单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14561	2024-08-07	Loss of Claudin-3 Impairs Hepatic Metabolism, Biliary Barrier Function, and Cell Proliferation in the Murine Liver 2021, Cellular and molecular gastroenterology and hepatology IF:7.1Q1 DOI:10.1016/j.jcmgh.2021.04.003 PMID:33866021	研究论文	本文研究了紧密连接蛋白claudin-3在小鼠肝脏中的细胞类型特异性表达及其对肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖的影响	首次探讨了claudin-3在肝脏代谢、屏障功能和细胞增殖中的具体作用	NA	探究紧密连接蛋白claudin-3在肝脏中的功能及其对代谢和屏障功能的影响	小鼠肝脏中的紧密连接蛋白claudin-3及其相关代谢和屏障功能	NA	NA	RNA测序	NA	RNA	Cldn3-/-和Cldn3+/+小鼠的肝脏样本
14562	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals the Immunological Profiles of Renal Allograft Rejection in Mice 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.693608 PMID:34367152	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术分析了小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞特征	首次揭示了从小鼠急性排斥到慢性排斥过程中免疫细胞类型的变化及其对排斥过程的影响	NA	研究肾移植排斥过程中的免疫细胞特征及其变化	小鼠肾移植排斥模型中的免疫细胞	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	10,921个白细胞
14563	2024-08-07	Integrated Systems Analysis of the Murine and Human Pancreatic Cancer Glycomes Reveals a Tumor-Promoting Role for ST6GAL1 2021, Molecular & cellular proteomics : MCP IF:6.1Q1 DOI:10.1016/j.mcpro.2021.100160 PMID:34634466	研究论文	本文通过系统方法整合了KC小鼠和人类胰腺癌患者的糖组分析，识别了在癌症形成中可能起作用的糖类	创建了一种新型小鼠模型，通过胰腺特异性遗传删除ST6 beta-galactoside alpha-2,6-sialyltransferase 1酶，研究其对胰腺癌的影响	某些人类糖组变化在KC小鼠模型中未观察到	识别在胰腺癌形成中起作用的糖类，并开发针对这些糖类的治疗方法	小鼠和人类胰腺癌样本的糖组	数字病理学	胰腺癌	糖组分析	NA	序列数据	包括KC小鼠模型和人类胰腺癌患者样本
14564	2024-08-07	Deep Parallel Characterization of AAV Tropism and AAV-Mediated Transcriptional Changes via Single-Cell RNA Sequencing 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.730825 PMID:34759919	研究论文	本文开发了一种实验和计算相结合的单细胞RNA测序（scRNA-seq）流程，用于高分辨率地表征编码rAAV池的趋向性和响应	首次采用scRNA-seq技术并行表征AAV的趋向性和转录变化，发现了未被识别的AAV衣壳靶向偏差和细胞类型特异性的短暂反应	NA	旨在开发安全且精确的基因递送载体，并展示在单细胞水平上理解基因疗法响应的重要性	重组腺相关病毒（rAAV）的趋向性和转录变化	基因疗法	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	涉及多种细胞和组织类型
14565	2024-08-07	Single-Cell Transcriptome Profiling Identifies Phagocytosis-Related Dual-Feature Cells in A Model of Acute Otitis Media in Rats 2021, Frontiers in immunology IF:5.7Q1 DOI:10.3389/fimmu.2021.760954 PMID:34759932	研究论文	本研究通过单细胞转录组测序技术，在急性中耳炎的大鼠模型中识别出与吞噬作用相关的双特征细胞	首次在急性中耳炎模型中发现具有吞噬作用相关双特征的稀有细胞群，并揭示了巨噬细胞在炎症反应中的关键作用	NA	探究急性中耳炎发展的分子机制及多细胞生态系统中的细胞间对话	大鼠急性中耳炎模型中的中耳黏膜细胞	数字病理学	耳部疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	转录组数据	共测序了来自炎症中耳黏膜的7023个细胞和健康中耳黏膜的5258个细胞
14566	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals B Cells Are Important Regulators in Fracture Healing 2021, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2021.666140 PMID:34819916	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，揭示了B细胞在骨折愈合过程中的重要作用	首次通过单细胞RNA测序技术详细描述了骨折愈合过程中B细胞的数量变化及其对骨形成和吸收活动的影响	研究主要集中在小鼠模型上，对人类骨折愈合过程中B细胞的作用描述较少	探讨B细胞在骨折愈合中的作用及其机制	骨折组织中的免疫细胞，特别是B细胞	数字病理学	骨折	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括中性粒细胞、单核细胞、T细胞、B细胞和浆细胞等多种免疫细胞
14567	2024-08-04	A Comprehensive Comparison between Primary Liver Cancer and Liver Metastases through scRNA-Seq Data Analysis 2024-Jan-26, Metabolites IF:3.4Q2 DOI:10.3390/metabo14020090 PMID:38392982	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序数据比较原发性肝癌与肝转移癌的差异	本研究综合分析了原发性肝癌与肝转移癌之间的细胞类型、比例及相互作用的细节	缺乏临床样本的验证与更广泛的数据集支持	探讨原发性肝癌和结直肠肝转移癌之间的生物学差异	原发性肝癌及肝转移癌细胞	数字病理学	肝癌	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	多种细胞类型的样本
14568	2024-08-07	Selective Vulnerability to Neurodegenerative Disease: Insights from Cell Type-Specific Translatome Studies 2024-Jan-23, Biology DOI:10.3390/biology13020067 PMID:38392286	综述	本文综述了通过细胞类型特异性翻译组学研究神经退行性疾病的选择性脆弱性的方法和进展	介绍了基于转基因技术的细胞类型特异性翻译组学方法（如RiboTag和bacTRAP）及其在神经退行性疾病研究中的应用	转基因技术在细胞类型特异性翻译组学中的应用相对较少，且存在一定的局限性	探讨不同脑区对神经退行性疾病的选择性脆弱性，以推进治疗策略的发展	研究对象包括肌萎缩侧索硬化症（ALS）、亨廷顿病（HD）、阿尔茨海默病（AD）以及特定的朊病毒疾病如致死性家族性失眠症（FFI）和遗传性克雅氏病（gCJD）	神经科学	神经退行性疾病	单细胞RNA测序（scRNAseq）、RiboTag、bacTRAP	NA	转录组数据	NA
14569	2024-08-07	Single-cell multi-omic analysis of the vestibular schwannoma ecosystem uncovers a nerve injury-like state 2024-Jan-12, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-42762-w PMID:38216553	研究论文	本研究通过单细胞多组学分析前庭神经鞘瘤的生态系统，揭示了神经损伤样状态	首次通过单细胞RNA测序和配对的单细胞ATAC测序以及外显子测序，深入分析了前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境，发现了与神经损伤修复相关的细胞类型和分子途径	研究样本量相对较小，可能影响结果的普遍性	探究前庭神经鞘瘤的异质性和肿瘤微环境对其发病机制的影响	前庭神经鞘瘤及其肿瘤微环境中的多种细胞类型	数字病理学	前庭神经鞘瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、单细胞ATAC测序（scATAC-seq）、外显子测序	NA	RNA表达数据	15个前庭神经鞘瘤样本，其中6个样本进行了配对的单细胞ATAC测序，12个样本进行了外显子测序
14570	2024-08-04	IL-21R signal reprogramming cooperates with CD40 and BCR signals to select and differentiate germinal center B cells 2023-02-24, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.add1823 PMID:36800413	研究论文	本文研究了IL-21R信号如何与CD40和BCR信号共同作用，选择并分化生发中心B细胞	发现IL-21R与CD40信号的协同作用引导生发中心B细胞（GCBCs）走向特定命运，揭示了第二条正选择通路	研究主要基于体外和体内的细胞分选和转录组测序，可能未能完全模拟体内复杂的微环境	阐明IL-21R信号在生发中心B细胞命运决定中的作用	生发中心B细胞，特别是受IL-21R和CD40共同信号影响的细胞	免疫学	NA	RNA测序，单细胞RNA测序，流式细胞术	NA	细胞，转录组数据	具体细胞数量未在摘要中提供
14571	2024-08-07	Identifying molecular subtypes and tumor microenvironment infiltration signatures in kidney renal clear cell carcinoma based on stemness-associated disulfidptosis genes by integrating machine learning, single-cell analyses and experimental validation 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26094 PMID:38390172	研究论文	本研究通过整合机器学习、单细胞分析和实验验证，基于干细胞相关硫化物死亡基因识别肾透明细胞癌的分子亚型和肿瘤微环境浸润特征	首次识别出与硫化物死亡相关的两种分子亚型，并构建了包含九个基因的SADG特征，这些基因与肿瘤干细胞性和肿瘤微环境高度相关	NA	旨在阐明硫化物死亡在肾透明细胞癌进展中的作用	肾透明细胞癌患者及其分子亚型和肿瘤微环境特征	机器学习	肾癌	非负矩阵分解(NMF)算法、加权基因共表达网络分析(WGCNA)、最小绝对收缩和选择算子(LASSO) Cox回归分析、单细胞RNA测序、qRT-PCR	NA	基因表达数据、单细胞RNA测序数据	使用了三个独立的外部验证数据集和临床样本进行验证
14572	2024-08-04	Integrating single-cell and spatially resolved transcriptomic strategies to survey the astrocyte response to stroke in male mice 2024-Feb-21, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-45821-y PMID:38383565	研究论文	本研究描述了一种平台，结合空间解析单细胞转录组和蛋白质组的方法，以调查小鼠对中风的星形胶质细胞反应	创新点在于整合了Visium和10X Chromium的数据集，并采用tDISCO技术来确定星形胶质细胞的空间边界和分子特征	本研究主要集中在雄性小鼠的星形胶质细胞反应，结果可能不适用于其他性别或物种	本研究旨在探讨星形胶质细胞在缺血性中风中的异质性及其反应	研究对象为雄性小鼠中的星形胶质细胞	数字病理学	脑卒中	tDISCO、Visium、10X Chromium	NA	转录组数据、蛋白组数据	NA
14573	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of anaplastic ependymoma and H3K27M-mutant diffuse midline glioma 2024-Feb-21, BMC neurology IF:2.2Q3 DOI:10.1186/s12883-024-03558-7 PMID:38383423	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术分析了间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤的细胞类型差异	揭示了两种脑肿瘤间的细胞异质性及其可能的细胞起源差异	NA	分析和比较两种常见脑肿瘤亚型的细胞类型差异	间变性室管膜瘤和H3K27M突变型弥漫中线胶质瘤	数字病理学	脑肿瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	11,219个细胞
14574	2024-08-07	Locus-specific LINE-1 expression in clinical ovarian cancer specimens at the single-cell level 2024-02-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54113-w PMID:38383551	研究论文	本文通过3'单细胞RNA测序技术，研究了高级别浆液性卵巢癌（HGSOC）样本中L1表达的位点特异性，并探讨了化疗前后及健康女性输卵管样本中的L1表达情况。	首次在单细胞水平上研究了L1表达的位点特异性，并发现L1表达主要在癌细胞中，但也存在于其他细胞类型中，如癌症相关成纤维细胞。	由于L1元素的重复性，使用所选技术进行L1表达定量具有挑战性。	探讨L1在卵巢癌中的表达情况及其与化疗和MYC靶基因表达的关系。	高级别浆液性卵巢癌样本及健康女性输卵管样本。	数字病理学	卵巢癌	3'单细胞RNA测序	NA	RNA	11名患者的化疗前后HGSOC样本对及5名健康女性的输卵管样本
14575	2024-08-04	Machine learning-based investigation of regulated cell death for predicting prognosis and immunotherapy response in glioma patients 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54643-3 PMID:38378721	研究论文	本研究探讨了调控细胞死亡对于预测胶质瘤患者预后和免疫治疗反应的影响	提出了一种基于机器学习的框架，用于筛选潜在的治疗候选者，并开发了RCD.GP基因对评分系统	调控细胞死亡的全面和系统性景观尚未完全研究和探索	研究胶质瘤中调控细胞死亡的角色并预测患者预后	聚焦于胶质母细胞瘤患者及其相关的RCD基因	机器学习	胶质瘤	qRT-PCR	Lasso, RSF, XgBoost, Enet, CoxBoost, Boruta	多组学数据，包括大规模数据、单细胞数据和蛋白质组数据	18个与RCD相关的标志物
14576	2024-08-07	New generative methods for single-cell transcriptome data in bulk RNA sequence deconvolution 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54798-z PMID:38378978	研究论文	本研究探讨了一种新的数据生成方法sc-CMGAN及其基准生成方法（Copula、CTGAN和TVAE）在批量RNA序列反卷积中的应用，以解决基因表达异质性和参考单细胞RNA序列数据不足的问题	首次研究了数据增强对批量反卷积的影响，并提出了一种新的生成方法sc-CMGAN，该方法在提高反卷积准确性和鲁棒性方面表现出色	NA	旨在通过新的数据生成方法改善批量RNA序列反卷积的准确性和鲁棒性	批量RNA序列反卷积方法及其在疾病相关组织中细胞类型组成分析中的应用	数字病理学	NA	RNA序列	GAN	RNA序列数据	使用了四个公共数据集
14577	2024-08-07	Neutrophil extracellular trap-associated risk index for predicting outcomes and response to Wnt signaling inhibitors in triple-negative breast cancer 2024-02-20, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54888-y PMID:38379084	研究论文	本研究通过分析中性粒细胞外陷阱（NETs）相关基因，构建了一个风险指数，用于预测三阴性乳腺癌（TNBC）患者的预后和Wnt信号通路抑制剂的治疗反应	首次构建了基于NETs相关基因的风险指数，并验证了其在预测TNBC患者对Wnt信号通路抑制剂反应中的有效性	NA	研究NETs相关基因在TNBC中的作用，并开发一个风险指数以预测患者对Wnt信号通路抑制剂的反应	三阴性乳腺癌（TNBC）患者	数字病理学	乳腺癌	RNA测序	NA	RNA序列	使用了来自公共数据库的批量和单细胞RNA测序数据，具体样本数量未详细说明
14578	2024-08-07	Single-cell transcriptome landscape of circulating CD4+ T cell populations in autoimmune diseases 2024-Feb-14, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2023.100473 PMID:38359792	研究论文	本研究通过基于分解的转录组特征化和典型聚类策略，评估了CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的作用	本研究首次识别了12个独立基因程序，这些程序控制着CD4 T细胞的异质性，并能解释典型聚类的模糊性	NA	揭示CD4 T细胞亚群在自身免疫疾病中的转录组特征及其在疾病进展中的作用	循环中的CD4+ T细胞在自身免疫疾病中的转录组特征	数字病理学	自身免疫疾病	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	超过180万个外周CD4 T细胞，来自953名个体
14579	2024-08-04	Expression of EPB41L2 in Cancer-Associated Fibroblasts: Prognostic Implications for Bladder Cancer and Response to Immunotherapy 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102927 PMID:38154234	研究论文	研究了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的表达及其对免疫治疗的预后意义	首次确认了EPB41L2在膀胱癌相关成纤维细胞中的上调及其与肿瘤微环境重塑的相关性	未提供关于其他潜在生物标志物比较的数据	评估EPB41L2作为预测膀胱癌免疫治疗反应的生物标志物的潜力	膀胱癌患者的肿瘤微环境及相关生物标志物	数字病理学	膀胱癌	免疫组化（IHC）和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据、组织切片	IMvigor210队列的患者样本和正常组织对照
14580	2024-08-07	ABHD5-CPT1B: An Important Way of Regulating Placental Lipid Metabolism in Gestational Diabetes Mellitus 2024-01, Archives of medical research IF:4.7Q1 DOI:10.1016/j.arcmed.2023.102925 PMID:38042031	研究论文	本研究探讨了妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的调控机制，特别是ABHD5-CPT1B的作用	首次揭示了ABHD5-CPT1B在妊娠期糖尿病胎盘脂质代谢中的重要调控作用	研究样本量较小，需要进一步的大规模验证	探究妊娠期糖尿病中胎盘脂质代谢的分子机制	妊娠期糖尿病患者的胎盘和正常孕妇的胎盘	NA	妊娠期糖尿病	单细胞RNA测序	NA	RNA	15名妊娠期糖尿病患者和15名正常孕妇