单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1441	2025-09-06	PDPN+ cancer-associated fibroblasts correlate with the neoadjuvant immunotherapy response in gastric cancer 2025-Sep, APL bioengineering IF:6.6Q1 DOI:10.1063/5.0250475 PMID:40895767	研究论文	本研究探讨PDPN+癌症相关成纤维细胞（CAFs）与胃癌新辅助免疫治疗反应的相关性	首次鉴定PDPN作为CAFs亚群的标志物，并验证其与免疫治疗疗效的负相关性	样本来源限于特定临床试验和公共数据库，需进一步扩大验证	预测胃癌患者对新辅助免疫治疗的反应	胃癌患者组织样本和类器官模型	数字病理学	胃癌	scRNA-seq, Western blot, 多重免疫组化/免疫荧光	GC-PDOs（胃癌患者来源类器官）	基因表达数据、蛋白质表达数据、影像数据	多个公共数据库（TCGA-STAD等）及临床试验NCT04208347的胃癌患者样本
1442	2025-09-06	The Pdgfd-Pdgfrb axis orchestrates tumor-nerve crosstalk in pancreatic cancer 2025-Aug-31, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.26.672505 PMID:40909696	研究论文	本研究揭示了Pdgfd-Pdgfrb信号轴在胰腺癌中介导肿瘤-神经交互作用并促进神经周围侵袭的机制	首次发现Pdgfd信号通过协调癌细胞、神经元和胶质细胞的多方面相互作用促进神经侵袭，并证明该轴可作为治疗靶点	NA	探究胰腺导管腺癌中肿瘤-神经相互作用的分子机制及其对神经周围侵袭的影响	胰腺导管腺癌（PDAC）中的肿瘤细胞、神经及胶质细胞	肿瘤微环境研究	胰腺癌	全转录组测序、单细胞空间转录组学	NA	转录组数据、空间转录组数据	NA
1443	2025-09-06	Multi-omics reveals changes in astrocyte fatty acid metabolism during early stages of Alzheimer's disease 2025-Aug-30, Neurochemistry international IF:4.4Q1 DOI:10.1016/j.neuint.2025.106049 PMID:40889558	研究论文	通过多组学分析揭示阿尔茨海默病早期星形胶质细胞脂肪酸代谢异常	首次结合转录组、蛋白质组和空间代谢组学动态追踪AD模型星形胶质细胞代谢变化，并验证人类早期AD样本的保守性	研究主要基于小鼠模型，人类样本验证需进一步扩展	探究阿尔茨海默病早期星形胶质细胞的分子动态变化	APP/PS1转基因小鼠和野生型小鼠的星形胶质细胞，以及人类脑组织样本	多组学分析	阿尔茨海默病	转录组学、蛋白质组学、空间代谢组学、单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、蛋白质数据、代谢物空间分布数据	5个时间点（2/4/6/9/12月龄）的小鼠模型，人类早期AD与对照脑样本
1444	2025-09-06	Cross-species analysis identifies genotype-driven vulnerabilities in lung adenocarcinoma 2025-Aug-27, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.24.671070 PMID:40909610	研究论文	通过跨物种单细胞分析揭示肺腺癌基因型驱动的肿瘤微环境特征和代谢依赖性	首次通过人鼠跨物种保守性分析揭示致癌基因突变对肿瘤微环境的特异性免疫印记	样本量有限（57例人类和18例小鼠样本），需进一步验证	解析肺腺癌主要基因突变亚型对肿瘤细胞和微环境的特异性影响	人类和小鼠肺腺癌样本	计算生物学	肺腺癌	scRNA-seq（单细胞RNA测序）	跨物种比较分析	单细胞转录组数据	57例人类样本和18例小鼠样本
1445	2025-09-06	Prognostic Value and Immune Characterization of Genes Associated with Childhood Acute Leukemia applying Single-Cell RNA Sequencing 2025-Aug-27, Endocrine, metabolic & immune disorders drug targets DOI:10.2174/0118715303420113250818064855 PMID:40910197	研究论文	本研究整合单细胞和批量转录组数据，识别儿童急性淋巴细胞白血病中关键的B细胞亚群和相关分子作为生物标志物	首次应用单细胞RNA测序技术结合多组学分析构建儿童急性白血病的预后风险模型并探索其免疫调控机制	样本量较小（仅2例患者和3例健康对照），需要更大规模验证	探究儿童急性淋巴细胞白血病的预后生物标志物和免疫特征	儿童急性淋巴细胞白血病患者和健康儿童骨髓样本	生物信息学	儿童急性白血病	scRNA-seq, bulk RNA-seq, 功能富集分析, 伪时间轨迹分析, 细胞通讯分析	Cox回归, LASSO回归	单细胞RNA测序数据, 批量RNA测序数据	2例预B细胞高倍体ALL患者, 3例健康儿童骨髓样本, 511例cALL样本
1446	2025-09-06	Squidiff: Predicting cellular development and responses to perturbations using a diffusion model 2025-Aug-26, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.11.16.623974 PMID:40909548	研究论文	提出基于扩散模型的生成框架Squidiff，用于预测细胞在不同环境变化下的转录组响应	首次将扩散模型应用于跨细胞类型的转录组变化预测，支持连续去噪和语义特征整合以捕捉瞬态细胞状态	未明确说明模型在处理极端罕见细胞类型或超高维数据时的局限性	预测细胞在环境刺激（如放疗、药物处理）下的转录组动态变化，加速疾病机制研究和药物发现	多种细胞类型（包括血管类器官）对环境刺激的响应	计算生物学	NA	单细胞测序，扩散模型	扩散模型	转录组数据	未明确说明具体样本数量，但涉及细胞分化、基因扰动和药物响应等多场景数据
1447	2025-09-06	High-Resolution Spatial Transcriptomics Reveals Fibroblast and Neuroimmune Microenvironments in Endometriosis Lesions 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.20.671344 PMID:40909522	研究论文	本研究通过高分辨率空间转录组学揭示了子宫内膜异位症病灶中的成纤维细胞和神经免疫微环境	首次建立人类卵巢和腹膜病灶的精确空间转录组图谱，发现跨病灶类型的共享空间特征并验证上皮-神经元相互作用组	NA	探究子宫内膜异位症疼痛症状和疾病进展的机制	人类卵巢和腹膜子宫内膜异位症病灶	空间转录组学	子宫内膜异位症	空间转录组学，3D共培养模型	NA	空间转录组数据	NA
1448	2025-09-06	Single-Cell Network Analysis Identifies CLEC4E as a Key Mediator of Proinflammatory mDC Responses in Influenza Infection 2025-Aug-25, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.21.671587 PMID:40909530	研究论文	本研究通过单细胞网络分析发现CLEC4E是流感感染中促炎性mDC反应的关键介质	采用整合单细胞共表达网络方法，首次识别出CLEC4E作为调节病理性炎症反应的上游驱动因子	NA	揭示流感感染中特定免疫细胞内的关键分子驱动机制	髓样树突状细胞(mDCs)和流感感染模型	生物信息学	流感感染	单细胞RNA测序，网络分析	NA	单细胞转录组数据	流感感染患者的独立单细胞数据集和小鼠流感模型
1449	2025-09-06	Interpretable machine learning coupled to spatial transcriptomics unveils mechanisms of macrophage-driven fibroblast activation in ischemic cardiomyopathy 2025-Aug-24, medRxiv : the preprint server for health sciences DOI:10.1101/2025.08.18.25333841 PMID:40894159	研究论文	本研究结合可解释机器学习和空间转录组学揭示缺血性心肌病中巨噬细胞驱动成纤维细胞活化的机制	开发了结合SLIDE可解释机器学习、调控网络推断和计算机扰动的新工作流程，发现了传统分析会遗漏的细胞程序和转录因子	NA	揭示心肌梗死后巨噬细胞微环境介导的成纤维细胞活化机制	缺血性心肌病患者心脏组织、小鼠模型、巨噬细胞和心脏成纤维细胞	机器学习	心血管疾病	空间转录组学、调控网络推断、计算机扰动、脂质体纳米颗粒技术	SLIDE (可解释机器学习)	空间转录组数据、基因表达数据	人类缺血性心肌病患者心脏样本和小鼠MI模型
1450	2025-09-06	Integrating single-cell and single-nucleus datasets improves bulk RNA-seq deconvolution 2025-Aug-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.08.20.671333 PMID:40894744	研究论文	本研究系统评估了整合单细胞和单核RNA测序数据以提升批量RNA-seq反卷积准确性的策略	首次系统比较多种跨模态整合方法（包括PCA偏移、条件/非条件变分自编码器和基因过滤），并证明通过过滤跨模态差异表达基因可达到甚至超越纯scRNA-seq参考的性能	在缺乏真实标签的实际脂肪样本中无法进行绝对准确性验证，且对于特征较少的系统依赖有限DEG信息	提升批量RNA-seq反卷积的准确性和鲁棒性	四种不同人体组织的单细胞和单核RNA测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, snRNA-seq, bulk RNA-seq	PCA, conditional/non-conditional variational autoencoders (scVI)	基因表达数据	四种不同组织（具体样本量未明确说明）
1451	2025-09-06	The spleen tyrosine kinase inhibitor entospletinib resolves inflammation to promote repair following acute kidney injury 2025-Aug-22, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.189601 PMID:40857403	研究论文	研究脾酪氨酸激酶抑制剂entospletinib在急性肾损伤后通过缓解炎症促进修复的作用机制	首次证明选择性SYK抑制剂entospletinib可靶向白细胞表达的SYK，阻断促炎巨噬细胞活化，从而解决肾炎症并促进修复	研究基于小鼠模型，人类临床应用效果尚需进一步验证	探索entospletinib在急性肾损伤向慢性肾病转变过程中的治疗潜力及机制	小鼠肾脏（单侧肾缺血再灌注损伤模型）	肾脏病学	急性肾损伤与慢性肾病	单细胞RNA测序、数字空间分析、活体显微镜、流式细胞术	NA	基因表达数据、细胞表型数据、影像数据	小鼠肾脏样本（14天内动态分析）
1452	2025-09-06	SCAN-ACT: adoptive T cell therapy target discovery through single-cell transcriptomics 2025-Aug-14, Genome medicine IF:10.4Q1 DOI:10.1186/s13073-025-01514-9 PMID:40814001	研究论文	开发SCAN-ACT计算流程，利用单细胞转录组学数据发现和优先排序用于过继性T细胞疗法的靶点	提出首个整合单细胞RNA测序和多组学数据的综合性计算流程，支持单特异性CAR-T靶点、双特异性布尔逻辑门控CAR-T靶点对及肽-MHC TCR-T靶点的系统发现	NA	加速实体瘤过继性T细胞疗法（ACT）的靶点发现与开发	软组织肉瘤（STS）和胶质母细胞瘤的肿瘤相关靶点	计算生物学	软组织肉瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq），多组学数据分析	计算流程（pipeline）	单细胞转录组数据，多组学数据	986,749个单细胞
1453	2025-09-06	Paracrine Orchestration of Tumor Microenvironment Remodeling Induced by GLO1 Potentiates Lymph Node Metastasis in Breast Cancer 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202500722 PMID:40492378	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境的重塑机制，并发现GLO1基因的关键作用	首次利用单细胞RNA测序绘制乳腺癌淋巴结转移的完整生态系统图谱，发现GLO1通过调控GSH/ROS平衡促进淋巴管生成和转移的新机制	样本量相对有限（23名患者的28个淋巴结样本），需要更大规模研究验证发现	探究乳腺癌淋巴结转移中肿瘤微环境重塑的分子机制	乳腺癌患者的淋巴结样本和肿瘤微环境中的各种细胞类型	肿瘤生物学	乳腺癌	单细胞RNA测序，多组学分析	NA	单细胞转录组数据，多组学数据	23名乳腺癌患者的28个淋巴结样本
1454	2025-09-06	β-Mangostin Attenuates TET2-Mediated DNA Demethylation of Prkcg in the Prevention of Intervertebral Disc Degeneration 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202505077 PMID:40558107	研究论文	研究发现β-芒果苷通过调控TET2-Prkcg轴减轻椎间盘退变	首次揭示β-芒果苷通过维持Prkcg的DNA甲基化（而非羟甲基化）促进线粒体自噬，并发现TET2-Prkcg轴作为新型治疗靶点	NA	探索β-芒果苷在椎间盘退变治疗中的作用机制	椎间盘细胞（特别是髓核细胞）和巨噬细胞	分子生物学	椎间盘退行性疾病	单细胞测序分析	NA	基因组学数据	NA
1455	2025-09-06	Advances in Single-Cell Sequencing for Infectious Diseases: Progress and Perspectives 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202415678 PMID:40613694	综述	本文回顾了单细胞测序技术在传染病研究中的最新进展与应用	总结了真核、原核（如MATQ-seq和BacDrop）及双端（如PatH-Cap）单细胞测序技术如何揭示宿主-病原体互作机制	NA	促进传染病精准医疗策略的开发	传染病病原体与宿主细胞	基因组学	传染病	单细胞测序（包括MATQ-seq, BacDrop, PatH-Cap）	NA	基因组数据	NA
1456	2025-09-06	Single-Cell RNA Sequencing Identifies MMP11+ Cancer-Associated Fibroblasts as Drivers of Angiogenesis and Bladder Cancer Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202502774 PMID:40552583	研究论文	通过单细胞RNA测序识别MMP11+癌症相关成纤维细胞作为膀胱癌血管生成和进展的关键驱动因素	发现新型MMP11 mCAF亚群，揭示其通过WNT5A-MCAM轴调控血管生成并招募SPP1巨噬细胞的机制	NA	探究癌症相关成纤维细胞（CAFs）的异质性及其在肿瘤进展中的调控作用	膀胱癌组织中的细胞亚群（包括CAFs、内皮细胞、巨噬细胞和肿瘤细胞）	单细胞测序分析	膀胱癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组数据	NA
1457	2025-09-06	Identification of Schwann Cells in Human Intracranial Arteries: Potential Regulatory Role in Atherosclerotic Plaque Progression 2025-Aug, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202503033 PMID:40574459	研究论文	通过多模态分析揭示人颅内动脉中雪旺细胞的存在及其在动脉粥样硬化斑块进展中的潜在调控作用	首次在人类颅内动脉中鉴定雪旺细胞，并发现其通过髓鞘形成和细胞间通讯参与斑块病理生物学	样本量较小（n=16），且依赖死后组织，可能限制临床推广性	探究雪旺细胞在颅内动脉粥样硬化中的角色及神经血管相互作用的机制	人类颅内动脉样本（含斑块与非斑块区域）	神经血管生物学	脑血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、超微结构定量分析、细胞间通讯分析	NA	组织样本、基因表达数据	16名捐赠者的颅内动脉样本
1458	2025-09-06	Progress in the Application of Single-Cell Sequencing in Neoadjuvant Therapy for Esophageal Cancer 2025-Jul, Cureus DOI:10.7759/cureus.89163 PMID:40895953	综述	本文探讨单细胞测序技术在食管癌新辅助治疗中的应用进展及其对肿瘤微环境和治疗策略的启示	提供了评估新辅助治疗有效性的新视角，并通过单细胞水平分析揭示个体细胞差异	未明确提及具体研究限制，但属于技术应用综述而非实证研究	推动食管癌新辅助治疗策略的优化和个性化治疗发展	食管癌肿瘤微环境及接受新辅助治疗的患者群体	数字病理学	食管癌	单细胞测序（sc-seq）	NA	转录组数据	NA
1459	2025-09-06	Immunopipe: a comprehensive and flexible scRNA-seq and scTCR-seq data analysis pipeline 2025-Jun, NAR genomics and bioinformatics IF:4.0Q1 DOI:10.1093/nargab/lqaf063 PMID:40391086	研究论文	介绍了一个用于整合分析scRNA-seq和scTCR-seq数据的全面且灵活的分析流程immunopipe	提供命令行工具和用户友好的Web界面，支持无编程经验的研究人员进行配置和执行监控	NA	增强对T细胞介导免疫的理解并促进免疫治疗发展	单细胞RNA测序和T细胞受体测序数据	生物信息学	NA	scRNA-seq, scTCR-seq	NA	基因组测序数据	NA
1460	2025-09-06	A Multimodal Spatial and Epigenomic Atlas of Human Adult Lung Topography 2025-May-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.05.23.655666 PMID:40475598	研究论文	构建了一个整合多模态单核人类肺图谱，涵盖健康成人肺部的空间和表观基因组特征	首次通过整合snRNA-seq和SNARE-seq2技术，在单核水平同时分析染色质可及性和基因表达，并利用空间转录组学技术MERFISH精确定位细胞亚型	研究仅基于11名健康成年人样本，样本多样性可能有限	开发高分辨率的人类肺部空间参考图谱，以研究肺部疾病的发病机制	人类成人肺部组织，特别是远端气道、肺泡和间质区域	数字病理学	肺部疾病	snRNA-seq, SNARE-seq2, MERFISH, 多重免疫荧光	NA	基因组数据、空间转录组数据、蛋白质表达数据	49个肺组织块，746,047个细胞核，来自11名健康成年人