单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1441	2025-04-05	Lung-resident memory CD4+ T cells are dependent on Batf3 2025-Apr-04, Journal of immunology (Baltimore, Md. : 1950) DOI:10.1093/jimmun/vkaf035 PMID:40184040	research paper	研究揭示了Batf3转录因子在肺驻留记忆CD4+ T细胞发育中的作用及其对过敏性炎症的影响	首次发现Batf3缺陷小鼠缺乏表达Cxcr6的肺驻留CD4+ T细胞亚群，并证明其对长期哮喘模型的影响	研究仅限于小鼠模型，未在人类样本中验证	探究肺驻留记忆T细胞积累的细胞和分子机制	Batf3缺陷小鼠和野生型小鼠的肺驻留记忆CD4+ T细胞	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	小鼠模型
1442	2025-04-05	BASELINE: A CRISPR Base Editing Platform for Mammalian-Scale Single-Cell Lineage Tracing 2025-Apr-03, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.03.19.644238 PMID:40166145	研究论文	介绍了一种名为BASELINE的CRISPR碱基编辑平台，用于哺乳动物规模的单细胞谱系追踪	使用Cas12a腺嘌呤碱基编辑器在50个合成靶位点生成高分辨率谱系树，信息记录量比现有技术提高50倍	未明确提及具体限制	开发一种高分辨率、大规模的细胞谱系追踪技术	哺乳动物细胞，特别是胰腺癌模型中的细胞	基因编辑	胰腺癌	CRISPR碱基编辑，单细胞测序	Cas12a腺嘌呤碱基编辑器	基因组数据	未明确提及具体样本数量
1443	2025-04-05	NOTCH1 Mutation and Survival Analysis of Tislelizumab in Advanced or Metastatic Esophageal Squamous Cell Carcinoma: A Biomarker Analysis From the Randomized, Phase III, RATIONALE-302 Trial 2025-Apr-03, Journal of clinical oncology : official journal of the American Society of Clinical Oncology IF:42.1Q1 DOI:10.1200/JCO-24-01818 PMID:40179324	research paper	该研究通过基因组分析和转录组测序，探讨了NOTCH1突变作为预测食管鳞状细胞癌患者对tislelizumab治疗反应的生物标志物的潜力	首次将NOTCH1突变与tislelizumab治疗食管鳞状细胞癌的生存益处联系起来，并揭示了其潜在的分子机制	研究样本来自特定的临床试验(RATIONALE-302)，可能限制了结果的普遍性	寻找预测食管鳞状细胞癌患者对PD-1靶向治疗反应的可靠生物标志物	晚期或转移性食管鳞状细胞癌患者	digital pathology	esophageal squamous cell carcinoma	肿瘤基因组分析、转录组测序、单细胞RNA测序	NA	基因组数据、转录组数据	RATIONALE-302研究中的样本
1444	2025-04-05	Self-Supervised Graph Representation Learning for Single-Cell Classification 2025-Apr-03, Interdisciplinary sciences, computational life sciences DOI:10.1007/s12539-025-00700-y PMID:40180773	研究论文	提出了一种名为scSSGC的自监督图表示学习框架，用于单细胞RNA测序数据中的细胞分类	通过联合使用未标记细胞数据上的多个K-means聚类任务进行模型训练，缓解了标记数据有限的问题，并引入了局部增强图神经网络以捕捉细胞间潜在相互作用	未明确提及具体局限性	开发计算生物学方法以提高单细胞RNA测序数据中的细胞分类准确性和泛化能力	单细胞RNA测序数据中的细胞	计算生物学	NA	单细胞RNA测序	图神经网络(GNN)	单细胞RNA测序数据	未明确提及具体样本数量
1445	2025-04-05	Scalable spatial transcriptomics through computational array reconstruction 2025-Apr-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/s41587-025-02612-0 PMID:40181168	research paper	提出了一种无需成像的空间转录组学方法，通过分子扩散和降维重建空间条形码位置	开发了一种无需成像设备的高保真、可扩展的空间转录组学方法，适用于厘米级组织	未提及方法在复杂组织或特定疾病模型中的验证情况	提高空间转录组学的可及性和通量，支持大规模研究	组织样本中的基因表达空间定位	空间转录组学	NA	分子扩散、降维	NA	基因表达数据	厘米级组织（具体样本数量未提及）
1446	2025-04-05	Machine Learning-based Gene Biomarker Identification for Improving Prognosis and Therapy in Hepatocellular Carcinoma 2025-Apr-03, Current medicinal chemistry IF:3.5Q2 DOI:10.2174/0109298673359092250304031435 PMID:40183270	research paper	本研究通过整合基因表达、机器学习、肿瘤微环境分析和药物敏感性分析，开发了一个用于预测肝细胞癌（HCC）预后和个性化治疗的HPRI指标	结合多种机器学习算法和单细胞测序分析，识别出7个关键基因并开发了HPRI指标，用于预测HCC预后和治疗反应	研究依赖于公共数据库的数据，可能受到样本选择和数据的异质性影响	识别肝细胞癌的分子生物标志物以改善预后和治疗	肝细胞癌（HCC）患者	machine learning	hepatocellular carcinoma	Cox回归分析、差异表达分析、单细胞测序分析	多种统计模型	基因表达数据、临床病理信息	多个队列的数据来自ICGC、GEO和TCGA数据库
1447	2025-04-05	Recurrent Composite Markers of Cell Types and States 2025-Apr-02, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.07.17.549344 PMID:37503180	研究论文	介绍了一种名为RECOMBINE的算法，用于识别定义层次细胞身份的重复复合标记集	RECOMBINE算法在识别区分性标记方面比现有方法（包括差异基因表达分析）具有更高的准确性	NA	解码生物复杂性，识别定义和区分层次细胞身份的可解释复合标记集	细胞类型和状态	生物信息学	NA	单细胞数据分析和空间转录组学	RECOMBINE算法	单细胞数据和空间转录组数据	小鼠视觉皮层数据、Tabula Sapiens项目的人类组织数据
1448	2025-04-05	Spatially Resolved Tumor Ecosystems and Cell States in Gastric Adenocarcinoma Progression and Evolution 2025-Apr-02, Cancer discovery IF:29.7Q1 DOI:10.1158/2159-8290.CD-24-0605 PMID:39774838	research paper	整合空间转录组和单细胞RNA测序数据，揭示胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	发现两种独立的演化轨迹，与特定分子亚型、临床预后、基质微环境和遗传驱动因素相关，并识别肿瘤-基质界面为肿瘤生态学的独特状态	NA	研究胃癌进展和演化中的空间分辨肿瘤生态系统和细胞状态	胃癌	digital pathology	gastric cancer	spatial transcriptomic (GeoMx Digital Spatial Profiler), single-cell RNA sequencing	NA	spatial transcriptomic data, single-cell RNA sequencing data	multiple gastric cancers
1449	2025-04-05	Uncovering gene and cellular signatures of immune checkpoint response via machine learning and single-cell RNA-seq 2025-Apr-02, NPJ precision oncology IF:6.8Q1 DOI:10.1038/s41698-025-00883-z PMID:40169777	research paper	利用机器学习和单细胞RNA测序技术揭示免疫检查点反应的基因和细胞特征	结合单细胞RNA测序数据和机器学习方法预测患者反应，同时保持可解释性和单细胞分辨率，并开发了强化学习模型以识别最具预测性的单细胞	研究主要基于黑色素瘤浸润的免疫细胞数据，可能在其他癌症类型中的普适性有待验证	提高免疫检查点抑制剂治疗反应的预测准确性，深化对癌症免疫的理解	黑色素瘤浸润的免疫细胞	machine learning	melanoma	single-cell RNA-seq	XGBoost, reinforcement learning	RNA-seq data	NA
1450	2025-04-05	Functional maturation of preterm intestinal epithelium through CFTR activation 2025-Apr-02, Communications biology IF:5.2Q1 DOI:10.1038/s42003-025-07944-w PMID:40169914	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据集分析和人源早产儿回肠组织模型，探讨了人源Wharton胶间充质干细胞来源的细胞外囊泡（EVs）促进肠道成熟的潜力	发现EV39处理能显著上调与肠上皮功能相关的成熟特异性基因表达，并通过CFTR依赖机制增强细胞增殖、上皮屏障完整性和脂肪酸摄取	研究结果仅在人源早产模型中观察到，未在小鼠肠道类器官中重现	探索促进早产儿肠道上皮功能成熟的方法	早产儿回肠组织模型及人源Wharton胶间充质干细胞来源的细胞外囊泡	生物医学	早产儿相关疾病	单细胞RNA测序、蛋白质组学分析	人源早产肠道模型	RNA测序数据、蛋白质组数据	未明确提及具体样本数量，涉及人源早产儿回肠组织模型
1451	2025-04-05	Life-long microbiome rejuvenation improves intestinal barrier function and inflammaging in mice 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02089-8 PMID:40176137	研究论文	该研究探讨了终身微生物组 rejuvenation 对小鼠肠道屏障功能和炎症衰老的影响	首次在小鼠模型中验证了终身微生物组 rejuvenation 对延缓衰老的潜在作用，并揭示了其分子机制	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类中验证	探索微生物组干预对延缓衰老过程的影响	小鼠	微生物组学	衰老相关疾病	粪便微生物移植(FMT), 16S rRNA基因分析, 宏基因组学, 单细胞RNA测序	小鼠模型	基因表达数据, 微生物组数据	未明确说明具体数量的小鼠样本
1452	2025-04-05	Faecalibacterium prausnitzii-derived outer membrane vesicles reprogram gut microbiota metabolism to alleviate Porcine Epidemic Diarrhea Virus infection 2025-Apr-02, Microbiome IF:13.8Q1 DOI:10.1186/s40168-025-02078-x PMID:40176190	research paper	研究Faecalibacterium prausnitzii及其外膜囊泡在缓解猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染中的作用	首次发现Faecalibacterium prausnitzii的外膜囊泡（OMVs）通过改变肠道菌群代谢和增加磷脂酰胆碱（PC）水平来缓解PEDV感染	研究仅基于猪模型和细胞实验，尚未进行人体或更广泛的动物验证	探索Faecalibacterium prausnitzii及其OMVs在缓解PEDV感染中的潜在应用	猪流行性腹泻病毒（PEDV）感染的猪模型及IPEC-J2和Vero细胞	微生物学与病毒学	猪流行性腹泻	蛋白质组学、非靶向代谢组学、小RNA测序、单细胞测序	NA	微生物组数据、代谢组数据、单细胞测序数据	猪模型及IPEC-J2和Vero细胞
1453	2025-04-05	Characterization of NK Cells Using Single-Cell RNA Sequencing in Patients With Acute-On-Chronic Liver Failure 2025-Apr, Journal of gastroenterology and hepatology IF:3.7Q2 DOI:10.1111/jgh.16870 PMID:39800654	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了急性慢性肝衰竭(ACLF)患者外周血中自然杀伤(NK)细胞亚群的特征及其在炎症反应中的作用	首次利用单细胞RNA测序技术系统解析ACLF患者NK细胞亚群异质性，发现炎症性NK细胞亚群与疾病进展相关，并鉴定CEMIP2作为潜在分子标志物	样本量相对有限(14,751个细胞)，且未深入探讨CEMIP2的具体作用机制	阐明ACLF患者NK细胞亚群特征及其在疾病进展中的作用	ACLF患者和健康对照者的外周血NK细胞	单细胞组学	肝衰竭	scRNA-seq(单细胞RNA测序)	NA	单细胞转录组数据	14,751个NK细胞(来自ACLF患者和健康对照)
1454	2025-04-05	RUNX2 promotes fibrosis via an alveolar-to-pathological fibroblast transition 2025-Apr, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-024-08542-2 PMID:39910313	research paper	该研究揭示了RUNX2通过肺泡到病理性成纤维细胞的转变促进肺纤维化的机制	发现LEPR成纤维细胞中的SCUBE2肺泡成纤维细胞是CTHRC1POSTN病理性成纤维细胞的主要来源，并证实RUNX2是纤维化基因表达的关键调控因子	研究仅基于小鼠模型，尚未在人类样本中验证	探索肺纤维化中病理性成纤维细胞生成的关键调控机制	小鼠肺纤维化模型中的LEPR成纤维细胞和SCUBE2肺泡成纤维细胞	分子生物学	肺纤维化	scRNA-seq, scATAC-seq	小鼠遗传模型	单细胞转录组数据, 单细胞染色质可及性数据	两种小鼠肺纤维化模型
1455	2025-04-05	A key role of PIEZO2 mechanosensitive ion channel in adipose sensory innervation 2025-Apr-01, Cell metabolism IF:27.7Q1 DOI:10.1016/j.cmet.2025.02.004 PMID:40054462	research paper	该研究揭示了机械敏感离子通道PIEZO2在脂肪感觉神经支配中的关键作用	首次发现PIEZO2在脂肪组织感觉神经支配中的主导作用，并揭示了其对脂肪组织交感神经活性的调控机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类组织中验证	探索脂肪组织中感觉传入神经的分子基础及其功能	脂肪组织中的感觉神经元和PIEZO2通道	神经生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1456	2025-04-05	Characterization of shell field populations in gastropods and their autonomous specification mechanism independent of inter-quartet interactions 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204538 PMID:40105679	research paper	该研究重新调查了帽贝中壳场规范的诱导假说，并识别了发育壳场中的三个细胞群体	研究发现壳场在2q来源细胞中的早期规范在很大程度上独立于其他四分体的相互作用	诱导假说仍存在疑问，因为实验证据有限且结果矛盾	研究帽贝中壳场规范的机制	帽贝的胚胎壳场	developmental biology	NA	two-color in situ hybridization, single-cell transcriptome analysis	NA	gene expression data	16-cell embryos
1457	2025-04-05	Deletion of hepcidin disrupts iron homeostasis and hematopoiesis in zebrafish embryogenesis 2025-Apr-01, Development (Cambridge, England) DOI:10.1242/dev.204307 PMID:40110772	research paper	研究通过CRISPR/Cas9系统创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，探讨hamp在斑马鱼造血过程中的作用	首次创建稳定的hamp敲除斑马鱼模型，揭示了hamp缺失导致胚胎中铁过载和造血异常的新机制	研究仅针对斑马鱼模型，人类相关性的验证需要进一步研究	探讨hamp在斑马鱼铁稳态和造血过程中的作用	斑马鱼胚胎和造血祖细胞	developmental biology	blood disorders	CRISPR/Cas9系统, 单细胞RNA测序	knockout zebrafish model	gene expression data	斑马鱼胚胎和特定造血祖细胞亚群
1458	2025-04-05	IL-12-producing cytokine factories induce precursor exhausted T cells and elimination of primary and metastatic tumors 2025-Apr-01, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2024-010685 PMID:40169286	研究论文	本研究评估了一种局部施用IL-12的细胞因子递送平台的安全性和抗肿瘤效果，发现其能有效诱导前体耗竭T细胞（Tpex）的招募并产生系统性免疫，从而治疗多种癌症类型	利用IL-12细胞因子工厂技术，避免了传统IL-12治疗的毒性问题，同时有效诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫，为多种实体瘤提供了新的治疗策略	研究目前仅在动物模型和非人灵长类中验证，尚未进行人体临床试验	开发一种安全有效的免疫治疗方法，通过诱导Tpex细胞的招募和系统性免疫来治疗实体瘤	前体耗竭T细胞（Tpex）、肿瘤微环境、结直肠癌和黑色素瘤小鼠模型	免疫治疗	结直肠癌、黑色素瘤	单细胞RNA测序、细胞因子递送平台	NA	RNA测序数据、体内实验数据	9只结直肠癌小鼠、黑色素瘤小鼠模型、非人灵长类
1459	2025-04-05	Severe inflammation and lineage skewing are associated with poor engraftment of engineered hematopoietic stem cells in patients with sickle cell disease 2025-Apr-01, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-025-58321-4 PMID:40169559	research paper	该研究探讨了镰状细胞病(SCD)患者中基因改造造血干细胞(HSPCs)移植的效果及其与炎症和谱系偏斜的关系	首次通过单细胞转录组分析揭示了移植效果差的患者中最不成熟的HSCs表现出加剧的炎症特征和谱系偏斜	研究样本量较小，且长期疗效仍需进一步观察	评估基于DREPAGLOBE的基因疗法在SCD患者中的安全性和有效性	镰状细胞病患者	基因治疗	镰状细胞病	慢病毒载体(DREPAGLOBE)基因治疗，单细胞转录组分析	NA	临床数据，转录组数据	未明确说明患者数量(Phase I/II临床试验)
1460	2025-04-05	BRD4 as the key lactylation related gene in heart failure identified through bioinformatics analysis 2025-Apr-01, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-91506-x PMID:40169651	研究论文	通过生物信息学分析识别出BRD4作为心力衰竭中与乳酸化修饰相关的关键基因	首次利用多种生物信息学分析方法确定BRD4是心力衰竭中关键的乳酸化相关基因，为研究心力衰竭中酰化相关机制奠定了基础	研究机制尚未完全阐明，需要进一步的实验验证	识别与心力衰竭进展相关的乳酸化修饰基因并探究其生物学意义	心力衰竭数据集(GSE5406)和单细胞测序数据集(GSE161470)	生物信息学	心血管疾病	生物信息学分析、LASSO、WGCNA、ROC曲线分析、基因集富集分析、免疫细胞浸润分析、单细胞测序	NA	基因表达数据	NA