单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14601	2024-08-07	Single-cell profiling of long noncoding RNAs and their cell lineage commitment roles via RNA-DNA-DNA triplex formation in mammary epithelium 2020-Sep-15, Stem cells (Dayton, Ohio) DOI:10.1002/stem.3274 PMID:32930441	研究论文	本研究利用高吞吐量的单细胞RNA测序数据，探讨了长非编码RNA（lncRNAs）在乳腺上皮细胞中的表达模式及其在细胞谱系承诺中的作用，通过lncRNA-DNA-DNA三链结构的形成进行功能验证。	首次通过单细胞RNA测序数据全面注释乳腺上皮细胞中的lncRNAs表达，并揭示了lncRNAs通过形成三链结构调控下游谱系特异性标记基因的机制。	研究仅以lncRNA-Carmn为例进行验证，可能需要进一步的研究来验证其他lncRNAs在细胞谱系承诺中的作用。	探讨lncRNAs在乳腺上皮细胞中的表达模式及其在细胞谱系承诺中的作用。	乳腺上皮细胞中的长非编码RNA（lncRNAs）及其在细胞谱系承诺中的作用。	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	具体样本数量未在摘要中提及
14602	2024-08-04	Combining Global-Constrained Concept Factorization and a Regularized Gaussian Graphical Model for Clustering Single-Cell RNA-seq Data 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00587-7 PMID:37815679	研究论文	本文提出了一种新颖的计算方法GCFG，用于聚类单细胞RNA测序数据	该方法考虑了全局和局部信息，通过概念分解和正则化高斯图模型相结合来增强聚类性能	虽然GCFG在多个数据集上表现出色，但仍需在更多应用场景中验证其有效性	旨在提高单细胞RNA-seq数据聚类的准确性和可用性	研究对象为单细胞RNA测序数据集	机器学习	NA	RNA-seq	正则化高斯图模型	基因组数据	14个真实的单细胞RNA-seq数据集
14603	2024-08-07	Comprehensive scRNA-seq Model Reveals Artery Endothelial Cell Heterogeneity and Metabolic Preference in Human Vascular Disease 2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-023-00591-x PMID:37976024	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术，结合深度学习算法，分析了人类血管疾病中的动脉内皮细胞异质性和代谢偏好	本研究开发了一种基于细胞聚类的基因集评分系统，有助于识别血管疾病发展的相对阶段，并使用图形神经网络模型估计代谢偏好模式	NA	揭示血管疾病中内皮细胞的变化，为临床治疗提供新靶点	人类血管疾病中的动脉内皮细胞	数字病理学	血管疾病	单细胞RNA测序	图形神经网络	scRNA-seq数据	多个类型的人类血管疾病数据集
14604	2024-08-04	Integrating single-cell and bulk expression data to identify and analyze cancer prognosis-related genes 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25640 PMID:38379985	研究论文	本研究整合了单细胞和批量表达数据，以识别和分析与癌症预后相关的基因	该研究结合单细胞测序技术和批量表达分析，提高了对癌症预后相关生物标志物的识别能力	研究主要集中在乳腺癌和肺癌，对于其他类型癌症的适用性需要进一步验证	探讨利用单细胞和批量表达数据构建癌症预后模型的可能性	乳腺癌和肺癌的相关基因及其表达模式	数字病理学	乳腺癌, 肺癌	单细胞测序	Cox回归分析	基因表达数据	涉及多个乳腺癌和正常组织的样本
14605	2024-08-04	Signature construction and molecular subtype identification based on liver-specific genes for prediction of prognosis, immune activity, and anti-cancer drug sensitivity in hepatocellular carcinoma 2024-Feb-19, Cancer cell international IF:5.3Q1 DOI:10.1186/s12935-024-03242-3 PMID:38374122	研究论文	文章探讨了基于肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类及其预后、免疫活性和抗癌药物敏感性的预测	提出了肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类和五基因预后模型，提供了个性化治疗的新线索	样本数量及其来源可能限制了结果的普遍性	研究肝特异性基因在肝细胞癌中的作用和分类	研究对象为肝细胞癌患者的RNA测序数据及相应细胞系	数字病理学	肝癌	RNA测序	LASSO回归模型	基因表达数据	从TCGA、ICGC和GEO数据库获取的HCC样本
14606	2024-08-07	Deconvolution at the single-cell level reveals ovarian cell-type-specific transcriptomic changes in PCOS 2024-Feb-19, Reproductive biology and endocrinology : RB&E IF:4.2Q1 DOI:10.1186/s12958-024-01195-w PMID:38373962	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据对多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型特异性转录组变化进行了解卷积分析	首次使用单细胞RNA测序数据对PCOS中的卵巢细胞类型进行解卷积分析，揭示了细胞类型特异性的转录组变化	研究仅基于30个样本（15个对照 vs 15个PCOS），样本量相对较小	探究PCOS中卵巢组织的分子改变和细胞组成	多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型	数字病理学	生殖内分泌疾病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	30个样本（15个对照 vs 15个PCOS）
14607	2024-08-04	The cycling and aging mouse female reproductive tract at single-cell resolution 2024-Feb-15, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2024.01.021 PMID:38325365	研究论文	本研究系统性地表征了小鼠女性生殖道在生殖周期、妊娠和衰老过程中的形态学和基因表达变化	通过单细胞和空间转录组学分析，首次揭示了成纤维细胞在生殖道重塑中的中心和器官特异性角色	未提及具体的样本量和实验限制	探究生殖周期和衰老如何影响女性生殖道的重塑	小鼠的卵巢、输卵管、子宫、宫颈和阴道	数字病理学	NA	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	NA	NA
14608	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing to understand host-virus interactions 2024-Feb, Virologica Sinica IF:4.3Q2 DOI:10.1016/j.virs.2023.11.009 PMID:38008383	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析宿主与病毒相互作用中的应用及其优缺点	scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用	NA	深入探讨scRNA-seq在病毒学研究中的应用，以更好地理解致病机制并发现更有效的治疗策略	宿主与病毒的相互作用及免疫图谱	数字病理学	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录本	NA
14609	2024-08-07	Genome-wide DNA methylation of lesional and peri-lesional skin in vitiligo: a comparative and integrated analysis of multi-omics in Chinese population 2024-Feb, Human genetics IF:3.8Q2 DOI:10.1007/s00439-023-02630-5 PMID:38182908	研究论文	本研究通过比较和整合分析中国人群中白癜风病变和周围皮肤的全基因组DNA甲基化情况	首次报道了临床白癜风及其周围皮肤的综合DNA甲基化图谱	NA	研究白癜风病变和周围皮肤的DNA甲基化特征，并整合转录组数据以识别差异甲基化和表达基因	白癜风患者的病变皮肤、周围皮肤和健康皮肤样本	数字病理学	白癜风	Illumina 850K甲基化芯片	NA	DNA甲基化数据和转录组数据	6个病变皮肤样本，6个周围皮肤样本，8个健康皮肤样本
14610	2024-08-07	Unraveling T cell exhaustion in the immune microenvironment of osteosarcoma via single-cell RNA transcriptome 2024-Jan-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII DOI:10.1007/s00262-023-03585-2 PMID:38280005	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序数据分析了骨肉瘤中的T细胞耗竭现象，并构建了预测模型以评估其对患者预后的影响	首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了骨肉瘤中T细胞耗竭的分子特征及其在肿瘤免疫微环境中的作用	NA	探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫微环境中的作用及其对疾病进展的影响	骨肉瘤中的T细胞耗竭现象及其相关基因表达	数字病理学	骨肉瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	未具体说明样本数量
14611	2024-08-04	Joint L2,p-norm and random walk graph constrained PCA for single-cell RNA-seq data 2024 Jan-Mar, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering IF:1.7Q3 DOI:10.1080/10255842.2023.2188106 PMID:36912759	研究论文	本文提出了一种称为RWPPCA的新方法用于改善单细胞RNA测序数据的细胞类型识别	RWPPCA结合了随机游走算法和图正则化，以更精确地确定数据点之间的局部几何关系，并引入-Lp范数使主成分更稀疏，提升了解释性	传统PCA在挖掘数据的非线性流形结构时存在缺陷，可能会受主成分过密的影响	提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别的有效性	单细胞RNA测序数据	数字病理学	NA	RNA-seq	NA	高维数据	模拟数据和单细胞RNA测序数据的多个样本
14612	2024-08-04	Multi-omics and single-cell sequencing analyses reveal the potential significance of circadian pathways in cancer therapy 2024 Jan-Feb, Expert review of molecular diagnostics IF:3.9Q1 DOI:10.1080/14737159.2023.2296668 PMID:38288973	研究论文	该研究探讨了生物钟通路在癌症治疗中的潜在重要性	首次全面分析了癌症中的生物钟相关基因及其在肿瘤微环境中的作用	该研究仅使用了TCGA数据库的数据，可能无法涵盖所有相关表型和样本	探索生物钟相关基因在泛癌症中的影响	研究多个不同类型肿瘤中的生物钟相关基因表达及其对免疫微环境的影响	数字病理学	肿瘤	单细胞测序, 免疫组织化学	NA	基因组数据	使用TCGA数据库的多种癌症相关数据，包括多个肿瘤类型的样本
14613	2024-08-04	Association of peripheral B cells and delirium: combined single-cell sequencing and Mendelian randomization analysis 2024, Frontiers in neurology IF:2.7Q3 DOI:10.3389/fneur.2024.1343726 PMID:38379709	研究论文	本研究探讨了外周B细胞与谵妄的关联，分析了炎症压力下的免疫细胞亚群变化。	首次结合单细胞测序和孟德尔随机化法来探究外周免疫细胞与谵妄的因果关系	本研究的结果可能受到样本量和遗传数据的限制	研究外周免疫细胞亚群在炎症应激情况下的变化及其与谵妄的因果关联	人类外周血单核细胞(PBMC)及其亚群	数字病理学	谵妄	单细胞转录组测序	NA	基因型数据、单细胞转录组数据	70个与PBMC相关的免疫性状
14614	2024-08-04	Selective inhibition of DNA ligase IV provides additional efficacy to the treatment of anaplastic thyroid cancer 2024, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2024.1323313 PMID:38380364	研究论文	本研究探讨了选择性抑制DNA连接酶IV对治疗未分化甲状腺癌的额外疗效	本研究首次显示了DNA连接酶IV抑制剂与DNA损伤剂联合应用对未分化甲状腺癌的治疗潜力	样本量和模型的应用限制了研究结果的广泛适用性	探讨选择性抑制DNA连接酶IV对未分化甲状腺癌治疗的影响	未分化甲状腺癌细胞系（C643和Hth74）及甲状腺癌不同亚型患者的单细胞转录组数据	数字病理学	未分化甲状腺癌	单细胞RNA测序，DNA损伤响应监测	NA	RNA测序数据，细胞培养实验结果	多个不同亚型甲状腺癌患者的单细胞数据，使用小鼠异种移植模型进行实验
14615	2024-08-07	Distinct Transcriptional Profiles in the Different Phenotypes of Neurofibroma from the Same Subject with Neurofibromatosis 1 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.03.1688 PMID:37301319	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，探讨了同一患者中皮肤神经纤维瘤（cNF）和丛状神经纤维瘤（pNF）的转录特征和微环境差异	首次揭示了同一患者中cNF和pNF具有不同的转录特征，pNF中富含具有恶性特征的施万细胞和癌症相关成纤维细胞样表型的成纤维细胞，而cNF中富含带有组织驻留标记的CD8 T细胞	研究样本数量有限，仅包括来自不同患者的六例cNF和五例pNF	探讨神经纤维瘤病1中不同表型的转录特征和微环境差异	皮肤神经纤维瘤（cNF）和丛状神经纤维瘤（pNF）的细胞类型和转录特征	数字病理学	神经纤维瘤病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	六例cNF和五例pNF样本
14616	2024-08-07	ΔNp63 Regulates Homeostasis, Stemness, and Suppression of Inflammation in the Adult Epidermis 2024-01, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2023.07.005 PMID:37543242	研究论文	本研究探讨了ΔNp63在成年表皮中的作用，发现其缺失会导致角质形成细胞增殖和自我维持受损，并触发类似银屑病的炎症反应	首次揭示了ΔNp63在成年表皮中调控稳态、干细胞特性及抑制炎症的关键作用	研究主要集中在ΔNp63的急性遗传消融对成年表皮的影响，未涉及长期或慢性消融的效应	探究ΔNp63在成年表皮中的功能及其对表皮稳态、干细胞特性和炎症抑制的调控机制	ΔNp63在成年表皮中的作用及其对角质形成细胞增殖、自我维持和炎症反应的影响	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14617	2024-08-04	Single-Cell Sequencing of Lung Macrophages and Monocytes Reveals Novel Therapeutic Targets in COPD 2023-12-05, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells12242771 PMID:38132091	研究论文	本研究确定了COPD患者肺部巨噬细胞和单核细胞的特征，并识别了新型治疗靶点	首次明确了COPD患者肺部巨噬细胞和单核细胞的转录特征，为寻找新的治疗靶点提供了依据	样本量相对较小，可能限制了研究结果的广泛适用性	探索COPD患者肺部巨噬细胞和单核细胞在炎症过程中的作用	COPD患者和对照组人类肺组织中的巨噬细胞和单核细胞	数字病理学	慢性阻塞性肺疾病 (COPD)	RNA测序	NA	转录组数据	COPD患者18个样本和对照组28个样本
14618	2024-08-07	Pooled Genome-Scale CRISPR Screens in Single Cells 2023-11-27, Annual review of genetics IF:8.7Q1 DOI:10.1146/annurev-genet-072920-013842 PMID:37562410	review	本文综述了单细胞水平上基于CRISPR的基因筛选技术的原理和实际考虑	介绍了利用CRISPR-Cas技术在单细胞中进行基因功能调控和表达控制的创新方法	NA	探讨基因功能分配和表达控制的基础，以及其在细胞生物学和治疗开发中的应用	基因功能和表达控制	基因编辑	NA	CRISPR-Cas	NA	RNA sequencing, 细胞图像	NA
14619	2024-08-07	IL-11 induces NLRP3 inflammasome activation in monocytes and inflammatory cell migration to the central nervous system 2023-06-27, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America IF:9.4Q1 DOI:10.1073/pnas.2221007120 PMID:37339207	研究论文	本研究探讨了IL-11诱导的炎症细胞向中枢神经系统迁移的机制	首次报道IL-11在复发缓解型多发性硬化症患者中增加，并通过αIL-11 mAb治疗减少炎症和脱髓鞘	NA	研究IL-11诱导的炎症细胞向中枢神经系统迁移的机制	IL-11在复发缓解型多发性硬化症患者中的作用及其治疗潜力	NA	多发性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括复发缓解型多发性硬化症患者和健康对照者的外周血单个核细胞及脑脊液细胞
14620	2024-08-04	Characterization of the Doublesex/MAB-3 transcription factor DMD-9 in Caenorhabditis elegans 2023-02-09, G3 (Bethesda, Md.) DOI:10.1093/g3journal/jkac305 PMID:36454093	研究论文	本文对秀丽隐杆线虫中的DMD-9转录因子的表达模式和功能进行了表征	识别了DMD-9在神经元中的细胞特异性调控及其可能的性别二态性角色	在dmd-9突变体中未能观察到DMD-9表达神经元介导的行为缺陷	研究DMD-9在秀丽隐杆线虫中的表达模式及其作用	主要研究对象为秀丽隐杆线虫的DMD-9转录因子和相关神经元	NA	NA	单细胞转录组学	NA	RNA表达数据	22种神经细胞命运报告基因