单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14421	2024-08-07	In vivo development and single-cell transcriptome profiling of human brain organoids 2022-Mar, Cell proliferation IF:5.9Q2 DOI:10.1111/cpr.13201 PMID:35141969	研究论文	本文通过将小型未成熟的人脑类器官注射到成年SCID小鼠的纹状体中，创新性地在体内开发了人脑类器官，并对其进行了单细胞转录组分析	本文创新性地在体内开发了人脑类器官，并发现这些类器官具有更多的支持细胞，如周细胞样细胞和脉络丛细胞，以及较低的细胞应激和凋亡水平	文中提到，由于移植手术引起的损伤等技术问题仍然限制了人脑类器官的应用	提供一种新方法来生成人脑类器官，以应用于疾病模型和治疗	人脑类器官及其在神经系统疾病中的应用	数字病理学	NA	单细胞转录组分析	NA	转录组数据	6131个GFP标记的人类细胞
14422	2024-08-07	Cellular architecture of human brain metastases 2022-02-17, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.043 PMID:35063085	研究论文	本文通过单细胞转录组学、质谱流式细胞术以及结合小鼠模型和计算机模拟方法，对15个人类脑转移瘤中的超过10万个恶性与非恶性细胞进行了综合分析	揭示了脑转移瘤微环境的组成，分子层面定义了血瘤界面，并发现了富含浸润性T细胞和巨噬细胞的基质免疫抑制状态	NA	旨在深入理解人类脑转移瘤的生物学基础及其与肿瘤细胞内在特性和宿主环境的关系	人类脑转移瘤中的恶性与非恶性细胞	数字病理学	脑癌	单细胞转录组学，质谱流式细胞术	NA	细胞	超过10万个细胞来自15个人类脑转移瘤
14423	2024-08-07	Comparative analysis of antibody- and lipid-based multiplexing methods for single-cell RNA-seq 2022-02-16, Genome biology IF:10.1Q1 DOI:10.1186/s13059-022-02628-8 PMID:35172874	研究论文	本文比较了基于抗体和脂质的多种复用方法在单细胞RNA测序中的应用效果	首次全面比较了不同复用策略在单细胞和单核RNA测序中的性能，并评估了其在临床样本中的应用潜力	研究主要集中在特定的细胞系和组织类型，可能需要进一步验证在更广泛的样本类型中的适用性	评估和比较不同复用技术在单细胞RNA测序中的效率和适用性	四种细胞系、人外周血单个核细胞（PBMCs）和初级小鼠组织	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA	包括健康和SARS-CoV-2感染患者的PBMCs，以及多种小鼠组织
14424	2024-08-07	Single-cell transcriptomics of LepR-positive skeletal cells reveals heterogeneous stress-dependent stem and progenitor pools 2022-02-15, The EMBO journal DOI:10.15252/embj.2021108415 PMID:34957577	研究论文	本研究利用遗传谱系追踪和单细胞RNA测序技术，分析了LepR阳性骨骼细胞在稳态和应激条件下的异质性和谱系层次结构	发现了一个与血管紧密相关的Notch3骨髓亚群，以及促进骨软骨分化的关键转录网络，并识别出一个具有高克隆活性的Sca-1骨膜亚群	NA	揭示LepR阳性骨骼干细胞和前体细胞的维护和谱系特化的细胞和分子机制	LepR阳性骨骼细胞的异质性和谱系层次结构	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	成年长骨中的骨髓间质细胞和成骨谱系细胞
14425	2024-08-07	Spatial proteogenomics reveals distinct and evolutionarily conserved hepatic macrophage niches 2022-01-20, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.12.018 PMID:35021063	研究论文	本文通过结合单细胞CITE-seq、单核测序、空间转录组学和空间蛋白质组学，构建了健康和肥胖人类及小鼠肝脏的空间蛋白质组学图谱，以揭示肝脏细胞的特性和定位	首次整合多组学数据，提供了一种可靠的方法来区分和定位所有肝细胞，包括胆管周围的脂质相关巨噬细胞（LAMs），并揭示了跨物种的保守巨噬细胞程序	NA	揭示肝脏中巨噬细胞的特异性和进化保守的细胞微环境	健康和肥胖的人类及小鼠肝脏中的巨噬细胞及其微环境	数字病理学	NA	单细胞CITE-seq, 单核测序, 空间转录组学, 空间蛋白质组学	NA	蛋白质组学, 转录组学	人类和小鼠的肝脏样本
14426	2024-08-07	Stable flow-induced expression of KLK10 inhibits endothelial inflammation and atherosclerosis 2022-01-11, eLife IF:6.4Q1 DOI:10.7554/eLife.72579 PMID:35014606	研究论文	本文研究了KLK10在稳定血流诱导下的表达对内皮炎症和动脉粥样硬化的抑制作用	首次揭示了KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞的保护作用及其机制	NA	探讨KLK10在稳定血流条件下对内皮细胞炎症和动脉粥样硬化的影响	KLK10蛋白及其在稳定血流条件下的表达	心血管疾病	动脉粥样硬化	单细胞RNA测序（scRNAseq）和单细胞ATAC测序（scATACseq）	NA	基因表达数据	使用部分颈动脉结扎小鼠模型进行研究
14427	2024-08-07	HB-EGF Plays a Pivotal Role in Mucosal Hyperplasia During Otitis Media Induced by a Viral Analog 2022, Frontiers in cellular and infection microbiology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcimb.2022.823714 PMID:35281434	研究论文	研究HB-EGF在模拟病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生中的作用	使用单细胞RNA测序识别表达HB-EGF及相关基因的中耳细胞，并通过特定抑制剂阻断HB-EGF效应	NA	探讨病毒感染引起的中耳炎中黏膜增生的机制及HB-EGF的作用	中耳黏膜细胞及其在病毒感染下的增生反应	NA	中耳炎	单细胞RNA测序, Western blotting, 免疫染色	NA	RNA	NA
14428	2024-08-07	Characterization of the microenvironment of diabetic foot ulcers and potential drug identification based on scRNA-seq 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.997880 PMID:36686438	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析糖尿病足溃疡（DFUs）的微环境，并通过机器学习算法和免疫荧光技术识别潜在的治疗药物。	首次通过单细胞RNA测序和机器学习算法详细分析了DFUs的微环境，并识别了新的潜在药物靶点。	研究主要基于已有的数据库数据，未涉及大规模的临床试验验证。	揭示糖尿病足溃疡的微环境特征并识别潜在的治疗药物。	糖尿病足溃疡的微环境和潜在药物靶点。	数字病理学	糖尿病	scRNA-seq	逻辑回归机器学习算法	单细胞RNA测序数据	涉及两个数据集GSE165816和GSE199939，具体样本数量未详细说明。
14429	2024-08-07	EASI-FISH for thick tissue defines lateral hypothalamus spatio-molecular organization 2021-12-22, Cell IF:45.5Q1 DOI:10.1016/j.cell.2021.11.024 PMID:34875226	研究论文	本文开发了EASI-FISH技术用于厚脑组织切片中基因表达的调查，并建立了一个计算流程来快速处理大量的EASI-FISH图像数据集	EASI-FISH技术优化用于300μm厚的脑组织切片，有助于重建跨脑的分子空间域，并促进了分子定义细胞类型的迭代再分析	NA	确定分子定义细胞类型的空间组织和形态特征，以揭示支撑脑功能的结构	侧下丘脑区域（LHA）的分子定义细胞类型的空间分布	数字病理学	NA	EASI-FISH	NA	图像	数十种分子定义的细胞类型在侧下丘脑区域（LHA）的空间分布
14430	2024-08-07	HER3 Is an Actionable Target in Advanced Prostate Cancer 2021-12-15, Cancer research IF:12.5Q1 DOI:10.1158/0008-5472.CAN-21-3360 PMID:34753775	研究论文	本文研究了HER3蛋白在晚期前列腺癌中的表达及其作为治疗靶点的潜力	首次展示了HER3在致命性前列腺癌中的高表达，并证实了HER3靶向治疗策略的有效性	NA	探讨HER3在前列腺癌中的作用及其作为治疗靶点的可行性	HER3蛋白在前列腺癌中的表达及其对肿瘤生长和生存的影响	数字病理学	前列腺癌	多重免疫荧光技术，单细胞RNA测序	NA	组织样本	人类前列腺癌活检样本及小鼠转基因前列腺癌模型
14431	2024-08-07	YTHDF2 is essential for spermatogenesis and fertility by mediating a wave of transcriptional transition in spermatogenic cells 2021-Dec-08, Acta biochimica et biophysica Sinica IF:3.3Q1 DOI:10.1093/abbs/gmab148 PMID:34664060	研究论文	研究探讨了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用，通过生成特定基因突变体，揭示了YTHDF2对小鼠精子发生和生育能力的重要性	首次证明了YTHDF2在哺乳动物精子发生中的关键作用，并揭示了其在转录后水平调控精子发生过程中的具体机制	研究主要集中在小鼠模型上，未来需要进一步在其他哺乳动物中验证YTHDF2的作用	探讨YTHDF2在哺乳动物精子发生中的作用及其对生育能力的影响	YTHDF2在小鼠精子发生中的功能及其对生育能力的影响	NA	男性不育	RNA-seq, MeRIP-qPCR, 荧光激活细胞分选	NA	转录组数据	特定基因突变体Ythdf2-vKO小鼠
14432	2024-08-07	Neurexin-3 defines synapse- and sex-dependent diversity of GABAergic inhibition in ventral subiculum 2021-12-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110098 PMID:34879268	研究论文	研究通过电生理切片、成像和单细胞RNA测序技术，探讨了Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的作用及其与性别的关系	首次揭示了Neurexin-3在腹下托抑制性突触中的多重作用，并发现了其在性别上的差异性表现	NA	探究腹下托抑制性局部回路的内在连接和突触特性	Neurexin-3在腹下托GABA能抑制性神经元中的功能	神经科学	NA	电生理切片、成像、单细胞RNA测序	NA	电生理数据、图像、RNA序列	雄性和雌性小鼠
14433	2024-08-07	Parity-induced changes to mammary epithelial cells control NKT cell expansion and mammary oncogenesis 2021-12-07, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110099 PMID:34879282	研究论文	本文通过单细胞RNA测序研究了未产和已产雌性小鼠乳腺组织中上皮和非上皮细胞的组成，发现妊娠后乳腺上皮细胞（MECs）中γδ自然杀伤T样免疫细胞（NKTs）的扩张和免疫信号分子的上调，揭示了妊娠如何调节MECs与免疫微环境之间的交流，并建立了妊娠、免疫微环境和乳腺肿瘤发生之间的因果关系。	首次揭示了妊娠后乳腺上皮细胞中CD1d分子的上调导致NKTs细胞扩张，进而影响乳腺肿瘤的发生。	研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证这些发现。	探讨妊娠对乳腺微环境的影响及其与乳腺肿瘤发生的关系。	乳腺上皮细胞（MECs）和γδ自然杀伤T样免疫细胞（NKTs）。	数字病理学	乳腺肿瘤	单细胞RNA测序	NA	RNA	未产和已产雌性小鼠的乳腺组织
14434	2024-08-07	Vascular Smooth Muscle Cell Subpopulations and Neointimal Formation in Mouse Models of Elastin Insufficiency 2021-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.120.315681 PMID:34587758	研究论文	本研究利用缺乏弹性蛋白（Eln）的小鼠模型，研究了血管平滑肌细胞（SMCs）的来源和表型异质性，以及它们在升主动脉中新内膜形成中的作用	首次通过单细胞测序和细胞系标记技术，识别了新内膜细胞群，并揭示了这些细胞独特的发育来源和转录特征	NA	探讨弹性蛋白不足情况下，血管平滑肌细胞的适应性变化及其在新内膜形成中的作用	血管平滑肌细胞及其在新内膜形成中的作用	NA	NA	单细胞测序	NA	细胞	SMC-Eln敲除小鼠中的两个独特的SMC群体
14435	2024-08-07	Pre-existing chromatin accessibility and gene expression differences among naive CD4+ T cells influence effector potential 2021-11-30, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2021.110064 PMID:34852223	research paper	研究探讨了未接触抗原的CD4+ T细胞中预先存在的染色质可及性和基因表达差异对其效应潜能的影响	通过单细胞RNA测序揭示了T细胞受体（TCR）信号传导相关基因是变异的关键驱动因素，并发现TCR信号强度在胸腺发育期间对CD4+ T细胞染色质景观的差异建立有影响	NA	探究未接触抗原的CD4+ T细胞中预先存在的转录和染色质景观差异是否影响其效应潜能	未接触抗原的CD4+ T细胞	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	未具体说明样本数量
14436	2024-08-07	Endocannabinoid Anandamide Attenuates Acute Respiratory Distress Syndrome through Modulation of Microbiome in the Gut-Lung Axis 2021-11-25, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells10123305 PMID:34943813	研究论文	本研究探讨了内源性大麻素anandamide（AEA）对雌性小鼠由葡萄球菌肠毒素B（SEB）介导的急性呼吸窘迫综合征（ARDS）的影响	AEA通过调节肠道-肺轴中的微生物群，增加抗菌肽和紧密连接蛋白的表达，以及诱导短链脂肪酸的产生，从而减轻ARDS	NA	研究AEA对SEB介导的ARDS的缓解作用及其机制	雌性小鼠的肺部和肠道微生物群	NA	急性呼吸窘迫综合征	单细胞RNA测序, MiSeq测序, LEfSe分析	NA	RNA序列数据	NA
14437	2024-08-07	The healing myocardium mobilizes a distinct B-cell subset through a CXCL13-CXCR5-dependent mechanism 2021-11-22, Cardiovascular research IF:10.2Q1 DOI:10.1093/cvr/cvab181 PMID:34048536	研究论文	本研究在心肌梗死后的小鼠模型中，通过组织学、流式细胞术和单细胞RNA测序分析，揭示了心脏中特定B细胞亚群的快速积累及其通过CXCL13-CXCR5依赖机制的动员。	本研究首次发现并描述了心肌梗死后心脏中特异性的‘心脏相关B细胞’（hB）亚群，并阐明了其通过CXCL13-CXCR5轴的动员机制。	研究主要在实验小鼠模型中进行，其结果在人类中的适用性需要进一步验证。	旨在解析心肌梗死后B细胞动员和活性的机制，以及这些细胞在心脏修复中的作用。	心肌梗死后心脏和纵隔淋巴结中的B细胞反应。	免疫学	心血管疾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	细胞	实验使用了小鼠模型，具体样本数量未在摘要中提及。
14438	2024-08-07	Deletion of pancreas-specific miR-216a reduces beta-cell mass and inhibits pancreatic cancer progression in mice 2021-11-16, Cell reports. Medicine DOI:10.1016/j.xcrm.2021.100434 PMID:34841287	研究论文	本文研究了胰腺特异性miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用及其在胰腺癌进展中的影响	首次揭示了miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的功能，并探讨了其在胰腺癌诊断中的潜在价值	NA	探讨miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用及其在胰腺癌进展中的影响	胰腺特异性miR-216a在胰腺β细胞和小叶细胞中的作用	NA	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠和人类样本
14439	2024-08-07	Sutural fibroblasts exhibit the function of vascular endothelial cells upon mechanical strain 2021-11-15, Archives of biochemistry and biophysics IF:3.8Q1 DOI:10.1016/j.abb.2021.109046 PMID:34599905	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，分析了在机械应力作用下颧骨上颌缝中纤维母细胞向血管内皮细胞样状态的转变	首次揭示了纤维母细胞在机械应力作用下通过与Hippo通路的相互作用，实现向血管内皮细胞样状态的转变，并上调血管生成相关基因	研究仅限于体外实验和数据分析，未涉及临床应用	探究机械应力诱导的颧骨上颌缝中纤维母细胞的功能转变	颧骨上颌缝中的纤维母细胞及其在机械应力下的功能转变	数字病理学	面部发育不良	单细胞RNA测序	NA	RNA序列	二十九个细胞亚群
14440	2024-08-07	The role of CDHR3 in susceptibility to otitis media 2021-11, Journal of molecular medicine (Berlin, Germany) DOI:10.1007/s00109-021-02118-7 PMID:34322716	研究论文	本文探讨了CDHR3在儿童中耳炎易感性中的作用，通过外显子测序、Sanger测序等技术，发现CDHR3的新型致病变异与中耳炎风险相关	发现了CDHR3的新型罕见或低频变异，这些变异可能增加中耳炎的风险	NA	进一步阐明CDHR3在中耳炎中的作用	CDHR3基因及其变异与中耳炎的关系	NA	耳部疾病	外显子测序、Sanger测序、16S rRNA测序、单细胞RNA测序	NA	DNA、RNA	257个多民族家庭的OM受影响个体、407个美国三联体或OM受试者、芬兰受试者、小鼠中耳样本