单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 1421 - 1440 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 1421 | 2025-04-06 |
Inferring Characteristics of the Tumor Immune Microenvironment of Patients with HNSCC from Single-Cell Transcriptomics of Peripheral Blood
2024-09-01, Cancer research communications
IF:2.0Q3
DOI:10.1158/2767-9764.CRC-24-0092
PMID:39113621
|
research paper | 本研究探讨了从血液中推断肿瘤免疫微环境特征的可能性，并分析了头颈部鳞状细胞癌患者的单细胞RNA测序数据 | 研究发现耗竭T细胞特征可从血液中预测，并可作为免疫治疗反应的预后血液生物标志物，同时揭示了肿瘤记忆B细胞与调节性T细胞比例的预测价值 | 研究样本规模有限，需要更大规模的进一步验证 | 探索从外周血单细胞RNA测序数据推断肿瘤免疫微环境特征的可行性 | 头颈部鳞状细胞癌患者的外周血单个核细胞和肿瘤组织的单细胞RNA测序数据 | digital pathology | head and neck squamous cell carcinoma | scRNA-seq | NA | RNA sequencing data | 两个头颈部鳞状细胞癌患者数据集 |
| 1422 | 2025-04-06 |
STFormer: Learning to Explore Spot Relationships for Spatial Transcriptomics Prediction from Histology of Colorectal Cancer
2024-Jul, Annual International Conference of the IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. IEEE Engineering in Medicine and Biology Society. Annual International Conference
DOI:10.1109/EMBC53108.2024.10782295
PMID:40031511
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研究论文 | 本文提出了一种名为STFormer的深度学习方法，用于从结直肠癌组织学图像中预测空间转录组学数据 | 引入了Style-Aug模块增强特征泛化能力，并通过Cross-WSI Transformer模块有效捕捉跨WSI的spot关系 | 未明确提及具体样本量限制或计算资源需求 | 开发一种成本效益高的空间转录组学预测方法 | 结直肠癌组织学图像与空间转录组学数据 | 数字病理学 | 结直肠癌 | 深度学习 | Transformer | 图像 | NA |
| 1423 | 2025-04-06 |
Autofluorescence is a biomarker of neural stem cell activation state
2024-Apr-04, Cell stem cell
IF:19.8Q1
DOI:10.1016/j.stem.2024.02.011
PMID:38521057
|
研究论文 | 利用自发荧光成像技术研究神经干细胞激活状态 | 首次发现静止和激活状态的神经干细胞具有独特的自发荧光特征，并可作为生物标志物 | 研究仅限于小鼠神经干细胞，未涉及其他物种或细胞类型 | 探索神经干细胞激活状态的生物标志物及其与代谢重塑的关系 | 小鼠神经干细胞（NSCs） | 生物医学成像 | NA | 荧光寿命成像（FLIM）和单细胞RNA测序 | NA | 图像和转录组数据 | 未明确说明样本数量，但研究涉及单细胞分辨率分析 |
| 1424 | 2025-04-06 |
Progesterone attenuates Th17-cell pathogenicity in autoimmune uveitis via Id2/Pim1 axis
2023-Jun-21, Journal of neuroinflammation
IF:9.3Q1
DOI:10.1186/s12974-023-02829-3
PMID:37344856
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研究论文 | 本研究探讨了孕酮（PRG）通过Id2/Pim1轴减弱Th17细胞在自身免疫性葡萄膜炎（AU）中的致病性 | 首次通过单细胞RNA测序构建了PRG治疗的EAU模型小鼠的高维免疫图谱，揭示了PRG通过调节Th17/Treg平衡及Id2/Pim1轴缓解炎症的机制 | 研究仅使用动物模型，尚未在人体中进行验证 | 探究孕酮治疗自身免疫性葡萄膜炎的作用机制 | 实验性自身免疫性葡萄膜炎（EAU）模型小鼠 | 免疫学 | 自身免疫性葡萄膜炎 | 单细胞RNA测序 | EAU动物模型 | 基因表达数据 | 未明确提及样本数量 |
| 1425 | 2025-04-06 |
Spatial epigenome-transcriptome co-profiling of mammalian tissues
2023-04, Nature
IF:50.5Q1
DOI:10.1038/s41586-023-05795-1
PMID:36922587
|
research paper | 该研究开发了两种空间表观基因组和转录组联合分析技术，用于在小鼠和人类脑组织中同时检测染色质可及性、组蛋白修饰和基因表达 | 首次实现了空间分辨的全基因组表观组和转录组联合分析，能够在近单细胞分辨率下同时检测多种分子层信息 | 技术尚未应用于更广泛的生物样本和疾病模型 | 研究表观遗传机制如何控制组织中的转录表型和细胞动态 | 小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织 | 空间组学 | NA | 空间转录组学、空间表观组学、共测序技术 | NA | 空间组学数据（表观组+转录组） | 小鼠胚胎和幼年脑组织、成年人类脑组织样本 |
| 1426 | 2025-04-06 |
Ensembles of endothelial and mural cells promote angiogenesis in prenatal human brain
2022-09-29, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2022.09.004
PMID:36179668
|
研究论文 | 研究揭示了人类胎儿大脑中血管细胞成熟的关键机制及其与神经发生的相互作用 | 首次在妊娠中期人类大脑中发现内皮细胞和周细胞亚型的组合，并揭示其通过胶原蛋白、层粘连蛋白和中期因子等信号机制促进细胞间通讯和成熟 | 研究主要关注妊娠中期，未涵盖整个胎儿发育过程 | 探索人类胎儿大脑血管细胞成熟的机制及其与神经发生的相互作用 | 人类胎儿大脑中的血管细胞（内皮细胞和周细胞） | 发育生物学 | NA | 荧光激活细胞分选、单细胞转录组学、组织学和超微结构分析 | NA | 单细胞转录组数据、组织学图像、超微结构数据 | 妊娠中期人类胎儿大脑样本 |
| 1427 | 2025-04-06 |
Single-cell analysis identifies the interaction of altered renal tubules with basophils orchestrating kidney fibrosis
2022-06, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-022-01200-7
PMID:35552540
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research paper | 该研究通过单细胞测序技术揭示了肾脏纤维化中肾小管细胞与嗜碱性粒细胞的相互作用机制 | 首次发现促纤维化肾小管细胞通过分泌CXCL1招募CXCR2嗜碱性粒细胞，并证实后者通过产生IL-6促进T17辅助T细胞募集从而驱动肾脏纤维化 | 研究主要基于小鼠模型，人类数据验证仍需进一步扩展 | 阐明肾脏纤维化的免疫调控机制 | 肾脏纤维化模型小鼠及人类肾脏组织 | 单细胞生物学 | 慢性肾脏病 | 单细胞测序、免疫染色 | NA | 单细胞基因表达数据、批量基因表达数据、免疫组织化学数据 | 小鼠模型及人类肾脏组织样本（具体数量未明确说明） |
| 1428 | 2025-04-06 |
Deep learning and alignment of spatially resolved single-cell transcriptomes with Tangram
2021-11, Nature methods
IF:36.1Q1
DOI:10.1038/s41592-021-01264-7
PMID:34711971
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研究论文 | 提出Tangram方法，用于将单细胞/单核RNA测序数据与空间数据对齐，以重建器官的生物图谱 | Tangram方法能够将sc/snRNA-seq数据与多种空间数据形式对齐，包括MERFISH、STARmap、smFISH、Spatial Transcriptomics (Visium)和组织学图像，支持多模态数据如SHARE-seq | 未提及具体样本量的限制或方法在特定数据集上的性能限制 | 克服现有技术在空间分辨率和基因通量上的限制，重建器官的生物图谱 | 健康小鼠脑组织 | 数字病理 | NA | sc/snRNA-seq, MERFISH, STARmap, smFISH, Spatial Transcriptomics (Visium), SHARE-seq | 深度学习 | 单细胞转录组数据、空间数据、组织学图像 | 未明确提及样本量 |
| 1429 | 2025-04-06 |
Human oral mucosa cell atlas reveals a stromal-neutrophil axis regulating tissue immunity
2021-07-22, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2021.05.013
PMID:34129837
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research paper | 该研究通过单细胞转录组图谱揭示了口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的细胞景观，并发现了一种基质-中性粒细胞轴在调节组织免疫中的作用 | 首次构建了人类口腔黏膜的单细胞转录组图谱，揭示了基质细胞与中性粒细胞在牙周炎中的关键作用 | 研究样本可能不足以代表所有人群的口腔黏膜状态 | 理解口腔黏膜在健康和牙周炎状态下的组织特异性病理生理学 | 健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织 | digital pathology | periodontitis | single-cell transcriptome sequencing | NA | transcriptome data | 健康个体和牙周炎患者的口腔黏膜组织样本 |
| 1430 | 2025-04-06 |
A comprehensive survey of regulatory network inference methods using single cell RNA sequencing data
2021-05-20, Briefings in bioinformatics
IF:6.8Q1
DOI:10.1093/bib/bbaa190
PMID:34020546
|
综述 | 本文综述了15种利用单细胞RNA测序数据进行调控网络推断的计算方法 | 全面评估了单细胞分辨率下基因调控网络推断方法的性能、对数据丢失的敏感性和时间复杂性 | 未涉及所有现有的单细胞数据分析方法，且主要基于模拟数据评估 | 帮助生命科学家选择合适的分析方法，并为计算科学家开发新方法提供参考 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1431 | 2025-04-06 |
Cell-type specific analysis of physiological action of estrogen in mouse oviducts
2021-05, FASEB journal : official publication of the Federation of American Societies for Experimental Biology
IF:4.4Q2
DOI:10.1096/fj.202002747R
PMID:33818810
|
研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序等技术，探讨了雌激素在小鼠输卵管中各细胞类型中的生理作用 | 首次在单细胞水平上揭示了雌激素对输卵管不同细胞类型的差异性调控，并鉴定了可作为细胞和区域特异性标记的基因 | 研究主要基于小鼠模型，人类输卵管中的结果需要进一步验证 | 阐明雌激素如何调控输卵管微环境 | 小鼠输卵管中的上皮细胞、基质细胞和肌肉细胞 | 生殖生物学 | 生殖系统疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq)、原位杂交、细胞类型特异性基因敲除 | 小鼠模型 | 基因表达数据 | 使用卵巢切除-激素替代小鼠模型 |
| 1432 | 2025-04-06 |
The Nuclear Receptor ESRRA Protects from Kidney Disease by Coupling Metabolism and Differentiation
2021-02-02, Cell metabolism
IF:27.7Q1
DOI:10.1016/j.cmet.2020.11.011
PMID:33301705
|
研究论文 | 通过单细胞RNA测序技术研究肾脏疾病中细胞多样性和代谢与分化耦合的机制 | 揭示了肾脏疾病中近端小管细胞代谢与分化的耦合机制，并发现核受体ESRRA和PPARA在此过程中的保护作用 | 研究主要基于小鼠模型，人类患者样本验证有限 | 探究肾脏疾病的发病机制及潜在治疗靶点 | 小鼠肾脏组织和人类患者样本中的近端小管细胞 | 单细胞测序 | 肾脏疾病 | 单细胞RNA测序(scRNA-seq) | NA | 单细胞转录组数据 | 小鼠模型和人类患者样本 |
| 1433 | 2025-04-06 |
Single-Cell Profiling of Ebola Virus Disease In Vivo Reveals Viral and Host Dynamics
2020-11-25, Cell
IF:45.5Q1
DOI:10.1016/j.cell.2020.10.002
PMID:33159858
|
研究论文 | 通过单细胞转录组学和CyTOF技术，研究埃博拉病毒感染期间猕猴外周免疫细胞的动态变化 | 首次在体内使用单细胞技术揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用 | 研究仅使用猕猴作为模型，可能无法完全反映人类感染情况 | 揭示埃博拉病毒感染的免疫细胞动态变化和病毒-宿主相互作用 | 猕猴外周免疫细胞 | 病毒学 | 埃博拉病毒感染 | 单细胞转录组学, CyTOF | NA | 转录组数据, 蛋白质数据 | 100,000个转录组和15,000,000个蛋白质谱 |
| 1434 | 2025-04-05 |
Recent advances in single-cell RNA sequencing of bacteria: Techniques, challenges, and applications
2025-May, Journal of bioscience and bioengineering
IF:2.3Q3
DOI:10.1016/j.jbiosc.2025.01.008
PMID:39984340
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综述 | 本文综述了细菌单细胞RNA测序技术的最新进展、技术挑战及其在微生物学中的应用 | 重点介绍了针对细菌转录本特性的方法学创新，以及克服细菌mRNA缺乏poly-A尾和单细胞RNA含量低等限制的策略 | 不同细菌scRNA-seq方法在灵敏度、通量和适用性方面存在局限性 | 探讨细菌单细胞转录组学的现状和未来发展方向 | 细菌单细胞RNA测序技术 | 微生物学 | NA | scRNA-seq | NA | RNA测序数据 | NA |
| 1435 | 2025-04-05 |
Mechanistic insights into EIF6 as a target of Apigenin in alleviating chondrocyte senescence
2025-May, Experimental gerontology
IF:3.3Q2
DOI:10.1016/j.exger.2025.112725
PMID:40049422
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研究论文 | 本研究探讨了芹菜素通过上调EIF6表达缓解软骨细胞衰老的机制及其在膝骨关节炎治疗中的潜在应用 | 首次发现EIF6是芹菜素在膝骨关节炎中的潜在作用靶点，并揭示了其通过上调EIF6表达缓解软骨细胞衰老的新机制 | 研究主要基于体外细胞实验，缺乏体内动物模型验证 | 探究芹菜素在膝骨关节炎中的作用靶点及分子机制 | SW1353细胞和人软骨组织 | 分子生物学 | 膝骨关节炎 | 网络药理学分析、孟德尔随机化分析(SMR)、分子对接、单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | NA |
| 1436 | 2025-04-05 |
Epigenetic reprogramming of the host immune system during acute HIV
2025-May-01, Current opinion in HIV and AIDS
IF:4.5Q1
DOI:10.1097/COH.0000000000000935
PMID:40178436
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review | 探讨急性HIV感染期间宿主免疫系统表观遗传重编程的机制 | 揭示了HIV如何利用宿主表观遗传机制建立病毒持久性和逃避免疫清除 | 未提及具体研究样本量或实验设计的局限性 | 理解急性HIV感染期间表观遗传重编程对免疫失调的影响 | 宿主免疫系统在急性HIV感染期间的表观遗传变化 | NA | HIV感染 | 全基因组DNA甲基化分析、单细胞转录组学、染色质可及性分析 | NA | 表观遗传数据、转录组数据 | NA |
| 1437 | 2025-04-05 |
Multiomics Analysis Reveals Neuroblastoma Molecular Signature Predicting Risk Stratification and Tumor Microenvironment Differences
2025-Apr-04, Journal of proteome research
IF:3.8Q1
DOI:10.1021/acs.jproteome.4c00882
PMID:39762147
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研究论文 | 通过多组学分析揭示神经母细胞瘤的分子特征，预测风险分层和肿瘤微环境差异 | 构建了一个新的恶性亚群1相关特征（MSRS），作为独立的预后因素，并优于其他临床特征和已发表的特征 | 未明确提及样本量或实验的具体限制 | 探索神经母细胞瘤的分子标志物，以指导临床分类和个体化治疗 | 神经母细胞瘤（NB）患者 | 数字病理学 | 神经母细胞瘤 | 多组学分析、单细胞转录组测序 | NA | 多组学数据、单细胞转录组数据 | NA |
| 1438 | 2025-04-05 |
Single-cell transcriptional profiling reveals cellular senescence and inflammatory persistence as key features of type 1 diabetes partial remission
2025-Apr-04, Diabetes, obesity & metabolism
DOI:10.1111/dom.16384
PMID:40183401
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研究论文 | 通过单细胞RNA测序研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 揭示了1型糖尿病部分缓解期免疫失调的先前未被识别的特征，包括细胞衰老和炎症持续性 | NA | 研究1型糖尿病部分缓解期的免疫机制 | 外周血单个核细胞，包括健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者 | 生物医学 | 1型糖尿病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA测序数据 | 健康对照、新诊断的1型糖尿病患者和部分缓解期患者的外周血单个核细胞 |
| 1439 | 2025-04-05 |
EXPRESS: Pediatric AML Prognostication with an m6A-Focused Lasso Model
2025-Apr-04, Journal of investigative medicine : the official publication of the American Federation for Clinical Research
IF:2.5Q3
DOI:10.1177/10815589251334964
PMID:40183482
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research paper | 该研究通过分析单细胞RNA测序数据，揭示了儿童急性髓系白血病（AML）中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了一个Lasso风险回归模型来评估不同AML亚组的预后 | 发现了儿童AML中m6A相关基因的独特表达模式，并开发了Lasso风险回归模型用于预后评估 | 研究主要基于单细胞RNA测序数据，可能需要更多样本来验证模型的普遍适用性 | 探索m6A相关基因在儿童AML预后中的作用，并开发预测模型 | 儿童急性髓系白血病（AML）患者 | 生物信息学 | 急性髓系白血病 | 单细胞RNA测序 | Lasso回归模型 | RNA测序数据 | NA |
| 1440 | 2025-04-05 |
Synergistic effects of PA (S184N) and PB2 (E627K) mutations on the increased pathogenicity of H3N2 canine influenza virus infections in mice and dogs
2025-Apr-04, Journal of virology
IF:4.0Q2
DOI:10.1128/jvi.01984-24
PMID:40183583
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research paper | 研究H3N2犬流感病毒在小鼠和狗中致病性增强的协同突变机制 | 揭示了PA(S184N)和PB2(E627K)突变协同增强H3N2犬流感病毒对哺乳动物致病性的分子机制，并在单细胞水平阐明了其作用机制 | 研究主要基于小鼠模型，在狗中的验证还需进一步扩展 | 阐明H3N2犬流感病毒适应哺乳动物的分子机制 | H3N2犬流感病毒及其在小鼠和狗中的致病性 | 病毒学 | 流感 | 单细胞RNA测序 | 动物感染模型 | 基因序列数据、病毒滴度数据 | 小鼠和狗的肺组织样本 |