单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 31780 篇文献，本页显示第 14361 - 14380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 | 平台公司 | 平台技术 | 具体产品 | 平台详情 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14361 | 2024-09-25 |
scDemultiplex: An iterative beta-binomial model-based method for accurate demultiplexing with hashtag oligos
2023, Computational and structural biotechnology journal
IF:4.4Q2
DOI:10.1016/j.csbj.2023.08.013
PMID:37664174
|
研究论文 | 提出了一种基于beta-二项分布模型的迭代方法scDemultiplex，用于准确的多重样本解复用 | scDemultiplex采用beta-二项分布模型和迭代策略，相比现有七种方法在高质量和低质量数据中均表现出色，并能与其他方法结合以提升性能 | 未提及 | 开发一种准确的多重样本解复用方法，以提高单细胞测序数据的分析质量 | 单细胞测序中的多重样本解复用问题 | 生物信息学 | NA | 单细胞测序 | beta-二项分布模型 | 单细胞测序数据 | 未提及 | NA | NA | NA | NA |
| 14362 | 2024-09-25 |
The Comparative Pathology Workbench: Interactive visual analytics for biomedical data
2023, Journal of pathology informatics
DOI:10.1016/j.jpi.2023.100328
PMID:37693862
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研究论文 | 设计了一个名为比较病理工作台（CPW）的交互式系统，用于生物医学数据的视觉分析 | 开发了一个基于网络浏览器的视觉分析平台，提供共享访问和交互式图像数据展示，支持多用户协作和讨论 | NA | 开发一个支持病理学家比较不同样本、病例和物种间正常和病变组织图像的交互式系统 | 病理图像和相关分析数据 | 数字病理学 | NA | scRNA-seq | NA | 图像 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14363 | 2024-09-25 |
A prebiotic diet modulates microglial states and motor deficits in α-synuclein overexpressing mice
2022-11-08, eLife
IF:6.4Q1
DOI:10.7554/eLife.81453
PMID:36346385
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研究论文 | 研究了富含纤维的饮食对α-突触核蛋白过度表达小鼠的微胶质细胞功能和运动障碍的影响 | 揭示了饮食与运动症状在微胶质细胞依赖性交互作用中的新机制 | 研究仅限于小鼠模型，尚未在人类中验证 | 探讨富含纤维的饮食对帕金森病样症状和病理的影响 | α-突触核蛋白过度表达的小鼠 | NA | 帕金森病 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | α-突触核蛋白过度表达的小鼠和野生型小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 14364 | 2024-09-25 |
Epithelial cell plasticity drives endoderm formation during gastrulation
2021-07, Nature cell biology
IF:17.3Q1
DOI:10.1038/s41556-021-00694-x
PMID:34168324
|
研究论文 | 本文研究了在原肠胚形成过程中，上皮细胞可塑性驱动内胚层形成的过程 | 本文首次揭示了内胚层的形成独立于经典的EMT过程，而是通过上皮细胞可塑性机制实现的，并发现Foxa2作为上皮门控因子抑制EMT | NA | 揭示原肠胚形成过程中内胚层形成的分子机制 | 胚胎干细胞和鼠胚胎 | NA | NA | 高分辨率单细胞转录组学 | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14365 | 2024-09-25 |
The Dynamic Counterbalance of RAC1-YAP/OB-Cadherin Coordinates Tissue Spreading with Stem Cell Fate Patterning
2021-05, Advanced science (Weinheim, Baden-Wurttemberg, Germany)
DOI:10.1002/advs.202004000
PMID:34026448
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研究论文 | 研究了RAC1-YAP与OB-cadherin之间的动态平衡在协调组织扩散与干细胞命运模式中的作用 | 揭示了RAC1-YAP与OB-cadherin之间的动态平衡在协调组织扩散与干细胞命运模式中的关键作用，并通过单细胞测序和体内伤口愈合实验验证了这一机制 | NA | 探讨分子信号如何在多细胞组织的扩散动态和细胞命运承诺中起作用 | 胚胎发育和再生医学中的组织扩散 | NA | NA | 单细胞测序 | NA | 细胞迁移轨迹分析 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14366 | 2024-09-24 |
At the interface of tumor-associated macrophages and fibroblasts: immune-suppressive networks and emerging exploitable targets
2024-Sep-23, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-24-1690
PMID:39311702
|
综述 | 探讨肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs）之间的相互作用及其在肿瘤微环境中的免疫抑制网络 | 利用单细胞RNA测序（sc-RNA seq）和空间转录组学技术，深入理解TAMs和CAFs之间的信号动态和空间分布 | NA | 研究TAMs和CAFs在实体肿瘤微环境中的相互作用，寻找新的治疗靶点 | 肿瘤相关巨噬细胞（TAMs）和癌症相关成纤维细胞（CAFs） | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序（sc-RNA seq） | NA | 转录组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14367 | 2024-09-24 |
RGS19: A novel prognostic biomarker for tumor immunity in clear cell renal cell carcinoma revealed through comprehensive bulk and single-cell sequencing analysis
2024-Sep-21, Asian journal of surgery
IF:3.5Q1
DOI:10.1016/j.asjsur.2024.09.057
PMID:39307631
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14368 | 2024-09-24 |
Gene regulatory mechanisms of T cell exhaustion in diffuse large B cell lymphoma based on single-cell transcriptome data
2024-Sep-19, Leukemia research
IF:2.1Q3
DOI:10.1016/j.leukres.2024.107588
PMID:39307100
|
研究论文 | 研究基于单细胞转录组数据分析弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的基因调控机制 | 首次全面分析了弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的基因表达特征，并发现了ID3基因在T细胞耗竭中的关键作用 | 研究依赖于公开的单细胞转录组数据，可能存在数据质量和样本多样性的限制 | 深入理解弥漫性大B细胞淋巴瘤中T细胞耗竭的分子病理机制，寻找新的治疗靶点 | 弥漫性大B细胞淋巴瘤中的T细胞耗竭及其相关基因表达特征 | 数字病理学 | 淋巴瘤 | 单细胞转录组 | NA | 转录组数据 | 使用公开的单细胞转录组数据 | NA | NA | NA | NA |
| 14369 | 2024-09-23 |
Spatiotemporal single-cell RNA sequencing reveals the role of steroid hormone pathway during chicken primordial follicle formation
2024-Oct, Poultry science
IF:3.8Q1
DOI:10.1016/j.psj.2024.104090
PMID:39096826
|
研究论文 | 研究通过时空单细胞RNA测序揭示了鸡原始卵泡形成过程中类固醇激素通路的作用 | 首次通过单细胞mRNA测序和空间转录组分析探索了鸡原始卵泡形成过程中的卵巢微环境和调控通路 | 研究仅限于鸡的卵巢组织，未涉及其他物种 | 揭示鸡原始卵泡形成过程中的分子调控机制 | 鸡的卵巢组织和原始卵泡形成过程 | 数字病理学 | NA | 单细胞mRNA测序 | NA | mRNA | 收集了2天、5.5天和10.5天孵化的鸡的左侧卵巢组织 | NA | NA | NA | NA |
| 14370 | 2024-08-07 |
B-cell repertoire and functions in idiopathic nephrotic syndrome: what to learn from single-cell RNA sequencing?
2024-Oct, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2024.05.032
PMID:38977075
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14371 | 2024-09-23 |
Multi-omics features of immunogenic cell death in gastric cancer identified by combining single-cell sequencing analysis and machine learning
2024-09-18, Scientific reports
IF:3.8Q1
DOI:10.1038/s41598-024-73071-x
PMID:39294296
|
研究论文 | 本文通过结合单细胞测序分析和机器学习，识别了胃癌中免疫原性细胞死亡的多组学特征 | 本文创新性地利用机器学习框架整合101种算法，构建了与免疫原性细胞死亡相关的基因特征，并验证了这些基因与胃癌免疫微环境和侵袭转移的关系 | NA | 阐明免疫原性细胞死亡在胃癌中的精确作用 | 胃癌中的免疫原性细胞死亡相关基因及其与免疫微环境和侵袭转移的关系 | 机器学习 | 胃癌 | 单细胞测序分析、转录组测序分析、蛋白质组分析 | 机器学习算法 | 基因数据 | 大量临床样本 | NA | NA | NA | NA |
| 14372 | 2024-09-23 |
AtML: An Arabidopsis thaliana root cell identity recognition tool for medicinal ingredient accumulation
2024-Sep-16, Methods (San Diego, Calif.)
DOI:10.1016/j.ymeth.2024.09.010
PMID:39293728
|
研究论文 | 本文开发了一种名为AtML的机器学习系统，用于识别拟南芥根细胞阶段并识别生物标志物，以促进对药用化合物积累机制的理解 | AtML系统通过完全的模型可解释性，识别了160个重要的标记基因，有助于细胞类型的注释 | NA | 开发一种工具，用于识别拟南芥根细胞阶段，并揭示药用化合物积累的机制 | 拟南芥根细胞及其药用化合物的合成与积累模式 | 机器学习 | NA | 单细胞转录组测序 | 机器学习系统 | 转录组数据 | 6000个细胞，来自六个细胞亚群 | NA | NA | NA | NA |
| 14373 | 2024-09-23 |
Altered Cell Clusters and Upregulated Aqp1 in Connexin 50 Knockout Lens Epithelium
2024-Sep-03, Investigative ophthalmology & visual science
IF:5.0Q1
DOI:10.1167/iovs.65.11.27
PMID:39287589
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研究论文 | 研究了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，并探讨了其下游靶点对晶状体稳态和生长的调控作用 | 首次通过单细胞RNA测序揭示了连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞中差异表达基因，特别是Aqp1的上调 | 研究仅限于一个月大的Cx50KO和野生型小鼠，样本量较小 | 研究连接蛋白50敲除后晶状体上皮细胞的异质性和细胞簇，以及其对晶状体稳态和生长的影响 | 一个月大的连接蛋白50敲除和野生型小鼠的晶状体上皮细胞 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | Cx50KO和野生型小鼠各一组 | NA | NA | NA | NA |
| 14374 | 2024-09-23 |
Single-Cell Transcriptome Analysis Reveals 2 Subtypes of Tumor Cells of Sclerosing Pneumocytoma With Distinct Molecular Features and Clinical Implications
2024-Sep, Modern pathology : an official journal of the United States and Canadian Academy of Pathology, Inc
IF:7.1Q1
DOI:10.1016/j.modpat.2024.100560
PMID:38972356
|
研究论文 | 本研究通过单细胞转录组分析揭示了硬化性肺细胞瘤中两种具有不同分子特征和临床意义的肿瘤细胞亚型 | 首次提供了硬化性肺细胞瘤的单细胞转录组全面图谱，并鉴定出两种不同的肿瘤细胞亚型 | 样本量较小，仅涉及4个病例 | 阐明硬化性肺细胞瘤肿瘤细胞的分子特征，并加深对参与其形成和生物学行为的细胞过程的理解 | 硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织 | 数字病理学 | 肺部疾病 | 单细胞RNA测序和微阵列空间转录组分析 | NA | 转录组数据 | 4例硬化性肺细胞瘤及其对应的正常肺组织 | NA | NA | NA | NA |
| 14375 | 2024-09-23 |
Synergistic activation by Glass and Pointed promotes neuronal identity in the Drosophila eye disc
2024-Aug-17, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-51429-z
PMID:39154080
|
研究论文 | 研究了果蝇眼盘中Glass和Pointed转录因子与EGFR信号的协同作用对神经元身份的促进作用 | 揭示了EGFR信号通过多层转录网络的协同激活机制诱导Glass表达细胞中神经元身份的形成 | NA | 探讨果蝇眼盘中外部信号与细胞内转录因子的整合如何指导前体细胞分化为特定细胞命运 | 果蝇眼盘中的光感受器R1-R7的分化过程 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因组数据 | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14376 | 2024-09-23 |
Human genetics and epigenetics of alcohol use disorder
2024-Aug-15, The Journal of clinical investigation
IF:13.3Q1
DOI:10.1172/JCI172885
PMID:39145449
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综述 | 本文综述了酒精使用障碍（AUD）的遗传学和表观遗传学研究进展 | 本文总结了从早期候选基因研究到当前全基因组扫描的技术进步，揭示了AUD的众多遗传和表观遗传风险因素 | 本文讨论了当前研究的局限性，包括增加GWAS和EWAS研究的能力以及扩大分析中包含的群体多样性 | 探讨酒精使用障碍的遗传学和表观遗传学机制 | 酒精使用障碍（AUD）及其遗传和表观遗传风险因素 | NA | 酒精使用障碍 | 全基因组关联研究（GWAS）、表观基因组关联研究（EWAS）、全基因组测序、多组学、单细胞测序、空间转录组学 | NA | 基因组数据、表观基因组数据、转录组数据 | 超过一百万参与者 | NA | NA | NA | NA |
| 14377 | 2024-09-23 |
Hydrogel crosslinking modulates macrophages, fibroblasts, and their communication, during wound healing
2024-Aug-09, Nature communications
IF:14.7Q1
DOI:10.1038/s41467-024-50072-y
PMID:39122702
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研究论文 | 研究了交联度对基于明胶的水凝胶在伤口愈合过程中对巨噬细胞和成纤维细胞行为的影响 | 发现轻度交联的水凝胶能促进细胞浸润并减少疤痕形成，而重度交联的水凝胶则增加炎症并导致巨噬细胞亚群的氧化活性和细胞融合 | 研究仅限于雌性小鼠模型，未涉及其他物种或性别 | 探讨水凝胶交联度对伤口愈合过程中免疫和基质细胞行为的影响 | 基于明胶的水凝胶、巨噬细胞、成纤维细胞、伤口愈合 | NA | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 雌性小鼠 | NA | NA | NA | NA |
| 14378 | 2024-09-23 |
Integrative single-cell RNA-seq and spatial transcriptomics analyses reveal diverse apoptosis-related gene expression profiles in EGFR-mutated lung cancer
2024-Aug-09, Cell death & disease
IF:8.1Q1
DOI:10.1038/s41419-024-06940-y
PMID:39122703
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研究论文 | 本文通过单细胞RNA测序和空间转录组学分析，揭示了EGFR突变型肺癌中与细胞凋亡相关的基因表达谱的多样性 | 首次综合利用单细胞RNA测序和空间转录组学技术，系统分析了EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因的表达变化 | 研究主要基于细胞系和转基因小鼠模型，可能与人类肺癌的实际情况存在差异 | 探讨EGFR突变型肺癌中细胞凋亡相关基因在EGFR-TKI耐药性发展过程中的表达变化 | EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型 | 数字病理学 | 肺癌 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）和空间转录组学（ST） | NA | RNA | EGFR突变型肺癌细胞系和患者样本，以及EGFR驱动型肺癌的转基因小鼠模型 | NA | NA | NA | NA |
| 14379 | 2024-09-23 |
Benchmarking clustering, alignment, and integration methods for spatial transcriptomics
2024-Aug-09, Genome biology
IF:10.1Q1
DOI:10.1186/s13059-024-03361-0
PMID:39123269
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研究论文 | 本文系统地评估了多种最先进的算法在空间转录组学数据上的聚类、对齐和整合性能 | 首次对空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法进行了全面的基准测试 | 未提及具体限制 | 评估和比较不同空间转录组学数据处理方法的性能 | 空间转录组学数据的聚类、对齐和整合方法 | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学 | NA | 空间转录组学数据 | 涉及多种真实和模拟数据集，大小、技术、物种和复杂性各异 | NA | NA | NA | NA |
| 14380 | 2024-09-23 |
Transcriptomic changes and gene fusions during the progression from Barrett's esophagus to esophageal adenocarcinoma
2024-Aug-07, Biomarker research
IF:9.5Q1
DOI:10.1186/s40364-024-00623-8
PMID:39113153
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研究论文 | 研究了从Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合 | 首次全面分析了Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合 | 样本量较小，仅包括8个个体 | 揭示Barrett食管到食管腺癌进展过程中的转录组变化和基因融合 | Barrett食管和食管腺癌组织 | 数字病理学 | 食管癌 | RNA测序 | NA | 转录组数据 | 8个个体 | NA | NA | NA | NA |