单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2025-01-07	Single-Cell RNA Sequencing Reveals Age-Related Changes in Epidermal Cell Populations and Interactions 2025-Jun, The Journal of investigative dermatology IF:5.7Q1 DOI:10.1016/j.jid.2024.12.013 PMID:39756533	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA	NA
1422	2025-05-25	Transcriptional reprogramming triggered by neonatal UV radiation or Lkb1 loss prevents BRAFV600E-induced growth arrest in melanocytes 2025-Jun, Oncogene IF:6.9Q1 DOI:10.1038/s41388-025-03339-7 PMID:40057604	研究论文	该研究揭示了新生儿UV辐射或Lkb1缺失通过触发转录重编程阻止BRAFV600E诱导的生长停滞，从而促进黑色素瘤发展的机制	发现了独立于痣进展的BRAF突变黑色素瘤发展新机制，并识别出潜在治疗靶点	研究主要基于小鼠模型，人类临床验证仍需进一步研究	阐明UVB引发的新生儿特异性黑色素瘤与BRAF相关的生长停滞机制	黑色素细胞和黑色素瘤	肿瘤生物学	黑色素瘤	单细胞转录组学、基因组分析	小鼠模型	基因组数据、转录组数据、临床数据	未明确说明具体样本数量（包含小鼠模型和人类临床数据）
1423	2025-05-25	GeneDX-PBMC: An adversarial autoencoder framework for unlocking Alzheimer's disease biomarkers using blood single-cell RNA sequencing data 2025-Jun, Computers in biology and medicine IF:7.0Q1 DOI:10.1016/j.compbiomed.2025.110283 PMID:40311462	研究论文	通过结合单细胞RNA测序数据和深度学习技术，识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	开发了一个结合自编码器、分类器和判别器的深度学习框架，分析免疫细胞中的基因表达，包括传统方法常忽略的细微遗传变异	研究主要关注外周血单个核细胞，可能未涵盖所有相关细胞类型或组织	识别阿尔茨海默病的血液生物标志物和治疗靶点	阿尔茨海默病患者和认知正常对照者的外周血单个核细胞	数字病理学	阿尔茨海默病	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	对抗自编码器(AAE)	基因表达数据	NA
1424	2025-05-25	An engineered viral protein activates STAT5 to prevent T cell suppression 2025-May-23, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.adn9633 PMID:40408430	research paper	该研究通过工程化病毒蛋白激活STAT5，以增强T细胞功能并防止其耗竭	利用工程化的疱疹病毒蛋白TIP招募LCK激酶直接激活STAT蛋白，实现细胞因子非依赖的T细胞功能维持	研究主要针对STAT5激活，未全面评估其他STAT蛋白的影响	探索通过重编程信号通路增强T细胞在实体瘤中的持久性和功能	T细胞（特别是CD8+ T细胞）和STAT5信号通路	免疫治疗	肿瘤	单细胞转录组学	NA	基因表达数据	未明确样本数量（体外和体内T细胞实验）
1425	2025-05-25	Association of DNA damage response signals and oxidative stress status with nivolumab efficacy in patients with Head and Neck Squamous Cell Carcinoma 2025-May-23, British journal of cancer IF:6.4Q1 DOI:10.1038/s41416-025-03032-2 PMID:40410274	research paper	研究DNA损伤反应信号和氧化应激状态与头颈鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的关联	首次在头颈鳞状细胞癌患者中，通过外周血单核细胞检测DNA损伤反应信号和氧化应激状态，探索其与免疫检查点抑制剂疗效的相关性	样本量较小（50例患者），需要进一步验证	探索DNA损伤反应信号和氧化应激状态作为预测头颈鳞状细胞癌患者对nivolumab疗效的生物标志物	头颈鳞状细胞癌患者	肿瘤免疫学	头颈鳞状细胞癌	空间转录组学	NA	RNA测序数据	26名健康对照和50名复发/转移性头颈鳞状细胞癌患者
1426	2025-05-25	Angiopoietin-TIE2 feedforward circuit promotes PIK3CA-driven venous malformations 2025-May-23, Nature cardiovascular research IF:9.4Q1 DOI:10.1038/s44161-025-00655-9 PMID:40410415	研究论文	本文揭示了静脉畸形（VMs）中PI3Kα-TIE2信号环路的作用机制及其作为治疗靶点的潜力	发现了PI3K-FOXO1-ANGPT-TIE2信号环路在PIK3CA相关静脉畸形中的核心驱动作用，并验证了TIE2作为治疗靶点的有效性	mTOR阻断对晚期静脉畸形的治疗效果有限	探究PIK3CA突变导致的静脉畸形的发病机制并寻找潜在治疗靶点	PIK3CA突变导致的静脉畸形	血管生物学	静脉畸形	单细胞转录组学、谱系追踪	小鼠模型	基因表达数据	小鼠和人类静脉畸形样本
1427	2025-05-25	Spatial multiomics decipher fibroblast-macrophage dynamics in systemic sclerosis 2025-May-22, Annals of the rheumatic diseases IF:20.3Q1 DOI:10.1016/j.ard.2025.04.025 PMID:40410053	研究论文	本研究通过空间多组学技术揭示了系统性硬化症中成纤维细胞与巨噬细胞的动态相互作用	首次系统性描绘了系统性硬化症皮肤组织中成纤维细胞与巨噬细胞的空间调控网络，并发现ACKR3在肌成纤维细胞前体中的选择性表达机制	样本量相对有限（14例皮肤活检），且部分发现仅在动物模型中验证	解析系统性硬化症的纤维化微环境形成机制	系统性硬化症患者皮肤组织、小鼠模型和驯鹿伤口愈合模型	数字病理学	系统性硬化症	空间转录组学（10× Visium平台）、Stereo-seq转录组学、空间蛋白质组学、单细胞RNA测序	NA	空间多组学数据、单细胞RNA测序数据	14例皮肤活检（10例患者+4例对照）
1428	2025-05-25	Combining spatial transcriptomics and ECM imaging in 3D for mapping cellular interactions in the tumor microenvironment 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101261 PMID:40220761	research paper	该研究结合空间转录组学和ECM成像技术，在3D环境下绘制肿瘤微环境中的细胞相互作用	首次将3D空间转录组学与ECM成像技术整合，系统量化了细胞邻域中的分子状态、细胞间相互作用及ECM重塑	研究仅基于一例临床肺癌样本，样本量有限	探索肿瘤微环境中细胞间及细胞与ECM的相互作用，以指导微环境靶向治疗	临床肺癌样本中的恶性与非恶性细胞及ECM	digital pathology	lung cancer	空间转录组学（ST）、ECM成像	NA	3D组织切片数据	一例临床肺癌样本
1429	2025-05-25	Scalable image-based visualization and alignment of spatial transcriptomics datasets 2025-May-21, Cell systems IF:9.0Q1 DOI:10.1016/j.cels.2025.101264 PMID:40267922	research paper	介绍了一个名为STIM的基于图像的计算框架，用于可视化和对齐高通量空间测序数据集	STIM基于ImgLib2和BigDataViewer图像数据框架，能够将现有计算机视觉技术应用于具有不规则测量间距和任意空间分辨率的测序数据领域	未明确提及具体限制	开发一个可扩展的基于图像的框架，用于可视化和对齐空间转录组学数据集	小鼠脑组织的13个连续切片和人类转移淋巴结的19个切片的空间测序数据	digital pathology	NA	空间转录组学技术	NA	image	13个小鼠脑组织切片和19个人类转移淋巴结切片
1430	2025-05-25	Identification of cell specific biomarkers for intellectual disability via single cell RNA sequencing and transcriptomic bioinformatics approaches 2025-May-21, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-025-85162-4 PMID:40399537	研究论文	通过单细胞RNA测序和转录组生物信息学方法，识别与智力障碍相关的T细胞特异性生物标志物	利用单细胞RNA测序和转录组数据比较分析，发现与T细胞相关的潜在生物标志物，并识别了多个关键转录因子和microRNAs	未提及具体样本量，且研究结果需要进一步验证	寻找与智力障碍诊断和评估相关的T细胞生物标志物	智力障碍患者的T细胞（CD4和CD8）	生物信息学	智力障碍	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、转录组数据分析	NA	RNA测序数据	NA
1431	2025-05-25	Inflammatory metabolite 7α,25-OHC promotes TIMP1 expression in COVID-19 monocytes through synergy effect of SMARCC1/JUND/H3K27ac 2025-May-21, Cellular and molecular life sciences : CMLS IF:6.2Q1 DOI:10.1007/s00018-025-05721-w PMID:40399563	研究论文	本研究揭示了炎症代谢物7α,25-OHC通过SMARCC1/JUND/H3K27ac的协同效应促进COVID-19单核细胞中TIMP1表达的机制	首次发现7α,25-OHC通过增强SMARCC1-JUND相互作用调控TIMP1表达，揭示了COVID-19炎症反应的新机制	研究主要基于体外实验和测序数据分析，缺乏体内实验验证	探究COVID-19患者单核细胞中炎症反应的分子机制	COVID-19患者的单核细胞	分子生物学	COVID-19	单细胞RNA测序、单细胞ATAC测序、ChIP-qPCR、免疫共沉淀	NA	单细胞测序数据	COVID-19患者的单核细胞样本（具体数量未提及）
1432	2025-05-25	RNAcare: integrating clinical data with transcriptomic evidence using rheumatoid arthritis as a case study 2025-May-21, BMC medical genomics IF:2.1Q3 DOI:10.1186/s12920-025-02162-z PMID:40399884	研究论文	介绍了一个名为RNAcare的计算平台，旨在整合临床数据和转录组学数据，以类风湿性关节炎为例进行研究	RNAcare平台提供了一个交互式且可重复的解决方案，专门设计用于在临床背景下分析患者样本的转录组学数据，并整合临床特征	平台可能仍需要一定的技术背景才能充分利用其功能，且目前仅以类风湿性关节炎为例进行了验证	开发一个能够整合临床数据和转录组学数据的计算平台，以帮助研究人员分析基因表达与临床特征之间的关系	类风湿性关节炎患者的转录组学数据和临床数据	生物信息学	类风湿性关节炎	RNA-Seq	机器学习	转录组学数据和临床数据	NA
1433	2025-05-25	Targeting CD74 in microglia to modulate experimental cerebral ischemia and reperfusion injury: insights from Single-Cell and bulk transcriptomics 2025-May-21, Molecular brain IF:3.3Q2 DOI:10.1186/s13041-025-01197-8 PMID:40400029	研究论文	本研究探讨了CD74在小胶质细胞中的作用，以调节实验性脑缺血和再灌注损伤	首次发现CD74在小胶质细胞中的上调与神经炎症相关，并通过靶向敲低CD74减轻了脑损伤和神经功能缺陷	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索CD74在缺血性中风中的作用及其作为治疗靶点的潜力	小胶质细胞和CD74基因	神经科学	缺血性中风	单细胞RNA测序和批量RNA测序	CX3CR1Cre/ERT2小鼠模型	RNA测序数据	未明确提及具体样本数量，但使用了小鼠模型
1434	2025-05-25	Dissecting key contributions of Th2 and Th17 cytokines to atopic dermatitis pathophysiology 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.05.007 PMID:40409379	研究论文	探讨Th2和Th17细胞因子在特应性皮炎(AD)病理生理学中的关键作用	揭示了IL-22在Th2驱动的急性AD病理生理中的重要作用，并强调了联合药物治疗在AD靶向治疗中的潜力	研究主要基于体外模型，可能无法完全反映体内复杂情况	阐明AD相关细胞因子如何驱动特定的表皮疾病特征	原代和永生化角质形成细胞来源的人类表皮等效物	皮肤病学	特应性皮炎	单细胞空间转录组学	体外细胞模型	转录组数据	NA
1435	2025-05-25	Human Airway Epithelial BAFF is Reduced in Early Life but Virally-induced via JAK/STAT 2025-May-21, The Journal of allergy and clinical immunology IF:11.4Q1 DOI:10.1016/j.jaci.2025.04.034 PMID:40409377	research paper	研究人类气道B细胞群的发展动态以及病毒性呼吸道感染如何影响气道上皮细胞（AECs）产生的B细胞存活和成熟因子	首次发现BAFF/BAFF受体轴在早期生命阶段对B细胞成熟和存活的关键作用，以及病毒刺激通过JAK/STAT信号通路诱导婴儿AECs产生BAFF的机制	研究主要基于体外实验和单细胞RNA测序数据，需要更多体内实验验证	探究人类气道B细胞群的发展动态及其与气道上皮细胞的相互作用	人类气道B细胞和气道上皮细胞（AECs）	免疫学	呼吸道感染	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	婴儿（<12个月）和较大儿童的气道样本
1436	2025-05-25	Spatially resolved mapping of cells associated with human complex traits 2025-May, Nature IF:50.5Q1 DOI:10.1038/s41586-025-08757-x PMID:40108460	研究论文	本文介绍了一种名为gsMap的方法，该方法通过整合空间转录组学数据和全基因组关联研究的摘要统计，以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状（包括疾病）进行映射	提出了一种新的方法gsMap，能够以空间分辨率的方式将细胞与人类复杂性状进行映射，并揭示了与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元在空间分布上的差异	研究主要基于胚胎空间转录组学数据集，可能无法完全代表成年人的情况	开发一种方法，用于空间解析映射与人类复杂性状相关的细胞	人类复杂性状相关的细胞，特别是与精神分裂症和抑郁症相关的谷氨酸能神经元	空间转录组学	精神分裂症, 抑郁症	空间转录组学, 全基因组关联研究	NA	空间转录组学数据	覆盖25个器官的胚胎空间转录组学数据集
1437	2025-05-25	Single-Cell and Spatial Transcriptomics Reveals a Stereoscopic Response of Rice Leaf Cells to Magnaporthe oryzae Infection 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416846 PMID:40123572	research paper	利用单细胞和空间转录组学技术，揭示了水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的三维响应	首次结合单细胞和空间转录组学，构建了水稻叶片的全面图谱，揭示了细胞特异性和多维度的免疫响应	研究仅针对水稻叶片细胞，未涉及其他组织或植物种类	探究水稻叶片细胞对稻瘟病菌感染的免疫响应机制	水稻叶片细胞	植物病理学	稻瘟病	单细胞转录组学、空间转录组学	NA	转录组数据	236,708个单细胞转录组
1438	2025-05-25	Halofuginone Disrupted Collagen Deposition via mTOR-eIF2α-ATF4 Axis to Enhance Chemosensitivity in Ovarian Cancer 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202416523 PMID:40126173	研究论文	研究哈洛芬酮通过mTOR-eIF2α-ATF4轴破坏胶原沉积，增强卵巢癌化疗敏感性的机制	发现22基因基质组特征可预测卵巢癌化疗反应和生存率，并鉴定出哈洛芬酮作为靶向COL1A1的天然化合物	研究未涉及哈洛芬酮在人体内的长期安全性和有效性	探索靶向ECM重塑以增强卵巢癌化疗敏感性的策略	卵巢癌中的癌症相关成纤维细胞(CAFs)和细胞外基质(ECM)	癌症研究	卵巢癌	单细胞RNA测序(scRNA-seq)	NA	基因表达数据	NA
1439	2025-05-25	PRMT1 Ablation in Endothelial Cells Causes Endothelial Dysfunction and Aggravates COPD Attributable to Dysregulated NF-κB Signaling 2025-May, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany) DOI:10.1002/advs.202411514 PMID:40135804	研究论文	本文研究了蛋白质精氨酸甲基转移酶1（PRMT1）在内皮细胞（ECs）中的作用，特别是在慢性阻塞性肺疾病（COPD）发病机制中的影响	揭示了PRMT1作为肺内皮细胞功能的关键调节因子，防止NF-κB驱动的内皮功能障碍和衰老	研究主要基于小鼠模型，尚未在人类中进行验证	探索PRMT1在内皮细胞中的作用及其在COPD发病机制中的影响	内皮细胞（ECs）和慢性阻塞性肺疾病（COPD）	分子生物学	慢性阻塞性肺疾病（COPD）	RNA测序（RNA-seq），单细胞RNA测序（scRNA-seq）	内皮特异性PRMT1敲除小鼠模型	基因表达数据	未明确说明样本数量
1440	2025-05-25	Targeting KIT With Antibody-Drug Conjugates in Chromophobe Renal Cell Carcinoma 2025-Apr-15, Clinical genitourinary cancer IF:2.3Q2 DOI:10.1016/j.clgc.2025.102359 PMID:40408838	research paper	该研究探讨了在嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）中靶向KIT的抗体-药物偶联物（ADC）的治疗潜力	首次在ChRCC中测试了靶向KIT的ADC，并证实其有效性	研究未涉及临床患者试验，仅限于体外和数据库分析	探索KIT作为ChRCC治疗靶点的可行性	嗜铬性肾细胞癌（ChRCC）及其细胞系	肿瘤学	肾细胞癌	抗体-药物偶联物（ADC）、单细胞RNA测序、Western blot分析	NA	mRNA表达数据、蛋白质表达数据	15例转移性ChRCC标本、5个ChRCC细胞系