本数据库通过收集和整理最新科研文献信息而得,供了解领域前沿进展之用。数据源自 PubMed Data ,每日自动更新(使用关键词“['single-cell sequencing', 'single-cell RNA sequencing', 'single-cell transcriptomics', 'single-cell RNA-seq', 'single-cell transcriptome', 'scRNA-seq', 'spatial transcriptomics']”过滤),已收录文献数量参见 统计表格。表格内容由 GPT 自动整理,可能存在错误或遗漏,请使用时务必注意核实!
如有建议或合作意向,欢迎联系 linlin.yan(AT)bioinfo.app 或 微信 yanlinlin82。本项目遵循 MIT 许可 发布,欢迎下载 源码 自行修改使用。如觉得不错,还请不吝 给我打赏,你的支持是我继续创新的重要动力!


除通过在线浏览外,为方便用户离线查阅,本站也提供 付费下载(定价19.9元)。之所以考虑收费,是因为批量扫描这些文献并整理也是有一定成本的,还请理解并多多支持。本站数据会持续更新,而仅需一次付费,未来就可以随时重新下载到最新版本数据。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1441 | 2026-05-23 |
Single-cell transcriptomics reveal alveolar macrophage-specific responses in single-hit ozone exposure model in mice
2026-04-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00235.2025
PMID:41481288
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学分析臭氧暴露小鼠肺泡巨噬细胞的浓度依赖性反应 | 首次在单细胞分辨率下揭示肺泡巨噬细胞对不同浓度臭氧暴露的转录组变化和功能调节 | 信息不足,未提及 | 探究肺泡巨噬细胞在臭氧暴露下的浓度依赖性反应机制 | 成年雄性C57BL/6J小鼠的肺泡巨噬细胞 | NA | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞转录组数据 | 成年雄性C57BL/6J小鼠,具体数量未提供 | NA | 单细胞RNA-seq | NA | NA |
| 1442 | 2026-05-23 |
Genetic and chemical correction of cystic fibrosis reduces airway susceptibility to SARS-CoV-2
2026-04-01, American journal of physiology. Lung cellular and molecular physiology
DOI:10.1152/ajplung.00223.2025
PMID:41556834
|
研究论文 | 本研究利用iPSC来源的气道上皮模型,探索CFTR调节剂ETI对SARS-CoV-2感染和炎症的保护作用 | 首次揭示CFTR调节剂ETI不仅对囊性纤维化(CF)患者气道有保护作用,对非CF气道同样有效,并通过单细胞RNA测序阐明其增强I型干扰素信号和抗病毒基因表达的机制 | NA | 探究CFTR遗传和化学修正如何降低气道对SARS-CoV-2的易感性 | 诱导多能干细胞(iPSC)来源的囊性纤维化气道上皮模型及其等基因CFTR修正细胞 | 机器学习 | 囊性纤维化 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 未明确提及 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 单细胞RNA测序平台 |
| 1443 | 2026-05-23 |
Generative cerebral vasculature visualization using spatial transcriptomic data
2026-Mar-31, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-46455-4
PMID:41917199
|
研究论文 | 利用空间转录组数据和生成式AI模型Tera-MIND预测并可视化脑部血管结构 | 首次利用空间转录组数据和生成式AI模型(Tera-MIND)从基因共表达模式预测脑部血管空间组织,无需额外组织处理 | NA | 预测脑部血管的空间组织,探索生成式AI在生物结构模拟中的应用潜力 | 小鼠大脑中的血管网络结构 | 计算机视觉 | NA | 空间转录组学 | 扩散模型(Diffusion model) | 空间转录组数据 | NA | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1444 | 2026-05-23 |
Risk assessment of secondary primary malignancies: results from two large prospective European cohorts
2026-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01380-7
PMID:41888349
|
研究论文 | 利用两个大型欧洲前瞻性队列数据进行孟德尔随机化分析,评估原发肿瘤与继发性恶性肿瘤之间的因果关系 | 首次系统验证原发肿瘤与继发性恶性肿瘤的因果关系,并使用单细胞测序分析揭示PLK1癌症干细胞可能是驱动因素 | 研究仅基于欧洲人群,可能限制结果的普遍性;此外,因果关系的机制尚未完全阐明 | 评估原发肿瘤与继发性恶性肿瘤之间的因果关联,为癌症幸存者的随访策略优化提供证据 | 来自UK Biobank(31种癌症类型)和FinnGen(28种癌症类型)的欧洲人群数据 | 机器学习 | 胃癌,食管癌,直肠癌 | NGS,单细胞测序 | 孟德尔随机化模型 | 基因组数据,临床数据 | 两个队列包含31种和28种癌症类型,具体样本量未详细说明 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1445 | 2026-05-23 |
HarveST uses a heterogeneous graph learning framework to reveal spatial transcriptomics patterns
2026-Mar-27, Communications biology
IF:5.2Q1
DOI:10.1038/s42003-026-09841-2
PMID:41896336
|
研究论文 | 提出了一个基于异构图的框架HarveST,用于整合空间、转录组和基因-基因相互作用数据,以识别空间域和标记基因 | 首次将异构图学习框架应用于空间转录组学,结合自监督学习和部分监督细化双重训练策略,并引入随机游走重启算法识别空间域特异性的空间可变基因 | 暂未在标题和摘要中提及具体限制 | 开发一种能够精确识别空间域和标记基因的计算方法,以解决空间转录组学中的主要挑战 | 人类皮层组织、小鼠嗅球及肿瘤微环境中的空间转录组数据 | 机器学习 | NA | 空间转录组学 | 异构图学习框架 | 空间转录组数据 | 涵盖人类皮层组织、小鼠嗅球和肿瘤微环境样本 | NA | 空间转录组学 | NA | NA |
| 1446 | 2026-05-23 |
AI-driven body composition atlas reveals its association with NSCLC immunotherapy outcome and molecular background: a multicenter study
2026-Mar-27, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01382-5
PMID:41896593
|
研究论文 | 本研究通过整合八个独立队列,利用深度学习算法从CT图像中自动提取92项身体成分参数,揭示了其与非小细胞肺癌免疫治疗结局及分子背景的关联 | 首次全面分析多维身体成分与NSCLC免疫治疗结局的关联,并揭示性别差异和不同脂肪分布区域对免疫微环境的影响 | 未明确指出具体局限性 | 探究多维身体成分与NSCLC免疫治疗预后及分子机制的关联 | 非小细胞肺癌患者 | 计算机视觉 | 肺癌 | 深度学习、RNA-seq、单细胞RNA-seq | 深度学习算法 | CT影像 | 2,132例非小细胞肺癌患者(8个独立队列) | NA | 单细胞RNA-seq、批量RNA-seq | NA | NA |
| 1447 | 2026-05-23 |
Multi-omics integration reveals ANXA6-high γδ T cell-endothelial communication as a potential link between periodontitis and MASLD
2026-Mar-25, NPJ systems biology and applications
IF:3.5Q1
DOI:10.1038/s41540-026-00690-7
PMID:41876560
|
研究论文 | 通过整合多组学策略揭示ANXA6高表达γδ T细胞与内皮细胞的通讯可能是牙周炎和代谢功能障碍相关脂肪性肝病共病的潜在联系 | 首次将ANXA6高表达γδ T细胞与内皮细胞的免疫-血管相互作用作为两种炎症性疾病共病的共同免疫特征,并整合多种组学数据(包括空间转录组和单细胞分析)进行系统性验证 | 具体局限性未在摘要中明确说明,可能需要进一步实验验证跨疾病共病的分子机制 | 探索牙周炎与代谢功能障碍相关脂肪性肝病共病的分子基础,并发现潜在的治疗靶点 | 牙周炎和代谢功能障碍相关脂肪性肝病共病患者的相关组织(如牙龈和肝脏)样本 | 机器学习 | 牙周炎, 代谢功能障碍相关脂肪性肝病 | RNA-seq, 空间转录组学, 单细胞测序 | 加权基因共表达网络分析, 机器学习模型 | 基因表达数据, 空间转录组数据, 单细胞数据 | NA | NA | 空间转录组学, 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1448 | 2026-05-23 |
CD8+ T cells sustain vaccination-induced immunity against dissemination of contained tuberculosis in immunosuppressed hosts
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70911-4
PMID:41876499
|
研究论文 | 在免疫抑制宿主中,CD8+ T细胞维持疫苗接种诱导的免疫反应,阻止结核分枝杆菌从局限的淋巴感染中扩散 | 首次揭示在CD4 T细胞缺失的情况下,CD8 T细胞能介导BCG疫苗接种诱导的保护作用,阻止结核分枝杆菌的扩散,并利用多参数成像、空间转录组和网络分析阐明了免疫抑制下非CD4免疫细胞的重定位机制 | 研究主要基于小鼠模型,尚未在人体验证;B细胞在CD4 T细胞缺失时对遏制结核的作用虽被排除,但其他免疫细胞类型的作用仍需进一步探索 | 探究在免疫抑制条件下维持潜伏结核感染(LTBI)遏制状态的免疫学相关因素 | 小鼠模型中局限的淋巴结核分枝杆菌感染及其在免疫抑制下的扩散 | 机器学习 | 结核病 | 空间转录组学 | NA | 图像、转录组数据 | 使用小鼠模型,包括免疫细胞缺陷小鼠、细胞耗竭和过继转移实验,具体样本数量未明确 | 10x Genomics | 空间转录组学 | 10x Visium | 10x Visium空间基因表达平台 |
| 1449 | 2026-05-23 |
IgA autoantibodies promote inflammation, Th17 polarization and fibrotic responses in hidradenitis suppurativa
2026-Mar-24, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-026-70883-5
PMID:41876535
|
研究论文 | 本文研究了IgA自身抗体在化脓性汗腺炎中促进炎症、Th17极化和纤维化反应的作用 | 首次系统揭示了IgA自身抗体通过巨噬细胞、中性粒细胞胞外陷阱和T细胞多重机制驱动HS慢性炎症和纤维化的致病网络 | 主要基于体外实验和临床样本关联分析,缺乏体内动物模型验证因果机制 | 阐明IgA自身抗体在化脓性汗腺炎发病机制中的致病作用 | 化脓性汗腺炎患者的皮肤病变组织、血清及免疫细胞 | 数字病理学 | 化脓性汗腺炎 | 单细胞RNA测序, qPCR, 免疫荧光, 蛋白质印迹 | NA | 基因表达数据, 图像 | HS患者皮肤病变样本(具体数量未在摘要中说明) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1450 | 2026-05-23 |
Cellular landscape and diagnostic value of TROP2 in cerebrospinal fluid of lung adenocarcinoma leptomeningeal metastases
2026-Mar-24, NPJ precision oncology
IF:6.8Q1
DOI:10.1038/s41698-026-01379-0
PMID:41876785
|
研究论文 | 利用单细胞RNA测序描绘肺腺癌软脑膜转移患者脑脊液的细胞图谱并评估TROP2的诊断价值 | 首次系统描绘肺腺癌软脑膜转移脑脊液的单细胞转录组图谱,发现促肿瘤LGMN-SELENOP巨噬细胞和增殖性循环肿瘤细胞,并揭示NECTIN2_TIGIT和CD47_SIRPA免疫抑制轴,以及TROP2作为诊断生物标志物的潜力 | 样本量有限(仅6例患者),且结果需在更大队列中验证 | 研究肺腺癌软脑膜转移脑脊液的细胞特征并寻找诊断生物标志物 | 6例肺腺癌软脑膜转移患者脑脊液样本 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6例肺腺癌软脑膜转移患者的脑脊液样本 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium单细胞3'测序 |
| 1451 | 2026-05-23 |
RelA Signaling in Scgb1a1+ Progenitors Mediates Lower Airway Epithelial Atypia in RSV-Induced Post-Viral Lung Disease
2026-Mar-21, International journal of molecular sciences
IF:4.9Q2
DOI:10.3390/ijms27062864
PMID:41898720
|
研究论文 | 本研究探讨RSV感染后慢性肺部疾病中Scgb1a1+祖细胞的RelA信号通路如何诱导下气道上皮异型 | 首次揭示RSV后病毒性肺病中Scgb1a1+祖细胞通过RelA信号调控上皮-间质微环境,驱动非典型肺泡2型细胞(aAT2)形成及ANGPTL4信号失调 | 主要基于小鼠模型,需进一步验证在人类RSV感染相关慢性肺病中的适用性 | 解析RSV感染后慢性气道疾病中先天免疫信号在呼吸道上皮祖细胞中的作用机制 | Scgb1a1+祖细胞、非典型肺泡2型细胞(aAT2)、PDGFRβ间质细胞 | 机器学习 | 呼吸道合胞病毒感染后肺病 | 单细胞RNA测序、谱系追踪、条件性基因敲除 | NA | 单细胞转录组数据、蛋白质表达数据 | RSV后病毒性肺病小鼠模型,含RelA条件敲除组和对照组 | 10x Genomics | 单细胞RNA测序 | 10x Chromium | 10x Chromium Single Cell 3' |
| 1452 | 2026-05-23 |
UniST: A Unified Computational Framework for 3D Spatial Transcriptomics Reconstruction
2026-Mar-16, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2026.03.12.711362
PMID:41889901
|
研究论文 | 提出UniST,一个统一生成式人工智能框架,用于从稀疏连续切片计算重建致密连续的三维空间转录组景观 | 将核点卷积与交叉注意力层、光流连续切片重建和隐式神经表达图自编码器三重模块整合,实现无需改变实验技术的端到端3D空间转录组重建 | 仍依赖稀疏切片数据;框架在极端组织缺失情况下的鲁棒性及不同平台间通用性的系统验证尚存局限 | 开发一种通用计算框架,从稀疏连续切片重建致密连续的三维空间转录组,以解决组织三维重建中的数据稀疏性和异质性问题 | 小鼠胚胎数据集及两种人类癌症组织(含肿瘤-免疫边界和三级淋巴结构) | 机器学习和数字病理学 | 癌症 | 空间转录组学 | 核点卷积网络、交叉注意力机制、光流插值、隐式神经表达图自编码器 | 基因表达和空间坐标数据 | 小鼠胚胎(未明切片数)及2例人类癌症组织 | NA | 空间转录组学(多种平台) | NA | NA |
| 1453 | 2026-02-28 |
Integrative analysis of single-cell RNA sequencing, bulk RNA sequencing, and proteomic data identified NOTCH3 as a hub gene contributing to human intervertebral disc fibrosis
2026-Feb-26, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-026-40696-z
PMID:41748750
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1454 | 2026-05-23 |
Aging-associated differences in mammary tumor-initiating populations and immune evasion pathways in breast cancer
2026-Feb-24, Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America
IF:9.4Q1
DOI:10.1073/pnas.2523254123
PMID:41719331
|
研究论文 | 该论文利用NMU诱导的大鼠乳腺肿瘤模型,结合多种组学技术揭示了衰老对乳腺癌起始细胞群体和免疫逃逸通路的影响 | 首次通过整合转录组、外显子组和病理分析,系统阐明了衰老如何通过影响肿瘤起始细胞和染色体不稳定性驱动的抗原呈递缺陷促进免疫逃逸 | NA | 解析衰老影响乳腺癌发展、分子表型和免疫逃逸的机制 | NMU诱导的大鼠乳腺肿瘤模型和人类乳腺癌样本 | 机器学习 | 乳腺癌 | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全外显子测序, 组织病理分析 | NA | 基因表达数据, 外显子序列数据, 组织病理图像 | NMU处理的大鼠乳腺肿瘤模型(具体样本量未提供)和人类乳腺癌队列 | Illumina | 批量RNA-seq, 单细胞RNA-seq, 全外显子测序 | Illumina NovaSeq | NA |
| 1455 | 2026-05-23 |
Modulating Bacteroides to boost anti-PD-1 immunotherapy in HCC
2026-Feb-17, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013755
PMID:41702649
|
研究论文 | 通过调节肠道菌群中的拟杆菌属,增强抗PD-1免疫疗法在肝细胞癌中的疗效 | 发现了B.th通过KLF2/TLR9信号通路重编程树突状细胞增强抗PD-1免疫疗法疗效的新机制,并提出了基于菌群调节的免疫治疗优化策略 | 尚未完全阐明参与该过程的其他菌种和分子机制,临床转化需进一步验证 | 探究肠道微生物组对肝细胞癌抗PD-1免疫治疗应答的调控机制及潜在临床应用 | 肝细胞癌患者及小鼠模型中的肠道菌群、树突状细胞、CD8+ T细胞 | 机器学习 | 肝细胞癌 | 16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序、粪便微生物移植 | NA | 测序数据 | NA | NA | 16S rRNA基因测序、单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1456 | 2026-05-23 |
Redirecting cytomegalovirus immunity against pancreas cancer for immunotherapy
2026-Feb-04, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-012969
PMID:41638871
|
研究论文 | 通过系统性递送巨细胞病毒T细胞表位,重新引导预先存在的抗病毒免疫力以对抗胰腺癌 | 提出一种利用预先存在的巨细胞病毒记忆T细胞治疗免疫难治性实体瘤(胰腺癌)的新策略,通过静脉注射T细胞肽表位实现 | NA(摘要未提及限制) | 研究利用巨细胞病毒特异性T细胞重定向攻击胰腺癌的免疫疗法效果 | 小鼠模型及胰腺癌细胞 | 免疫疗法 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞基因表达数据 | NA(摘要未提及具体样本量) | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1457 | 2026-05-23 |
Targeting RRBP1 reverses immune evasion and enhances immunotherapy efficacy via the CXCL10-CXCR3 axis in bladder cancer
2026-Feb-03, Journal for immunotherapy of cancer
IF:10.3Q1
DOI:10.1136/jitc-2025-013809
PMID:41633771
|
研究论文 | 本研究探讨了炎症相关基因RRBP1在膀胱癌中调节肿瘤恶性进展和免疫逃逸的作用,并揭示了通过CXCL10-CXCR3轴增强免疫治疗效果的机制 | 首次发现RRBP1通过CXCL10-CXCR3轴调控CD8+ T细胞浸润,逆转免疫逃逸并增强抗PD-L1治疗效果,为膀胱癌免疫治疗提供了新靶点 | 未明确说明,可能需要进一步验证RRBP1在其他癌症类型中的通用性或临床试验中的转化可行性 | 探索炎症相关基因RRBP1在调节膀胱癌恶性进展和免疫逃逸中的意义及其对免疫治疗疗效的影响 | 膀胱癌细胞、小鼠模型及临床样本中的RRBP1表达和免疫功能 | 机器学习 | 膀胱癌 | CRISPR Cas9筛选、单细胞RNA测序、RNA测序、蛋白质组学 | NA | 转录组数据、蛋白质组数据、单细胞RNA测序数据、免疫组化数据 | 未明确提及样本数量,但涉及体内外实验、单细胞测序和临床样本分析 | Illumina | 单细胞RNA测序、批量RNA测序 | Illumina NovaSeq | 单细胞RNA测序使用Illumina平台进行数据生成 |
| 1458 | 2026-01-18 |
Neighborhood nonnegative matrix factorization identifies patterns and spatially-variable genes in large-scale spatial transcriptomics data
2026-Jan-16, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-025-03846-6
PMID:41546049
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 1459 | 2026-05-23 |
VEGF/ERK activation and PI3K inhibition together drive a vein-to-artery transition in an in vitro model of human angiogenesis
2025-Dec-19, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.64898/2025.12.17.694993
PMID:41446158
|
研究论文 | 开发人类多能干细胞分化方案,模拟静脉到动脉的内皮细胞转化,并揭示VEGF激活和PI3K抑制共同驱动此过程 | 建立首个模拟人类静脉到动脉转化的人多能干细胞分化模型,并通过单细胞RNA测序数据验证其对应胚胎发育中的血管生成源性动脉内皮细胞,首次阐明VEGF激活联合PI3K抑制足以在48小时内驱动静脉内皮细胞获得动脉身份 | 未明确提及,但可能包括体外模型的简化性无法完全复现体内微环境,以及缺乏在体功能验证 | 理解静脉到动脉内皮细胞转化的分子机制,以改善血运重建疗法 | 人类多能干细胞分化的静脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 未明确提及样本量,但使用了公共数据库中的人类胚胎单细胞RNA测序数据 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | NA |
| 1460 | 2026-05-23 |
Identification of diagnostic and prognostic phospholipid biomarkers in idiopathic pulmonary fibrosis via machine learning and in vivo validation
2025-Dec-12, Human genomics
IF:3.8Q2
DOI:10.1186/s40246-025-00845-3
PMID:41388329
|
研究论文 | 通过机器学习识别特发性肺纤维化中诊断和预后的磷脂生物标志物并进行体内验证 | 首次结合加权基因共表达网络分析、机器学习及单细胞测序和动物模型验证,识别出IPF相关的磷脂生物标志物并构建高精度的诊断和预后模型 | 需要进一步验证其临床适用性 | 探究磷脂相关生物标志物在特发性肺纤维化诊断和预后中的应用 | 特发性肺纤维化患者和动物模型 | 机器学习 | 肺纤维化 | 微阵列分析、单细胞测序、动物模型 | NA | 基因表达数据、单细胞测序数据 | 8个数据集 | NA | NA | NA | NA |