单细胞与空转测序相关文章
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当前共找到 27504 篇文献，本页显示第 14361 - 14380 篇。
| 序号 | 推送日期 | 文章 | 类型 | 简述 | 创新点 | 不足 | 研究目的 | 研究对象 | 领域 | 病种 | 技术 | 模型 | 数据类型 | 样本量 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| 14361 | 2024-08-04 |
Single-cell transcriptomics of Treg reveals hallmarks and trajectories of immunological aging
2024-01-05, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad104
PMID:37675661
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研究论文 | 研究了与年龄相关的免疫衰老对CD4+调节性T细胞的影响 | 识别了6个转录组特异性克隆的调节性T细胞，并揭示了与衰老相关的特征和变化轨迹 | 主要基于小鼠模型，可能无法完全反映人类的情况 | 探讨老化对调节性T细胞的影响以及与免疫衰老相关的机制 | 小鼠淋巴和脂肪组织来源的调节性T细胞 | 数字病理学 | 代谢疾病 | 单细胞转录组学 | NA | 细胞 | 针对3个月、18个月和24个月龄小鼠的调节性T细胞进行分析 |
| 14362 | 2024-08-07 |
BCG vaccination induces innate immune memory in γδ T cells in humans
2024-01-05, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad103
PMID:37672677
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研究论文 | 本研究探讨了卡介苗（BCG）疫苗是否能在人类γδ T细胞中诱导出训练免疫，从而增强其对异源细菌和真菌感染的交叉保护作用 | 首次证明了BCG疫苗能在人类γδ T细胞中诱导出训练免疫，增强其对异源细菌和真菌刺激的反应性 | NA | 确定人类γδ T细胞是否能通过BCG疫苗诱导出训练免疫，从而增强其交叉保护作用 | 健康人类志愿者的γδ T细胞 | 免疫学 | NA | 单细胞RNA测序技术 | NA | RNA | 健康人类志愿者 |
| 14363 | 2024-08-04 |
Generating single-cell gene expression profiles for high-resolution spatial transcriptomics based on cell boundary images
2024, GigaByte (Hong Kong, China)
DOI:10.46471/gigabyte.110
PMID:38434932
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研究论文 | 本研究介绍了一种更新的软件STCellbin，能够生成高分辨率的单细胞空间基因表达特征 | 该软件结合了细胞膜/细胞壁染色图像与空间基因表达图，增强了单细胞基因表达轮廓的捕获能力 | NA | 提升空间转录组学中单细胞基因表达的分析精度 | 小鼠肝脏和种子数据集的单细胞基因表达轮廓 | 数字病理学 | NA | 空间转录组学 | NA | 图像 | 多个小鼠肝脏和种子的样本 |
| 14364 | 2024-08-04 |
Advances in the Application of Single-Cell Transcriptomics in Plant Systems and Synthetic Biology
2024, Biodesign research
DOI:10.34133/bdr.0029
PMID:38435807
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综述 | 本文总结了单细胞转录组在植物系统和合成生物学中的应用进展 | 探讨了单细胞RNA测序技术在植物生物系统设计和合成生物学中的潜在应用及未来技术进展的影响 | 目前单细胞RNA测序的应用仅限于少量植物物种，且技术成本较高 | 旨在提供单细胞RNA测序在植物样本中的选择指南，并探讨其在植物系统生物学和合成生物学中的不同应用 | 植物生物系统及其合成生物学研究 | 合成生物学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | 基因表达数据 | 仅限于少量植物物种，包括模型植物、农业作物和生物能源作物 |
| 14365 | 2024-08-07 |
Integrative Omics Analysis Reveals Metabolic Features of Ground-Glass Opacity-Associated Lung Cancer
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.92437
PMID:38434969
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研究论文 | 本研究通过代谢组学和转录组学分析，揭示了磨玻璃影（GGO）相关肺癌的代谢特征 | 首次全面探讨了GGO相关肺癌的代谢特征和关键代谢基因，特别是发现MAOB在抑制LUAD细胞增殖和转移中的重要作用 | 研究样本量有限，且仅限于GGO相关肺癌，未来需扩大样本量并验证其他类型肺癌中的发现 | 识别GGO相关肺癌的异常代谢途径和关键代谢基因，为该疾病的诊断和治疗提供新策略 | GGO相关肺癌组织及其邻近正常组织 | 数字病理学 | 肺癌 | 代谢组学分析, 转录组学分析, 实时定量PCR | NA | 基因表达数据, 代谢数据 | 40对GGO相关肺癌组织及邻近正常组织 |
| 14366 | 2024-08-07 |
Mendelian Randomization Validates the Immune Landscape Mediated by Aggrephagy in Esophageal Squamous Cell Carcinoma Patients from the Perspectives of Multi-omics
2024, Journal of Cancer
IF:3.3Q2
DOI:10.7150/jca.93376
PMID:38434988
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研究论文 | 通过生物信息学方法研究食管鳞状细胞癌（ESCC）患者中由自噬介导的免疫景观，并利用孟德尔随机化方法识别与食管癌有因果关系的预后细胞簇基因。 | 揭示了自噬相关簇在介导ESCC患者预后和免疫治疗中的作用，并识别出与食管癌发生有因果关系的基因。 | NA | 阐明自噬在ESCC患者中调节的免疫景观，并识别与食管癌有因果关系的预后细胞簇基因。 | 食管鳞状细胞癌患者的免疫景观和预后细胞簇基因。 | 数字病理学 | 食管癌 | 单细胞测序 | NMF聚类 | 单细胞转录组数据 | 19种不同的细胞亚群 |
| 14367 | 2024-08-07 |
Characterizing CD8+ TEMRA Cells in CP/CPPS Patients: Insights from Targeted Single-Cell Transcriptomic and Functional Investigations
2024, ImmunoTargets and therapy
IF:6.2Q1
DOI:10.2147/ITT.S451199
PMID:38435982
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研究论文 | 本研究通过靶向单细胞转录组学和功能研究，探讨了CD8+ TEMRA细胞在慢性前列腺炎/慢性骨盆疼痛综合征（CP/CPPS）患者中的作用 | 首次详细探索了CD8+ TEMRA细胞在CP/CPPS患者中的具体作用，并揭示了其在疾病发病机制中的关键角色 | 研究样本量较小，仅包括两名CP/CPPS患者和两名健康对照 | 阐明CD8+ TEMRA细胞在CP/CPPS中的作用，并寻找潜在的治疗靶点 | CD8+ TEMRA细胞在CP/CPPS患者中的分子特征和功能 | NA | 慢性前列腺炎 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | 转录组数据 | 两名CP/CPPS患者和两名健康对照的外周血单个核细胞（PBMCs） |
| 14368 | 2024-08-07 |
Co-differential genes between DKD and aging: implications for a diagnostic model of DKD
2024, PeerJ
IF:2.3Q2
DOI:10.7717/peerj.17046
PMID:38435999
|
研究论文 | 本研究通过筛选糖尿病肾病（DKD）和衰老相关的共同差异基因，构建了一个基于这些基因的DKD诊断模型 | 发现了DKD和衰老之间的共同差异基因，并基于这些基因开发了一个遗传诊断模型 | NA | 探索糖尿病肾病（DKD）和衰老之间的共同差异基因，并建立一个基于这些基因的DKD诊断模型 | 糖尿病肾病（DKD）和衰老相关的共同差异基因 | 生物信息学 | 糖尿病肾病 | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | LASSO回归 | 基因表达数据 | DKD小鼠模型（通过链脲佐菌素（STZ）注射构建并由组织切片染色确认） |
| 14369 | 2024-08-07 |
Human γδ T cell identification from single-cell RNA sequencing datasets by modular TCR expression
2023-11-24, Journal of leukocyte biology
IF:3.6Q2
DOI:10.1093/jleuko/qiad069
PMID:37437101
|
研究论文 | 本研究开发了一种基于TCR模块基因表达评分策略，用于从单细胞RNA测序数据中准确识别人类γδ T细胞 | 提出了一种新的TCR模块评分策略，无需额外的单细胞γδ T细胞受体测序或CITE-seq数据，即可在大型单细胞RNA测序数据集中识别γδ T细胞 | NA | 开发一种新的方法，用于在大型单细胞RNA测序数据集中准确识别γδ T细胞 | 人类γδ T细胞 | 单细胞测序 | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq） | NA | RNA | 多个不同组织和不同亚型的γδ T细胞的单细胞RNA测序数据集 |
| 14370 | 2024-08-07 |
Single-cell mapping of combinatorial target antigens for CAR switches using logic gates
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01686-y
PMID:36797491
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研究论文 | 本研究通过构建单细胞表达图谱，整合了来自412个肿瘤和12个正常器官的约140万个肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞，以解析组织复杂性至单个细胞水平，并利用随机森林和卷积神经网络的两步筛选方法，选择对区分单个恶性细胞和正常细胞贡献最大的基因对，评估基于配对基因组合表达模式的AND、OR和NOT逻辑门的肿瘤覆盖率和特异性，并通过单细胞转录组耦合表位分析验证了在卵巢癌和结直肠癌中识别的AND、OR和NOT开关靶点。 | 本研究通过构建大规模的单细胞表达图谱，结合机器学习和深度学习技术，创新性地筛选和验证了用于CAR细胞疗法的组合靶抗原逻辑门开关。 | NA | 旨在解决肿瘤内异质性对CAR细胞疗法中靶抗原选择的关键挑战。 | 研究对象包括肿瘤细胞、肿瘤浸润正常细胞和参考正常细胞。 | 数字病理学 | 卵巢癌、结直肠癌 | 单细胞转录组分析 | 卷积神经网络 | 单细胞表达数据 | 约140万个细胞，来自412个肿瘤和12个正常器官 |
| 14371 | 2024-08-07 |
scPrisma infers, filters and enhances topological signals in single-cell data using spectral template matching
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01663-5
PMID:36849830
|
研究论文 | 本文提出了一种名为scPrisma的光谱计算方法，用于在单细胞数据中推断、过滤和增强拓扑信号 | scPrisma方法利用拓扑先验来解耦、增强和过滤单细胞数据中的不同生物过程信号，如周期性和线性信号 | NA | 开发一种新的计算方法，用于分析单细胞RNA测序数据中的生物信号 | 单细胞RNA测序数据中的细胞周期、昼夜节律和空间分区等生物过程 | 生物信息学 | NA | 单细胞RNA测序 | 光谱计算方法 | 单细胞数据 | 涉及HeLa细胞、肝小叶、Chlamydomonas和大脑中的视交叉上核等多种样本 |
| 14372 | 2024-08-07 |
The next generation of single-cell sequencing methods can be microfluidics-free
2023-Nov, Nature biotechnology
IF:33.1Q1
DOI:10.1038/s41587-023-01710-1
PMID:36879009
|
NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA | NA |
| 14373 | 2024-08-07 |
Neutrophilic granulocyte-derived B-cell activating factor supports B cells in skin lesions in hidradenitis suppurativa
2023-04, The Journal of allergy and clinical immunology
IF:11.4Q1
DOI:10.1016/j.jaci.2022.10.034
PMID:36481267
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研究论文 | 本研究旨在探讨支持藏毛窦病灶中B细胞/浆细胞持续存在的介质 | 发现中性粒细胞衍生的B细胞激活因子（BAFF）在藏毛窦病灶中支持B细胞/浆细胞的持续存在和功能 | NA | 研究藏毛窦病灶中支持B细胞/浆细胞持续存在的介质 | 藏毛窦病患者的皮肤样本和对照组样本 | 免疫学 | 藏毛窦病 | mRNA测序、定量PCR、流式细胞术、免疫荧光染色 | NA | RNA测序数据 | 多个藏毛窦病患者和对照组的皮肤样本 |
| 14374 | 2024-08-07 |
Cellular and Transcriptional Dynamics during Brown Adipose Tissue Regeneration under Acute Injury
2023, Research (Washington, D.C.)
DOI:10.34133/research.0268
PMID:38434240
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research paper | 本文建立了一种新的棕色脂肪组织（BAT）损伤与再生模型（BAT-IR），并通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）和批量RNA测序研究了BAT在急性损伤后的细胞和转录组动态变化。 | 首次详细描述了BAT在急性损伤后的再生过程，并鉴定了参与再生的特定纤维脂肪生成和髓系祖细胞群。 | NA | 探究棕色脂肪组织在急性损伤后的再生机制。 | 棕色脂肪组织（BAT）及其在急性损伤后的再生过程。 | NA | NA | 单细胞RNA测序（scRNA-seq），批量RNA测序 | NA | RNA | 小鼠模型 |
| 14375 | 2024-08-07 |
ATR Inhibition Induces CDK1-SPOP Signaling and Enhances Anti-PD-L1 Cytotoxicity in Prostate Cancer
2021-09-01, Clinical cancer research : an official journal of the American Association for Cancer Research
IF:10.0Q1
DOI:10.1158/1078-0432.CCR-21-1010
PMID:34168048
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研究论文 | 本研究探讨了ATR抑制剂与免疫检查点阻断疗法联合使用在去势抵抗性前列腺癌（CRPC）中的分子机制 | 发现ATR抑制剂直接抑制ATR-CHK1信号通路，激活CDK1-SPOP轴，导致PD-L1蛋白不稳定，从而增强免疫检查点阻断疗法的疗效 | NA | 揭示ATR抑制剂与免疫检查点阻断疗法在CRPC中的相互作用机制，为临床试验提供依据 | 去势抵抗性前列腺癌细胞和模型 | 数字病理学 | 前列腺癌 | 单细胞RNA测序 | NA | RNA | 使用了前列腺癌细胞系和同基因的雄激素不敏感前列腺癌模型 |
| 14376 | 2024-08-07 |
Comprehensive analysis of anoikis-related genes in diagnosis osteoarthritis: based on machine learning and single-cell RNA sequencing data
2024-Dec, Artificial cells, nanomedicine, and biotechnology
DOI:10.1080/21691401.2024.2318210
PMID:38423139
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研究论文 | 本研究通过机器学习和单细胞RNA测序数据，全面分析了与细胞凋亡相关的基因在骨关节炎诊断中的作用 | 首次利用单细胞RNA测序数据和机器学习模型，识别出与骨关节炎进展相关的细胞凋亡相关基因和通路 | 研究仅使用了两个微阵列数据集和一个单细胞RNA测序数据集，可能存在数据集选择的局限性 | 发现基于转录组的新型细胞凋亡相关生物标志物和通路，用于骨关节炎的进展诊断 | 骨关节炎及其相关的细胞凋亡机制 | 机器学习 | 骨关节炎 | 单细胞RNA测序 | XGB, SVM, RF, GLM | 基因表达数据 | 25,852个细胞，来自6个骨关节炎软骨样本 |
| 14377 | 2024-08-04 |
Space-feature measures on meshes for mapping spatial transcriptomics
2024-Apr, Medical image analysis
IF:10.7Q1
DOI:10.1016/j.media.2023.103068
PMID:38176357
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研究论文 | 本文描述了一套用于计算微分流形中的测地线的算法，拓展了大变形微分度量映射算法。 | 首次提出空间特征度量 LDDMM 算法，扩展了现有算法以支持组织尺度的空间特征作用 | 尚未实现通过共同坐标的统计平均整合分子和细胞尺度的人群 | 旨在构建一个跨模态的转录组数据对齐算法以实现共同坐标系统的整合 | 研究对象为小鼠脑中的细胞结构和转录组数据 | 计算解剖学 | NA | MERFISH | LDDMM | 几何测量 | 大量未结构化点 |
| 14378 | 2024-08-04 |
Single-cell and spatial transcriptomics reveals that PTPRG activates the m6A methyltransferase VIRMA to block mitophagy-mediated neuronal death in Alzheimer's disease
2024-Mar, Pharmacological research
IF:9.1Q1
DOI:10.1016/j.phrs.2024.107098
PMID:38325728
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研究论文 | 本研究揭示了PTPRG通过激活m6A甲基转移酶VIRMA来阻止阿尔茨海默病中的线粒体自噬介导的神经元死亡 | 首次展示PTPRG在阿尔茨海默病进展中的作用，并揭示其通过VIRMA和PRKN相互作用影响神经元存活的机制 | 样本主要集中于特定的大脑区域，可能无法全面代表阿尔茨海默病的复杂病理 | 阐明阿尔茨海默病中神经元死亡的机制，以帮助开发有效的治疗方法 | 85个阿尔茨海默病样本和83个对照样本的单细胞RNA测序数据 | 数字病理 | 阿尔茨海默病 | 单细胞RNA测序, 时空转录组学 | 5×FAD小鼠模型 | 基因表达数据 | 85个阿尔茨海默病样本和83个对照样本，以及6只App AD小鼠和6只对照C57Bl/6 J小鼠的空间转录组数据 |
| 14379 | 2024-08-04 |
Understanding Mechanisms of Response to CAR T-cell Therapy through Single-Cell Sequencing: Insights and Challenges
2024-Mar-01, Blood cancer discovery
IF:11.5Q1
DOI:10.1158/2643-3230.BCD-23-0212
PMID:38324393
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研究论文 | 本文章讨论了单细胞RNA测序在理解CAR T细胞疗法分子特征中的应用及其面临的挑战 | 采用单细胞RNA测序技术，揭示了与临床结果相关的CAR T细胞的分子特征 | 在解释这种复杂数据类型时存在挑战 | 旨在理解CAR T细胞疗法的反应机制 | 研究重点是CAR T细胞的分子特征 | 数字病理学 | NA | 单细胞RNA测序 | NA | RNA序列数据 | NA |
| 14380 | 2024-08-04 |
Mutual Regulation of Transcriptomes between Murine Pneumocytes and Fibroblasts Mediates Alveolar Regeneration in Air-Liquid Interface Cultures
2024-Mar, American journal of respiratory cell and molecular biology
IF:5.9Q1
DOI:10.1165/rcmb.2023-0078OC
PMID:38051640
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研究论文 | 该文章分析了肺成纤维细胞与肺上皮细胞在再生过程中的相互作用 | 通过单细胞转录组学揭示了成纤维细胞与肺泡上皮细胞之间的调节循环 | 本研究的局限性未在摘要中详细说明 | 阐明成纤维细胞和肺上皮细胞在再生过程中的相互作用 | 研究了小鼠肺泡 II 型细胞和成纤维细胞的相互作用 | 数字病理学 | 慢性肺病 | 单细胞转录组学 | NA | NA | NA |