单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14401	2024-08-07	Integrated Analysis of Single-Cell and Bulk RNA Sequencing Data Reveals Memory-like NK Cell Subset Associated with Mycobacterium tuberculosis Latency 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040293 PMID:38391906	研究论文	本研究结合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）数据，分析了外周血自然杀伤（NK）细胞的表型和分子特征，并探讨了NK细胞在结核分枝杆菌（Mtb）潜伏感染中的作用	本研究首次揭示了与结核分枝杆菌潜伏感染相关的记忆样NK细胞亚群，并通过流式细胞术验证了这些细胞的存在	研究样本量较小，需要进一步扩大样本量以验证结果的普遍性	探讨NK细胞在结核分枝杆菌潜伏感染中的作用及其分子特征	外周血NK细胞	免疫学	结核病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（bulk RNA-seq）	NA	RNA	小样本量
14402	2024-08-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals HIF1A as a Severity-Sensitive Immunological Scar in Circulating Monocytes of Convalescent Comorbidity-Free COVID-19 Patients 2024-Feb-06, Cells IF:5.1Q2 DOI:10.3390/cells13040300 PMID:38391913	研究论文	本研究使用单细胞RNA测序技术，探讨了无并发症的COVID-19康复患者循环单核细胞中HIF1A作为敏感性免疫疤痕的作用	首次在单细胞水平上研究了无并发症COVID-19康复患者在不同时间点的转录组免疫细胞失调，并揭示了HIF1A在康复期的长期免疫作用	NA	研究无并发症COVID-19康复患者的免疫细胞转录组失调，以识别不同疾病严重程度的康复标志	无并发症的COVID-19康复患者的循环单核细胞	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	具体样本数量未在摘要中提及
14403	2024-08-07	HHLA2 is more significantly associated with poor prognosis in TSCC than PD-L1 2024-Feb, Journal of oral pathology & medicine : official publication of the International Association of Oral Pathologists and the American Academy of Oral Pathology IF:2.7Q2 DOI:10.1111/jop.13514 PMID:38321252	研究论文	本研究旨在探讨HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的潜力，并与PD-L1进行比较	本研究发现HHLA2在舌鳞状细胞癌中表达上调，且与不良预后显著相关，可能成为比PD-L1更有效的免疫治疗靶点	NA	研究HHLA2作为免疫检查点在舌鳞状细胞癌中的作用及与PD-L1的比较	舌鳞状细胞癌中的HHLA2和PD-L1表达及预后影响	数字病理学	舌鳞状细胞癌	RNA测序, 免疫组织化学, 单细胞RNA测序	COX回归模型	RNA-seq数据, 单细胞RNA测序数据	RNA-seq数据来自TCGA，单细胞RNA测序数据来自GEO数据库
14404	2024-08-07	Analytical Workflows for Single-Cell Multiomic Data Using the BD Rhapsody Platform 2024-Feb, Current protocols DOI:10.1002/cpz1.963 PMID:38353375	研究论文	本文描述了一个详细的分析流程，包括六个管道，用于单细胞多组学数据的高质量分析	提出了一个包括六个管道的详细分析流程，用于处理和分析单细胞多组学数据	NA	开发一个高效的分析流程，以从单细胞多组学数据中提取生物学相关信息	单细胞多组学数据	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达矩阵	数千个单个细胞
14405	2024-08-07	Recommendations on single-cell RNA sequencing of skin xenografts in the study of genetic skin diseases 2024-Feb, Experimental dermatology IF:3.5Q1 DOI:10.1111/exd.15036 PMID:38389155	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14406	2024-08-07	Characterization of the m6A/m1A/m5C/m7G-related regulators on the prognosis and immune microenvironment of glioma by integrated analysis of scRNA-seq and bulk RNA-seq data 2024-Feb, The journal of gene medicine IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jgm.3666 PMID:38391150	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）数据，分析了m6A、m1A、m5C和m7G相关调控因子在胶质瘤预后和免疫微环境中的作用	首次整合了四种RNA甲基化调控因子（m6A、m1A、m5C和m7G）在胶质瘤中的研究，并分析了它们与胶质瘤预后和肿瘤内异质性的关系	NA	探讨m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子在胶质瘤中的作用，并提供新的可靠的胶质瘤预后和治疗生物标志物	胶质瘤中的m6A/m1A/m5C/m7G相关调控因子及其与预后和免疫微环境的关系	数字病理学	脑瘤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序（RNA-seq）	机器学习方法和多元Cox回归分析	RNA序列数据	三个自有的单细胞RNA测序数据集和公开的批量RNA测序数据集
14407	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2024-01-22, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03259-5 PMID:38254179	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞是一种新的炎症性T细胞亚群	本研究首次识别出PD-1+ HLA-DRHIGH KLRG1LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群，并揭示了与PD-1信号传导相关的新基因	本研究仅限于类风湿关节炎患者，且需要进一步研究以全面了解PD-1在滑膜T细胞中的作用	探索PD-1信号传导在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9筛选	NA	RNA测序数据	类风湿关节炎患者的多个样本
14408	2024-08-07	Transcriptional profiling of human cartilage endplate cells identifies novel genes and cell clusters underlying degenerated and non-degenerated phenotypes 2024-01-03, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-023-03220-6 PMID:38173036	研究论文	本研究通过批量和单细胞RNA测序技术，对非退化和退化的人类软骨终板细胞进行转录组分析，以识别与退化和非退化表型相关的新基因和细胞簇。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了软骨终板细胞的表型异质性，并识别出多个具有独特基因表达和功能特征的软骨细胞和前体细胞亚群。	研究样本量较小，批量RNA测序仅包括4个非退化和4个退化样本，单细胞RNA测序仅包括1个非退化和1个退化样本。	旨在更好地表征软骨终板细胞的表型及其在软骨终板退化中的可能机制。	非退化和退化的人类腰椎软骨终板细胞。	数字病理学	腰痛	RNA测序	NA	RNA	批量RNA测序：4个非退化样本，4个退化样本；单细胞RNA测序：1个非退化样本，1个退化样本。
14409	2024-08-04	Re-analysis of single-cell transcriptomics reveals a critical role of macrophage-like smooth muscle cells in advanced atherosclerotic plaque 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.87201 PMID:38389849	研究论文	该研究揭示了巨噬细胞样平滑肌细胞在晚期动脉粥样硬化斑块中的关键作用	通过单细胞转录组分析，发现了五种功能不同的平滑肌细胞亚型，特别是具有中间表型的促炎巨噬细胞样平滑肌细胞	该研究对个别平滑肌细胞表型及其分子动态的贡献仍然缺乏深入的剖析	探讨平滑肌细胞在动脉粥样硬化进展中的作用及其分子机制	人类颈动脉斑块中的平滑肌细胞组成及其功能	数字病理学	心血管疾病	单细胞转录组测序、RNA测序	NA	转录组数据	人类颈动脉斑块样本
14410	2024-08-07	Keystone pathobionts associated with colorectal cancer promote oncogenic reprograming 2024, PloS one IF:2.9Q1 DOI:10.1371/journal.pone.0297897 PMID:38363784	研究论文	研究通过单细胞RNA测序技术探讨了两种与结直肠癌相关的病原共生菌对肠道上皮细胞和局部免疫系统的影响	首次详细描述了Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis在结直肠癌模型中对转录表型和免疫细胞的具体影响	研究主要基于小鼠模型，可能与人类实际情况存在差异	探讨特定病原共生菌在结直肠癌发展中的作用及其分子机制	Fusobacterium nucleatum和enterotoxigenic Bacteroides fragilis对结直肠癌的影响	数字病理学	结直肠癌	单细胞RNA测序	NA	RNA	野生型小鼠和结直肠癌小鼠模型
14411	2024-08-04	Single-Cell Transcriptomics Reveals Crucial Cell Subsets and Functional Heterogeneity Associated With Carotid Atherosclerosis and Cerebrovascular Events 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.318974 PMID:37881939	研究论文	这篇文章揭示了与颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的重要细胞亚群及功能异质性	文章提供了来自20名患者的颈动脉斑块及配对外周血单核细胞的前所未有的大数据集，揭示了动脉粥样硬化微环境的超高精度细胞景观	未具体提及高通量数据在临床应用中的限制	研究颈动脉粥样硬化和脑血管事件相关的免疫和内皮细胞亚群的功能特征	研究对象为来自20名颈动脉粥样硬化患者的颈动脉斑块及外周血单核细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	20名患者的颈动脉斑块和外周血单核细胞
14412	2024-08-04	Clonal Proliferation Within Smooth Muscle Cells in Unstable Human Atherosclerotic Lesions 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319479 PMID:37881937	研究论文	本研究探讨了人类不稳定动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆增殖	提出了一种新的方法来检测动脉粥样硬化病变中的平滑肌细胞克隆性	本研究的空间分辨率和模型的可转化性受到限制	旨在研究人类动脉粥样硬化病变中平滑肌细胞的克隆性	研究对象为人类不稳定动脉粥样硬化斑块中的平滑肌细胞	数字病理学	动脉粥样硬化	RNA原位杂交	NA	RNA	来自杂合女性的三种不同类型的冠状动脉斑块
14413	2024-08-07	Discovering a Rare Smooth Muscle Cell Population Specific to Men in Ascending Aortic Aneurysm Using Spatial Transcriptomics 2023-12, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.320235 PMID:37916413	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
14414	2024-08-07	PD-1 signaling uncovers a pathogenic subset of T cells in inflammatory arthritis 2023-Nov-17, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.11.16.566893 PMID:38014321	研究论文	本研究通过流式细胞术和CRISPR/Cas9全基因组筛选分析了类风湿关节炎患者外周血和滑膜液中的T细胞，发现PD-1信号通路相关基因在炎症性关节炎中的作用	发现了与PD-1抑制T细胞功能相关的1,112个独特基因，并揭示了PD-1 + HLA-DR HIGH KLRG LOW T细胞作为炎症性T细胞的新亚群	需要进一步研究以完全阐明PD-1在滑膜T细胞亚群中的作用	探索PD-1信号通路在炎症性关节炎中的作用，并寻找新的治疗靶点	类风湿关节炎患者的T细胞	免疫学	类风湿关节炎	流式细胞术，CRISPR/Cas9全基因组筛选	NA	RNA测序数据	来自类风湿关节炎患者的外周血和滑膜液中的T细胞
14415	2024-08-07	Decoding muscle-resident Schwann cell dynamics during neuromuscular junction remodeling 2023-Oct-07, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.10.06.561193 PMID:38370853	research paper	本文研究了肌肉内驻留的施万细胞在神经肌肉接头重塑过程中的动态变化	发现了先前未被识别的终端施万细胞（tSC）群体，并揭示了SPP1驱动的细胞间相互作用在促进tSC增殖和神经再支配中的作用	NA	探究神经肌肉接头修复机制，特别是肌肉内驻留施万细胞在神经再支配中的作用	肌肉内驻留的施万细胞及其在神经肌肉接头重塑中的作用	NA	degenerative neuromuscular conditions	high-resolution imaging, single-cell RNA sequencing	NA	image, transcriptome	年轻小鼠模型中的神经肌肉接头退化
14416	2024-08-07	Morphological, molecular, and functional characterization of mouse glutamatergic myenteric neurons 2023-Sep-18, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.09.18.558146 PMID:37781576	研究论文	本文系统地表征了小鼠远端结肠和直肠中VGLUT2阳性肠神经元（VGLUT2-ENs）的形态、分子和功能特征	首次详细描述了VGLUT2-ENs的形态特征和功能激活机制，揭示了它们在肠神经系统中的独特作用	研究主要集中在小鼠的远端结肠和直肠，可能不完全适用于其他物种或其他肠段	探究VGLUT2阳性肠神经元的形态、分子和功能特征，以及它们在肠神经系统中的作用	小鼠远端结肠和直肠中的VGLUT2阳性肠神经元	神经科学	NA	单细胞mRNA测序（scRNA-seq），GCaMP6f钙成像	NA	mRNA序列，钙成像数据	52个VGLUT2阳性肠神经元，215个GCaMP6f记录
14417	2024-08-04	Technical optimization of spatially resolved single-cell transcriptomic datasets to study clinical liver disease 2023-Sep-05, Research square DOI:10.21203/rs.3.rs-3307940/v1 PMID:37720049	研究论文	本研究针对临床肝病进行单细胞和空间转录组学的技术优化，揭示了RNA质量对转录组数据的影响	开发了多个去卷积方法，以在组织切片上的每个转录组'点'中预测单细胞类型	转录组平台成本高，限制了样本量，且空间转录组尚未达到单细胞分辨率	研究临床样本中基因表达和细胞间相互作用的空间解析单细胞数据集	来自肝病患者的配对组织标本，包括组织学正常和严重纤维化患者	数字病理学	肝病	空间转录组学，单细胞RNA测序	去卷积方法	转录组数据	来自肝病患者的配对样本
14418	2024-08-07	Lysyl oxidase regulates epithelial differentiation and barrier integrity in eosinophilic esophagitis 2023-Mar-28, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2023.03.27.534387 PMID:37034590	研究论文	本文研究了赖氨酰氧化酶（LOX）在嗜酸性食管炎（EoE）中调控上皮细胞分化和屏障完整性的功能	首次揭示了LOX在食管上皮细胞中的非经典信号分子作用，通过激活骨形态发生蛋白（BMP）途径维持上皮稳态	NA	探究LOX在嗜酸性食管炎中对上皮细胞分化和屏障完整性的调控作用	人食管上皮细胞	NA	嗜酸性食管炎	单细胞RNA测序，定量逆转录-聚合酶链反应，蛋白质印迹，组织学	NA	RNA	患者来源的类器官
14419	2024-08-07	Profibrotic properties of C1q+ interstitial macrophages in silica-induced pulmonary fibrosis in mice 2022-04-09, Biochemical and biophysical research communications IF:2.5Q3 DOI:10.1016/j.bbrc.2022.02.037 PMID:35180470	研究论文	研究探讨了C1q+间质巨噬细胞在硅尘诱导的小鼠肺纤维化中的促纤维化特性	首次揭示了间质巨噬细胞在肺纤维化中的具体作用，并提出了针对这些细胞的潜在治疗策略	研究主要集中在小鼠模型上，需要进一步的人体研究来验证结果	探讨间质巨噬细胞在肺纤维化中的作用及其潜在的治疗策略	硅尘诱导的小鼠肺纤维化模型中的间质巨噬细胞	数字病理学	肺纤维化	单细胞RNA测序	NA	RNA	小鼠模型
14420	2024-08-07	CEBPβ regulation of endogenous IGF-1 in adult sensory neurons can be mobilized to overcome diabetes-induced deficits in bioenergetics and axonal outgrowth 2022-Mar-17, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-022-04201-9 PMID:35298717	研究论文	本研究探讨了CEBPβ调控内源性IGF-1在成年感觉神经元中的作用，以及如何通过上调IGF-1来克服糖尿病引起的生物能量和轴突生长的缺陷	首次详细描述了CEBPβ在糖尿病模型中对内源性IGF-1表达的调控作用，并证明了CEBPβ过表达可以促进神经突生长和线粒体呼吸	研究主要基于体外细胞培养系统和动物模型，尚未在人体中进行验证	研究内源性IGF-1在感觉神经元中的表达及其在糖尿病神经病变中的作用	感觉神经元、卫星胶质细胞（SGCs）和背根神经节（DRG）	神经科学	糖尿病	单细胞RNA测序（scRNA-Seq）、原位杂交	NA	RNA	包括STZ诱导的1型糖尿病大鼠、Zucker糖尿病肥胖（ZDF）大鼠、高脂/高糖饮食的小鼠和db/db 2型糖尿病小鼠