单细胞与空转测序相关文章

序号	推送日期	文章	类型	简述	创新点	不足	研究目的	研究对象	领域	病种	技术	模型	数据类型	样本量
14341	2024-08-07	Mrc1+ macrophage-derived IGF1 mitigates crystal nephropathy by promoting renal tubule cell proliferation via the AKT/Rb signaling pathway 2024, Theranostics IF:12.4Q1 DOI:10.7150/thno.89174 PMID:38389846	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）等方法，探讨了晶体肾病中细胞成分及其相互作用的变化，并发现Mrc1+巨噬细胞衍生的IGF1通过AKT/Rb信号通路促进肾小管细胞增殖，从而减轻晶体肾病。	首次揭示了Mrc1+巨噬细胞在晶体肾病中的作用，及其通过IGF1促进肾小管细胞增殖的机制。	NA	研究晶体肾病中细胞特征及其相互作用，寻找潜在的治疗靶点。	晶体肾病中的细胞成分及其相互作用。	数字病理学	肾病	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	单细胞转录组	超过40000个单细胞，包括不同阶段的肾小管细胞、T细胞、B细胞、骨髓细胞和间充质细胞。
14342	2024-08-04	Single-cell transcriptomics analysis of proliferative diabetic retinopathy fibrovascular membranes reveals AEBP1 as fibrogenesis modulator 2023-Nov-02, JCI insight IF:6.3Q1 DOI:10.1172/jci.insight.172062 PMID:37917183	研究论文	该研究分析了增殖性糖尿病视网膜病变中的前视网膜纤维血管膜的单细胞转录组特征	首次发现AEBP1在人视网膜周细胞向肌成纤维细胞转变中的调节作用	未说明样本的具体数量和来源细节	识别潜在的治疗靶点以改善糖尿病视网膜病变的管理	来自患者的前视网膜纤维血管膜进行单细胞RNA测序分析	数字病理	糖尿病视网膜病变	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	NA
14343	2024-08-07	Single-cell analysis of human MAIT cell transcriptional, functional and clonal diversity 2023-09, Nature immunology IF:27.7Q1 DOI:10.1038/s41590-023-01575-1 PMID:37580605	研究论文	本文研究了人类黏膜相关不变T细胞（MAIT细胞）的转录组、功能和克隆多样性	开发了功能性RNA测序方法，能够在单细胞分辨率下整合功能和TCR克隆型	NA	探讨人类MAIT细胞的功能和克隆多样性	血液和肝脏中的MAIT细胞	免疫学	NA	单细胞转录组测序	NA	转录组数据	血液和肝脏中的MAIT细胞
14344	2024-08-04	Location of CD39+ T cell subpopulations within tumors predict differential outcomes in non-small cell lung cancer 2023-08, Journal for immunotherapy of cancer IF:10.3Q1 DOI:10.1136/jitc-2023-006770 PMID:37648263	研究论文	该研究调查了CD39和CD73在非小细胞肺癌（NSCLC）中的预后意义	提供了CD39+ T细胞亚群在肿瘤组织中的分布和功能特性的深入理解	未提及特定的局限性	理解免疫抑制途径在非小细胞肺癌中的作用，以开发新的诊断和治疗方法	162名早期未治疗的非小细胞肺癌患者	数字病理学	肺癌	多重免疫荧光、流式细胞仪、靶向RNA测序、单细胞RNA测序	NA	细胞、组织	162名早期未治疗的非小细胞肺癌患者
14345	2024-08-04	Spatial transcriptomics stratifies psoriatic disease severity by emergent cellular ecosystems 2023-06-08, Science immunology IF:17.6Q1 DOI:10.1126/sciimmunol.abq7991 PMID:37267384	研究论文	本研究通过空间转录组学分析剖析了银屑病的严重程度与细胞生态系统的关系	首次通过空间转录组学揭示了健康皮肤和炎症皮肤之间免疫微环境的显著差异	尚未深入探讨银屑病对其他系统性疾病的影响	研究银屑病的细胞组学及其在不同严重程度下的差异	25个健康、活跃病变和临床未涉及的皮肤活检样本	数字病理学	银屑病	空间转录组学	NA	组织样本	25个皮肤活检样本
14346	2024-08-07	Trajectory reconstruction identifies dysregulation of perinatal maturation programs in pluripotent stem cell-derived cardiomyocytes 2023-04-25, Cell reports IF:7.5Q1 DOI:10.1016/j.celrep.2023.112330 PMID:37014753	研究论文	本研究通过单细胞RNA测序（scRNA-seq）重建轨迹，识别了多能干细胞衍生的心肌细胞（PSC-CMs）中胎儿成熟程序的失调	首次通过单细胞RNA测序技术，比较了体内外心肌细胞成熟过程的差异，并识别了跨物种间在PSC-CMs中持续失调的转录因子网络	多能干细胞衍生的心肌细胞未能达到完全功能成熟	探究多能干细胞衍生的心肌细胞成熟过程中的机制差异，并寻找改善其临床应用的方法	多能干细胞衍生的心肌细胞及其成熟过程	干细胞研究	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	广泛采样了先前难以分离的胎儿期时间段的鼠体内心肌细胞
14347	2024-08-07	Identifying fibrogenic cells following salivary gland obstructive injury 2023, Frontiers in cell and developmental biology IF:4.6Q1 DOI:10.3389/fcell.2023.1190386 PMID:37287453	研究论文	研究探讨了刺猬信号传导效应子Gli1在阻塞性损伤后唾液腺纤维化反应中的作用	使用单细胞RNA测序技术分析了纤维化反应中细胞亚群的变化，并发现某些基质细胞亚群在纤维化过程中表达更多的基质基因	研究表明Gli1信号和Gli1细胞对机械损伤诱导的唾液腺纤维化变化贡献较小	确定参与损伤反应和疾病进展的基质细胞和信号通路，揭示未来的治疗靶点	唾液腺中的纤维化反应及其相关细胞和信号通路	NA	NA	单细胞RNA测序	NA	基因表达数据	实验使用了雌性小鼠的下颌下唾液腺进行导管结扎手术
14348	2024-08-07	SwarnSeq: An improved statistical approach for differential expression analysis of single-cell RNA-seq data 2021-05, Genomics IF:3.4Q2 DOI:10.1016/j.ygeno.2021.02.014 PMID:33662531	研究论文	本文介绍了一种名为SwarnSeq的改进统计方法，用于单细胞RNA测序数据的差异表达分析	SwarnSeq方法在模型中考虑了单细胞RNA测序数据中的分子捕获过程，这是现有差异表达方法中较少考虑的	NA	开发一种改进的差异表达分析方法，以解决单细胞RNA测序数据中的dropout事件问题	单细胞RNA测序数据	生物信息学	NA	单细胞RNA测序	统计模型	基因表达数据	10个不同的真实单细胞RNA测序数据集
14349	2024-08-04	Applications of single‑cell omics and spatial transcriptomics technologies in gastric cancer (Review) 2024-Apr, Oncology letters IF:2.5Q3 DOI:10.3892/ol.2024.14285 PMID:38406595	综述	本文综述了单细胞组学和空间转录组学技术在胃癌研究中的应用与进展	综述了单细胞组学和ST技术在胃癌分子特征及肿瘤异质性研究中的独特见解	缺乏大规模临床数据验证应用效果的讨论	探讨单细胞组学和ST技术对胃癌研究的影响	单细胞组学和空间转录组学在胃癌中的具体应用	数字病理学	胃癌	单细胞组学、空间转录组学	NA	NA	NA
14350	2024-08-04	Bulk and single-cell sequencing identified a prognostic model based on the macrophage and lipid metabolism related signatures for osteosarcoma patients 2024-Feb-29, Heliyon IF:3.4Q1 DOI:10.1016/j.heliyon.2024.e26091 PMID:38404899	研究论文	本研究利用大规模和单细胞测序技术，探讨了与巨噬细胞和脂质代谢相关的预后模型在骨肉瘤患者中的应用	创新地建立了一个基于巨噬细胞和脂质代谢的风险模型，为骨肉瘤患者的化疗效果提供了新的预测工具	未提及具体的样本量和外部验证的有效性	研究巨噬细胞的分化状态与骨肉瘤化疗效果间的关系	骨肉瘤患者及其免疫微环境	数字病理学	骨肉瘤	大规模和单细胞测序	风险模型	基因相关数据	NA
14351	2024-08-07	Cutting-Edge Skin Ageing Research on tissue stem cell 2024-Feb-26, Journal of biochemistry IF:2.1Q4 DOI:10.1093/jb/mvae022 PMID:38408191	综述	本文综述了干细胞衰老的机制及其对健康的影响，并探讨了干细胞疗法在皮肤领域的应用潜力	利用单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术在干细胞研究中的进展	NA	探讨干细胞衰老的机制及其对健康的影响	干细胞及其在组织修复和再生中的作用	NA	NA	单细胞RNA测序（scRNA-seq）	NA	RNA	NA
14352	2024-08-07	Development of a CD8+ T cell associated signature for predicting the prognosis and immunological characteristics of gastric cancer by integrating single-cell and bulk RNA-sequencing 2024-02-24, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54273-9 PMID:38402299	研究论文	本研究通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种与CD8+ T细胞相关的预测胃癌预后和免疫特征的标志物	本研究首次通过整合单细胞和批量RNA测序数据，开发了一种新的预测胃癌预后和免疫特征的标志物	本研究主要基于TCGA和GEO队列的数据，未来需要更多队列验证其普适性	开发一种能够预测胃癌预后和免疫特征的标志物	胃癌患者的预后和免疫特征	数字病理学	胃癌	RNA测序	LASSO回归	RNA测序数据	703个CD8+ T细胞特征基因，其中8个用于构建预测标志物
14353	2024-08-04	Single-cell transcriptomics identifies the differentiation trajectory from inflammatory monocytes to pro-resolving macrophages in a mouse skin allergy model 2024-Feb-23, Nature communications IF:14.7Q1 DOI:10.1038/s41467-024-46148-4 PMID:38396021	研究论文	本研究利用单细胞转录组学揭示了小鼠皮肤过敏模型中炎症单核细胞向促解析巨噬细胞的分化轨迹	本研究阐明了Ly6C经典单核细胞向Ly6C促解析巨噬细胞的逐步分化过程	本研究局限于小鼠模型，未验证在人类过敏反应中的适用性	研究炎症单核细胞在小鼠皮肤过敏中向巨噬细胞的分化过程	研究对象为Ly6C经典单核细胞及其向促解析巨噬细胞的分化过程	数字病理学	NA	scRNA-seq，流式细胞术分析	NA	转录组数据	NA
14354	2024-08-07	Kidney double positive T cells have distinct characteristics in normal and diseased kidneys 2024-02-23, Scientific reports IF:3.8Q1 DOI:10.1038/s41598-024-54956-3 PMID:38396136	研究论文	研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞（DPT细胞）的特征和功能	首次详细研究了在正常和疾病状态下小鼠和人肾脏中双阳性T细胞的存在和功能	研究主要集中在小鼠模型和人类肾细胞癌样本，可能需要进一步研究以涵盖更广泛的肾脏疾病	探讨双阳性T细胞在肾脏中的存在、功能及其在肾脏损伤后的变化	小鼠肾脏中的双阳性T细胞，以及人类肾细胞癌患者的肾脏样本	NA	肾细胞癌	scRNA-seq	NA	基因表达数据	小鼠肾脏样本和人类肾细胞癌患者的肾脏样本
14355	2024-08-04	Identifying PLAUR as a Pivotal Gene of Tumor Microenvironment and Regulating Mesenchymal Phenotype of Glioblastoma 2024-Feb-19, Cancers IF:4.5Q1 DOI:10.3390/cancers16040840 PMID:38398231	研究论文	本研究确定了PLAUR作为胶质母细胞瘤肿瘤微环境的关键基因，并调控其间质表型	识别PLAUR作为胶质母细胞瘤间质表型的中心基因，揭示其在肿瘤相关巨噬细胞和胶质瘤细胞之间的配体-受体相互作用	尚未详细探讨PLAUR在不同肿瘤微环境条件下的具体作用机制	识别能够通过肿瘤内在和外在机制调节胶质母细胞瘤间质表型的基因	胶质母细胞瘤及其相关的微环境组成部分	数字病理学	胶质瘤	单细胞测序，功能富集分析，WGCNA	BALB/c裸鼠异种移植模型	基因表达数据	涉及细胞系、原代胶质瘤细胞及BALB/c裸鼠的实验
14356	2024-08-04	Harnessing the Transcriptional Signatures of CAR-T-Cells and Leukemia/Lymphoma Using Single-Cell Sequencing Technologies 2024-Feb-19, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25042416 PMID:38397092	综述	本文探讨了利用单细胞测序技术分析CAR-T细胞和白血病/淋巴瘤的转录特征	采用现代单细胞测序技术，深入剖析白血病细胞与CAR-T细胞的转录复杂性	未提及文章的具体限制	讨论导致CAR-T免疫治疗临床失败的潜在机制	探讨CAR-T细胞的生物特征和影响临床反应的机制	数字病理学	血液恶性肿瘤	单细胞测序	NA	NA	NA
14357	2024-08-04	Peripheral Lymphocytes in Primary Liver Cancers: Elevated NK and CD8+ T Cells and Dysregulated Selenium Metabolism 2024-Feb-14, Biomolecules IF:4.8Q1 DOI:10.3390/biom14020222 PMID:38397459	研究论文	该研究探讨了原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响，特别关注NK细胞和CD8+ T细胞的变化以及硒代谢的失调	首次揭示了原发性肝癌对外周血淋巴细胞数量和硒蛋白代谢的显著影响	该研究的样本可能有限，且主要数据来自特定数据库，可能存在选择偏倚	研究原发性肝癌对外周血淋巴细胞的影响	研究对象包括肝细胞癌（HCC）和肝内胆管癌（ICC）患者的外周血淋巴细胞	数字病理学	肝癌	单细胞测序技术	Cox回归模型	细胞型数据，转录组数据，蛋白质组数据	研究涉及的样本数量不明确，主要来源于GEO数据库和肿瘤切除患者的外周血样本
14358	2024-08-04	Microarray Gene Expression Analysis of Lesional Skin in Canine Pemphigus Foliaceus 2024-Feb-14, Veterinary sciences IF:2.0Q2 DOI:10.3390/vetsci11020089 PMID:38393106	研究论文	本研究旨在表征犬类脓疱性皮肤病患者皮肤损伤中的分子机制和生物通路变化	本研究发现犬类脓疱性皮肤病损伤与人类脓疱性皮肤损伤的免疫特征相似，提供了新的分子机制见解	研究样本量相对较小，仅包括7例病变皮肤和5例健康皮肤	阐明犬类脓疱性皮肤病的发病机制及其生物通路变化	犬类脓疱性皮肤病患者的损伤皮肤与健康皮肤样本	数字病理学	自体免疫性疾病	RNA微阵列	NA	基因表达数据	7例犬类脓疱性皮肤病患者和5例健康犬样本
14359	2024-08-07	scMGCN: A Multi-View Graph Convolutional Network for Cell Type Identification in scRNA-seq Data 2024-Feb-13, International journal of molecular sciences IF:4.9Q2 DOI:10.3390/ijms25042234 PMID:38396909	研究论文	本文介绍了一种名为scMGCN的多视角图卷积网络模型，用于从scRNA-seq数据中识别细胞类型	引入了多视角学习和多图构建方法来捕捉scRNA-seq数据中的全面细胞信息，并结合图卷积网络与注意力机制提取细胞间的高阶共享信息	NA	开发一种稳定且可解释的方法来从大规模scRNA-seq数据中识别细胞类型	scRNA-seq数据中的细胞类型	机器学习	NA	图卷积网络	多视角图卷积网络模型	scRNA-seq数据	多种数据集，包括单数据集、跨物种和跨平台实验
14360	2024-08-07	Comparison of Umbilical Cord Mesenchymal Stem Cells and Fibroblasts as Donor Nuclei for Handmade Cloning in Sheep Using a Single-Cell Transcriptome 2024-Feb-10, Animals : an open access journal from MDPI IF:2.7Q1 DOI:10.3390/ani14040589 PMID:38396557	研究论文	本文比较了脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核在手工克隆绵羊中的应用，使用单细胞转录组学方法分析了八细胞胚胎的转录组特征。	首次探索了脐带间充质干细胞作为供体核在核转移技术中的应用，并提供了细胞重编程机制的新见解。	文章未明确提及研究的局限性。	研究旨在提高核转移技术的效率，并探索脐带间充质干细胞作为供体核的优势。	研究对象包括脐带间充质干细胞、成纤维细胞和八细胞胚胎。	干细胞研究	NA	单细胞转录组学	NA	转录组数据	研究涉及脐带间充质干细胞和成纤维细胞作为供体核的八细胞胚胎。