单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
1421	2025-05-09	STMiner: Gene-centric spatial transcriptomics for deciphering tumor tissues 2025-Feb-12, Cell genomics IF:11.1Q1 DOI:10.1016/j.xgen.2025.100771 PMID:39947134	研究论文	STMiner利用2D高斯混合模型和最优传输理论直接表征基因的空间分布，而非表达这些基因的细胞捕获位置（spots），以解决肿瘤组织空间转录组数据分析中的挑战	提出直接分析整体基因表达模式而非spots的方法，有效减轻背景偏差和数据稀疏性的影响，揭示被传统spot分析工具忽略的关键基因集和空间结构	未明确提及具体样本量或验证范围	解决肿瘤组织空间转录组数据分析中的挑战，促进新的生物学发现	肿瘤组织的空间转录组数据	空间转录组学	肿瘤	2D高斯混合模型，最优传输理论	高斯混合模型	空间转录组数据	NA
1422	2025-05-09	Integrating Hypoxia Signatures from scRNA-seq and Bulk Transcriptomes for Prognosis Prediction and Precision Therapy in Cervical Squamous Cell Carcinoma and Endocervical Adenocarcinoma 2025-Feb-06, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26031362 PMID:39941131	研究论文	本研究通过整合单细胞RNA测序和批量转录组数据中的缺氧特征，构建了一个CESC特异性缺氧相关评分风险模型，用于预后预测和精准治疗	首次结合scRNA-seq和批量转录组数据识别CESC特异性缺氧基因集，并构建了CSHRS风险模型	研究样本量未明确说明，且模型验证可能需要在更大规模队列中进行	探索CESC中缺氧的机制，开发个性化治疗方案	宫颈鳞状细胞癌和宫颈内膜腺癌(CESC)	数字病理学	宫颈癌	scRNA-seq, WGCNA, LASSO, Cox回归分析	CSHRS风险模型, nomogram模型	RNA测序数据	NA
1423	2025-05-09	H4K12 Lactylation Activated-Spp1 in Reprogrammed Microglia Improves Functional Recovery After Spinal Cord Injury 2025-Feb, CNS neuroscience & therapeutics IF:4.8Q1 DOI:10.1111/cns.70232 PMID:39939834	研究论文	本研究探讨了SPP1信号通路在脊髓损伤中的作用及其调控机制，并评估了其作为治疗靶点的潜力	揭示了H4K12乳酸化激活的Spp1在重编程小胶质细胞中的作用，以及其对脊髓损伤后功能恢复的改善	NA	探索SPP1信号通路在脊髓损伤中的功能及调控机制，并研究其作为治疗靶点的潜力	脊髓损伤（SCI）及小胶质细胞/巨噬细胞	神经科学	脊髓损伤	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、假时间分析、DNA-pulldown	NA	RNA测序数据	NA
1424	2025-05-09	Single-Cell Analysis of Endothelial Cell Injury in IgA Nephropathy 2025-Feb, Immunity, inflammation and disease DOI:10.1002/iid3.70149 PMID:39945225	research paper	该研究通过单细胞RNA测序分析IgA肾病（IgAN）患者肾脏活检样本，重点研究肾内皮细胞的参与机制	首次揭示了IL-6通过Rac1负调控HRGECs中VE-cad表达的新机制	研究样本来源于公共数据库，未明确说明样本量大小	探究IgAN中肾损伤的分子机制	IgA肾病患者的肾脏组织及人肾小球内皮细胞（HRGECs）	digital pathology	IgA肾病	scRNA-seq, AUCell分析, hdWGCNA	NA	基因表达数据	NA
1425	2025-05-09	Decidual stromal cells: fibroblasts specialized in immunoregulation during pregnancy 2025-Feb, Trends in immunology IF:13.1Q1 DOI:10.1016/j.it.2024.12.007 PMID:39947975	research paper	该论文探讨了蜕膜基质细胞（DSCs）在妊娠期间的免疫调节作用及其与成纤维细胞的相似性	通过单细胞RNA测序揭示了人类和小鼠DSCs的不同类型及其在正常和病理妊娠中的免疫反应作用	未提及具体的研究样本量或实验设计的详细限制	研究蜕膜基质细胞在妊娠期间的免疫调节机制	蜕膜基质细胞（DSCs）和成纤维细胞	免疫学	妊娠相关疾病	单细胞RNA测序	NA	RNA序列数据	NA
1426	2025-05-09	Integrating multiscale mathematical modeling and multidimensional data reveals the effects of epigenetic instability on acquired drug resistance in cancer 2025-Feb, PLoS computational biology IF:3.8Q1 DOI:10.1371/journal.pcbi.1012815 PMID:39951474	research paper	通过整合多尺度数学模型和多维数据，揭示了表观遗传不稳定性对癌症获得性耐药的影响	开发了一个新的多尺度数学模型，结合表观遗传和细胞群体动力学，从进化角度揭示了DTP细胞亚群的出现和间歇治疗效果的动力学特征	研究主要基于PC9细胞的数据，可能不适用于所有癌症类型	阐明药物耐受性持久细胞（DTP细胞）在癌症获得性耐药中的作用机制	PC9细胞和肺癌的单细胞RNA-seq数据	计算生物学	肺癌	单细胞RNA-seq	多尺度数学模型	基因组数据	NA
1427	2025-05-09	Tissue-Resident Regulatory T Cells Expressing CD83 Maintain Local Homeostasis and Restrict Th2 Responses in Asthma 2025-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202451525 PMID:39955650	研究论文	本研究首次探讨了肺组织驻留调节性T细胞（Tregs）中CD83表达在稳态和哮喘中的作用，揭示了CD83在屏障组织中的重要性	首次阐明CD83在非淋巴组织Tregs（NLT-Tregs）中的生物学意义，特别是在肺组织稳态和哮喘Th2反应调控中的关键作用	研究主要基于小鼠模型，人类组织中的验证仍需进一步研究	探究CD83在肺组织驻留Tregs中的功能及其在哮喘发病机制中的作用	肺组织驻留调节性T细胞（Tregs）和哮喘模型小鼠	免疫学	哮喘	单细胞RNA测序、基因敲除模型	CD83条件性敲除小鼠（CD83cKO）	基因表达数据、细胞表型分析	未明确说明具体样本量（使用基因工程小鼠模型）
1428	2025-05-09	Therapeutic Potential of Inhibiting Hmox1 in Sepsis-Induced Lung Injury: A Molecular Mechanism Study 2025-Feb, Journal of biochemical and molecular toxicology IF:3.2Q2 DOI:10.1002/jbt.70134 PMID:39959930	研究论文	本研究揭示了Hmox1抑制剂通过激活FSP1/CoQ10/NADPH通路增强自噬活性并抑制铁死亡，从而减轻脓毒症诱导的肺损伤	首次发现Hmox1抑制剂通过调节自噬-铁死亡通路减轻脓毒症肺损伤的分子机制	研究主要基于小鼠模型，临床转化效果尚需验证	探索Hmox1抑制剂对脓毒症肺损伤的治疗潜力及其分子机制	肺泡上皮细胞和脓毒症小鼠模型	分子机制研究	脓毒症肺损伤	RNA-seq、scRNA-seq、透射电镜	LPS诱导的肺泡上皮细胞损伤模型和CLP诱导的脓毒症小鼠模型	转录组数据、细胞实验数据、动物实验数据	多个公共数据集（GSE236391、GSE263867、GSE207651）和实验模型
1429	2025-05-09	The Cell States of Sea Urchin During Metamorphosis Revealed by Single-Cell RNA Sequencing 2025-Jan-26, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26031059 PMID:39940825	研究论文	通过单细胞RNA测序揭示了海胆在变态过程中的细胞状态	首次使用单细胞RNA测序技术全面描绘了海胆变态过程中幼虫和幼体的细胞状态，并识别了六个主要细胞群体及其亚群	未提及样本量大小，可能影响结果的统计学意义	探究海胆变态过程的分子机制和细胞生物学基础	海胆幼虫和幼体	单细胞生物学	NA	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	NA
1430	2025-05-09	Single-Cell Analysis Dissects the Effects of Vitamin D on Genetic Senescence Signatures Across Murine Tissues 2025-Jan-24, Nutrients IF:4.8Q1 DOI:10.3390/nu17030429 PMID:39940287	research paper	通过单细胞RNA测序技术研究维生素D对小鼠多种组织中遗传衰老特征的影响	首次利用单细胞RNA测序技术分析维生素D对多种组织中细胞衰老特征的调控作用，并揭示了维生素D通过调节炎症和代谢过程减轻细胞衰老负担的机制	研究仅基于小鼠组织数据，未在人类样本中验证	探究维生素D对细胞衰老特征的影响及其在衰老相关疾病中的作用	小鼠的骨、前列腺和皮肤组织	digital pathology	geriatric disease	scRNA-seq	NA	RNA sequencing data	三个小鼠组织数据集（骨、前列腺和皮肤）
1431	2025-05-09	Spatial Transcriptomics in Human Cardiac Tissue 2025-Jan-24, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms26030995 PMID:39940764	review	本文综述了空间转录组学在人类心脏组织中的应用，探讨了当前技术及其在心脏发育、电解剖学、免疫学和缺血性心脏病研究中的关键研究	空间转录组学通过保留组织内的空间背景，改变了我们对基因表达的理解，并展示了与其他组学技术结合使用的潜力	空间转录组学存在一些挑战，限制了其广泛采用和更广泛的应用	探讨空间转录组学在心血管研究中的应用及其潜力	人类心脏组织	digital pathology	cardiovascular disease	空间转录组学	NA	NA	NA
1432	2025-05-09	Single Cell Transcriptomic Profiling of MYBPC3-Associated Hypertrophic Cardiomyopathy Across Species Reveals Conservation of Biological Process But Not Gene Expression 2025-Jan-07, Journal of the American Heart Association IF:5.0Q1 DOI:10.1161/JAHA.124.035780 PMID:39719426	研究论文	通过单细胞转录组测序技术，研究MYBPC3相关肥厚型心肌病在不同物种间的生物学过程保守性和基因表达差异	首次在猫、人和小鼠中比较MYBPC3相关肥厚型心肌病的单细胞转录组差异，揭示生物学过程保守但驱动基因不同的现象	研究仅关注MYBPC3相关突变，未涵盖其他可能导致肥厚型心肌病的遗传因素	阐明不同物种间MYBPC3相关肥厚型心肌病的共同和特异性病理通路，评估小鼠模型的临床相关性	携带MYBPC3变异的猫、人和小鼠心脏组织	单细胞转录组学	心血管疾病	单核RNA测序	NA	RNA测序数据	猫、人和小鼠的心脏组织样本（具体数量未提及）
1433	2025-05-09	Dimensionality reduction for visualizing spatially resolved profiling data using SpaSNE 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf002 PMID:39960663	research paper	该研究开发了一种名为SpaSNE的空间解析降维方法，用于整合空间和分子信息，以更准确地可视化空间解析分析数据	开发了SpaSNE方法，专门针对空间解析分析数据，整合了空间和分子信息，相比t-SNE和UMAP能提供更准确和有意义的数据可视化	NA	开发一种新的降维方法，用于更准确地分析和解释空间解析分析数据	空间解析分析数据，包括来自不同疾病、组织和细胞类型的公共数据集	machine learning	NA	spatially resolved profiling technologies	SpaSNE, t-SNE, UMAP	spatially resolved profiling data	4个空间解析分析数据集，来自3种不同的实验平台（Visium、STARmap和MERFISH），涵盖疾病和正常组织
1434	2025-05-09	Exploring the cellular and molecular basis of murine cardiac development through spatiotemporal transcriptome sequencing 2025-Jan-06, GigaScience IF:11.8Q1 DOI:10.1093/gigascience/giaf012 PMID:39960664	研究论文	利用空间转录组测序技术探索小鼠心脏发育的细胞和分子基础，构建早期小鼠心脏发育的时空细胞图谱	首次构建了小鼠心脏早期发育的时空细胞图谱，揭示了心脏细胞谱系的空间组织及其在发育过程中的相互作用，并识别了与心肌再生能力丧失相关的关键基因和转录因子	研究仅针对小鼠模型，结果可能不完全适用于人类心脏发育	探索小鼠心脏发育的细胞和分子机制	小鼠心脏发育过程中的细胞和分子变化	空间转录组学	心血管疾病	空间转录组测序	NA	转录组数据	未明确提及样本数量，但涉及小鼠心脏发育的多个阶段
1435	2025-05-09	Evolutionary convergence of sensory circuits in the pallium of amniotes 2025-Jan-02, Science (New York, N.Y.) DOI:10.1126/science.adp3411 PMID:39946453	研究论文	研究探讨了羊膜动物大脑皮层中感觉电路的进化趋同性	揭示了鸟类和哺乳动物感觉电路在发育和功能上的差异与相似性，提出了羊膜动物高阶感觉处理的趋同进化	研究仅涉及鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠），样本范围有限	解析羊膜动物大脑皮层感觉电路的发育和进化关系	鸟类（鸡）、蜥蜴（壁虎）和哺乳动物（小鼠）的大脑皮层感觉电路	神经科学	NA	单细胞RNA测序、空间转录组学、数学建模	NA	转录组数据	三种物种（鸡、壁虎、小鼠）的样本
1436	2025-05-09	SeqBMC: Single-cell data processing using iterative block matrix completion algorithm based on matrix factorisation 2025 Jan-Dec, IET systems biology IF:1.9Q3 DOI:10.1049/syb2.70003 PMID:39943646	研究论文	本文提出了一种基于矩阵分解的迭代块矩阵补全算法SeqBMC，用于处理单细胞RNA测序数据中的缺失值	提出SeqBMC算法，利用基因频率对矩阵分块后使用矩阵分解补全缺失值，并保留可能存在的生物零值	未明确说明算法在大规模数据集上的计算效率或处理其他类型数据的能力	提高单细胞RNA测序数据中基因表达矩阵的分类性能	单细胞RNA测序数据中的基因表达矩阵	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	矩阵分解	基因表达数据	NA
1437	2025-05-09	A single cell atlas of the mouse seminal vesicle 2024-Apr-11, bioRxiv : the preprint server for biology DOI:10.1101/2024.04.08.588538 PMID:38645090	research paper	本文报告了首个小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，研究了精囊在哺乳动物繁殖中的作用	首次构建了小鼠精囊的单细胞RNA-seq图谱，揭示了精囊分泌细胞和免疫细胞的转录组特征	研究仅基于小鼠模型，结果可能不完全适用于人类	理解精囊这一未被充分研究的生殖组织的细胞组成及其功能	小鼠精囊组织	单细胞测序	NA	单细胞RNA-seq	NA	RNA-seq数据	23只不同年龄和饮食条件的小鼠
1438	2025-05-09	scDREAMER for atlas-level integration of single-cell datasets using deep generative model paired with adversarial classifier 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43590-8 PMID:38012145	研究论文	介绍了一种名为scDREAMER的数据集成框架，用于整合异质性单细胞测序数据集	结合深度生成模型和对抗训练，支持无监督和有监督的数据集成，能够处理批次效应、细胞类型分布不均等问题	未提及具体的技术限制或应用范围的局限性	开发一个高效的框架来整合跨组织、时间和条件的单细胞测序数据集	单细胞测序数据集	生物信息学	NA	单细胞测序	深度生成模型与对抗分类器	单细胞测序数据	六个真实基准数据集和一个包含100万细胞的数据集
1439	2025-05-09	Detection of isoforms and genomic alterations by high-throughput full-length single-cell RNA sequencing in ovarian cancer 2023-11-27, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43387-9 PMID:38012143	研究论文	通过高通量全长单细胞RNA测序在卵巢癌中检测异构体和基因组改变	使用长读长单细胞RNA测序技术，提高了PacBio测序深度至每个细胞12,000读长，捕获了152,000个异构体，其中52,000个是先前未报道的	研究样本仅来自三名卵巢癌患者，样本量较小	理解癌症的复杂背景，提供单细胞分辨率的基因型-表型信息	卵巢癌患者的临床样本	数字病理学	卵巢癌	长读长单细胞RNA测序（scRNA-seq），PacBio测序	NA	RNA测序数据	三名卵巢癌患者的临床样本
1440	2025-05-09	Robust mapping of spatiotemporal trajectories and cell-cell interactions in healthy and diseased tissues 2023-11-25, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-023-43120-6 PMID:38007580	研究论文	开发了三种计算统计算法，整合空间转录组学的多种数据类型，以增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	提出了基于空间图的方法PSTS、空间约束的两级置换测试SCTP以及基于神经网络的插补方法stSME，用于建模细胞间相互作用和纠正技术噪声	NA	增强对健康与疾病组织中细胞过程的理解	细胞过程、细胞间相互作用	空间转录组学	癌症、脑损伤	空间转录组学	神经网络、基于图的方法	基因表达数据、物理距离数据、组织形态数据	NA