单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27864 篇文献，本页显示第 1421 - 1440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1421 | 2025-05-06 |
scCompass: An Integrated Multi-Species scRNA-seq Database for AI-Ready
2025-May-02, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202500870
PMID:40317650
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research paper | 介绍了一个名为scCompass的综合多物种单细胞RNA测序数据库，旨在为AI模型训练提供标准化和高质量的数据资源 | 提出了一个集成和标准化处理的多物种单细胞RNA测序数据库，支持AI模型训练，并提供了预训练模型检查点 | 未提及具体的数据处理或模型训练中的技术限制 | 构建一个大规模、多物种、模型友好的单细胞数据集合，以支持AI在生命科学研究中的应用 | 来自13个物种的近1.05亿个单细胞的转录组数据 | digital pathology | NA | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 转录组数据 | 近1.05亿个单细胞 |
| 1422 | 2025-05-06 |
Investigating the molecular mechanisms and clinical potential of APO+ endothelial cells associated with PANoptosis in the tumor microenvironment of hepatocellular carcinoma using single-cell sequencing data
2025-May-02, Translational oncology
IF:4.5Q1
DOI:10.1016/j.tranon.2025.102402
PMID:40318262
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research paper | 该研究利用单细胞RNA测序数据探讨了肝细胞癌肿瘤微环境中与PANoptosis相关的APO+内皮细胞的分子机制和临床潜力 | 首次系统性地研究了PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的具体功能和机制，并揭示了APO+内皮细胞的临床相关性及其在改善预后和免疫治疗效果中的潜在作用 | 样本量较小（16例HCC患者），且研究结果需要进一步的实验验证 | 探究PANoptosis在肝细胞癌肿瘤微环境中的分子机制及其临床潜力 | 肝细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | hepatocellular carcinoma | single-cell RNA sequencing, AUCell algorithm, CytoTRACE, scMetabolism, immunofluorescence staining, CCK8 assay | NA | single-cell RNA sequencing data | 16例HCC患者样本 |
| 1423 | 2025-05-06 |
Machine learning approach to single cell transcriptomic analysis of Sjogren's disease reveals altered activation states of B and T lymphocytes
2025-May-02, Journal of autoimmunity
IF:7.9Q1
DOI:10.1016/j.jaut.2025.103419
PMID:40318561
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研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了Sjögren病患者B和T淋巴细胞的异常激活状态 | 首次在Sjögren病中应用单细胞转录组技术分析PBMCs，揭示了B和T细胞中独特的基因表达模式及Th1细胞的关键作用 | 样本来源仅限于外周血单核细胞，未涉及病变组织 | 探究Sjögren病发病机制中免疫细胞的功能变化 | Sjögren病患者和对照组的PBMCs | 数字病理学 | 自身免疫疾病 | 单细胞转录组测序 | NMF(非负矩阵分解) | 基因表达数据 | Sjögren病患者与对照组的PBMCs样本 |
| 1424 | 2025-05-06 |
Multi-omics analysis identified and confirmed TNF-α as a key initiator of the inflammatory response following spinal cord injury
2025-May-02, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143866
PMID:40319972
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研究论文 | 本研究通过多组学方法揭示了锌离子如何通过调节TNF-α信号通路来减轻脊髓损伤后的免疫炎症反应 | 首次结合转录组学、代谢组学和单细胞RNA测序技术，系统解析了锌离子在脊髓损伤后免疫炎症反应中的调控机制，并确认TNF-α信号通路的关键作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类样本验证仍需进一步开展 | 阐明锌离子调控脊髓损伤后免疫炎症反应的分子机制 | 脊髓损伤后的免疫炎症反应及锌离子的调控作用 | 多组学分析 | 脊髓损伤 | 转录组学、代谢组学、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据、代谢物数据 | 人类和小鼠免疫细胞图谱 |
| 1425 | 2025-05-06 |
Single-cell transcriptomics reveals extracellular matrix remodeling and collagen dynamics during lactation in sheep mammary gland
2025-May-02, International journal of biological macromolecules
IF:7.7Q1
DOI:10.1016/j.ijbiomac.2025.143669
PMID:40319976
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研究论文 | 通过单细胞转录组学揭示绵羊乳腺在哺乳期间的细胞外基质重塑和胶原蛋白动态变化 | 首次利用单细胞转录组学技术绘制了绵羊乳腺在哺乳期间的细胞图谱，并揭示了上皮细胞和肌上皮细胞在细胞外基质重塑中的关键作用 | 研究仅关注了产后60天和150天两个时间点，未能全面覆盖整个哺乳期的动态变化 | 探究绵羊乳腺在哺乳期间的细胞结构和分子机制，为人类乳腺健康研究提供参考 | 绵羊乳腺组织 | 单细胞转录组学 | NA | scRNA-seq | NA | 转录组数据 | 产后60天和150天的绵羊乳腺组织样本 |
| 1426 | 2025-05-06 |
Oncogenic Ras, Yki and Notch signals converge to confer clone competitiveness through Upd2
2025-May-02, Journal of genetics and genomics = Yi chuan xue bao
DOI:10.1016/j.jgg.2025.04.017
PMID:40320143
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研究论文 | 本文探讨了Ras、Yki和Notch信号如何通过上调Upd2来逆转scrib突变克隆的命运，使其从被消除转变为肿瘤性生长 | 发现Upd2作为Ras、Yki和Notch信号下游的关键汇聚点，并证明其在细胞竞争和肿瘤发生中的重要作用 | 研究主要基于果蝇模型，人类细胞中的类似机制尚需进一步验证 | 探究细胞竞争中信号通路的汇聚机制及其对克隆命运的影响 | 果蝇翅盘中的scrib突变克隆和肠道干细胞 | 细胞生物学 | 癌症 | 单细胞转录组学 | 果蝇模型 | 基因表达数据 | NA |
| 1427 | 2025-05-06 |
Human skeletal development and regeneration are shaped by functional diversity of stem cells across skeletal sites
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.02.013
PMID:40118065
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research paper | 该研究通过整合人类骨骼干细胞（hSSCs）的前瞻性分离、功能实验和单细胞RNA测序分析，揭示了骨骼发育和再生过程中hSSCs的功能多样性及其与骨骼表型的关联 | 发现了hSSCs在发育过程中的软骨生成、骨生成、基质和纤维生成亚型，并揭示了这些亚型在不同骨骼部位的独特组成及其在体内的克隆动态 | 研究主要关注人类骨骼干细胞，可能无法完全代表其他物种或更广泛的骨骼疾病 | 探究人类骨骼干细胞的功能多样性及其在骨骼发育、再生和衰老过程中的作用 | 人类骨骼干细胞（hSSCs） | 干细胞生物学 | 骨骼疾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 基因表达数据 | 来自十个骨骼部位的hSSCs样本 |
| 1428 | 2025-05-06 |
Integrated molecular-phenotypic profiling reveals metabolic control of morphological variation in a stem-cell-based embryo model
2025-May-01, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2025.03.012
PMID:40245869
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研究论文 | 该研究通过整合分子和表型分析，揭示了干细胞胚胎模型中形态变异的代谢控制机制 | 利用机器学习整合时间分辨单细胞RNA测序与基于成像的表型分析，识别出预测表型终态的早期特征，并揭示了氧化磷酸化和糖酵解的早期失衡导致形态异常和神经谱系偏好的机制 | 研究结果可能仅限于特定的干细胞胚胎模型，需要进一步验证在其他模型中的普适性 | 探究干细胞胚胎模型中表型变异的生物学基础并提高其可重复性 | 模拟胚胎躯干形成的个体结构的转录组状态和形态历史 | 干细胞研究 | NA | 单细胞RNA测序、成像表型分析 | 机器学习 | 转录组数据、图像数据 | NA |
| 1429 | 2025-05-06 |
Pooled tagging and hydrophobic targeting of endogenous proteins for unbiased mapping of unfolded protein responses
2025-May-01, Molecular cell
IF:14.5Q1
DOI:10.1016/j.molcel.2025.04.002
PMID:40273915
|
研究论文 | 开发了一种生成内源性标记蛋白质复合细胞池的方法，用于高通量可视化和扰动，以研究蛋白质组的组织、调控和功能 | 提出了一种新方法，通过内源性标记和配体诱导的蛋白质错误折叠，结合单细胞RNA测序，揭示了蛋白质质量控制的响应机制 | 未明确提及样本量或实验的具体限制条件 | 实现蛋白质组组织、调控和功能的系统水平理解 | 内源性标记的蛋白质及其在细胞中的定位和错误折叠响应 | 蛋白质组学 | NA | 高通量成像、原位条形码测序、单细胞RNA测序 | NA | 图像、RNA测序数据 | NA |
| 1430 | 2025-05-06 |
Single-cell sequencing combined with bulk RNA seq reveals the roles of natural killer cell in prognosis and immunotherapy of hepatocellular carcinoma
2025-May-01, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-025-99638-w
PMID:40312525
|
研究论文 | 结合单细胞测序和批量RNA测序技术，研究自然杀伤细胞在肝细胞癌预后和免疫治疗中的作用 | 首次结合单细胞测序和WGCNA分析，构建基于NK细胞相关基因的风险模型，用于预测HCC患者的预后和免疫治疗反应 | 研究样本量未明确说明，且模型验证可能需要在更大规模的临床队列中进行 | 探索NK细胞与肝细胞癌的关系，并构建预后预测模型 | 肝细胞癌患者和NK细胞 | 数字病理学 | 肝细胞癌 | 单细胞测序, 批量RNA测序, WGCNA, ssGSEA | LASSO + StepCox, Multicox分析 | RNA-seq数据 | NA |
| 1431 | 2025-05-06 |
Prognosis, immunological features and potential mechanisms of HKR1 in prostate cancer via single-cell and bulk RNA-sequencing
2025-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14230-9
PMID:40312663
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research paper | 通过单细胞和批量RNA测序研究HKR1在前列腺癌中的预后、免疫学特征及潜在机制 | 揭示了HKR1在前列腺癌中的表达、预后价值及其与免疫细胞浸润和信号通路的关联，并鉴定出两个新的lncRNA-RBP-HKR1调控轴 | 研究主要基于在线数据库和实验室验证，未涉及大规模临床试验 | 探索HKR1作为前列腺癌预后和免疫治疗反应的新型生物标志物的潜力 | 前列腺癌组织和细胞系 | digital pathology | prostate cancer | bulk RNA-seq, scRNA-seq, qPCR | Cox回归分析 | RNA测序数据 | 前列腺癌细胞系和组织样本 |
| 1432 | 2025-05-06 |
Integrated analysis of single-cell RNA-seq and bulk RNA-seq unravels the molecular feature of tumor-associated neutrophils of head and neck squamous cell carcinoma
2025-May-01, BMC cancer
IF:3.4Q2
DOI:10.1186/s12885-025-14179-9
PMID:40312694
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研究论文 | 该研究通过整合单细胞RNA测序和大块RNA测序数据，揭示了头颈部鳞状细胞癌中肿瘤相关中性粒细胞的分子特征 | 开发了一个基于肿瘤相关中性粒细胞特征基因的预后风险模型(NRS)，并验证了其在预测患者总体生存率方面的可靠性 | 研究主要基于TCGA和GEO数据库的回顾性数据，需要进一步的前瞻性研究验证 | 探索肿瘤相关中性粒细胞在头颈部鳞状细胞癌中的临床意义 | 头颈部鳞状细胞癌患者及其肿瘤相关中性粒细胞 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 单细胞RNA测序, 大块RNA测序 | 预后风险模型(NRS) | RNA测序数据 | 来自TCGA和GEO数据库的HNSCC患者样本 |
| 1433 | 2025-05-06 |
Habitat radiomics predicts occult lymph node metastasis and uncovers immune microenvironment of head and neck cancer
2025-May-01, Journal of translational medicine
IF:6.1Q1
DOI:10.1186/s12967-025-06474-7
PMID:40312725
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研究论文 | 本研究通过建立基于瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学模型，预测头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）的隐匿性淋巴结转移（LNM），并揭示其免疫微环境特征 | 首次结合瘤内、瘤周和栖息地区域的放射组学特征，构建了预测隐匿性LNM的模型，并通过基因组和单细胞RNA测序揭示了模型的生物学机制 | 研究样本来自三个医疗中心，可能存在选择偏倚，且单细胞RNA测序样本量较小（n=6） | 预测头颈部鳞状细胞癌的隐匿性淋巴结转移并探索其免疫微环境特征 | 头颈部鳞状细胞癌（HNSCC）患者 | 数字病理学 | 头颈部鳞状细胞癌 | 放射组学分析、bulk RNA测序、单细胞RNA测序 | Logistic Regression (LR)、Support Vector Machine (SVM)、Random Forest (RF) | 影像数据、基因组数据、单细胞RNA测序数据 | 训练集330例，内部测试集154例，外部测试集183例，TCGA基因组数据集50例，单细胞RNA测序数据集6例 |
| 1434 | 2025-05-06 |
Therapy-induced senescence is a transient drug resistance mechanism in breast cancer
2025-May-01, Molecular cancer
IF:27.7Q1
DOI:10.1186/s12943-025-02310-0
PMID:40312750
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研究论文 | 该研究揭示了治疗诱导的衰老（TIS）作为乳腺癌中一种可逆的药物耐药机制 | 挑战了TIS不可逆的传统观点，证明TIS是一种可逆的药物耐药机制，并可能促进复发 | 研究主要基于体外细胞实验和小鼠模型，尚未在人体临床试验中验证 | 探索治疗诱导的衰老在乳腺癌药物耐药中的作用机制 | 乳腺癌细胞系和三阴性乳腺癌小鼠模型 | 癌症生物学 | 乳腺癌 | bulk RNA测序、单细胞RNA测序、表面蛋白质组学 | 小鼠模型 | 基因表达数据、蛋白质组数据 | 四种乳腺癌细胞系和一个三阴性乳腺癌小鼠模型 |
| 1435 | 2025-05-06 |
Deep scSTAR: leveraging deep learning for the extraction and enhancement of phenotype-associated features from single-cell RNA sequencing and spatial transcriptomics data
2025-May-01, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaf160
PMID:40315434
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研究论文 | 介绍了一种基于深度学习的工具Deep scSTAR，用于从单细胞RNA测序和空间转录组数据中提取和增强表型相关特征 | 开发了Deep scSTAR工具，能够识别与疾病表型相关的细胞亚群和分子特征，特别是在非小细胞肺癌、肾细胞癌和肝细胞癌中的应用 | NA | 提高从单细胞和空间转录组数据中提取表型相关特征的准确性和效率 | 单细胞RNA测序数据和空间转录组数据 | 生物信息学 | 非小细胞肺癌, 肾细胞癌, 肝细胞癌 | 单细胞RNA测序, 空间转录组学 | 深度学习 | 基因表达数据 | NA |
| 1436 | 2025-05-06 |
Research on Peripheral Nerve Aging and Degeneration: Cellular Changes and Mechanism Exploration From the Perspective of Single-Cell Sequencing
2025-May, The European journal of neuroscience
DOI:10.1111/ejn.70129
PMID:40317786
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研究论文 | 本研究利用单细胞测序技术分析老年大鼠背根神经节和坐骨神经，探索外周神经系统衰老和退化的机制 | 首次通过单细胞测序揭示外周神经系统衰老过程中不同细胞类型的转录特征，并发现抗衰老蛋白PCDH9与雪旺细胞增殖分化的关联 | 研究仅基于大鼠模型，人类样本的验证仍需进一步研究 | 探索外周神经系统衰老和退化的细胞变化及分子机制 | 成年和老年大鼠的背根神经节(DRG)和坐骨神经(SN) | 生物医学 | 老年疾病 | 单细胞测序 | NA | 基因表达数据 | 成年和老年大鼠的DRG和SN组织样本 |
| 1437 | 2025-05-06 |
Histology-Based Virtual RNA Inference Identifies Pathways Associated with Metastasis Risk in Colorectal Cancer
2025-Apr-23, medRxiv : the preprint server for health sciences
DOI:10.1101/2025.04.22.25326170
PMID:40313260
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研究论文 | 本研究通过基于组织学的虚拟RNA推断技术，识别了与结直肠癌转移风险相关的通路 | 开发了虚拟RNA推断（VRI）技术，直接从H&E染色组织图像中获取空间转录组水平的分子信息，无需进行空间转录组测序 | 某些肿瘤相关通路仅通过组织学无法完全捕获 | 改进结直肠癌的筛查、预后评估、疾病管理和治疗方法 | 结直肠癌患者的肿瘤微环境 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 虚拟RNA推断（VRI），空间转录组学（ST） | UNI, ResNet-50, ViT, VMamba | H&E染色组织图像 | 45名患者，超过300,000个Visium点 |
| 1438 | 2025-05-06 |
Construction of a Prognostic Model for Lysosome-dependent Cell Death in Gastric Cancer Based on Single-cell RNA-seq and Bulk RNA-seq Data
2025-Apr-20, Biomedical and environmental sciences : BES
IF:3.0Q2
DOI:10.3967/bes2024.159
PMID:40320925
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研究论文 | 基于单细胞RNA-seq和批量RNA-seq数据，构建了胃癌中溶酶体依赖性细胞死亡的预后模型 | 识别了与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因，并建立了具有强大预测能力的风险模型 | 研究依赖于特定数据集（TCGA和GSE183904），可能限制了结果的普遍适用性 | 识别与胃癌溶酶体依赖性细胞死亡相关的预后基因并构建预测模型 | 胃癌患者及其相关基因表达数据 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞RNA-seq, 批量RNA-seq, WGCNA, Cox回归分析 | 风险模型 | 基因表达数据 | TCGA数据集中的胃癌样本及GSE183904单细胞数据集 |
| 1439 | 2025-05-06 |
A visual-omics foundation model to bridge histopathology image with transcriptomics
2025-Apr-16, Research square
DOI:10.21203/rs.3.rs-5183775/v1
PMID:40321764
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研究论文 | 本文介绍了一个名为OmiCLIP的视觉-组学基础模型，旨在整合组织病理学图像和转录组学数据 | 开发了OmiCLIP模型，首次将H&E图像与转录组学数据通过组织块进行整合，并构建了Loki平台提供多种功能 | 未明确提及具体限制，但可能涉及模型在更广泛数据集上的泛化能力 | 开发一个能够整合组织病理学图像和转录组学数据的计算模型 | 组织病理学图像和转录组学数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq, 空间转录组学(ST) | OmiCLIP | 图像, 转录组数据 | 220万对组织图像和转录组数据，涵盖32个器官 |
| 1440 | 2025-05-06 |
Practical microenvironment classification in diffuse large B cell lymphoma using digital pathology
2025-Apr-15, Cell reports. Medicine
DOI:10.1016/j.xcrm.2025.102030
PMID:40112808
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research paper | 该研究利用数字病理学和免疫组织化学标记对弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）的微环境进行分类，提出了一种基于CD3、CD8、CD68、PD-L1和胶原的染色算法 | 开发了一种基于免疫组织化学标记和数字病理学的DLBCL微环境分类算法，与转录组分类的一致性超过80%，并验证了其与单细胞测序结果的一致性 | 未明确说明样本的具体数量或来源限制 | 将DLBCL的微环境分类整合到临床实践中，以指导精准医疗 | 弥漫大B细胞淋巴瘤（DLBCL）及其微环境 | digital pathology | lymphoma | immunohistochemistry, digital pathology, single-cell sequencing | NA | image, sequencing data | NA |