单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1441	2025-07-19	Pyrroloquinoline Quinone Reprograms the Single-Cell Landscape of Immune Aging in Hematopoietic Immune System 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70050 PMID:40192736	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术探讨了吡咯喹啉醌（PQQ）对造血免疫系统衰老的单细胞景观的重编程作用	首次利用单细胞RNA测序技术全面解析PQQ对衰老免疫系统的调控机制，并鉴定出关键分子靶点如ASPP1、Yy1和CD62L	研究仅在小鼠模型中进行，尚未在人类临床试验中验证	探索PQQ作为抗氧化剂在改善免疫衰老和恢复免疫稳态方面的潜在治疗作用	小鼠的脾脏和骨髓细胞	免疫学	衰老相关免疫功能障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	机器学习模型（未明确说明具体类型）	单细胞转录组数据	小鼠模型（具体数量未明确说明）
1442	2025-07-19	Deciphering Immunosenescence From Child to Frailty: Transcriptional Changes, Inflammation Dynamics, and Adaptive Immune Alterations 2025-Jul, Aging cell IF:8.0Q1 DOI:10.1111/acel.70082 PMID:40285422	研究论文	本研究通过整合分析从儿童到虚弱老年人的PBMCs的bulk-cell和single-cell RNA-seq数据，探讨了与年龄相关的免疫系统变化	首次全面描绘了从儿童到虚弱老年人PBMCs的转录组动态变化，揭示了免疫衰老的复杂机制	研究样本可能不足以代表所有人群的免疫衰老特征	解析免疫衰老的转录变化、炎症动态和适应性免疫改变	从儿童到虚弱老年人的外周血单个核细胞(PBMCs)	免疫学	老年疾病	bulk-cell RNA-seq, single-cell RNA-seq	NA	RNA-seq数据	涵盖从儿童到虚弱老年人的多个年龄段样本
1443	2025-07-19	C-COUNT: a convolutional neural network-based tool for automated scoring of erythroid colonies 2025-Jul, Experimental hematology IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.exphem.2025.104786 PMID:40287006	research paper	介绍了一种基于卷积神经网络（CNN）的工具C-COUNT，用于自动评分红细胞集落形成实验（CFA）中的集落	开发了C-COUNT工具，通过CNN自动识别和评分CFU-e集落，提高了传统手动方法的效率和准确性	未明确提及工具在不同实验室环境或不同样本类型中的泛化能力	提高红细胞集落形成实验的评分效率和准确性，以支持血液学研究和临床诊断	红细胞集落形成实验中的CFU-e集落	digital pathology	NA	automated microscopy, convolutional neural network	CNN	image	未明确提及具体样本数量，但涉及CFU-e集落和骨髓集落的混合样本
1444	2025-07-19	Spatial Analysis Identifies CD147 as a Novel Marker of High-Grade Childhood Posterior Fossa Ependymoma 2025-Jul, Laboratory investigation; a journal of technical methods and pathology DOI:10.1016/j.labinv.2025.104175 PMID:40250710	research paper	该研究通过空间表型分析，发现CD147是儿童后颅窝高级别室管膜瘤的一个新型标志物	首次将CD147与儿童后颅窝高级别室管膜瘤的肿瘤微环境特征及疾病进展联系起来	样本量较小（G2 n=5，G3 n=7），且仅针对后颅窝A型室管膜瘤	探索儿童后颅窝室管膜瘤肿瘤微环境的异质性及其与肿瘤分级的关系	儿童后颅窝A型室管膜瘤（WHO 2级和3级）样本	digital pathology	ependymoma	multiplex immunofluorescence, single-cell RNA sequencing	NA	image, RNA-seq	12例肿瘤样本（5例G2，7例G3）
1445	2025-07-19	Asperosaponin VI Promotes Osteoporotic Fracture Healing by Targeting Piezo1 to Enhance the Coupling of LEPR+ BMSCs and PODXL+ ECs 2025-Jul, Phytotherapy research : PTR IF:6.1Q1 DOI:10.1002/ptr.8523 PMID:40393465	研究论文	本研究探讨了Asperosaponin VI (ASP)通过靶向Piezo1增强LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，促进骨质疏松性骨折愈合的机制	首次揭示了ASP通过激活Piezo1/ERK1/2/YAP/VEGF信号通路促进LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs的耦合，为骨质疏松性骨折治疗提供了新策略	研究主要基于动物模型和体外实验，临床转化效果尚需进一步验证	阐明骨质疏松性骨折的分子发病机制并探索新的治疗方法	LEPR+ BMSCs和PODXL+ ECs	骨生物学	骨质疏松性骨折	单细胞RNA测序、分子对接、CETSA、DARTS、三维培养、划痕愈合实验、管形成实验	OVX模型结合股骨骨折	RNA测序数据、蛋白质表达数据	未明确说明具体样本数量，使用了OVX模型小鼠和体外培养的细胞
1446	2025-07-19	Role of Defense/Immunity Proteins in Non-Obstructive Azoospermia: Insights from Gene Expression and Single-Cell RNA Sequencing Analyses 2025-Jul, Reproductive sciences (Thousand Oaks, Calif.) DOI:10.1007/s43032-025-01916-5 PMID:40537735	研究论文	本研究探讨了防御/免疫蛋白在非梗阻性无精子症（NOA）中的作用，通过基因表达和单细胞RNA测序分析揭示了免疫失调与NOA发病机制的关联	首次通过单细胞RNA测序技术确认了免疫相关基因在NOA患者不同睾丸细胞群体中的差异表达，为NOA的免疫病理机制提供了新见解	研究主要基于基因表达数据分析，缺乏直接的蛋白质水平验证和功能实验	探索免疫相关基因在非梗阻性无精子症发病机制中的作用	非梗阻性无精子症患者	生殖医学	男性不育症	基因表达分析，单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	多个数据集（具体数量未明确说明）
1447	2025-07-19	Single-cell mutational burden distributions in birth-death processes 2025-Jul, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1013241 PMID:40623094	研究论文	本文通过引入动态矩阵分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了这些分布的期望递推关系，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	引入了动态矩阵来分析和统一SFS、DD和MBD三种分布，推导了新的MBD表达式，并揭示了单细胞MBD主要由DD中的随机性驱动	在引入死亡的情况下，所有三种分布都是近似推导的，可能存在一定的误差	研究肿瘤细胞群体中突变积累的统计分布，以更好地理解肿瘤的生态和进化动态	肿瘤细胞群体中的突变积累	肿瘤进化	癌症	单细胞测序	动态矩阵	基因组数据	NA
1448	2025-07-19	Age-dependent accumulation of mitochondrial tRNA mutations in mouse kidneys linked to mitochondrial kidney diseases 2025-Jul, Nature aging IF:17.0Q1 DOI:10.1038/s43587-025-00909-y PMID:40579478	研究论文	研究探讨了小鼠肾脏中与线粒体肾病相关的线粒体tRNA突变随年龄积累的模式及其病理机制	使用DddA衍生的胞嘧啶碱基编辑器技术创建携带不同致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型，揭示了肾脏细胞类型中独特的异质性动态	研究主要基于小鼠模型，人类线粒体肾病的确切机制可能需要进一步验证	探究线粒体DNA突变在衰老过程中的组织特异性积累及其与线粒体肾病的关联	携带致病性线粒体tRNA突变的小鼠模型	分子生物学	线粒体肾病	DddA-derived cytosine base editor, mtscATAC-seq, 单细胞RNA测序, 空间增强分辨率组学测序	小鼠模型	基因组数据, 转录组数据	三种携带不同线粒体tRNA突变的小鼠模型
1449	2025-07-19	Identification of Prognostic Biomarkers in Gene Expression Profile of Neuroblastoma Via Machine Learning 2025-Jun, Pediatric discovery DOI:10.1002/pdi3.70009 PMID:40666234	research paper	该研究通过机器学习方法识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，并探索其与肿瘤微环境和化疗药物的关联	提出了一种基于网络的机器学习方法，整合了批量RNA测序和单细胞RNA测序数据，发现了11个与神经母细胞瘤预后相关的核心生物标志物	未提及样本量大小，可能影响结果的普遍性	识别神经母细胞瘤的预后生物标志物，探索潜在治疗靶点	神经母细胞瘤的基因表达谱和肿瘤微环境	machine learning	neuroblastoma	RNA-seq, single-cell RNA sequencing	support vector machine	gene expression data	NA
1450	2025-07-19	Cross-expression meta-analysis of 695 brain samples reveals coordinated gene expression across spatially adjacent cells 2025-May-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.09.17.613579 PMID:39345494	研究论文	该研究通过跨表达元分析揭示了大脑样本中相邻细胞间基因表达的协调性	提出跨表达概念，避免基因列表筛选或细胞类型注释，整合多个数据集构建跨表达网络	研究主要基于小鼠大脑数据，人类大脑的适用性有待验证	探究相邻细胞间基因表达的协调机制及其在组织功能中的作用	695个小鼠大脑样本中的基因表达数据	空间转录组学	帕金森病	空间转录组学技术	NA	基因表达数据	约2500万个细胞，695个样本，8种技术
1451	2025-07-19	Trajectories of macrophage ontogeny and reprogramming in cancer 2025-May-16, iScience IF:4.6Q1 DOI:10.1016/j.isci.2025.112498 PMID:40475851	研究论文	本文探讨了肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）的发育轨迹及其在癌症中的重编程机制	揭示了干扰素-γ（IFNγ）依赖的免疫刺激编程在肿瘤微环境中的作用，并发现D基因失活可阻止TAMs向免疫抑制和促肿瘤状态的转变	研究主要基于小鼠模型和有限的临床样本，人类癌症中的验证仍需进一步研究	探究肿瘤相关巨噬细胞的发育轨迹及其在免疫治疗中的作用	肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）	肿瘤免疫学	肺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	基因表达数据	小鼠癌症模型和部分癌症患者的肿瘤样本
1452	2025-07-19	Persistent and progressive acute lung allograft dysfunction is linked to cell compositional and transcriptional changes in small airways 2025-Apr-16, The Journal of heart and lung transplantation : the official publication of the International Society for Heart Transplantation DOI:10.1016/j.healun.2025.03.010 PMID:40293382	研究论文	本研究探讨了急性肺移植功能障碍（ALAD）与小气道细胞组成和转录变化之间的关系	首次将ALAD的进展与小气道细胞组成和转录变化联系起来，并提出了分子表型分析作为识别高风险患者的潜在工具	样本量较小（总样本数20例），属于初步研究	开发新的诊断工具以识别可能进展为慢性肺移植功能障碍（CLAD）的ALAD患者	肺移植受者（包括ALAD患者和功能稳定的对照组）	呼吸系统疾病研究	肺移植相关并发症	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	PERMANOVA统计模型	转录组数据	20例（8例对照，4例恢复型ALAD，5例持续型ALAD，3例进展型ALAD）
1453	2025-07-19	Integration of mass cytometry and single-cell RNA-sequencing of cells in bronchoalveolar lavage 2025-Apr, BioTechniques IF:2.2Q4 DOI:10.1080/07366205.2025.2505347 PMID:40384395	研究论文	该研究结合了质谱流式细胞技术（CyTOF）和单细胞RNA测序（sc-RNA-seq）来分析支气管肺泡灌洗液（BAL）中的细胞群体和基因/蛋白表达	首次在同一BAL样本中同时应用sc-RNA-seq和CyTOF技术，比较两种平台在细胞亚群分析中的相关性	研究仅针对健康参与者的BAL样本，未涉及疾病状态	评估sc-RNA-seq和CyTOF在细胞群体和基因/蛋白表达分析中的互补性	健康参与者的支气管肺泡灌洗液（BAL）细胞	单细胞组学	NA	sc-RNA-seq, CyTOF	NA	单细胞RNA测序数据, 蛋白质表达数据	健康参与者的BAL样本（具体数量未明确说明）
1454	2025-07-19	Inhibition of methylthioadenosine phosphorylase provides protection from experimental acute kidney injury 2025-Feb-23, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2025.02.19.639065 PMID:40027701	研究论文	研究甲基硫腺苷磷酸化酶（MTAP）抑制在急性肾损伤（AKI）中的潜在保护作用	首次提出MTAP抑制作为一种新型的肾脏保护策略，并通过RNA测序揭示了其调控炎症、氧化磷酸化和细胞存活相关通路的作用机制	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类临床试验中验证其效果	探索MTAP抑制作为急性肾损伤治疗策略的潜力	急性肾损伤小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据	代谢调控	急性肾损伤	RNA测序、单细胞RNA测序	小鼠AKI模型	RNA测序数据	小鼠模型及人类单细胞RNA测序数据（具体数量未提及）
1455	2025-07-19	Stratifin Is Necessary for Spasmolytic Polypeptide-Expressing Metaplasia Development After Acute Gastric Injury 2025, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2025.101521 PMID:40280276	研究论文	研究Stratifin (SFN)在胃急性损伤后主细胞转分化为表达解痉多肽的化生(SPEM)过程中的作用	首次揭示SFN通过调节EGFR/ERK信号通路促进主细胞转分化为SPEM	研究仅在小鼠模型中进行，未涉及人类样本	探究SFN在胃黏膜损伤后主细胞转分化和SPEM形成中的作用机制	Mist1CreERT2; LSL-tdTomato和Mist1CreERT2; Sfnflox/flox小鼠模型	分子生物学	胃疾病	单细胞RNA测序, 免疫组化	小鼠基因敲除模型	RNA测序数据, 组织学图像	基因工程小鼠模型
1456	2025-07-19	Topologically associating domains of chromatin on single-cell Hi-C data: a survey of bioinformatic tools and applications in the light of artificial intelligence 2025, Frontiers in genetics IF:2.8Q2 DOI:10.3389/fgene.2025.1602234 PMID:40666074	综述	本文综述了在单细胞Hi-C数据上分析拓扑关联域（TADs）的生物信息学工具及其在人工智能视角下的应用	结合人工智能技术，尤其是深度神经网络，探索单细胞Hi-C数据中TAD结构的复杂模式	单细胞Hi-C数据的超稀疏性、噪声、实验伪影、丢失事件以及细胞异质性带来的分析挑战	探讨单细胞水平TAD结构的计算分析方法及其在基因表达调控中的作用	单细胞Hi-C数据中的拓扑关联域（TADs）	生物信息学	NA	单细胞Hi-C（scHi-C）	深度神经网络	单细胞Hi-C数据	涉及大量细胞的数据分析
1457	2025-07-19	SPP1+ tumor-associated macrophages define a high-risk subgroup and inform personalized therapy in hepatocellular carcinoma 2025, Frontiers in oncology IF:3.5Q2 DOI:10.3389/fonc.2025.1606195 PMID:40666097	research paper	该研究通过整合单细胞RNA测序和大规模RNA测序数据，建立了一种基于SPP1和FOLR2特征的肿瘤相关巨噬细胞分类系统，并探索了其在肝细胞癌患者分层和个性化治疗中的应用	重新定义了肿瘤相关巨噬细胞的异质性，超越了传统的M1/M2范式，并将TAMs轨迹基因与HCC患者分层联系起来	研究主要基于RNA测序数据，可能未涵盖所有临床相关因素，且需要进一步实验验证SPP1阻断策略的临床效果	探索肿瘤相关巨噬细胞在肝细胞癌中的临床和治疗意义	肝细胞癌患者和肿瘤相关巨噬细胞	digital pathology	hepatocellular carcinoma	sc-RNA seq, bulk RNA-seq, multiple immunofluorescence	unsupervised clustering	RNA-seq data	大规模sc-RNA seq数据集
1458	2025-07-19	Integration of single-cell RNA and bulk RNA sequencing revealed malignant ductal cell heterogeneity and prognosis signatures in pancreatic cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1579184 PMID:40666516	研究论文	通过整合单细胞RNA测序和批量RNA测序数据，揭示了胰腺癌中恶性导管细胞的异质性及其预后标志物	发现了ANLN、NT5E和CTSV三个新的预后生物标志物，并揭示了恶性导管细胞与巨噬细胞之间的促肿瘤相互作用	样本量相对较小（74个单细胞RNA测序样本），且需要更多独立队列验证	识别胰腺癌的早期诊断标志物并改善对肿瘤-微环境相互作用的理解	胰腺癌中的恶性导管细胞和巨噬细胞	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、批量RNA测序、非负矩阵分解（NMF）、机器学习特征选择	NMF、pySCENIC、CellPhoneDB	RNA测序数据	74个单细胞RNA测序样本，TCGA批量RNA数据，两个独立验证队列
1459	2025-07-19	Identification and validation of genes related to stem cells and telomere maintenance mechanisms as biomarkers for breast cancer 2025, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2025.1618193 PMID:40666524	研究论文	该研究通过整合转录组和单细胞RNA测序分析，探讨了干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌潜在生物标志物的作用及其细胞机制	首次整合转录组和单细胞RNA测序分析，揭示了JUN、NFKB1和SP1作为乳腺癌潜在生物标志物的作用，并强调了间充质细胞在肿瘤生物学中的关键角色	样本量较小（8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织），可能影响结果的普遍性	探索干细胞相关基因和端粒维持机制相关基因作为乳腺癌生物标志物的潜力及其作用机制	乳腺癌肿瘤样本和匹配的癌旁组织	数字病理学	乳腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、逆转录定量聚合酶链反应（RT-qPCR）	LASSO算法	RNA测序数据	8个乳腺癌肿瘤样本和8个匹配的癌旁组织
1460	2025-07-19	Thymic hyperplasia in myasthenia gravis: a narrative review 2025, Mediastinum (Hong Kong, China) DOI:10.21037/med-25-12 PMID:40666538	综述	本文回顾了早期发病型重症肌无力(EOMG)中胸腺病理学的当前知识，探讨了导致胸腺增生的免疫学和环境因素，并指出了未来研究的方向	强调了新兴技术如单细胞和空间转录组学以及胸腺类器官模型在研究胸腺滤泡增生(TFH)机制中的新应用	未具体说明文献检索的时间范围和纳入研究的数量限制	探讨胸腺病理学在早期发病型重症肌无力(EOMG)中的作用及其机制	早期发病型重症肌无力(EOMG)患者的胸腺病理变化	医学研究	重症肌无力	单细胞转录组学, 空间转录组学, 胸腺类器官模型	NA	文献数据	NA