单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14361	2024-08-07	Correlation of Myeloid-Derived Suppressor Cell Expansion with Upregulated Transposable Elements in Severe COVID-19 Unveiled in Single-Cell RNA Sequencing Reanalysis 2024-Jan-29, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020315 PMID:38397917	研究论文	本研究通过重新分析单细胞RNA测序数据，探讨了可转座元件（TEs）在严重COVID-19患者中的表达与髓源抑制细胞（MDSCs）扩增之间的关联。	首次在单细胞水平上研究了可转座元件表达与COVID-19免疫反应中细胞功能的可能关联。	研究样本量较小，仅包括六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的支气管肺泡灌洗样本。	评估可转座元件表达与严重COVID-19患者中由SARS-CoV-2引发的免疫反应之间的可能关联。	严重COVID-19患者的支气管肺泡灌洗样本中的单细胞RNA测序数据。	数字病理学	COVID-19	单细胞RNA测序	NA	RNA测序数据	六名严重COVID-19患者和三名健康捐赠者的样本
14362	2024-08-04	Pan-Cancer Analysis Reveals Disulfidoptosis-Associated Genes as Promising Immunotherapeutic Targets: Insights Gained from Bulk Omics and Single-Cell Sequencing Validation 2024-Jan-24, Biomedicines IF:3.9Q1 DOI:10.3390/biomedicines12020267 PMID:38397869	研究论文	本研究探讨了与二硫化死亡相关的基因作为免疫治疗靶标的潜力	首次揭示二硫化死亡在不同肿瘤中的免疫和预后作用	研究主要依赖于公共数据库数据，缺乏临床实验证据	揭示二硫化死亡在肿瘤发生中的机制和临床应用潜力	研究了与二硫化死亡相关的基因在多种癌症中的表达及其临床意义	数字病理学	肝细胞癌	单细胞RNA测序，实时PCR，西方印迹	NA	基因表达数据，细胞系数据	包括多种癌症样本与细胞系的比较，具体数量未提及
14363	2024-08-04	Wnt signal-dependent antero-posterior specification of early-stage CNS primordia modeled in EpiSC-derived neural stem cells 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1260528 PMID:38405136	研究论文	本文研究了早期中枢神经系统（CNS）前后轴的特征化过程，利用来源于EpiSC的神经干细胞模型。	该研究展示了Wnt信号在中枢神经系统前后轴特征化中所起的重要作用，特别是在不同Wnt信号强度影响转瞬细胞的区域特征化方面。	研究未展示后续中枢神经系统区域的特征，可能限制了对后部更后部区域的理解。	研究中胚胎早期CNS前后规格化过程中的分子机制。	使用小鼠源的EpiSC导出的神经干细胞进行实验和分析。	数字病理学	NA	微阵列和单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	六个神经干细胞系
14364	2024-08-07	Deciphering Oligodendrocyte Lineages in the Human Fetal Central Nervous System Using Single-Cell RNA Sequencing 2024-Mar, Molecular neurobiology IF:4.6Q1 DOI:10.1007/s12035-023-03661-9 PMID:37775719	研究论文	本研究利用单细胞RNA测序技术探索了人类胎儿中枢神经系统中三个区域（纹状体、脑干和脊髓）的少突胶质细胞发育过程	发现了多个少突胶质细胞前体细胞（OPCs）的谱系，并描绘了这三个中枢神经系统区域中少突胶质细胞分化的不同发育轨迹	NA	揭示人类胎儿中枢神经系统中少突胶质细胞谱系的分子异质性	人类胎儿中枢神经系统中的少突胶质细胞及其前体细胞	数字病理学	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	从妊娠第8周到第12周的人类胎儿中枢神经系统样本
14365	2024-08-04	Multimodal Single-Cell Sequencing of B Cells in Primary Sjögren's Syndrome 2024-02, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42683 PMID:37610265	研究论文	本研究探讨了原发性干燥综合征中B细胞的组成、基因表达和B细胞受体使用情况	该研究首次通过多模态单细胞测序揭示了B细胞的异质性和分子特征，提供了更深入的患者分层方法	样本量相对较小，可能影响结果的广泛适用性和统计力量	确定SSA/SSB抗体分层的原发性干燥综合征（pSS）患者中B细胞的角色	研究对象为6名SSA-、8名SSA+单阳性和10名SSA/SSB+双阳性的pSS患者及4名健康对照者	数字病理学	原发性干燥综合征	单细胞RNA测序（scRNA-seq）和单细胞变异、多样性及连接（VDJ）基因测序（scVDJ-seq）	NA	单细胞数据	230,000个B细胞，涉及24名参与者（6名SSA-，8名SSA+，10名SSA/SSB+及4名健康对照）
14366	2024-08-04	Tissue niches and immunopathology through the lens of spatial tissue profiling techniques 2024-Feb, European journal of immunology IF:4.5Q2 DOI:10.1002/eji.202350484 PMID:37985207	评论	本研究讨论了空间组织在生物学中的基础作用及其对免疫系统的影响	结合多重组织学和空间转录组学技术，提供了蛋白质和基因表达模式的空间背景	承认空间组织剖析技术的挑战和局限性	探讨如何通过空间组织剖析改善对区域免疫的理解	重点关注组织生态位在健康和疾病中的作用	数字病理学	癌症	多重组织学和空间转录组学	NA	NA	NA
14367	2024-08-04	Role and Therapeutic Potential for Targeting Fibroblast Growth Factor 10/FGFR1 in Relapsed Rheumatoid Arthritis 2024-01, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42674 PMID:37584284	研究论文	该文章探讨了针对成纤维细胞生长因子10/FGFR1在复发性类风湿关节炎中的作用和治疗潜力	通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析揭示FLS异质性及其在复发与缓解中的作用，提出针对FGF10/FGFR1的靶向治疗的新思路	样本数量较少，仅包含六个配对的滑膜组织样本，限制了结果的广泛适用性	本研究旨在识别成纤维细胞样滑膜细胞(FLSs)的异质性及其在复发性类风湿关节炎中的致病作用	研究对象为三名复发性RA患者和三名缓解期患者的滑膜组织样本	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序(scRNA-seq)和空间转录组学	胶原诱导关节炎(CIA)模型	组织样本	六个配对的滑膜组织样本
14368	2024-08-07	Endothelial Response to Type I Interferon Contributes to Vasculopathy and Fibrosis and Predicts Disease Progression of Systemic Sclerosis 2024-01, Arthritis & rheumatology (Hoboken, N.J.) DOI:10.1002/art.42662 PMID:37488975	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序探讨了I型干扰素在系统性硬化症患者中的作用及其对疾病进展的影响。	首次通过单细胞RNA测序技术揭示了内皮细胞中I型干扰素信号在系统性硬化症中的显著特征，并验证了其在疾病进展预测中的作用。	研究样本量相对较小，需要进一步的大规模研究来验证这些发现。	探讨I型干扰素在系统性硬化症中的作用及其对疾病进展的影响。	系统性硬化症患者的皮肤组织。	NA	系统性硬化症	单细胞RNA测序	NA	RNA	61名系统性硬化症患者
14369	2024-08-07	Comprehensive analysis of the impact of emerging flame retardants on prostate cancer progression: The potential molecular mechanisms and immune infiltration landscape 2024-01, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153681 PMID:38006928	研究论文	研究探讨新兴阻燃剂与前列腺癌之间的关联及其潜在的致癌机制和免疫浸润情况	构建了一个具有良好预测能力的前列腺癌风险模型，并验证了六个与阻燃剂相关的预后基因	NA	探索新兴阻燃剂与前列腺癌之间的联系及其潜在的致癌机制	新兴阻燃剂对前列腺癌进展的影响及其分子机制和免疫浸润情况	NA	前列腺癌	蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）分析	NA	单细胞转录组数据	使用TCGA数据集和GSE70769数据集进行验证
14370	2024-08-07	Exploring the advances of single-cell RNA sequencing in thyroid cancer: a narrative review 2023-Dec-21, Medical oncology (Northwood, London, England) DOI:10.1007/s12032-023-02260-x PMID:38129369	综述	本文综述了单细胞RNA测序（scRNA-seq）在甲状腺癌研究中的应用	scRNA-seq技术革新了细胞亚群的鉴定和特征化，细胞间通信和受体相互作用的研究，揭示了前所未有的异质性，并为治疗发现提供了新的生物标志物	scRNA-seq面临技术偏差、财务障碍和伦理问题等挑战	深入理解甲状腺癌的肿瘤微环境免疫学见解，为患者开发有效的个性化治疗	甲状腺癌的细胞亚群、细胞间通信和受体相互作用	数字病理学	甲状腺癌	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
14371	2024-08-04	Increased m6A-RNA methylation and demethylase FTO suppression is associated with silica-induced pulmonary inflammation and fibrosis 2023-12, Toxicology IF:4.8Q1 DOI:10.1016/j.tox.2023.153673 PMID:37979906	研究论文	该研究探讨了m6A RNA甲基化与硅尘引起的肺部炎症和纤维化的关系	首次揭示了m6A甲基化在硅尘引发的早期肺炎和纤维化中的作用及其效应细胞	研究主要集中在小鼠模型上，尚未在临床患者中广泛验证	研究硅尘引起的肺炎和纤维化中的m6A修饰及其机制	小鼠模型和硅尘患者的肺组织及外周血单核细胞	数字病理学	肺癌	m6A点杂交、m6A RNA甲基化定量和单细胞测序	小鼠模型	RNA	正常小鼠与硅沉积小鼠的对比及硅尘患者的外周血单核细胞
14372	2024-08-04	An ovarian phenotype of alpha 7 nicotinic receptor knockout mice 2023-09-01, Reproduction (Cambridge, England) DOI:10.1530/REP-23-0123 PMID:37432973	研究论文	本研究探讨了alpha 7烟碱乙酰胆碱受体缺失对小鼠卵巢表现形式的影响	揭示了nAChRa7在卵巢局部调节中的作用，尤其是在小型卵泡计数和卵巢基质细胞的改变方面	本研究主要集中在成年小鼠的卵巢，未考虑不同发育阶段或性别的影响	探讨nAChRa7在小鼠卵巢功能中的潜在作用	成年Chrna7缺失突变小鼠（KO）和野生型小鼠（WT）	数字病理学	NA	免疫组化、qPCR、蛋白质组学分析	NA	生物样本分析数据	成年小鼠（3个月，处于间歇期），具体样本大小未提及
14373	2024-08-07	Identification of zona pellucida defects revealed a novel loss-of-function mutation in ZP2 in humans and rats 2023, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2023.1169378 PMID:37293489	研究论文	本研究通过全外显子测序和桑格测序，在一位具有薄透明带（ZP）表型的不孕女性中鉴定出一个新的ZP2基因无义突变，并探讨了ZP缺陷对卵母细胞基因转录的影响。	发现了与薄透明带和自然受精失败相关的新ZP2基因突变，并揭示了ZP完整性破坏对TGF-β信号通路的影响。	NA	旨在鉴定导致不孕的ZP2基因致病变异，并研究ZP缺陷对卵母细胞基因转录的影响。	不孕女性及其卵母细胞，以及Zp2mut/mut大鼠模型。	生殖生物学	不孕症	全外显子测序，桑格测序，免疫荧光（IF），单细胞RNA测序，定量实时PCR（qRT-PCR）	NA	基因组数据，转录组数据	一位不孕女性，Zp2mut/mut大鼠模型中的卵母细胞
14374	2024-08-07	Emerging concepts on Leydig cell development in fetal and adult testis 2022, Frontiers in endocrinology IF:3.9Q2 DOI:10.3389/fendo.2022.1086276 PMID:36686449	综述	本文综述了睾丸间质细胞（Leydig细胞）在胎儿和成人阶段的发育过程及其细胞起源和功能意义	利用细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪和单细胞RNA测序等技术，揭示了Leydig细胞的不同细胞起源及其转录组和类固醇生成输出的差异	NA	总结当前对胎儿和成人睾丸中Leydig细胞发育的理解，强调其在啮齿动物和灵长类动物中的共同或不同的细胞（祖细胞/干细胞）起源及其功能意义	Leydig细胞在胎儿和成人睾丸中的发育及其细胞起源和功能	NA	NA	细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪、单细胞RNA测序	NA	NA	NA
14375	2024-08-07	Effective single-cell clustering through ensemble feature selection and similarity measurements 2020-May-19, Computational biology and chemistry IF:2.6Q2 DOI:10.1016/j.compbiolchem.2020.107283 PMID:32585598	研究论文	本文提出了一种基于集成特征选择和相似性度量的有效单细胞聚类算法	该算法通过多特征采样方法测量细胞间的相似性，并构建基于细胞间相似性的集成网络，最终应用基于网络的聚类算法进行单细胞聚类	NA	旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类和识别的准确性和可靠性	单细胞RNA测序数据中的细胞类型	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	集成特征选择和相似性度量	基因表达数据	多个真实世界的单细胞RNA测序数据集
14376	2024-08-07	scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz830 PMID:31697351	研究论文	本文介绍了一个名为scGEAToolbox的Matlab工具箱，用于单细胞RNA测序数据分析	scGEAToolbox提供了一套全面的功能，包括数据归一化、特征选择、批次校正、插补、细胞聚类、轨迹/伪时间分析和网络构建，并且具有图形用户界面，便于快速数据处理	NA	开发一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	文本	NA
14377	2024-08-07	SigHotSpotter: scRNA-seq-based computational tool to control cell subpopulation phenotypes for cellular rejuvenation strategies 2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz827 PMID:31697324	研究论文	本文介绍了SigHotSpotter，一种基于单细胞RNA测序数据的计算工具，用于预测负责稳定维持细胞亚群表型的信号通路热点，以实现细胞亚群表型的精确控制	SigHotSpotter通过整合信号和转录网络，能够准确预测信号热点，并已在不同细胞系统中得到实验验证	NA	开发一种计算工具，用于系统地预测基于单细胞RNA测序数据的信号热点，以促进疾病和衰老背景下的细胞 rejuvenation 策略	细胞亚群表型的信号通路热点	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	NA	单细胞RNA测序数据	NA
14378	2024-08-07	Improved dropClust R package with integrative analysis support for scRNA-seq data 2019-Nov-06, Bioinformatics (Oxford, England) DOI:10.1093/bioinformatics/btz823 PMID:31693086	研究论文	本文介绍了改进的dropClust R包，该包利用局部敏感哈希（LSH）加速大规模单细胞表达数据的聚类，并引入了一种新的批次效应去除算法，支持单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的综合分析	引入了一种新的批次效应去除算法，增强了dropClust的互操作性和资源效率	NA	改进dropClust R包，使其支持单细胞RNA测序数据的综合分析	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	局部敏感哈希（LSH）	NA	表达数据	大规模单细胞
14379	2024-08-07	Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry 2019-07, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-019-0378-1 PMID:31061532	研究论文	本研究通过整合单细胞转录组学和质谱流式细胞术，定义了类风湿性关节炎关节滑膜组织中的炎症细胞状态	本研究采用单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、批量RNA测序和流式细胞术，结合典型相关分析，识别了18种独特的细胞群体，并揭示了这些细胞在类风湿性关节炎中的特定状态	NA	定义驱动类风湿性关节炎关节炎症的细胞群体	类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织中的T细胞、B细胞、单核细胞和成纤维细胞	数字病理学	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、流式细胞术	NA	转录组数据	51个滑膜组织样本
14380	2024-08-07	HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness 2019-05-08, Science translational medicine IF:15.8Q1 DOI:10.1126/scitranslmed.aau8587 PMID:31068444	research paper	本研究利用单细胞RNA测序技术，在类风湿性关节炎（RA）患者的关节中定义了不同的巨噬细胞亚群，并探讨了它们在疾病中的作用	首次详细描述了HBEGF+巨噬细胞在RA中的特定亚群及其对纤维母细胞侵袭性的影响	研究主要集中在体外和组织层面的实验，可能需要进一步的体内研究来验证结果	深入理解类风湿性关节炎中巨噬细胞的表型及其在疾病进展中的作用	类风湿性关节炎患者的关节巨噬细胞及其与纤维母细胞的相互作用	NA	类风湿性关节炎	单细胞RNA测序	NA	RNA	涉及约1%的人口，具体样本数量未详细说明