高大规模数据集的计算效率	现有方法在处理大数据集时往往计算不可行，且对低维表示的不确定性量化不足	本研究旨在改进单细胞RNA-seq数据的降维分析	研究对象为单细胞RNA-seq数据	数字病理学	NA	泊松双线性模型	NA	RNA-seq数据	涉及数百万个细胞的数据集
14706	2024-08-04	Microfluidic-assisted single-cell RNA sequencing facilitates the development of neutralizing monoclonal antibodies against SARS-CoV-2 2024-02-13, Lab on a chip IF:6.1Q2 DOI:10.1039/d3lc00749a PMID:38165771	研究论文	本研究探讨了微流控辅助的单细胞RNA测序在抗SARS-CoV-2中和单克隆抗体开发中的应用	提出了结合单细胞RNA测序技术的新方法，以提高中和单克隆抗体的开发效率	未提供具体的实验数据和样本量	研究开发有效的针对SARS-CoV-2的中和单克隆抗体	中和单克隆抗体候选者及其相关的B细胞转录组	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	NA
14707	2024-08-05	Indoximod-based chemo-immunotherapy for pediatric brain tumors: A first-in-children phase I trial 2024-02-02, Neuro-oncology IF:16.4Q1 DOI:10.1093/neuonc/noad174 PMID:37715730	研究论文	本研究评估了用于儿科脑肿瘤的indoximod联合化疗免疫疗法的I期临床试验	首次在儿童中评估indoximod作为IDO途径抑制剂的安全性和有效性	样本量较小，研究期限较短，且主要关注于特定类型的脑肿瘤	探讨indoximod在儿童复发性脑肿瘤中的疗效和安全性	针对复发性脑肿瘤或新诊断的弥漫性内在脑桥胶质瘤的儿童患者	数字病理学	儿科脑肿瘤	单细胞RNA测序	NA	血液样本	81名儿童患者
14708	2024-08-04	CTISL: a dynamic stacking multi-class classification approach for identifying cell types from single-cell RNA-seq data 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae063 PMID:38317054	研究论文	提出了一种动态堆叠多类分类方法CTISL，用于从单细胞RNA测序数据中识别细胞类型	CTISL结合了多种分类器，采用二层堆叠模型来提高细胞类型的识别准确性	该研究可能仍需在更多的细胞类型和数据集上进行验证以评估其广泛适用性	研究目标是开发一个更准确的计算模型，以从scRNA-seq数据集中识别细胞类型	研究对象为人类和小鼠的scRNA-seq数据集中的细胞类型	机器学习	NA	RNA-seq	堆叠模型	基因表达数据	涉及17个人类和小鼠scRNA-seq数据集的24个基准实验
14709	2024-08-04	scCancer2: data-driven in-depth annotations of the tumor microenvironment at single-level resolution 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae028 PMID:38243719	研究论文	本研究提出了一个数据驱动的框架，以深入注释肿瘤微环境中的细胞类型	开发了一个监督机器学习框架，能在新的数据集中计算地转移细胞子类型标签，并整合了空间转录组数据处理模块	研究中未使用内部机密参考细胞时的分类器表现有限	旨在提高对肿瘤微环境中细胞的准确注释，并改善恶性细胞的识别	使用来自15个单细胞RNA-seq数据集的细胞子类型注释共594个样本	数字病理学	NA	单细胞RNA测序 (scRNA-seq)	监督机器学习分类器	基因表达数据，空间转录组数据	594个样本（来自15个数据集）以及175个样本（来自10种癌症类型）
14710	2024-08-04	SpatialDDLS: an R package to deconvolute spatial transcriptomics data using neural networks 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae072 PMID:38366652	研究论文	本文介绍了SpatialDDLS，一个基于神经网络的算法，用于对空间转录组数据进行细胞类型解卷积	SpatialDDLS利用单细胞RNA测序数据来模拟混合转录组特征，并训练一个全连接神经网络以揭示每个点的细胞类型多样性	大多数现有平台无法达到单细胞分辨率，空间转录组技术在分辨率方面仍存在局限性	研究空间转录组数据的细胞类型解卷积	空间转录组数据中的细胞类型	数字病理学	NA	RNA测序	全连接神经网络	转录组数据	NA
14711	2024-08-05	Identifying Spatial Co-occurrence in Healthy and InflAmed tissues (ISCHIA) 2024-Feb, Molecular systems biology IF:8.5Q1 DOI:10.1038/s44320-023-00006-5 PMID:38225383	研究论文	该文章介绍了ISCHIA框架用于分析健康和炎症组织中细胞类型和转录物的空间共现。	提出了一种新的方法，通过分析转录组在条形码点上的空间关联，来重建细胞网络。	研究依赖于特定的空间转录组数据，可能不适用于其他类型的数据或不同的疾病背景。	研究空间转录组数据中细胞类型和转录物的共现关系。	应用ISCHIA框架于人类溃疡性结肠炎患者的Visium数据集。	数字病理学	肠道炎症	空间转录组学（ST）	NA	RNA序列	human ulcerative colitis patients的数据集
14712	2024-08-07	Scbean: a python library for single-cell multi-omics data analysis 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae053 PMID:38290765	研究论文	Scbean是一个用户友好的Python库，用于单细胞多组学数据分析	Scbean提供了一个统一的界面，用于处理单细胞数据中的维度降低、批次效应消除、细胞标签转移和空间变异基因识别等任务，并利用GPU加速提高处理大规模数据集的能力	NA	开发一个高效的计算工具，用于单细胞多组学数据的有效分析	单细胞多组学数据	生物信息学	NA	Python编程	NA	单细胞多组学数据	NA
14713	2024-08-07	AGImpute: imputation of scRNA-seq data based on a hybrid GAN with dropouts identification 2024-02-01, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae068 PMID:38317025	研究论文	本文提出了一种名为AGImpute的混合生成对抗网络，用于识别和填补单细胞RNA测序数据中的dropout事件	AGImpute通过动态阈值估计策略估计不同细胞中的dropout事件数量，并结合自编码器和生成对抗网络进行dropout事件的填补	NA	解决单细胞RNA测序数据分析中dropout事件带来的挑战	单细胞RNA测序数据中的dropout事件	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	生成对抗网络（GAN）	基因表达数据	两个模拟数据集和七个真实单细胞RNA测序数据集
14714	2024-08-07	Comprehensive profiling of cell subsets of gastric cancer and liver metastasis based on single cell RNA-sequencing analysis 2024-Jan-31, Translational cancer research IF:1.5Q4 DOI:10.21037/tcr-23-1532 PMID:38410212	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术对胃癌及其肝转移的细胞亚型进行全面分析	揭示了胃癌原发肿瘤和肝转移在基因表达上的差异及其对患者预后的影响	NA	通过单细胞RNA测序评估胃癌及其肝转移的细胞亚型，并理解其分子机制	胃癌及其肝转移的细胞亚型和分子机制	数字病理学	胃癌	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	使用了来自Gene Expression Omnibus (GEO)的GSE163558数据集
14715	2024-08-05	Mapping cancer biology in space: applications and perspectives on spatial omics for oncology 2024-01-30, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-024-01941-z PMID:38291400	研究论文	本文探讨了空间组学技术在肿瘤生物学中的应用和前景	提出了通过空间技术映射肿瘤异质性和微环境的新方法	缺乏针对特定模型应用空间技术的详细说明	研究空间组学在肿瘤学中的应用以解决肿瘤异质性等问题	聚焦于肿瘤及其微环境的空间特征	数字病理学	癌症	空间组学技术	NA	组织样本	NA
14716	2024-08-07	Identification of HSP90B1 in pan-cancer hallmarks to aid development of a potential therapeutic target 2024-01-20, Molecular cancer IF:27.7Q1 DOI:10.1186/s12943-023-01920-w PMID:38243263	研究论文	本研究通过多组学分析和队列验证，探讨了HSP90B1在泛癌中的动态表达，并全面评估其作为新型生物标志物的潜力，以助力精准癌症诊断和治疗的发展。	本研究首次全面评估HSP90B1作为癌症诊断和治疗的新型生物标志物，并发现其表达与多种癌症特征的相关性，包括免疫浸润、微卫星不稳定性、肿瘤突变负荷和肿瘤代谢等。	NA	探讨HSP90B1在泛癌中的表达及其作为潜在治疗靶点的可能性。	HSP90B1在泛癌中的表达及其与癌症发展和预后的关系。	数字病理学	NA	多组学分析、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个癌症类型的肿瘤样本
14717	2024-08-05	Assembling spatial clustering framework for heterogeneous spatial transcriptomics data with GRAPHDeep 2024-01-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae023 PMID:38243703	研究论文	本文提出了GRAPHDeep以组装异构空间转录组数据的空间聚类框架	提出了新的空间聚类方法并比较了现有算法的有效性，强调了基因或蛋白质数量在空间聚类算法中的重要性	需要进一步探索适当的图深度学习模块和图神经网络	研究空间转录组数据分析中的空间聚类问题	异构空间转录组数据	计算机视觉	NA	图神经网络	变分图自编码器	空间组学数据	NA
14718	2024-08-05	scMAE: a masked autoencoder for single-cell RNA-seq clustering 2024-01-02, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btae020 PMID:38230824	研究论文	提出了一种基于掩码自编码器的细胞聚类新方法scMAE	scMAE通过引入掩码预测器，捕捉基因之间的关系，从而增强了聚类性能	未提及具体的限制	旨在提高scRNA-seq数据分析中的细胞聚类效果	针对15个来自不同测序平台的scRNA-seq数据集进行细胞聚类	数字病理学	NA	RNA-seq	掩码自编码器	基因表达数据	15个scRNA-seq数据集
14719	2024-08-07	Ribogenesis boosts controlled by HEATR1-MYC interplay promote transition into brain tumour growth 2024-Jan, EMBO reports IF:6.5Q1 DOI:10.1038/s44319-023-00017-1 PMID:38225354	研究论文	本文揭示了脑肿瘤启动细胞（TICs）在向肿瘤生长过渡期间，通过HEATR1-MYC相互作用增强核糖体生物发生的过程。	首次提出脑TICs在肿瘤生长前增强核糖体生物发生，并揭示了HEATR1与MYC结合促进核糖体RNA生成和TIC扩大的机制。	NA	研究肿瘤启动细胞向肿瘤生长过渡的早期事件及其分子机制。	脑肿瘤启动细胞（TICs）及其在肿瘤生长过程中的分子调控。	数字病理学	脑肿瘤	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	使用果蝇神经干细胞模型进行研究
14720	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Revealed That the Enrichment of TPI1+ Malignant Hepatocytes Was Linked to HCC Metastasis and Immunosuppressive Microenvironment 2024, Journal of hepatocellular carcinoma IF:4.2Q2 DOI:10.2147/JHC.S453249 PMID:38410699	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术揭示了TPI1+恶性肝细胞在肝细胞癌（HCC）转移和免疫抑制微环境中的作用	首次发现TPI1+恶性肝细胞群与HCC转移和免疫抑制微环境的关联，为HCC免疫治疗提供了新的潜在生物标志物	研究样本量较小，仅基于10个HCC样本的数据，可能影响结果的普遍性	探讨HCC转移相关微环境中特定细胞群的作用	HCC组织及其邻近和正常组织样本中的恶性肝细胞	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	LASSO回归分析	基因表达数据	10个HCC样本