单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27366 篇文献，本页显示第 14521 - 14540 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14521 | 2024-08-07 |
Lipocalin-2 expression identifies an intestinal regulatory neutrophil population during acute graft-versus-host disease
2024-Feb-21, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.adi1501
PMID:38381845
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，在急性移植物抗宿主病（aGVHD）的小鼠模型中，发现了一种表达脂质运载蛋白2（LCN2）的肠道调节性中性粒细胞群体，并探讨了其在aGVHD中的作用机制。 | 首次鉴定出表达LCN2的肠道中性粒细胞群体，并揭示了LCN2通过诱导胰岛素样生长因子1受体（IGF-1R）信号在巨噬细胞中的作用，减少主要组织相容性复合体II类（MHCII）表达并增加白细胞介素-10（IL-10）产生，从而减轻aGVHD的严重程度。 | NA | 探讨LCN2在急性移植物抗宿主病中的作用及其机制，为aGVHD的治疗提供新的策略。 | 急性移植物抗宿主病（aGVHD）中的肠道中性粒细胞群体及其表达的脂质运载蛋白2（LCN2）。 | NA | 移植物抗宿主病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 多个aGVHD患者肠道活检样本 |
| 14522 | 2024-08-07 |
A single-cell transposable element atlas of human cell identity
2023-Dec-28, bioRxiv : the preprint server for biology
DOI:10.1101/2023.12.28.573568
PMID:38234829
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研究论文 | 本研究开发了一种名为Stellarscope的工具和分析流程，用于单细胞转座子位点水平分析，通过重新分配多重映射的读取到特定的基因组位点，构建了人类PBMCs中的转座子表达图谱 | 首次系统地量化了单细胞RNA测序中的转座子表达，并发现转座子位点特异性表达可以区分细胞类型并定义新的细胞亚群 | NA | 探索转座子在人类生物学中的影响 | 人类PBMCs中的转座子表达 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 (scRNA-seq) | 期望最大化算法 | RNA序列 | 人类PBMCs样本 |
| 14523 | 2024-08-07 |
Generation of Atp6v1g3-Cre mice for investigation of intercalated cells and the collecting duct
2023-12-01, American journal of physiology. Renal physiology
DOI:10.1152/ajprenal.00137.2023
PMID:37823193
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研究论文 | 本研究通过CRISPR/CAS技术生成了Atp6v1g3-Cre小鼠，用于研究肾间质细胞和集合管 | 开发了一种新的Atp6v1g3-Cre报告小鼠模型，该模型在肾脏细胞中具有高度特异性，且在其他器官中表达极少或无表达 | NA | 研究肾间质细胞在肾脏先天免疫功能中的作用 | 肾间质细胞和集合管 | NA | 肾脏感染、酸碱失衡和急性肾损伤 | CRISPR/CAS技术 | NA | 单细胞RNA测序 | NA |
| 14524 | 2024-08-04 |
Spatial Transcriptomics of Intraductal Papillary Mucinous Neoplasms of the Pancreas Identifies NKX6-2 as a Driver of Gastric Differentiation and Indolent Biological Potential
2023-08-04, Cancer discovery
IF:29.7Q1
DOI:10.1158/2159-8290.CD-22-1200
PMID:37285225
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研究论文 | 本研究通过空间转录组技术揭示了胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤的转录因子NKX6-2对胃部分化和温和生物学潜力的影响 | 首次发现NKX6-2是推动IPMN温和胃部分化的转录因子 | 研究中未详细探讨NKX6-2在其他癌症类型中的作用 | 旨在探讨IPMN中的胃部分化的分子基础 | 以一组胰腺导管内乳头状粘液性肿瘤为研究对象 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 空间转录组技术 | 小鼠IPMN模型 | 基因表达数据 | NA |
| 14525 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA-seq reveals alterations in peripheral CX3CR1 and nonclassical monocytes in familial tauopathy
2023-07-18, Genome medicine
IF:10.4Q1
DOI:10.1186/s13073-023-01205-3
PMID:37464408
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研究论文 | 这篇文章揭示了携带MAPT致病变异的家族性tau病患者在外周单核细胞中CX3CR1和非经典单核细胞的变化 | 首次系统地分析了人类外周免疫细胞在tau病理变化下的表达和丰度，特别关注CX3CR1和非经典单核细胞 | 样本量较小，仅包括8名变异携带者和8名健康对照，可能影响结果的普遍性 | 研究tau病理对人类外周免疫系统的影响 | 来自MAPT致病变异携带者和健康对照的外周血单核细胞 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 音乐 | 16个样本（8个病变携带者和8个健康对照） |
| 14526 | 2024-08-07 |
Adult skin fibroblast state change in murine wound healing
2023-01-17, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-022-27152-4
PMID:36650180
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研究论文 | 本研究分析了小鼠正常和受伤皮肤在伤口愈合第4天的单细胞RNA测序数据，以探讨伤口愈合增殖期中成纤维细胞的异质性 | 发现了在受伤皮肤中显著增加的特定成纤维细胞亚群（cluster 3），并识别出可能促进伤口愈合的候选药物 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现 | 研究伤口愈合过程中成纤维细胞的异质性及其对伤口愈合的影响 | 小鼠正常和受伤皮肤的成纤维细胞 | NA | NA | scRNA-seq | NA | 基因表达数据 | 小鼠正常和受伤皮肤的样本 |
| 14527 | 2024-08-04 |
A Comprehensive narrative review of transcriptomics and epigenomics of gallbladder cancer
2023-Jan-01, Journal of cancer research and therapeutics
IF:1.4Q4
DOI:10.4103/jcrt.jcrt_1823_23
PMID:38384011
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review | 本综述分析了胆囊癌的转录组学和表观基因组学研究 | 该文章通过对2010年至2023年间已发布的高通量测序研究的分析，揭示了胆囊癌的基因与表观基因特征 | 当前研究基于已发布的文献，可能会有限制于数据的可用性和质量 | 研究胆囊癌的分子机制，开发诊断生物标志物和靶向治疗方法 | 胆囊癌相关的转录组和表观基因组特征 | 数字病理学 | 胆囊癌 | 下一代测序（NGS），RNA测序，单细胞测序，微阵列技术 | NA | 基因组数据 | NA |
| 14528 | 2024-08-07 |
Cellinker: a platform of ligand-receptor interactions for intercellular communication analysis
2021-Jan-20, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btab036
PMID:33471060
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研究论文 | 本文开发了Cellinker平台，一个用于细胞间通信分析的配体-受体相互作用资源 | Cellinker提供了超过3,700个人类和3,200个鼠类配体-受体蛋白-蛋白相互作用以及400多个内源性小分子相关的配体-受体相互作用，并特别收集了与冠状病毒感染相关的16个配体-受体相互作用信息 | NA | 提供一个全面的、高可信度的资源，用于检索配体-受体相互作用，以研究细胞间通信的功能效应 | 配体-受体相互作用及其在细胞间通信中的作用 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 蛋白质-蛋白相互作用数据 | 超过3,700个人类和3,200个鼠类配体-受体相互作用，以及400多个内源性小分子相关的相互作用 |
| 14529 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomics analysis showing functional heterogeneity in decidual stromal cells during labor
2020-Dec-28, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research
IF:2.5Q3
DOI:10.1136/jim-2020-001616
PMID:33372108
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序分析，探讨了分娩前后基底层间质细胞的异质性及其功能变化 | 首次通过单细胞转录组学分析揭示了分娩过程中基底层间质细胞的功能异质性 | NA | 研究分娩过程中基底层间质细胞的异质性及其功能变化 | 基底层间质细胞 | 基因组学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 6382个细胞 |
| 14530 | 2024-08-07 |
Single-cell profiling of long noncoding RNAs and their cell lineage commitment roles via RNA-DNA-DNA triplex formation in mammary epithelium
2020-Sep-15, Stem cells (Dayton, Ohio)
DOI:10.1002/stem.3274
PMID:32930441
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研究论文 | 本研究利用高吞吐量的单细胞RNA测序数据，探讨了长非编码RNA（lncRNAs）在乳腺上皮细胞中的表达模式及其在细胞谱系承诺中的作用，通过lncRNA-DNA-DNA三链结构的形成进行功能验证。 | 首次通过单细胞RNA测序数据全面注释乳腺上皮细胞中的lncRNAs表达，并揭示了lncRNAs通过形成三链结构调控下游谱系特异性标记基因的机制。 | 研究仅以lncRNA-Carmn为例进行验证，可能需要进一步的研究来验证其他lncRNAs在细胞谱系承诺中的作用。 | 探讨lncRNAs在乳腺上皮细胞中的表达模式及其在细胞谱系承诺中的作用。 | 乳腺上皮细胞中的长非编码RNA（lncRNAs）及其在细胞谱系承诺中的作用。 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列 | 具体样本数量未在摘要中提及 |
| 14531 | 2024-08-04 |
Combining Global-Constrained Concept Factorization and a Regularized Gaussian Graphical Model for Clustering Single-Cell RNA-seq Data
2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00587-7
PMID:37815679
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研究论文 | 本文提出了一种新颖的计算方法GCFG，用于聚类单细胞RNA测序数据 | 该方法考虑了全局和局部信息，通过概念分解和正则化高斯图模型相结合来增强聚类性能 | 虽然GCFG在多个数据集上表现出色，但仍需在更多应用场景中验证其有效性 | 旨在提高单细胞RNA-seq数据聚类的准确性和可用性 | 研究对象为单细胞RNA测序数据集 | 机器学习 | NA | RNA-seq | 正则化高斯图模型 | 基因组数据 | 14个真实的单细胞RNA-seq数据集 |
| 14532 | 2024-08-07 |
Comprehensive scRNA-seq Model Reveals Artery Endothelial Cell Heterogeneity and Metabolic Preference in Human Vascular Disease
2024-Mar, Interdisciplinary sciences, computational life sciences
DOI:10.1007/s12539-023-00591-x
PMID:37976024
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序技术，结合深度学习算法，分析了人类血管疾病中的动脉内皮细胞异质性和代谢偏好 | 本研究开发了一种基于细胞聚类的基因集评分系统，有助于识别血管疾病发展的相对阶段，并使用图形神经网络模型估计代谢偏好模式 | NA | 揭示血管疾病中内皮细胞的变化，为临床治疗提供新靶点 | 人类血管疾病中的动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 血管疾病 | 单细胞RNA测序 | 图形神经网络 | scRNA-seq数据 | 多个类型的人类血管疾病数据集 |
| 14533 | 2024-08-04 |
Integrating single-cell and bulk expression data to identify and analyze cancer prognosis-related genes
2024-Feb-29, Heliyon
IF:3.4Q1
DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e25640
PMID:38379985
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研究论文 | 本研究整合了单细胞和批量表达数据，以识别和分析与癌症预后相关的基因 | 该研究结合单细胞测序技术和批量表达分析，提高了对癌症预后相关生物标志物的识别能力 | 研究主要集中在乳腺癌和肺癌，对于其他类型癌症的适用性需要进一步验证 | 探讨利用单细胞和批量表达数据构建癌症预后模型的可能性 | 乳腺癌和肺癌的相关基因及其表达模式 | 数字病理学 | 乳腺癌, 肺癌 | 单细胞测序 | Cox回归分析 | 基因表达数据 | 涉及多个乳腺癌和正常组织的样本 |
| 14534 | 2024-08-04 |
Signature construction and molecular subtype identification based on liver-specific genes for prediction of prognosis, immune activity, and anti-cancer drug sensitivity in hepatocellular carcinoma
2024-Feb-19, Cancer cell international
IF:5.3Q1
DOI:10.1186/s12935-024-03242-3
PMID:38374122
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研究论文 | 文章探讨了基于肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类及其预后、免疫活性和抗癌药物敏感性的预测 | 提出了肝特异性基因的肝细胞癌亚型分类和五基因预后模型，提供了个性化治疗的新线索 | 样本数量及其来源可能限制了结果的普遍性 | 研究肝特异性基因在肝细胞癌中的作用和分类 | 研究对象为肝细胞癌患者的RNA测序数据及相应细胞系 | 数字病理学 | 肝癌 | RNA测序 | LASSO回归模型 | 基因表达数据 | 从TCGA、ICGC和GEO数据库获取的HCC样本 |
| 14535 | 2024-08-07 |
Deconvolution at the single-cell level reveals ovarian cell-type-specific transcriptomic changes in PCOS
2024-Feb-19, Reproductive biology and endocrinology : RB&E
IF:4.2Q1
DOI:10.1186/s12958-024-01195-w
PMID:38373962
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据对多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型特异性转录组变化进行了解卷积分析 | 首次使用单细胞RNA测序数据对PCOS中的卵巢细胞类型进行解卷积分析，揭示了细胞类型特异性的转录组变化 | 研究仅基于30个样本（15个对照 vs 15个PCOS），样本量相对较小 | 探究PCOS中卵巢组织的分子改变和细胞组成 | 多囊卵巢综合征（PCOS）中的卵巢细胞类型 | 数字病理学 | 生殖内分泌疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 30个样本（15个对照 vs 15个PCOS） |
| 14536 | 2024-08-04 |
The cycling and aging mouse female reproductive tract at single-cell resolution
2024-Feb-15, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2024.01.021
PMID:38325365
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研究论文 | 本研究系统性地表征了小鼠女性生殖道在生殖周期、妊娠和衰老过程中的形态学和基因表达变化 | 通过单细胞和空间转录组学分析，首次揭示了成纤维细胞在生殖道重塑中的中心和器官特异性角色 | 未提及具体的样本量和实验限制 | 探究生殖周期和衰老如何影响女性生殖道的重塑 | 小鼠的卵巢、输卵管、子宫、宫颈和阴道 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学、空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 14537 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing to understand host-virus interactions
2024-Feb, Virologica Sinica
IF:4.3Q2
DOI:10.1016/j.virs.2023.11.009
PMID:38008383
|
综述 | 本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在解析宿主与病毒相互作用中的应用及其优缺点 | scRNA-seq技术能够以单细胞分辨率分析宿主和病毒转录本及宿主-病毒相互作用 | NA | 深入探讨scRNA-seq在病毒学研究中的应用，以更好地理解致病机制并发现更有效的治疗策略 | 宿主与病毒的相互作用及免疫图谱 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录本 | NA |
| 14538 | 2024-08-07 |
Genome-wide DNA methylation of lesional and peri-lesional skin in vitiligo: a comparative and integrated analysis of multi-omics in Chinese population
2024-Feb, Human genetics
IF:3.8Q2
DOI:10.1007/s00439-023-02630-5
PMID:38182908
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研究论文 | 本研究通过比较和整合分析中国人群中白癜风病变和周围皮肤的全基因组DNA甲基化情况 | 首次报道了临床白癜风及其周围皮肤的综合DNA甲基化图谱 | NA | 研究白癜风病变和周围皮肤的DNA甲基化特征，并整合转录组数据以识别差异甲基化和表达基因 | 白癜风患者的病变皮肤、周围皮肤和健康皮肤样本 | 数字病理学 | 白癜风 | Illumina 850K甲基化芯片 | NA | DNA甲基化数据和转录组数据 | 6个病变皮肤样本，6个周围皮肤样本，8个健康皮肤样本 |
| 14539 | 2024-08-07 |
Unraveling T cell exhaustion in the immune microenvironment of osteosarcoma via single-cell RNA transcriptome
2024-Jan-27, Cancer immunology, immunotherapy : CII
DOI:10.1007/s00262-023-03585-2
PMID:38280005
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研究论文 | 本研究利用单细胞RNA测序数据分析了骨肉瘤中的T细胞耗竭现象，并构建了预测模型以评估其对患者预后的影响 | 首次通过单细胞RNA测序技术详细揭示了骨肉瘤中T细胞耗竭的分子特征及其在肿瘤免疫微环境中的作用 | NA | 探讨T细胞耗竭在骨肉瘤免疫微环境中的作用及其对疾病进展的影响 | 骨肉瘤中的T细胞耗竭现象及其相关基因表达 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 未具体说明样本数量 |
| 14540 | 2024-08-04 |
Joint L2,p-norm and random walk graph constrained PCA for single-cell RNA-seq data
2024 Jan-Mar, Computer methods in biomechanics and biomedical engineering
IF:1.7Q3
DOI:10.1080/10255842.2023.2188106
PMID:36912759
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研究论文 | 本文提出了一种称为RWPPCA的新方法用于改善单细胞RNA测序数据的细胞类型识别 | RWPPCA结合了随机游走算法和图正则化，以更精确地确定数据点之间的局部几何关系，并引入-Lp范数使主成分更稀疏，提升了解释性 | 传统PCA在挖掘数据的非线性流形结构时存在缺陷，可能会受主成分过密的影响 | 提高单细胞RNA测序数据中的细胞类型识别的有效性 | 单细胞RNA测序数据 | 数字病理学 | NA | RNA-seq | NA | 高维数据 | 模拟数据和单细胞RNA测序数据的多个样本 |