单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27536 篇文献，本页显示第 14441 - 14460 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14441 | 2024-08-07 |
Preparation of single-cell suspensions from the human placenta
2023-03, Nature protocols
IF:13.1Q1
DOI:10.1038/s41596-022-00772-w
PMID:36451054
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研究论文 | 本文描述了一种从人类胎盘中制备高质量单细胞悬液的协议 | 首次描述了从胎盘制备单细胞悬液的协议 | NA | 制备高质量单细胞悬液以进行单细胞RNA测序 | 人类胎盘组织，包括基底层、胎盘绒毛和绒毛膜羊膜 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | NA |
| 14442 | 2024-08-07 |
Senescent cell population with ZEB1 transcription factor as its main regulator promotes osteoarthritis in cartilage and meniscus
2023-03, Annals of the rheumatic diseases
IF:20.3Q1
DOI:10.1136/ard-2022-223227
PMID:36564153
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研究论文 | 研究通过单细胞RNA测序分析健康和骨关节炎（OA）膝关节的关节软骨和半月板组织，发现了一个与OA和衰老相关的细胞亚群，该亚群受转录因子ZEB1和成纤维细胞活化蛋白（FAP）调控。 | 首次在单细胞水平上识别出关节软骨和半月板中与骨关节炎和衰老相关的细胞亚群，并确定ZEB1和FAP为主要调控因子，为OA治疗提供了新的潜在靶点。 | 研究仅限于单细胞RNA测序和免疫组织化学分析，未涉及临床试验或治疗干预。 | 旨在通过单细胞水平分析，识别和理解骨关节炎中关节软骨和半月板的关键病理细胞亚群及其调控机制。 | 人类健康和骨关节炎膝关节的关节软骨和半月板组织。 | 数字病理学 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 细胞 | 健康膝关节样本各6例和7例，骨关节炎膝关节样本各6例。 |
| 14443 | 2024-08-07 |
Tubular-specific expression of HIV protein Vpr leads to severe tubulointerstitial damage accompanied by progressive fibrosis and cystic development
2023-03, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2022.12.012
PMID:36565808
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研究论文 | 本研究利用一种新型诱导性管状上皮细胞特异性Vpr转基因小鼠模型，展示了Vpr表达导致渐进性管间质损伤、间质炎症和纤维化以及管状囊肿发展的过程 | 首次详细研究了Vpr在体内的管状损伤和慢性肾脏疾病（CKD）发病机制，并揭示了Vpr介导的转录组响应在特定管状亚群中的作用 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中进行验证 | 探讨HIV病毒蛋白Vpr在管状细胞中的表达对肾脏疾病进展和纤维化的影响 | HIV病毒蛋白Vpr在管状上皮细胞中的表达及其对肾脏疾病的影响 | NA | 慢性肾脏疾病 | 单细胞RNA测序 | 转基因小鼠模型 | RNA | 小鼠模型 |
| 14444 | 2024-08-07 |
Glioma epileptiform activity and progression are driven by IGSF3-mediated potassium dysregulation
2023-03-01, Neuron
IF:14.7Q1
DOI:10.1016/j.neuron.2023.01.013
PMID:36787748
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研究论文 | 本研究探讨了恶性胶质瘤中癫痫样活动和进展的分子机制，发现IGSF3介导的钾失调是关键因素 | 首次揭示了IGSF3通过与Kir4.1相互作用抑制钾缓冲，导致肿瘤进展和癫痫样活动 | NA | 探究恶性胶质瘤中癫痫样活动和肿瘤进展的分子机制 | 恶性胶质瘤患者肿瘤中的基因表达和神经电路功能 | 数字病理学 | 脑肿瘤 | scRNA-seq, ECoG记录 | NA | 基因表达数据, 电生理数据 | 人类和鼠类样本 |
| 14445 | 2024-08-07 |
Tubular Epithelial Cell HMGB1 Promotes AKI-CKD Transition by Sensitizing Cycling Tubular Cells to Oxidative Stress: A Rationale for Targeting HMGB1 during AKI Recovery
2023-03-01, Journal of the American Society of Nephrology : JASN
IF:10.3Q1
DOI:10.1681/ASN.0000000000000024
PMID:36857499
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研究论文 | 本文研究了高迁移率族蛋白B1（HMGB1）在管状上皮细胞中通过使循环中的管状细胞对氧化应激敏感，从而促进急性肾损伤（AKI）向慢性肾脏病（CKD）的转变，并提出针对HMGB1在AKI恢复期间的治疗策略。 | 本文首次提出细胞内HMGB1通过降低管状细胞对长时间缺血应激的适应性，从而在AKI-CKD转变中发挥作用，并探讨了针对细胞内和细胞外HMGB1的治疗潜力。 | 研究主要基于小鼠模型和体外实验，需要进一步的人体研究来验证这些发现。 | 探讨HMGB1在AKI向CKD转变中的作用，并寻找新的治疗策略。 | 研究对象包括人及小鼠的急性肾损伤和慢性肾脏病。 | NA | 肾脏病 | 单细胞转录组分析 | NA | 转录组数据 | 涉及人及小鼠的AKI和CKD样本，具体数量未详细说明。 |
| 14446 | 2024-08-07 |
Isolation of Thymus Stromal Cells from Human and Murine Tissue
2023, Methods in molecular biology (Clifton, N.J.)
DOI:10.1007/978-1-0716-2679-5_13
PMID:36255703
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研究论文 | 本文详细介绍了从人类和小鼠组织中分离胸腺基质细胞的方法 | 开发了适用于基质细胞分离的高通量单细胞分析技术 | 对于如何预防或逆转胸腺基质损伤的知识仍然有限 | 研究胸腺基质细胞的分离方法，以便进行下游应用分析 | 人类和小鼠的胸腺基质细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 人类和小鼠的胸腺组织 |
| 14447 | 2024-08-07 |
Multi-resolution characterization of molecular taxonomies in bulk and single-cell transcriptomics data
2021-09-27, Nucleic acids research
IF:16.6Q1
DOI:10.1093/nar/gkab552
PMID:34226941
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研究论文 | 本文介绍了一种名为K2Taxonomer的新型无监督递归分区算法及其相关的R包，该算法利用集成学习在类似分类结构的层次中识别稳健的子组 | K2Taxonomer算法能够适应不同的数据范式，适用于批量和单细胞转录组学以及其他‘组学’数据的分析 | NA | 开发一种新算法以在大型生物医学项目中高效识别分子亚型 | 批量和单细胞转录组学数据 | 组学 | 乳腺癌 | 转录组学 | 集成学习 | 转录组数据 | 包括模拟数据和人类组织数据，具体样本数量未明确 |
| 14448 | 2024-08-07 |
A novel subpopulation of monocytes with a strong interferon signature indicated by SIGLEC-1 is present in patients with in recent-onset type 1 diabetes
2024-Apr, Diabetologia
IF:8.4Q1
DOI:10.1007/s00125-024-06098-4
PMID:38349399
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研究论文 | 本研究探讨了1型糖尿病发病初期的病理性免疫反应，并发现了新的免疫治疗靶点 | 识别出一类新的SIGLEC-1+单核细胞亚群，该亚群在1型糖尿病患者中比例显著增加，并具有强烈的干扰素特征 | NA | 探索1型糖尿病发病初期的病理性免疫反应及新的免疫治疗靶点 | 新诊断的成人隐匿性自身免疫糖尿病（LADA）患者和健康对照者的外周血样本 | 免疫学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA序列 | 4名LADA患者和4名健康对照者，以及包括54名LADA患者、17名成人2型糖尿病患者和26名健康成人的验证队列 |
| 14449 | 2024-08-05 |
Development of a novel head and neck squamous cell carcinoma prognostic signature by bulk/single-cell sequencing data integration
2024-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14443
PMID:36398480
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研究论文 | 本研究旨在为头颈鳞状细胞癌(HNSCC)开发一种新的预后标志物 | 通过整合单细胞和大规模转录组数据，识别与不良预后相关的特定癌细胞亚群，并开发了一种包含六个基因的新预后标志物 | 独立验证仅在我们的患者队列中进行，可能需要更广泛的样本验证 | 识别与癌症不良预后相关的细胞亚群并开发预后签名 | 头颈鳞状细胞癌(HNSCC)患者的特定癌细胞亚群 | 数字病理学 | 头颈癌 | RNA测序 | Cox回归模型 | 转录组数据 | NA |
| 14450 | 2024-08-05 |
Single-cell transcriptomics dissects premalignant progression in proliferative verrucous leukoplakia
2024-Mar, Oral diseases
IF:2.9Q1
DOI:10.1111/odi.14347
PMID:35950708
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研究论文 | 该研究利用单细胞转录组技术剖析了增生性疣状白斑（PVL）的前恶性进展 | 首次描绘了PVL的细胞景观，发现了两个新的细胞亚型（INSR+内皮细胞和ASPN+成纤维细胞）在微环境重塑中的关键作用 | 研究仅基于三个活检样本，可能无法全面代表PVL进展的所有特征 | 旨在勾勒PVL进展过程中的分子特征变化及关键细胞亚型 | 研究对象为三份来自大面积PVL病变的活检样本 | 数字病理学 | 前恶性病变 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 来自一个大PVL病变的三个活检样本，共27,611个细胞 |
| 14451 | 2024-08-05 |
Single-cell and spatial transcriptomics in endocrine research
2024-Feb-28, Endocrine journal
IF:1.3Q4
DOI:10.1507/endocrj.EJ23-0457
PMID:38220200
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综述 | 本综述探讨了单细胞和空间转录组学在内分泌研究中的应用及其局限性 | 提出了单细胞和空间转录组学在研究内分泌器官及其疾病中的潜在未来应用 | 这些技术在内分泌研究中的应用仍然有限 | 揭示内分泌器官中细胞异质性及其细胞间相互作用的功能角色 | 主要研究内分泌器官的细胞类型及其互作 | 数字病理学 | NA | 单细胞转录组学和空间转录组学 | NA | NA | NA |
| 14452 | 2024-08-07 |
Endothelial cells drive organ fibrosis in mice by inducing expression of the transcription factor SOX9
2024-Feb-28, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.abq4581
PMID:38416842
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研究论文 | 研究揭示了内皮细胞通过诱导转录因子SOX9的表达在多种小鼠纤维化模型中驱动器官纤维化的机制 | 首次证明了内皮细胞中SOX9的诱导表达足以导致多器官纤维化，并揭示了SOX9通过调节细胞外基质、生长因子和炎症基因表达促进纤维化的具体机制 | 研究主要基于小鼠模型，其结果在人类中的适用性需要进一步验证 | 探讨内皮细胞在器官纤维化中的作用及其分子机制 | 内皮细胞、转录因子SOX9、纤维化 | NA | 心血管疾病 | RNA测序 | NA | RNA | 多个小鼠纤维化模型及心脏衰竭患者的心脏组织 |
| 14453 | 2024-08-07 |
Identification of common stria vascularis cellular alteration in sensorineural hearing loss based on ScRNA-seq
2024-Feb-27, BMC genomics
IF:3.5Q2
DOI:10.1186/s12864-024-10122-7
PMID:38413848
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研究论文 | 本研究利用单细胞转录组测序（scRNA-seq）数据，分析了耳蜗血管纹（SV）在感音神经性听力损失（SNHL）中的细胞间通讯变化及其在病理发生中的作用。 | 发现了新的保守基因和下调通路，并预测了转录因子Nfe2l2作为多个共享细胞通路的上游调控因子。 | NA | 旨在通过分析公共可用的单细胞转录组测序数据，识别感音神经性听力损失中常见的调控信号通路。 | 耳蜗血管纹（SV）的细胞间通讯及其在感音神经性听力损失（SNHL）病理发生中的作用。 | 数字病理学 | 感音神经性听力损失 | 单细胞转录组测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 来自感音神经性听力损失小鼠和正常成年小鼠的耳蜗血管纹（SV）样本 |
| 14454 | 2024-08-07 |
Metabolic Landscape of Osteosarcoma: Reprogramming of Lactic Acid Metabolism and Metabolic Communication
2024-Feb-22, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902083
PMID:38420794
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研究论文 | 本研究探讨了乳酸代谢在骨肉瘤微环境中的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响 | 首次揭示了骨肉瘤中乳酸代谢的高亚群及其与其他亚群的独特代谢通信模式，并确定了与乳酸代谢相关的重要基因NDUFAF6 | NA | 探索骨肉瘤微环境中乳酸代谢的重编程及其对肿瘤侵袭、生长和肿瘤微环境的影响 | 骨肉瘤细胞的乳酸代谢及其在肿瘤微环境中的作用 | 数字病理学 | 骨肉瘤 | 单细胞基因表达数据分析 | NA | 转录组数据 | 涉及骨肉瘤样本的单细胞RNA测序数据 |
| 14455 | 2024-08-05 |
Immune Response Associated Gene Signatures in Aortic Dissection Compared to Aortic Aneurysm
2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902064
PMID:38420822
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研究论文 | 该文章研究了与免疫反应相关的基因在主动脉夹层和主动脉瘤中的差异 | 本研究识别了37个在主动脉夹层中显著失调的基因，这些基因之前未与此病相关联 | 样本量较小，且研究仅限于特定基因的分析，可能无法全面反映所有相关的生物过程 | 探讨主动脉夹层中免疫系统的作用及相关基因的特征 | 以主动脉夹层患者、主动脉瘤患者及对照组为对象进行基因表达分析 | 数字病理学 | 主动脉夹层 | 微阵列技术和RNA-seq | NA | 基因表达数据 | 主动脉夹层4个、主动脉瘤3个及对照组的RNA样本，共37个分析数据点 |
| 14456 | 2024-08-07 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Identified Core Genes and Transcription Factors in Mesenchymal Cell Differentiation during Liver Cirrhosis
2024-Feb-06, Frontiers in bioscience (Landmark edition)
DOI:10.31083/j.fbl2902062
PMID:38420807
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析，识别了肝硬化过程中间质细胞分化中的核心基因和转录因子 | 首次通过单细胞转录组和批量RNA测序数据，揭示了肝纤维化过程中间质细胞分化的核心基因和转录因子 | 小鼠模型在反映人类疾病进展和结果方面可能不够准确 | 研究肝纤维化和肝硬化中间质细胞分化的机制 | 人肝硬化和健康肝脏组织以及小鼠健康和纤维化肝脏的间质细胞 | 数字病理学 | 肝硬化 | 单细胞转录组测序, RNA测序 | NA | 转录组数据 | 超过50,000个人类单细胞和多个小鼠肝脏样本 |
| 14457 | 2024-08-04 |
Extracting, filtering and simulating cellular barcodes using CellBarcode tools
2024-Feb, Nature computational science
IF:12.0Q1
DOI:10.1038/s43588-024-00595-7
PMID:38374363
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研究论文 | 介绍CellBarcode和CellBarcodeSim工具，以提高细胞条形码的提取和过滤效率 | 提供了一种新的工具包，支持多种条形码类型的提取和过滤，并探索影响条形码识别的因素 | 目前工具在支持的条形码类型多样性和分析策略上存在局限 | 开发更灵活有效的条形码提取与过滤工具 | 细胞条形码，从批量或单细胞测序数据中提取 | 数字病理学 | NA | PCR，测序 | NA | 生物数据 | NA |
| 14458 | 2024-08-07 |
Single-cell transcriptomic profiling reveals immune cell heterogeneity in acute myeloid leukaemia peripheral blood mononuclear cells after chemotherapy
2024-Feb, Cellular oncology (Dordrecht)
DOI:10.1007/s13402-023-00853-2
PMID:37615858
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研究论文 | 本研究使用单细胞转录组测序技术分析了急性髓系白血病（AML）患者在接受化疗后的外周血单个核细胞（PBMC）的免疫细胞异质性 | 本研究首次揭示了AML患者化疗后PBMC中T细胞、自然杀伤细胞（NK细胞）、单核细胞、树突状细胞（DCs）和造血干细胞前体（HSC-Prog）的亚群多样性及其转录因子和染色体拷贝数变异（CNV）的显著变化 | NA | 探索AML患者化疗后的免疫微环境，为精准医疗和免疫治疗提供见解 | AML患者化疗后的PBMC微环境 | 数字病理学 | 白血病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 5名AML患者和6名健康捐赠者的PBMC |
| 14459 | 2024-08-07 |
Normalizing need not be the norm: count-based math for analyzing single-cell data
2024-Feb, Theory in biosciences = Theorie in den Biowissenschaften
DOI:10.1007/s12064-023-00408-x
PMID:37947999
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研究论文 | 本文提出了一种不进行归一化处理，而是利用基于计数的代数方法来分析单细胞数据的新方法 | 本文创新地避免了归一化和转换步骤，采用基于计数的代数方法来分析单细胞RNA测序数据，这种方法更简单直观，且避免了常见转换带来的问题 | NA | 探索不进行归一化处理的新方法来分析单细胞RNA测序数据 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 计数数据 | NA |
| 14460 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals the mechanism of PI3K/AKT/mTOR signaling pathway activation in lung adenocarcinoma by KRAS mutation
2024-Jan, The journal of gene medicine
IF:3.2Q2
DOI:10.1002/jgm.3658
PMID:38282149
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了KRAS突变在肺腺癌中激活PI3K/AKT/mTOR信号通路的机制 | 首次详细探讨了KRAS突变对肺腺癌中PI3K/AKT/mTOR信号通路活性的影响 | NA | 探讨KRAS突变在肺腺癌中激活PI3K/AKT/mTOR信号通路的机制 | 肺腺癌中的KRAS突变及其对PI3K/AKT/mTOR信号通路的影响 | 数字病理学 | 肺腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 使用The Cancer Genome Atlas数据库中的肺腺癌患者样本 |