单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14481	2024-08-07	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297897 PMID:38363784	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨了两种与结直肠癌相关的病原共生菌对肠道上皮细胞和局部免疫系统的影响	首次详细描述了Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis在结直肠癌模型中对转录表型和免疫细胞的具体影响	研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异	探讨特定病原共生菌在结直肠癌发展中的作用及其分子机制	Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis对结直肠癌的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型
14482	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals Crucial Cell Subsets and Functional Heterogeneity Associated With Carotid Atherosclerosis and Cerebrovascular Events 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.318974 PMID:37881939	研究论文	这篇文章揭示了与颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的重要细胞亚群及功能异质性	文章提供了来自20名患者的颈动脉斑块及配对外周血单核细胞的前所未有的大数据集，揭示了动脉粥样硬化微环境的超高精度细胞景观	未具体提及高通量数据在临床应用中的限制	研究颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的免疫和内皮细胞亚群的功能特征	研究对象为来自20名颈动脉粥样硬化患者的颈动脉斑块及外周血单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	20名患者的颈动脉斑块和外周血单核细胞
14483	2024-08-04	Clonal Proliferation Within Smooth Muscle Cells in Unstable Human Atherosclerotic Lesions 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319479 PMID:37881937	研究论文	本研究探讨了人类不稳定动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆增殖	提出了一种新的方法来检测动脉粥样硬化病变中的平滑肌细胞克隆性	本研究的空间分辨率和模型的可转化性受到限制	旨在研究人类动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆性	研究对象为人类不稳定动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	RNA原位杂交	NA	RNA	来自杂合女性的三种不同类型的冠状动脉斑块
14484	2024-08-07	Discovering a Rare Smooth Muscle Cell Population Specific to Men in Ascending Aortic Aneurysm Using Spatial Transcriptomics 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320235 PMID:37916413	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14485	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.16.566893 PMID:38014321	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9全基因组筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1信号通路相关基因在炎症性关节炎中的作用	发现了与PD-1抑制T细胞功能相关的1,112个独特基因，并揭示了PD-1 + HLA-DR HIGH KLRG LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群	需要进一步研究以完全阐明PD-1在滑膜T细胞亚群中的作用	探索PD-1信号通路在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9全基因组筛选	NA	RNA测序数据	来自类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞
14486	2024-08-07	Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling 2023-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.06.561193 PMID:38370853	research paper	本文研究了肌肉内驻留的施万细胞在神经肌肉接头重塑过程中的动态变化	发现了先前未被识别的终端施万细胞（tSC）群体，并揭示了SPP1驱动的细胞间相互作用在促进tSC增殖和神经再支配中的作用	NA	探究神经肌肉接头修复机制，特别是肌肉内驻留施万细胞在神经再支配中的作用	肌肉内驻留的施万细胞及其在神经肌肉接头重塑中的作用	NA	degenerative neuromuscular conditions	high-resolution imaging, single-cell RNA sequencing	NA	image, transcriptome	年轻小鼠模型中的神经肌肉接头退化
14487	2024-08-07	Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons 2023-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.18.558146 PMID:37781576	研究论文	本文系统地表征了小鼠远端结肠和直肠中VGLUT2阳性肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征	首次详细描述了VGLUT2-ENs的形态特征和功能激活机制，揭示了它们在肠神经系统中的独特作用	研究主要集中在小鼠的远端结肠和直肠，可能不完全适用于其他物种或其他肠段	探究VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子和功能特征，以及它们在肠神经系统中的作用	小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元	神经科学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），GCaMP6f钙成像	NA	mRNA序列，钙成像数据	52个VGLUT2阳性肠神经元，215个GCaMP6f记录
14488	2024-08-04	Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease 2023-Sep-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3307940/v1 PMID:37720049	研究论文	本研究针对临床肝病进行单细胞和空间转录组学的技术优化，揭示了RNA质量对转录组数据的影响	开发了多个去卷积方法，以在组织切片上的每个转录组'点'中预测单细胞类型	转录组平台成本高，限制了样本量，且空间转录组尚未达到单细胞分辨率	研究临床样本中基因表达和细胞间相互作用的空间解析单细胞数据集	来自肝病患者的配对组织标本，包括组织学正常和严重纤维化患者	数字病理学	肝病	空间转录组学，单细胞RNA测序	去卷积方法	转录组数据	来自肝病患者的配对样本
14489	2024-08-07	Lysyl oxidase regulates epithelial differentiation and barrier integrity in eosinophilic esophagitis 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534387 PMID:37034590	研究论文	本文研究了赖氨酰氧化酶（LOX）在嗜酸性食管炎（EoE）中调控上皮细胞分化和屏障完整性的功能	首次揭示了LOX在食管上皮细胞中的非经典信号分子作用，通过激活骨形态发生蛋白（BMP）途径维持上皮稳态	NA	探究LOX在嗜酸性食管炎中对上皮细胞分化和屏障完整性的调控作用	人食管上皮细胞	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序，定量逆转录-聚合酶链反应，蛋白质印迹，组织学	NA	RNA	患者来源的类器官
14490	2024-08-07	Profibrotic properties of C1q+ interstitial macrophages in silica-induced pulmonary fibrosis in mice 2022-04-09, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.037 PMID:35180470	研究论文	研究探讨了C1q+间质巨噬细胞在硅尘诱导的小鼠肺纤维化中的促纤维化特性	首次揭示了间质巨噬细胞在肺纤维化中的具体作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗策略	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗策略	硅尘诱导的小鼠肺纤维化模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
14491	2024-08-07	CEBPβ regulation of endogenous IGF-1 in adult sensory neurons can be mobilized to overcome diabetes-induced deficits in bioenergetics and axonal outgrowth 2022-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04201-9 PMID:35298717	研究论文	本研究探讨了CEBPβ调控内源性IGF-1在成年感觉神经元中的作用，以及如何通过上调IGF-1来克服糖尿病引起的生物能量和轴突生长的缺陷	首次详细描述了CEBPβ在糖尿病模型中对内源性IGF-1表达的调控作用，并证明了CEBPβ过表达可以促进神经突生长和线粒体呼吸	研究主要基于体外细胞培养系统和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究内源性IGF-1在感觉神经元中的表达及其在糖尿病神经病变中的作用	感觉神经元、卫星胶质细胞（SGCs）和背根神经节（DRG）	神经科学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、原位杂交	NA	RNA	包括STZ诱导的1型糖尿病大鼠、Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠、高脂/高糖饮食的小鼠和db/db 2型糖尿病小鼠
14492	2024-08-07	In vivo development and single-cell transcriptome profiling of human brain organoids 2022-Mar, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13201 PMID:35141969	研究论文	本文通过将小型未成熟的人脑类器官注射到成年SCID小鼠的纹状体中，创新性地在体内开发了人脑类器官，并对其进行了单细胞转录组分析	本文创新性地在体内开发了人脑类器官，并发现这些类器官具有更多的支持细胞，如周细胞样细胞和脉络丛细胞，以及较低的细胞应激和凋亡水平	文中提到，由于移植手术引起的损伤等技术问题仍然限制了人脑类器官的应用	提供一种新方法来生成人脑类器官，以应用于疾病模型和治疗	人脑类器官及其在神经系统疾病中的应用	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	6131个GFP标记的人类细胞
14493	2024-08-07	Cellular architecture of human brain metastases 2022-02-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.043 PMID:35063085	研究论文	本文通过单细胞转录组学、质谱流式细胞术以及结合小鼠模型和计算机模拟方法，对15个人类脑转移瘤中的超过10万个恶性与非恶性细胞进行了综合分析	揭示了脑转移瘤微环境的组成，分子层面定义了血瘤界面，并发现了富含浸润性T细胞和巨噬细胞的基质免疫抑制状态	NA	旨在深入理解人类脑转移瘤的生物学基础及其与肿瘤细胞内在特性和宿主环境的关系	人类脑转移瘤中的恶性与非恶性细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学，质谱流式细胞术	NA	细胞	超过10万个细胞来自15个人类脑转移瘤
14494	2024-08-07	Comparative analysis of antibody- and lipid-based multiplexing methods for single-cell RNA-seq 2022-02-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02628-8 PMID:35172874	研究论文	本文比较了基于抗体和脂质的多种复用方法在单细胞RNA测序中的应用效果	首次全面比较了不同复用策略在单细胞和单核RNA测序中的性能，并评估了其在临床样本中的应用潜力	研究主要集中在特定的细胞系和组织类型，可能需要进一步验证在更广泛的样本类型中的适用性	评估和比较不同复用技术在单细胞RNA测序中的效率和适用性	四种细胞系、人外周血单个核细胞（PBMCs）和初级小鼠组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括健康和SARS-CoV-2感染患者的PBMCs，以及多种小鼠组织
14495	2024-08-07	Single-cell transcriptomics of LepR-positive skeletal cells reveals heterogeneous stress-dependent stem and progenitor pools 2022-02-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021108415 PMID:34957577	研究论文	本研究利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，分析了LepR阳性骨骼细胞在稳态和应激条件下的异质性和谱系层次结构	发现了一个与血管紧密相关的Notch3骨髓亚群，以及促进骨软骨分化的关键转录网络，并识别出一个具有高克隆活性的Sca-1骨膜亚群	NA	揭示LepR阳性骨骼干细胞和前体细胞的维护和谱系特化的细胞和分子机制	LepR阳性骨骼细胞的异质性和谱系层次结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年长骨中的骨髓间质细胞和成骨谱系细胞
14496	2024-08-07	Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches 2022-01-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.018 PMID:35021063	研究论文	本文通过结合单细胞CITE-seq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，构建了健康和肥胖人类及小鼠肝脏的空间蛋白质组学图谱，以揭示肝脏细胞的特性和定位	首次整合多组学数据，提供了一种可靠的方法来区分和定位所有肝细胞，包括胆管周围的脂质相关巨噬细胞（LAMs），并揭示了跨物种的保守巨噬细胞程序	NA	揭示肝脏中巨噬细胞的特异性和进化保守的细胞微环境	健康和肥胖的人类及小鼠肝脏中的巨噬细胞及其微环境	数字病理学	NA	单细胞CITE-seq, 单核测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	蛋白质组学, 转录组学	人类和小鼠的肝脏样本
14497	2024-08-07	Stable flow-induced expression of KLK10 inhibits endothelial inflammation and atherosclerosis 2022-01-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72579 PMID:35014606	研究论文	本文研究了KLK10在稳定血流诱导下的表达对内皮炎症和动脉粥样硬化的抑制作用	首次揭示了KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞的保护作用及其机制	NA	探讨KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞炎症和动脉粥样硬化的影响	KLK10蛋白及其在稳定血流条件下的表达	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）和单细胞ATAC测序（scATACseq）	NA	基因表达数据	使用部分颈动脉结扎小鼠模型进行研究
14498	2024-08-07	HB-EGF Plays a Pivotal Role in Mucosal Hyperplasia During Otitis Media Induced by a Viral Analog 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.823714 PMID:35281434	研究论文	研究HB-EGF在模拟病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生中的作用	使用单细胞RNA测序识别表达HB-EGF及相关基因的中耳细胞，并通过特定抑制剂阻断HB-EGF效应	NA	探讨病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生的机制及HB-EGF的作用	中耳黏膜细胞及其在病毒感染下的增生反应	NA	中耳炎	单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫染色	NA	RNA	NA
14499	2024-08-07	Characterization of the microenvironment of diabetic foot ulcers and potential drug identification based on scRNA-seq 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.997880 PMID:36686438	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡（DFUs）的微环境，并通过机器学习算法和免疫荧光技术识别潜在的治疗药物。	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法详细分析了DFUs的微环境，并识别了新的潜在药物靶点。	研究主要基于已有的数据库数据，未涉及大规模的临床试验验证。	揭示糖尿病足溃疡的微环境特征并识别潜在的治疗药物。	糖尿病足溃疡的微环境和潜在药物靶点。	数字病理学	糖尿病	scRNA-seq	逻辑回归机器学习算法	单细胞RNA测序数据	涉及两个数据集GSE165816和GSE199939，具体样本数量未详细说明。
14500	2024-08-07	EASI-FISH for thick tissue defines lateral hypothalamus spatio-molecular organization 2021-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.11.024 PMID:34875226	研究论文	本文开发了EASI-FISH技术用于厚脑组织切片中基因表达的调查，并建立了一个计算流程来快速处理大量的EASI-FISH图像数据集	EASI-FISH技术优化用于300μm厚的脑组织切片，有助于重建跨脑的分子空间域，并促进了分子定义细胞类型的迭代再分析	NA	确定分子定义细胞类型的空间组织和形态特征，以揭示支撑脑功能的结构	侧下丘脑区域（LHA）的分子定义细胞类型的空间分布	数字病理学	NA	EASI-FISH	NA	图像	数十种分子定义的细胞类型在侧下丘脑区域（LHA）的空间分布