单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 14641 - 14660 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14641 | 2024-08-07 |
Multiplexed single-cell RNA-sequencing of mouse thymic and splenic samples
2021-Dec-20, STAR protocols
IF:1.3Q4
DOI:10.1016/j.xpro.2021.101041
PMID:36475567
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研究论文 | 本文利用多重单细胞RNA测序技术（scRNA-seq）研究小鼠胸腺和脾脏样本中的细胞表达 | 采用抗体标记的 hashtag 寡核苷酸（Ab-HTO）和10× Genomics技术进行样本多重标记，降低了scRNA-seq的成本并避免了批次效应 | NA | 研究小鼠胸腺和脾脏中T淋巴细胞的发育 | 小鼠胸腺和脾脏样本 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 多个小鼠胸腺和脾脏样本 |
| 14642 | 2024-08-07 |
Evaluation of some aspects in supervised cell type identification for single-cell RNA-seq: classifier, feature selection, and reference construction
2021-09-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-021-02480-2
PMID:34503564
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研究论文 | 本文系统评估了监督式细胞类型识别方法中的关键因素，包括特征选择、分类器选择和参考数据集构建 | 提出了使用多层感知器（MLP）作为分类器和F检验作为特征选择方法的建议，并建议合并所有可用数据集来构建参考数据集 | NA | 评估监督式细胞类型识别方法中的关键策略 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | 多层感知器（MLP） | RNA序列数据 | 涉及多个真实数据集，具体样本数量未详细说明 |
| 14643 | 2024-08-07 |
Normalization of single-cell RNA-seq counts by log(x + 1)† or log(1 + x)†
2021-Aug-09, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab085
PMID:33676365
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NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14644 | 2024-08-07 |
Joint cell segmentation and cell type annotation for spatial transcriptomics
2021-06, Molecular systems biology
IF:8.5Q1
DOI:10.15252/msb.202010108
PMID:34057817
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研究论文 | 本文开发了一种名为JSTA的计算框架，用于联合细胞分割和细胞类型注释，利用细胞类型特异性基因表达的先验知识，提高了空间转录组学中RNA分配的准确性 | JSTA框架通过利用现有的细胞类型分类，提高了RNA分配的准确性，并能够对细胞进行高度精细的分类 | NA | 提高空间转录组学中RNA分配的准确性，并揭示细胞类型的空间组织 | 小鼠海马区的细胞及其基因表达模式 | 空间转录组学 | NA | RNA杂交 | JSTA框架 | 图像 | 分析了80个候选基因，识别了63个具有统计学意义的空间差异基因表达的基因，涉及61个细胞亚型 |
| 14645 | 2024-08-07 |
Quantifying the effect of experimental perturbations at single-cell resolution
2021-05, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-020-00803-5
PMID:33558698
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研究论文 | 本文通过连续测量转录组空间中扰动效应，量化了单细胞水平上实验扰动的影响 | 开发了一种使用图信号处理估计每个细胞在各实验条件下相对似然性的方法，并提出了顶点频率聚类来提取受扰动影响的细胞群 | NA | 量化单细胞水平上实验扰动的影响 | 单细胞RNA测序数据集 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | 图信号处理 | 转录组数据 | 未具体说明 |
| 14646 | 2024-08-07 |
High-resolution single-cell transcriptomics reveals heterogeneity of self-renewing hair follicle stem cells
2021-04, Experimental dermatology
IF:3.5Q1
DOI:10.1111/exd.14262
PMID:33319418
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研究论文 | 本研究通过高分辨率单细胞RNA测序技术，揭示了自我更新阶段的毛囊干细胞的分子异质性 | 首次通过高分辨率单细胞RNA测序技术，详细分析了毛囊干细胞在自我更新阶段的转录组特征，揭示了不同亚群的分子标记和潜在功能 | 研究仅限于小鼠皮肤样本，未来研究需要扩展到其他物种以验证结果的普遍性 | 揭示毛囊干细胞在自我更新阶段的分子异质性 | 毛囊干细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 从小鼠皮肤中分离的CD34 /K14-H2BGFP标记的毛囊干细胞 |
| 14647 | 2024-08-07 |
Molecular classification of zebrafish retinal ganglion cells links genes to cell types to behavior
2021-02-17, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2020.12.003
PMID:33357413
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组学方法，对成年和幼年斑马鱼的视网膜神经节细胞（RGCs）进行了系统分类，并识别了超过30种成熟类型及其发育中间体的标记基因 | 本研究首次系统地分类了斑马鱼视网膜神经节细胞，并利用这些数据开发了转基因驱动线，实现了对特定RGC类型的实验操作 | NA | 研究旨在理解视网膜神经节细胞的多样性及其在视觉系统中的功能架构 | 斑马鱼的视网膜神经节细胞 | 生物学 | NA | 单细胞转录组学 | NA | 基因表达数据 | 成年和幼年斑马鱼 |
| 14648 | 2024-08-07 |
Lipid-mediated innate lymphoid cell recruitment and activation in aspirin-exacerbated respiratory disease
2021-02, Annals of allergy, asthma & immunology : official publication of the American College of Allergy, Asthma, & Immunology
DOI:10.1016/j.anai.2020.09.011
PMID:32950684
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研究论文 | 本文综述了脂质介导的2型先天淋巴细胞（ILC2s）招募和激活在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用 | 利用新一代单细胞测序方法和最近开发的AERD小鼠模型，未来研究将更好地定义脂质介导的ILC2在AERD患者中的迁移 | 关于脂质介导的ILC2激活在AERD中发生的证据尚不充分 | 探讨脂质介导的ILC2招募和激活在AERD中的作用 | 2型先天淋巴细胞（ILC2s）在阿司匹林加重性呼吸疾病（AERD）中的作用 | NA | 呼吸疾病 | 单细胞测序 | NA | 文本 | NA |
| 14649 | 2024-08-07 |
Harnessing Single-Cell RNA Sequencing to Better Understand How Diseased Cells Behave the Way They Do in Cardiovascular Disease
2021-02, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.120.314776
PMID:33327741
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在心血管疾病中对病变细胞行为理解的应用 | 利用单细胞RNA测序技术构建细胞图谱，发现新的细胞类型及其在心血管疾病中的作用 | NA | 深入理解心血管疾病中病变细胞的行为机制 | 心血管组织中的特定细胞类型及其在疾病中的变化 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |
| 14650 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics analysis of mild cognitive impairment in World Trade Center disaster responders
2021, Alzheimer's & dementia (Amsterdam, Netherlands)
DOI:10.1002/dad2.12154
PMID:33665344
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研究论文 | 本文通过单细胞转录组学分析，研究了世界贸易中心灾难响应者中轻度认知障碍的分子复杂性。 | 本文首次使用CITE-Seq技术在单细胞分辨率下对世界贸易中心响应者的血液进行转录组学分析，揭示了与轻度认知障碍相关的基因表达差异。 | 研究仅限于男性世界贸易中心响应者，且样本量相对较小。 | 通过基因表达谱分析，深入理解轻度认知障碍的分子机制。 | 世界贸易中心灾难响应者中的轻度认知障碍。 | 数字病理学 | 神经退行性疾病 | CITE-Seq | NA | 基因表达数据 | 40名男性世界贸易中心响应者，分为两组（发现组：9名MCI和9名对照；复制组：11名MCI和11名对照） |
| 14651 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics of human islet ontogeny defines the molecular basis of β-cell dedifferentiation in T2D
2020-12, Molecular metabolism
IF:7.0Q1
DOI:10.1016/j.molmet.2020.101057
PMID:32739450
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，详细描述了人类发育过程中α-和β-细胞的成熟过程，并比较了非糖尿病和2型糖尿病个体的胰岛细胞。 | 首次揭示了2型糖尿病患者胰岛β细胞的去分化现象及其分子基础。 | NA | 探讨2型糖尿病中胰岛β细胞去分化的分子机制。 | 人类胰岛细胞的成熟过程及2型糖尿病中的变化。 | 数字病理学 | 2型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 涉及非糖尿病和2型糖尿病个体的胰岛细胞样本 |
| 14652 | 2024-08-07 |
Sexually Dimorphic Crosstalk at the Maternal-Fetal Interface
2020-12-01, The Journal of clinical endocrinology and metabolism
DOI:10.1210/clinem/dgaa503
PMID:32772088
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研究论文 | 研究胎儿性别如何影响母胎界面的受体配体相互作用，并探讨其在早期胎盘形成中的作用 | 首次定义了早期胎盘形成阶段的性别二态性信号 | NA | 探究胎儿性别对母胎界面相互作用的影响 | 母胎界面的受体配体相互作用及早期胎盘形成 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-Seq） | NA | 转录组 | 晚期第一孕期（约10-13周）的胎盘（胎儿）和蜕膜（母体）样本 |
| 14653 | 2024-08-07 |
Integrative genomics approach identifies conserved transcriptomic networks in Alzheimer's disease
2020-10-10, Human molecular genetics
IF:3.1Q2
DOI:10.1093/hmg/ddaa182
PMID:32803238
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研究论文 | 本研究采用系统生物学元分析方法，结合多尺度数据集，分析了阿尔茨海默病（AD）的遗传结构，并识别了AD相关的转录组网络。 | 本研究通过整合多种数据类型，包括DNA甲基化、组蛋白乙酰化、转录组和全基因组关联研究等，识别了AD中未在正常衰老中改变的稳健转录组失调。 | NA | 进一步阐明阿尔茨海默病的遗传结构 | 阿尔茨海默病 | 数字病理学 | 阿尔茨海默病 | DNA甲基化、组蛋白乙酰化、转录组和全基因组关联研究 | 共表达网络分析 | 转录组数据、单细胞转录组数据 | 超过1200个人脑样本，27,321个来自人类死后前额叶皮质组织的细胞核 |
| 14654 | 2024-08-07 |
Single-cell deconstruction of post-sepsis skeletal muscle and adipose tissue microenvironments
2020-10, Journal of cachexia, sarcopenia and muscle
DOI:10.1002/jcsm.12596
PMID:32643301
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研究论文 | 本研究全面评估了实验性脓毒症诱导后肌肉和脂肪在单细胞分辨率下的转录变化 | 首次从组织微环境的角度全面评估了脓毒症后肌肉和脂肪的单细胞转录变化 | NA | 研究脓毒症后肌肉和脂肪组织的微环境变化 | 小鼠的骨骼肌和内脏白色脂肪组织 | 数字病理学 | 脓毒症 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达 | 骨骼肌1438个单细胞，脂肪组织2281个单细胞 |
| 14655 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing in cardiovascular development, disease and medicine
2020-08, Nature reviews. Cardiology
DOI:10.1038/s41569-020-0359-y
PMID:32231331
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术及其在心血管系统发育、疾病和精准医学中的应用 | scRNA-seq技术使得能够在前所未有的分辨率和通量下对单细胞转录组进行分析，促进了新细胞类型和罕见细胞类型的鉴定，以及健康和疾病相关组织在单细胞水平上的比较 | NA | 总结当前可用的scRNA-seq技术和分析工具，并讨论使用scRNA-seq的最新发现，这些发现显著提高了我们对心血管系统发育和心血管疾病机制的认识 | 心血管系统的发育、心血管疾病以及心血管精准医学 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组 | NA |
| 14656 | 2024-08-07 |
Alveolar wars: The rise of in vitro models to understand human lung alveolar maintenance, regeneration, and disease
2020-08, Stem cells translational medicine
IF:5.4Q1
DOI:10.1002/sctm.19-0433
PMID:32272001
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研究论文 | 本文讨论了利用体外模型，特别是单细胞RNA测序和人类肺泡类器官，来研究人类肺泡的维持、再生和疾病 | 文章介绍了通过单细胞RNA测序技术识别肺泡细胞的分子异质性和细胞多样性，以及从人类多能干细胞、胚胎祖细胞和成人组织中建立的肺泡类器官模型 | 文章指出了现有系统的局限性，并提出了可能的解决方案，如使用芯片上的类器官和精确切割的肺切片等 | 旨在深入理解人类肺泡干细胞/祖细胞的生物学特性，并探索未来对晚期肺疾病患者的治疗或药物干预 | 研究对象包括人类肺泡的维持、再生和疾病，特别是与肺泡细胞相关的疾病如特发性肺纤维化、慢性阻塞性肺病和支气管肺发育不良 | 数字病理学 | 肺疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 涉及从健康和疾病肺组织中提取的多种样本 |
| 14657 | 2024-08-07 |
Cell type-specific immune dysregulation in severely ill COVID-19 patients
2020-Jul-24, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2020.07.23.20161182
PMID:32743611
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研究论文 | 本研究使用单细胞RNA测序技术分析了COVID-19患者外周血单个核细胞的转录组，以揭示严重病例中的免疫失调反应 | 首次详细描述了COVID-19患者中ARDS相关的特定免疫缺陷和炎症反应 | 样本量较小，可能影响结果的普遍性 | 进一步阐明SARS-CoV-2感染导致严重临床过程的免疫失调反应 | COVID-19患者的免疫反应 | 数字病理学 | COVID-19 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 17名COVID-19患者，包括5名轻症患者、6名发展为ARDS的患者和6名从ARDS恢复的患者 |
| 14658 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics of alloreactive CD4+ T cells over time reveals divergent fates during gut graft-versus-host disease
2020-07-09, JCI insight
IF:6.3Q1
DOI:10.1172/jci.insight.137990
PMID:32484791
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组测序和计算建模，探讨了在小鼠模型中，供体树突细胞介导的GVHD加剧过程中，同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径 | 首次在单细胞水平上揭示了GVHD过程中同种异体反应性CD4+ T细胞的分化轨迹，包括一个意外的第二轨迹，表现为低增殖、低细胞因子表达、高tcf7表达和较高的静息状态 | 研究基于小鼠模型，其结果在人类患者中的适用性需要进一步验证 | 探讨同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径及其在GVHD过程中的作用 | 同种异体反应性CD4+ T细胞在肠道GVHD中的分化途径 | 单细胞测序 | GVHD | scRNA-Seq | 计算模型 | 转录组数据 | 小鼠模型中的CD4+ T细胞样本 |
| 14659 | 2024-08-07 |
Joint single cell DNA-seq and RNA-seq of gastric cancer cell lines reveals rules of in vitro evolution
2020-Jun, NAR genomics and bioinformatics
IF:4.0Q1
DOI:10.1093/nargab/lqaa016
PMID:32215369
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研究论文 | 本研究通过单细胞DNA测序和RNA测序技术，分析了九种胃癌细胞系的细胞多样性，并揭示了体外进化的规律 | 首次量化了细胞系中共存的克隆数量及其特征，并通过单细胞RNA测序独立验证了单细胞DNA分析的克隆结构 | NA | 探究胃癌细胞系中的细胞多样性及其对实验重复性的影响 | 九种胃癌细胞系 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞DNA测序，单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据，转录组数据 | 8824个细胞的基因组，超过28000个单细胞的转录组 |
| 14660 | 2024-08-07 |
Mechanisms of Fibrosis Development in Nonalcoholic Steatohepatitis
2020-05, Gastroenterology
IF:25.7Q1
DOI:10.1053/j.gastro.2019.11.311
PMID:32044315
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综述 | 本文综述了非酒精性脂肪肝病如何进展为非酒精性脂肪性肝炎（NASH）并导致肝纤维化的机制，重点探讨了肝细胞、巨噬细胞和肝星状细胞之间的相互作用及其对纤维化发展的影响。 | 讨论了通过单细胞RNA测序揭示的肝星状细胞和巨噬细胞的异质性，以及这些发现对治疗干预的潜在影响。 | NA | 探讨非酒精性脂肪性肝炎中肝纤维化的发生机制及其治疗干预的可能性。 | 非酒精性脂肪性肝炎（NASH）中的肝纤维化机制。 | NA | 肝病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | NA |