单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27353 篇文献，本页显示第 14361 - 14380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14361 | 2024-08-07 |
Emerging concepts on Leydig cell development in fetal and adult testis
2022, Frontiers in endocrinology
IF:3.9Q2
DOI:10.3389/fendo.2022.1086276
PMID:36686449
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综述 | 本文综述了睾丸间质细胞（Leydig细胞）在胎儿和成人阶段的发育过程及其细胞起源和功能意义 | 利用细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪和单细胞RNA测序等技术，揭示了Leydig细胞的不同细胞起源及其转录组和类固醇生成输出的差异 | NA | 总结当前对胎儿和成人睾丸中Leydig细胞发育的理解，强调其在啮齿动物和灵长类动物中的共同或不同的细胞（祖细胞/干细胞）起源及其功能意义 | Leydig细胞在胎儿和成人睾丸中的发育及其细胞起源和功能 | NA | NA | 细胞/器官培养、全基因组分析、遗传操作小鼠模型、谱系追踪、单细胞RNA测序 | NA | NA | NA |
| 14362 | 2024-08-07 |
Effective single-cell clustering through ensemble feature selection and similarity measurements
2020-May-19, Computational biology and chemistry
IF:2.6Q2
|
研究论文 | 本文提出了一种基于集成特征选择和相似性度量的有效单细胞聚类算法 | 该算法通过多特征采样方法测量细胞间的相似性，并构建基于细胞间相似性的集成网络，最终应用基于网络的聚类算法进行单细胞聚类 | NA | 旨在提高单细胞RNA测序数据中细胞类型分类和识别的准确性和可靠性 | 单细胞RNA测序数据中的细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 集成特征选择和相似性度量 | 基因表达数据 | 多个真实世界的单细胞RNA测序数据集 |
| 14363 | 2024-08-07 |
scGEAToolbox: a Matlab toolbox for single-cell RNA sequencing data analysis
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz830
PMID:31697351
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研究论文 | 本文介绍了一个名为scGEAToolbox的Matlab工具箱，用于单细胞RNA测序数据分析 | scGEAToolbox提供了一套全面的功能，包括数据归一化、特征选择、批次校正、插补、细胞聚类、轨迹/伪时间分析和网络构建，并且具有图形用户界面，便于快速数据处理 | NA | 开发一个用于单细胞RNA测序数据分析的Matlab工具箱 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 文本 | NA |
| 14364 | 2024-08-07 |
SigHotSpotter: scRNA-seq-based computational tool to control cell subpopulation phenotypes for cellular rejuvenation strategies
2019-Nov-07, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz827
PMID:31697324
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研究论文 | 本文介绍了SigHotSpotter，一种基于单细胞RNA测序数据的计算工具，用于预测负责稳定维持细胞亚群表型的信号通路热点，以实现细胞亚群表型的精确控制 | SigHotSpotter通过整合信号和转录网络，能够准确预测信号热点，并已在不同细胞系统中得到实验验证 | NA | 开发一种计算工具，用于系统地预测基于单细胞RNA测序数据的信号热点，以促进疾病和衰老背景下的细胞 rejuvenation 策略 | 细胞亚群表型的信号通路热点 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 单细胞RNA测序数据 | NA |
| 14365 | 2024-08-07 |
Improved dropClust R package with integrative analysis support for scRNA-seq data
2019-Nov-06, Bioinformatics (Oxford, England)
DOI:10.1093/bioinformatics/btz823
PMID:31693086
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研究论文 | 本文介绍了改进的dropClust R包，该包利用局部敏感哈希（LSH）加速大规模单细胞表达数据的聚类，并引入了一种新的批次效应去除算法，支持单细胞RNA测序（scRNA-seq）数据的综合分析 | 引入了一种新的批次效应去除算法，增强了dropClust的互操作性和资源效率 | NA | 改进dropClust R包，使其支持单细胞RNA测序数据的综合分析 | 单细胞RNA测序数据 | 生物信息学 | NA | 局部敏感哈希（LSH） | NA | 表达数据 | 大规模单细胞 |
| 14366 | 2024-08-07 |
Defining inflammatory cell states in rheumatoid arthritis joint synovial tissues by integrating single-cell transcriptomics and mass cytometry
2019-07, Nature immunology
IF:27.7Q1
DOI:10.1038/s41590-019-0378-1
PMID:31061532
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研究论文 | 本研究通过整合单细胞转录组学和质谱流式细胞术，定义了类风湿性关节炎关节滑膜组织中的炎症细胞状态 | 本研究采用单细胞RNA测序、质谱流式细胞术、批量RNA测序和流式细胞术，结合典型相关分析，识别了18种独特的细胞群体，并揭示了这些细胞在类风湿性关节炎中的特定状态 | NA | 定义驱动类风湿性关节炎关节炎症的细胞群体 | 类风湿性关节炎和骨关节炎患者的滑膜组织中的T细胞、B细胞、单核细胞和成纤维细胞 | 数字病理学 | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq）、质谱流式细胞术、批量RNA测序（RNA-seq）、流式细胞术 | NA | 转录组数据 | 51个滑膜组织样本 |
| 14367 | 2024-08-07 |
HBEGF+ macrophages in rheumatoid arthritis induce fibroblast invasiveness
2019-05-08, Science translational medicine
IF:15.8Q1
DOI:10.1126/scitranslmed.aau8587
PMID:31068444
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research paper | 本研究利用单细胞RNA测序技术，在类风湿性关节炎（RA）患者的关节中定义了不同的巨噬细胞亚群，并探讨了它们在疾病中的作用 | 首次详细描述了HBEGF+巨噬细胞在RA中的特定亚群及其对纤维母细胞侵袭性的影响 | 研究主要集中在体外和组织层面的实验，可能需要进一步的体内研究来验证结果 | 深入理解类风湿性关节炎中巨噬细胞的表型及其在疾病进展中的作用 | 类风湿性关节炎患者的关节巨噬细胞及其与纤维母细胞的相互作用 | NA | 类风湿性关节炎 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 涉及约1%的人口，具体样本数量未详细说明 |
| 14368 | 2024-08-07 |
Dimensionality reduction for visualizing single-cell data using UMAP
2018-Dec-03, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4314
PMID:30531897
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研究论文 | 本文应用UMAP（一种非线性降维技术）于生物数据分析，通过三个已验证的质谱流式细胞术和单细胞RNA测序数据集，比较UMAP与其他五种工具的性能 | UMAP提供了最快的运行时间、最高的可重复性和最有意义的细胞簇组织 | NA | 改进单细胞数据的可视化和解释 | 单细胞数据分析 | 计算机视觉 | NA | UMAP | NA | 数据 | 三个已验证的数据集 |
| 14369 | 2024-08-07 |
Identification of spatially associated subpopulations by combining scRNAseq and sequential fluorescence in situ hybridization data
2018-Oct-29, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/nbt.4260
PMID:30371680
|
研究论文 | 本文开发了一种方法，通过整合基于测序和成像的单细胞转录组数据，结合跨平台细胞类型映射和隐马尔可夫随机场模型，来区分内在和外在因素对全局基因表达的影响 | 本文首次通过结合scRNAseq和荧光原位杂交数据，识别了与空间相关且细胞类型独立的特征，并发现了先前未知的与空间相关的亚群 | NA | 研究内在基因调控网络如何与细胞的空间环境相互作用以定义其身份 | 小鼠视觉皮层区域的细胞类型和空间域相关异质性 | 数字病理学 | NA | scRNAseq, 荧光原位杂交 | 隐马尔可夫随机场模型 | 单细胞转录组数据 | 小鼠视觉皮层区域的细胞 |
| 14370 | 2024-08-07 |
Structure-Aware Principal Component Analysis for Single-Cell RNA-seq Data
2018-Aug-22, Journal of computational biology : a journal of computational molecular cell biology
IF:1.4Q2
DOI:10.1089/cmb.2018.0027
PMID:30133312
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研究论文 | 本文提出了一种结构感知的主成分分析（LSPCA）方法，用于处理单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型识别问题 | LSPCA通过结构感知的数据采样，减少了传统PCA在主成分方向上的偏差，提高了对少数细胞类型的检测准确性 | NA | 旨在改进单细胞RNA测序数据中少数细胞类型的识别 | 单细胞RNA测序数据中的少数细胞类型 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | PCA | 表达数据 | 涉及十个公开可用的单细胞表达数据集，包括一个非常大的注释数据集 |
| 14371 | 2024-08-07 |
The tubulin repertoire of C. elegans sensory neurons and its context-dependent role in process outgrowth
2016-Sep-21, Molecular biology of the cell
IF:3.1Q3
DOI:10.1091/mbc.E16-06-0473
PMID:27654945
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研究论文 | 研究了秀丽隐杆线虫感觉神经元的微管蛋白组合及其在过程生长中的上下文依赖作用 | 通过单细胞RNA测序，比较了触觉感受器神经元与其他两种感觉神经元的转录谱，发现每种感觉神经元表达独特的微管蛋白基因组合，并展示了这些微管蛋白在细胞类型和实验环境中的功能冗余性和特异性 | NA | 探讨微管蛋白异构体是否具有冗余性或执行特异性功能 | 秀丽隐杆线虫的触觉感受器神经元 | 细胞生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 涉及多种感觉神经元类型 |
| 14372 | 2024-08-07 |
Beyond genome: Advanced omics progress of Panax ginseng
2024-Apr, Plant science : an international journal of experimental plant biology
IF:4.2Q1
DOI:10.1016/j.plantsci.2024.112022
PMID:38311250
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综述 | 本文综述了人参在基因组学、转录组学和蛋白质组学领域的研究进展 | 讨论并展望了人参基因组等位基因图谱、时空转录组以及翻译后修饰蛋白质组的发展 | NA | 总结人参在不同组学领域的研究现状，并展望未来从系统生物学角度分析人参的研究方向 | 人参的基因组、转录组和蛋白质组 | NA | NA | 基因组学、转录组学、蛋白质组学 | NA | 基因组数据、转录组数据、蛋白质组数据 | NA |
| 14373 | 2024-08-04 |
Unveiling the oncogenic role of CLDN11-secreting fibroblasts in gastric cancer peritoneal metastasis through single-cell sequencing and experimental approaches
2024-Mar-10, International immunopharmacology
IF:4.8Q1
DOI:10.1016/j.intimp.2024.111647
PMID:38335659
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研究论文 | 本研究探讨了纤维母细胞在胃癌腹膜转移中的作用 | 揭示了CXCR7阳性纤维母细胞通过CLDN11在胃癌腹膜转移中的致癌角色 | 本研究主要基于公用数据库数据，可能存在样本偏倚 | 研究胃癌腹膜转移中纤维母细胞的作用 | 研究了来自腹膜转移和胃癌组织的纤维母细胞 | 数字病理学 | 胃癌 | 单细胞测序 | NA | 组织样本 | 从腹膜转移和胃癌组织提取的多个样本 |
| 14374 | 2024-08-04 |
Single-cell RNA sequencing highlights epithelial and microenvironmental heterogeneity in malignant progression of pancreatic ductal adenocarcinoma
2024-Mar-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216607
PMID:38246225
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研究论文 | 本文揭示了胰腺导管腺癌进展中上皮和微环境的异质性 | 采用单细胞RNA测序技术，识别了不同类型的细胞，并揭示了与癌症发展相关的新的细胞通路和预后标志物 | 样本数量有限，仅基于五个病例，可能不完全代表所有患者的情况 | 探索从良性胰腺内乳头状粘液瘤（IPMN）到侵袭性胰腺导管腺癌（PDAC）进展中的细胞异质性 | 研究了来自三例高等级IPMN和两例IPMN衍生PDAC的35,693个单细胞的转录组数据 | 数字病理学 | 胰腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞转录组数据 | 来自五个手术切除病例的35,693个细胞 |
| 14375 | 2024-08-04 |
Empagliflozin attenuates inflammation levels in autoimmune myocarditis through the STAT3 pathway and macrophage phenotype transformation
2024-Mar, Molecular immunology
IF:3.2Q3
DOI:10.1016/j.molimm.2024.02.006
PMID:38354482
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研究论文 | 本研究探讨了SGLT-2抑制剂empagliflozin在自身免疫性心肌炎中的抗炎作用及其分子机制 | 发现empagliflozin通过STAT3通路和巨噬细胞表型转化降低自身免疫性心肌炎的炎症水平 | 研究主要集中在小鼠模型上，可能无法完全反映人类的临床情况 | 探索empagliflozin在自身免疫性心肌炎中的抗炎机制 | 实验性自身免疫性心肌炎小鼠模型及体外巨噬细胞实验 | 数字病理学 | 自身免疫性心肌炎 | HE染色、Sirius红染色、Masson染色、西方印迹、ELISA、免疫荧光染色、逆转录PCR | NA | 基因组空间事件数据集、单细胞测序结果 | 未具体说明样本数量，但使用了小鼠模型和体外细胞实验 |
| 14376 | 2024-08-04 |
High-throughput omics technologies in inflammatory bowel disease
2024-Mar-01, Clinica chimica acta; international journal of clinical chemistry
DOI:10.1016/j.cca.2024.117828
PMID:38355001
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综述 | 该文章综述了高通量组学技术在炎症性肠病中的应用和进展 | 文章强调了高通量技术在炎症性肠病研究中的重要性和最新进展 | 需要更标准化的方法和大规模数据集处理以实现个体化医学的目标 | 阐明高通量技术在炎症性肠病病理机制研究中的应用 | 高通量技术在炎症性肠病的基因组学、转录组学、蛋白组学和代谢组学等领域的应用 | 数字病理学 | 炎症性肠病 | 高通量组学技术 | NA | 大数据 | NA |
| 14377 | 2024-08-04 |
Single-Cell RNA-Seq Reveals Coronary Heterogeneity and Identifies CD133+TRPV4high Endothelial Subpopulation in Regulating Flow-Induced Vascular Tone in Mice
2024-03, Arteriosclerosis, thrombosis, and vascular biology
DOI:10.1161/ATVBAHA.123.319516
PMID:38269590
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序揭示了冠状动脉内皮细胞的异质性并确定了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节流动诱导的血管张力中的作用 | 该研究发现了冠状动脉内皮细胞的异质性，并首次识别了CD133+TRPV4high内皮亚群在调节冠状动脉血流中的重要性 | 本研究仅在小鼠模型中进行，可能无法完全适用于人类冠状动脉内皮细胞的研究 | 研究冠状动脉内皮细胞的异质性及其对血流的反应 | 研究对象为小鼠冠状动脉内皮细胞 | 数字病理学 | 心血管疾病 | 单细胞RNA测序 | NA | 细胞 | 31,962个细胞 |
| 14378 | 2024-08-07 |
Single-cell RNA sequencing reveals transdifferentiation of parathyroid chief cells into oxyphil cells in patients with uremic secondary hyperparathyroidism
2024-Mar, Kidney international
IF:14.8Q1
DOI:10.1016/j.kint.2023.11.027
PMID:38142040
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研究论文 | 本研究通过单细胞RNA测序技术，揭示了尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者中甲状旁腺主细胞向嗜酸细胞转分化的现象 | 首次建立了人类甲状旁腺的转录组图谱，并发现了与尿毒症环境相关的线粒体逐渐富集的主细胞向嗜酸细胞转分化的机制 | NA | 探究尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者中嗜酸细胞的起源及其转分化机制 | 尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者的甲状旁腺结节 | 数字病理学 | 慢性肾脏病 | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组数据 | 三名尿毒症继发性甲状旁腺功能亢进患者的甲状旁腺混合结节 |
| 14379 | 2024-08-07 |
Advanced insights on tumor-associated macrophages revealed by single-cell RNA sequencing: The intratumor heterogeneity, functional phenotypes, and cellular interactions
2024-Mar-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216610
PMID:38244910
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综述 | 本文综述了单细胞RNA测序技术在揭示肿瘤相关巨噬细胞的肿瘤内异质性、功能表型和细胞相互作用方面的最新进展 | 利用单细胞RNA测序技术深入分析肿瘤相关巨噬细胞的异质性和功能表型，为优化新型治疗策略提供依据 | NA | 深入理解肿瘤相关巨噬细胞在肿瘤微环境中的作用 | 肿瘤相关巨噬细胞的表型和功能变化 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 转录组 | NA |
| 14380 | 2024-08-07 |
scRNA-seq of colorectal cancer shows regional immune atlas with the function of CD20+ B cells
2024-Mar-01, Cancer letters
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.canlet.2024.216664
PMID:38253219
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研究论文 | 本研究通过分析来自结直肠癌（CRC）和配对正常组织的39,484个单细胞转录数据，揭示了CRC不同区域的免疫特征，特别是B细胞的功能。 | 发现了CRC不同区域的免疫细胞浸润显著不同，特别是CD20 B细胞与患者预后的关联，以及它们在肿瘤杀伤活性中的作用。 | NA | 旨在表征结直肠癌不同区域的免疫景观，并寻找潜在的治疗靶点。 | 结直肠癌（CRC）及其配对正常组织。 | 数字病理学 | 结直肠癌 | scRNA-seq | NA | 转录数据 | 39,484个单细胞转录数据来自19个CRC样本和配对正常组织 |