单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14381	2024-08-07	Dimensionality reduction for visualizing single-cell data using UMAP 2018-Dec-03, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4314 PMID:30531897	研究论文	本文应用UMAP（一种非线性降维技术）于生物数据分析，通过三个已验证的质谱流式细胞术和单细胞RNA测序数据集，比较UMAP与其他五种工具的性能	UMAP提供了最快的运行时间、最高的可重复性和最有意义的细胞簇组织	NA	改进单细胞数据的可视化和解释	单细胞数据分析	计算机视觉	NA	UMAP	NA	数据	三个已验证的数据集
14382	2024-08-07	Identification of spatially associated subpopulations by combining scRNAseq and sequential fluorescence in situ hybridization data 2018-Oct-29, Nature biotechnology IF:33.1Q1 DOI:10.1038/nbt.4260 PMID:30371680	研究论文	本文开发了一种方法，通过整合基于测序和成像的单细胞转录组数据，结合跨平台细胞类型映射和隐马尔可夫随机场模型，来区分内在和外在因素对全局基因表达的影响	本文首次通过结合scRNAseq和荧光原位杂交数据，识别了与空间相关且细胞类型独立的特征，并发现了先前未知的与空间相关的亚群	NA	研究内在基因调控网络如何与细胞的空间环境相互作用以定义其身份	小鼠视觉皮层区域的细胞类型和空间域相关异质性	数字病理学	NA	scRNAseq, 荧光原位杂交	隐马尔可夫随机场模型	单细胞转录组数据	小鼠视觉皮层区域的细胞
14383	2024-08-07	Structure-Aware Principal Component Analysis for Single-Cell RNA-seq Data 2018-Aug-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology IF:1.4Q2 DOI:10.1089/cmb.2018.0027 PMID:30133312	研究论文	本文提出了一种结构感知的主成分分析（LSPCA）方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型识别问题	LSPCA通过结构感知的数据采样，减少了传统PCA在主成分方向上的偏差，提高了对少数细胞类型的检测准确性	NA	旨在改进单细胞RNA测序数据中少数细胞类型的识别	单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	PCA	表达数据	涉及十个公开可用的单细胞表达数据集，包括一个非常大的注释数据集
14384	2024-08-07	The tubulin repertoire of C. elegans sensory neurons and its context-dependent role in process outgrowth 2016-Sep-21, Molecular biology of the cell IF:3.1Q3 DOI:10.1091/mbc.E16-06-0473 PMID:27654945	研究论文	研究了秀丽隐杆线虫感觉神经元的微管蛋白组合及其在过程生长中的上下文依赖作用	通过单细胞RNA测序，比较了触觉感受器神经元与其他两种感觉神经元的转录谱，发现每种感觉神经元表达独特的微管蛋白基因组合，并展示了这些微管蛋白在细胞类型和实验环境中的功能冗余性和特异性	NA	探讨微管蛋白异构体是否具有冗余性或执行特异性功能	秀丽隐杆线虫的触觉感受器神经元	细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	涉及多种感觉神经元类型
14385	2024-08-07	Beyond genome: Advanced omics progress of Panax ginseng 2024-Apr, Plant science : an international journal of experimental plant biology IF:4.2Q1 DOI:10.1016/j.plantsci.2024.112022 PMID:38311250	综述	本文综述了人参在基因组学、转录组学和蛋白质组学领域的研究进展	讨论并展望了人参基因组等位基因图谱、时空转录组以及翻译后修饰蛋白质组的发展	NA	总结人参在不同组学领域的研究现状，并展望未来从系统生物学角度分析人参的研究方向	人参的基因组、转录组和蛋白质组	NA	NA	基因组学、转录组学、蛋白质组学	NA	基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据	NA
14386	2024-08-04	Unveiling the oncogenic role of CLDN11-secreting fibroblasts in gastric cancer peritoneal metastasis through single-cell sequencing and experimental approaches 2024-Mar-10, International immunopharmacology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.intimp.2024.111647 PMID:38335659	研究论文	本研究探讨了纤维母细胞在胃癌腹膜转移中的作用	揭示了CXCR7阳性纤维母细胞通过CLDN11在胃癌腹膜转移中的致癌角色	本研究主要基于公用数据库数据，可能存在样本偏倚	研究胃癌腹膜转移中纤维母细胞的作用	研究了来自腹膜转移和胃癌组织的纤维母细胞	数字病理学	胃癌	单细胞测序	NA	组织样本	从腹膜转移和胃癌组织提取的多个样本
14387	2024-08-04	Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma 2024-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607 PMID:38246225	研究论文	本文揭示了胰腺导管腺癌进展中上皮和微环境的异质性	采用单细胞RNA测序技术，识别了不同类型的细胞，并揭示了与癌症发展相关的新的细胞通路和预后标志物	样本数量有限，仅基于五个病例，可能不完全代表所有患者的情况	探索从良性胰腺内乳头状粘液瘤（IPMN）到侵袭性胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的细胞异质性	研究了来自三例高等级IPMN和两例IPMN衍生PDAC的35,693个单细胞的转录组数据	数字病理学	胰腺癌	单细胞RNA测序	NA	细胞转录组数据	来自五个手术切除病例的35,693个细胞
14388	2024-08-04	Empagliflozin attenuates inflammation levels in autoimmune myocarditis through the STAT3 pathway and macrophage phenotype transformation 2024-Mar, Molecular immunology IF:3.2Q3 DOI:10.1016/j.molimm.2024.02.006 PMID:38354482	研究论文	本研究探讨了SGLT-2抑制剂empagliflozin在自身免疫性心肌炎中的抗炎作用及其分子机制	发现empagliflozin通过STAT3通路和巨噬细胞表型转化降低自身免疫性心肌炎的炎症水平	研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的临床情况	探索empagliflozin在自身免疫性心肌炎中的抗炎机制	实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型及体外巨噬细胞实验	数字病理学	自身免疫性心肌炎	HE染色、Sirius红染色、Masson染色、西方印迹、ELISA、免疫荧光染色、逆转录PCR	NA	基因组空间事件数据集、单细胞测序结果	未具体说明样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验
14389	2024-08-04	High-throughput omics technologies in inflammatory bowel disease 2024-Mar-01, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry DOI:10.1016/j.cca.2024.117828 PMID:38355001	综述	该文章综述了高通量组学技术在炎症性肠病中的应用和进展	文章强调了高通量技术在炎症性肠病研究中的重要性和最新进展	需要更标准化的方法和大规模数据集处理以实现个体化医学的目标	阐明高通量技术在炎症性肠病病理机制研究中的应用	高通量技术在炎症性肠病的基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学等领域的应用	数字病理学	炎症性肠病	高通量组学技术	NA	大数据	NA
14390	2024-08-04	Single-Cell RNA-Seq Reveals Coronary Heterogeneity and Identifies CD133+TRPV4high Endothelial Subpopulation in Regulating Flow-Induced Vascular Tone in Mice 2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319516 PMID:38269590	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序揭示了冠状动脉内皮细胞的异质性并确定了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节流动诱导的血管张力中的作用	该研究发现了冠状动脉内皮细胞的异质性，并首次识别了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节冠状动脉血流中的重要性	本研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全适用于人类冠状动脉内皮细胞的研究	研究冠状动脉内皮细胞的异质性及其对血流的反应	研究对象为小鼠冠状动脉内皮细胞	数字病理学	心血管疾病	单细胞RNA测序	NA	细胞	31,962个细胞
14391	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing reveals transdifferentiation of parathyroid chief cells into oxyphil cells in patients with uremic secondary hyperparathyroidism 2024-Mar, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.11.027 PMID:38142040	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者中甲状旁腺主细胞向嗜酸细胞转分化的现象	首次建立了人类甲状旁腺的转录组图谱，并发现了与尿毒症环境相关的线粒体逐渐富集的主细胞向嗜酸细胞转分化的机制	NA	探究尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者中嗜酸细胞的起源及其转分化机制	尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者的甲状旁腺结节	数字病理学	慢性肾脏病	单细胞RNA测序	NA	转录组数据	三名尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者的甲状旁腺混合结节
14392	2024-08-07	Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions 2024-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610 PMID:38244910	综述	本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞的肿瘤内异质性、功能表型和细胞相互作用方面的最新进展	利用单细胞RNA测序技术深入分析肿瘤相关巨噬细胞的异质性和功能表型，为优化新型治疗策略提供依据	NA	深入理解肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用	肿瘤相关巨噬细胞的表型和功能变化	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	转录组	NA
14393	2024-08-07	scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells 2024-Mar-01, Cancer letters IF:9.1Q1 DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664 PMID:38253219	研究论文	本研究通过分析来自结直肠癌（CRC）和配对正常组织的39,484个单细胞转录数据，揭示了CRC不同区域的免疫特征，特别是B细胞的功能。	发现了CRC不同区域的免疫细胞浸润显著不同，特别是CD20 B细胞与患者预后的关联，以及它们在肿瘤杀伤活性中的作用。	NA	旨在表征结直肠癌不同区域的免疫景观，并寻找潜在的治疗靶点。	结直肠癌（CRC）及其配对正常组织。	数字病理学	结直肠癌	scRNA-seq	NA	转录数据	39,484个单细胞转录数据来自19个CRC样本和配对正常组织
14394	2024-08-07	Cinchophen induces RPA1 related DNA damage and apoptosis to impair ENS development of zebrafish 2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116032 PMID:38306819	研究论文	研究探讨了非甾体抗炎药辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制	首次证实辛可芬通过诱导RPA1相关的DNA损伤和细胞凋亡，损害斑马鱼的肠道神经系统发育	NA	探究辛可芬对斑马鱼肠道神经系统发育的影响及其分子机制	斑马鱼的肠道神经系统	数字病理学	先天性神经嵴病	单细胞RNA测序	NA	RNA	NA
14395	2024-08-07	2-bromoacetamide exposure impairs oocyte maturation in mice and humans primarily via disrupting the cytoskeleton 2024-Mar-01, Ecotoxicology and environmental safety IF:6.2Q1 DOI:10.1016/j.ecoenv.2024.116105 PMID:38364760	研究论文	研究探讨了2-溴乙酰胺（BAcAm）对小鼠和人类卵母细胞成熟的影响，发现BAcAm通过破坏细胞骨架主要干扰卵母细胞成熟	首次全面展示了BAcAm对卵母细胞成熟的毒性影响	研究主要基于体外培养系统，可能与体内环境存在差异	探究BAcAm对哺乳动物卵母细胞质量的毒性效应	小鼠和人类的卵母细胞	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	小鼠卵母细胞中识别了605个差异表达基因，其中366个上调，239个下调
14396	2024-08-07	Advancing parathyroid anatomy understanding through single-cell RNA sequencing in uremic secondary hyperparathyroidism 2024-Mar, Kidney international IF:14.8Q1 DOI:10.1016/j.kint.2023.12.005 PMID:38388141	研究论文	本文通过单细胞RNA测序技术探讨了尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中甲状旁腺的细胞动态变化	利用单细胞RNA测序揭示了主细胞和高嗜酸细胞的分化过程，挑战了传统观点	NA	通过单细胞RNA测序技术深入理解甲状旁腺的解剖结构	尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进症中的甲状旁腺细胞	数字病理学	尿毒症	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
14397	2024-08-04	Single-cell RNA-Seq reveals the earliest lineage specification and X chromosome dosage compensation in bovine preimplantation embryos 2024-Feb-29, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology IF:4.4Q2 DOI:10.1096/fj.202302035RR PMID:38363564	研究论文	该研究揭示了牛胚胎早期谱系特征和X染色体剂量补偿的情况。	利用单细胞转录组学和基因组编辑方法探讨了牛胚胎中的谱系特征和X染色体剂量补偿的时序和调控。	该研究主要集中在牛胚胎模型，可能无法直接推广到其他物种。	旨在通过使用牛胚胎模型深入理解早期胚胎发育中的调控机制。	研究对象为286个牛个体细胞的转录组。	数字病理学	NA	单细胞转录组学，基因组编辑	NA	转录组数据	286个牛个体细胞
14398	2024-08-04	Cortical somatostatin long-range projection neurons and interneurons exhibit divergent developmental trajectories 2024-Feb-21, Neuron IF:14.7Q1 DOI:10.1016/j.neuron.2023.11.013 PMID:38086373	研究论文	研究了小鼠体内表达生长抑素的细胞的多样性及其发育过程	首次将单细胞RNA测序和空间转录组学结合，揭示了发育过程中生长抑素表达神经元的差异化轨迹	仅限于小鼠模型，可能无法完全代表其他哺乳动物的发育过程	探讨哺乳动物皮层抑制性神经元的细胞多样性及其发育机制	小鼠体内的生长抑素（SST+）表达细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序，空间转录组学	NA	基因表达数据	NA
14399	2024-08-07	Single-cell RNA sequencing of submandibular gland reveals collagen type XV-positive fibroblasts as a disease-characterizing cell population of IgG4-related disease 2024-02-20, Arthritis research & therapy IF:4.4Q1 DOI:10.1186/s13075-024-03289-7 PMID:38378635	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术分析了IgG4相关疾病患者下颌下腺中的非免疫细胞，发现表达胶原蛋白XV的成纤维细胞可能是该疾病的特征性细胞群	首次揭示了胶原蛋白XV阳性成纤维细胞在IgG4相关疾病中的作用，并提出其可能作为疾病监测的标志物	NA	探讨IgG4相关疾病中非免疫细胞的特征及其潜在的生物标志物	IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞	数字病理学	自身免疫病	单细胞RNA测序	NA	RNA	IgG4相关疾病患者的下颌下腺非免疫细胞样本
14400	2024-08-04	BPTF cooperates with MYCN and MYC to link neuroblastoma cell cycle control to epigenetic cellular states 2024-Feb-12, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.02.11.579816 PMID:38405949	研究论文	这篇文章探讨了核小体重塑因子BPTF如何与MYCN和MYC合作，将神经母细胞瘤细胞周期控制与表观遗传细胞状态联系起来	文章提出BPTF在神经母细胞瘤中扮演双重角色，既与MYCN/MYC共定位于细胞周期相关基因的启动子，又与CRC共定位于超级增强子以调节细胞身份	NA	探讨BPTF在神经母细胞瘤中的作用及其作为治疗靶点的相关性	神经母细胞瘤细胞及其内在转录调控机制	数字病理学	神经母细胞瘤	Bulk RNA-seq, 单细胞测序, 组织微阵列, 免疫沉淀/质谱	NA	基因表达数据	NA